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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-02 |
Resolving sensitivity, specificity and signal contamination in Xenium spatial transcriptomics
2026-Apr-30, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-026-03089-8
PMID:42062553
|
研究论文 | 该论文利用超40个乳腺癌和肺癌组织切片的数据集,系统评估了Xenium空间转录组技术的灵敏度、特异性和信号污染问题,并提出了改进方法SPLIT | 首次系统性解析Xenium空间转录组数据的技术噪声特性,并提出SPLIT方法通过解决混合转录信号来提高信号纯度,揭示T细胞耗竭特征等此前难以发现的信号 | 文章未明确说明该方法的通用性是否可扩展至其他平台或组织类型,也未讨论其在非肿瘤样本中的表现 | 评估Xenium空间转录组技术的性能特征,并开发信号净化策略 | 乳腺癌和肺癌组织切片 | 数字病理学 | 乳腺癌, 肺癌 | 空间转录组学, RNA测序 | 无 | 图像, 转录本数据 | 超过40个乳腺癌和肺癌组织切片 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组平台,使用多种基因面板进行分析 |
| 42 | 2026-05-02 |
Integration of 117 machine learning algorithms and single-cell transcriptomics identifies macrophage polarization and ER stress signatures for cancer prognosis and precision therapy
2026-Apr-30, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05126-6
PMID:42062606
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研究论文 | 通过整合117种机器学习算法和单细胞转录组学,鉴定巨噬细胞极化和内质网应激特征用于癌症预后和精准治疗 | 首次系统性地对巨噬细胞极化和内质网应激相关基因进行泛癌分析,利用117种机器学习算法组合开发稳健的预后特征,并在单细胞水平揭示成纤维细胞亚群和细胞间通讯机制 | 研究基于公开数据库,缺乏独立外部验证队列;预后特征的临床转化应用还需进一步验证 | 开发基于巨噬细胞极化和内质网应激相关基因的癌症预后和精准治疗标志物 | 33种癌症类型的多组学数据,包括TCGA、GTEx、CCLE和单细胞RNA测序数据,共86378个细胞 | 机器学习 | 泛癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序 | 117种机器学习算法组合 | 多组学数据,单细胞转录组数据 | 33种癌症类型,86378个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 43 | 2026-05-02 |
Integrated multi-dimensional analyses reveal a BTN3A2-centered diagnostic risk score and a monocyte-T cell axis as central drivers of dermatomyositis
2026-Apr-30, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08143-6
PMID:42062698
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研究论文 | 通过整合多组学数据构建基于BTN3A2中心的皮肌炎诊断风险评分,并揭示单核细胞-T细胞轴在疾病发病机制中的核心驱动作用 | 首次整合批量转录组、孟德尔随机化和单细胞RNA测序,构建高精度18基因诊断风险评分,并发现BTN3A2作为兼具诊断和遗传因果相关性的关键基因,同时揭示LGALS9-CD44/CD45单核细胞-T细胞通讯轴 | 诊断风险评分的AUC在外部验证中从0.957降至0.724,提示跨数据集泛化能力有限,且单细胞数据仅来自单一公共数据集 | 构建高精度诊断风险模型,识别因果相关基因,并揭示皮肌炎中细胞类型特异性免疫环路 | 皮肌炎患者样本,包括皮肤和肌肉组织 | 机器学习 | 皮肌炎 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | LASSO回归, 孟德尔随机化 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 三个批量转录组数据集和一个单细胞RNA-seq数据集(GSE190684) | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2026-05-02 |
Single-cell analysis reveals cellular heterogeneity and limits of marker-based assessment in retinal ganglion cell-enriched organoid cultures
2026-Apr-30, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-026-01488-3
PMID:42062849
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示人多能干细胞衍生视网膜类器官中视网膜神经节细胞富集培养物的细胞异质性和基于标志物评估的局限性 | 首次利用大规模单细胞转录组学系统表征RGC富集培养物中的细胞异质性,发现标志物检测会高估RGC纯度,并揭示部分分化的RGC状态和脱靶细胞群体 | 研究仅涉及四个样本的scRNA-seq分析,样本量有限;未进行功能验证或长期培养评估;蛋白与转录本测量之间的差异可能影响结果解释 | 评估视网膜类器官中RGC富集培养方法的细胞组成和发育保真度,明确基于标志物评估的准确性 | 人多能干细胞(hPSC)来源的视网膜类器官中富集的视网膜神经节细胞(RGC)及其相关细胞类型 | 单细胞转录组学 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个样本,共计73,642个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序分析 |
| 45 | 2026-05-02 |
Lipid metabolism as a central driver of immune remodeling and therapeutic vulnerability in metastatic colorectal cancer
2026-Apr-30, Lipids in health and disease
IF:3.9Q2
DOI:10.1186/s12944-026-02956-9
PMID:42063056
|
综述 | 综述了脂质代谢在转移性结直肠癌中驱动免疫重塑及治疗易感性的核心作用 | 整合多组学(单细胞转录组、空间转录组、代谢组、脂质组)新进展,揭示脂质代谢作为肿瘤-免疫相互作用核心组织者的新视角,并识别出之前未被认识的代谢脆弱性 | 主要基于相关性和临床前证据,缺乏大规模临床验证 | 整合脂质代谢重编程在结直肠癌中的现有知识与新兴多组学见解,探讨靶向脂质代谢通路与免疫治疗的协同潜力 | 结直肠癌,尤其转移性结直肠癌中的脂质代谢与免疫微环境 | 机器学习和数字病理学 | 结直肠癌 | 多组学(单细胞转录组、空间转录组、代谢组、脂质组) | NA | 基因表达数据、代谢数据、脂质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 46 | 2026-05-02 |
Artesunate directly targeting MMP9 to reduce angiogenesis and increase CD8 + T cell infiltration inhibits hepatocellular carcinoma
2026-Apr-30, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04323-1
PMID:42063053
|
研究论文 | 研究青蒿琥酯通过靶向MMP9抑制肝细胞癌血管生成并增强CD8+ T细胞浸润的分子机制 | 首次发现青蒿琥酯可直接靶向MMP9并促进其降解,从而抑制血管生成并增强CD8+ T细胞浸润,解释其在免疫健全小鼠模型中抗肿瘤效果更显著的机制 | 未提及具体局限性,可能包括缺乏临床样本验证或长期效果数据 | 阐明青蒿琥酯对肝细胞癌的治疗效果及其分子机制 | 肝细胞癌细胞系(HepG2、H22、Hepa1-6)及H-ras12V转基因小鼠模型 | 机器学习 | 肝癌 | 多组学分析(转录组学、网络药理学、单细胞测序)、分子对接、热转变分析、蛋白质印迹 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 体外细胞实验(三种细胞系),体内小鼠模型(HepG2异种移植瘤和H-ras12V转基因小鼠) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2026-05-02 |
Inferring cell-specific gene regulatory networks based on causal graph embedding
2026-Apr-29, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101423
PMID:42061403
|
研究论文 | 提出基于因果图嵌入监督框架CSGRN,从单细胞RNA测序数据推断细胞特异性基因调控网络 | 整合图嵌入与条件细胞特异性网络(CCSN),结合因果调控结构与局部-全局表示,提升调控网络推断的准确性和鲁棒性 | 未提及具体限制 | 从单细胞RNA测序数据推断细胞特异性基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图嵌入模型(CSGRN框架) | 单细胞RNA测序数据 | 三个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-02 |
Age- and tissue-dependent diversity of human plasmacytoid dendritic cells uncovers a cycling subset dominant in early life and cancer
2026-Apr-29, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2026.04.003
PMID:42061412
|
研究论文 | 对人类浆细胞样树突状细胞(pDC)在不同年龄和组织的转录状态进行单细胞RNA测序分析,发现早期生命和癌症中富集的循环pDC亚群 | 揭示了pDC在胎儿、婴儿和儿童不同发育阶段及多种组织中的转录状态异质性,发现一个受年龄和组织依赖的循环pDC亚群在早期生命和癌症中富集 | 未明确说明,但可能包括样本量有限或仅基于转录组数据 | 探究发育阶段和组织环境如何塑造人类pDC的转录状态 | 来自血液、胸腺、淋巴结和扁桃体的人类pDC,覆盖胎儿、婴儿和儿童阶段 | 数字病理学 | 血液系统肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自多个供体的pDC样本,具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2026-05-02 |
The intestinal microbiota impacts nutritional immunity and resistance to Acinetobacter baumannii pneumonia
2026-Apr-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2534432123
PMID:42012958
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研究论文 | 研究抗生素治疗引起的肠道菌群失调如何增加肺炎链球菌感染的易感性,并揭示营养免疫在其中的关键作用 | 首次阐明肠道微生物群通过影响肺部吞噬细胞营养免疫途径(如脂质运载蛋白-2和钙卫蛋白)来调节宿主对鲍曼不动杆菌肺炎的抵抗力,揭示了肠道菌群失调与抗生素诱导的感染易感性之间的因果机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者队列数据,药物剂量和菌群组成本身可能产生干扰,需要进一步在更大规模临床研究中验证 | 探究抗生素治疗导致的肠道菌群失调如何影响机体对鲍曼不动杆菌肺炎的防御机制 | 住院患者队列和小鼠模型中的肠道微生物群、肺组织免疫细胞及营养免疫路径 | 机器学习 | 传染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、微生物组数据 | 住院患者队列及小鼠模型(具体样本量未在摘要中注明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台 |
| 50 | 2026-05-02 |
Integrating single-cell and bulk transcriptomes to reveal prognostic and immunological features of ecDNA-related genes in osteosarcoma
2026-Apr-28, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-026-04383-2
PMID:42047819
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研究论文 | 整合单细胞和 bulk 转录组揭示骨肉瘤中 ecDNA 相关基因的预后和免疫特征 | 首次系统探索 ecDNA 相关基因在骨肉瘤中的预后和免疫微环境作用,并利用 101 种机器学习算法构建新型预后评分模型(EGPSM) | 未提及,推测可能包括单细胞数据样本量有限或缺乏多中心验证 | 研究 ecDNA 相关基因与骨肉瘤预后及肿瘤微环境(TME)的关联 | 骨肉瘤患者 | 机器学习 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 集成机器学习框架(含101种算法) | 基因表达数据 | 多组GEO数据集及单细胞RNA-seq数据,具体样本量未明确 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-05-02 |
Alveolar Type 2 Cell Dysfunction Is Associated with Bile Acid Alterations in Experimental Hepatopulmonary Syndrome
2026-Apr-28, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1093/ajrcmb/aanag067
PMID:42048159
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research paper | 该研究通过实验性肝肺综合征模型,揭示了胆汁酸改变与肺泡2型细胞功能障碍之间的关联 | 首次在肝肺综合征模型中利用AT2细胞特异性RiboTag RNA测序和单细胞RNA测序,系统性地分析了胆汁酸对肺泡2型细胞功能及表面活性物质表达的影响 | 研究基于动物模型(CBDL小鼠),其发现需在人类肝肺综合征患者中进一步验证 | 探究实验性肝肺综合征中胆汁酸改变与肺泡2型细胞功能障碍的关系 | 胆总管结扎(CBDL)小鼠模型及MLE12肺泡上皮细胞 | machine learning | 肝肺综合征 | RNA-seq, scRNA-seq, 质谱分析 | NA | 基因表达数据, 质谱数据 | CBDL小鼠模型及MLE12细胞系 | NA | scRNA-seq, 批量RNA-seq | NA | AT2细胞特异性RiboTag RNA测序与单细胞RNA测序 |
| 52 | 2026-05-02 |
Endothelial-perivascular mural partitioning and multicellular signaling in injury-associated corneal neovascularization
2026-Apr-28, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2026.111039
PMID:42055274
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研究论文 | 研究揭示损伤相关角膜新生血管中内皮-血管周壁细胞分区与多细胞信号传导机制 | 通过单细胞RNA测序分析首次表征创伤后角膜新生血管中内皮细胞与血管周壁细胞两种主要血管状态及其基因表达差异,并构建配体-受体信号网络解析多细胞间通讯 | 仅使用2周时间点的兔角膜样本,未涵盖新生血管形成的完整时间动态;动物模型向人类转化的适用性需进一步验证 | 阐明角膜损伤后新生血管形成的细胞异质性与多细胞信号相互作用机制 | 兔角膜组织(正常与碱烧伤后2周创伤模型) | 数字病理学 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析 | 基因表达数据 | 正常与创伤兔角膜各1组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-05-02 |
Unveiling Novel Macrophage-Specific Biomarkers in MASH through Single-Cell Sequencing for Diagnostic Modeling
2026-Apr-28, Journal of lipid research
IF:5.0Q1
DOI:10.1016/j.jlr.2026.101048
PMID:42061510
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研究论文 | 通过单细胞测序分析揭示巨噬细胞特异性生物标志物,构建代谢功能障碍相关脂肪性肝炎的诊断模型 | 首次通过整合单细胞和批量转录组数据,鉴定出五个核心巨噬细胞特异性差异表达基因,并构建高精度诊断模型,同时通过孟德尔随机化分析发现CPM的因果保护作用 | 未提及明显局限性 | 识别代谢功能障碍相关脂肪性肝炎中巨噬细胞特异性生物标志物,并构建诊断模型 | 人类巨噬细胞和MASH肝脏样本 | 机器学习 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、孟德尔随机化分析 | 诊断模型(具体类型未明确) | 基因表达数据 | 独立队列验证(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-05-02 |
Immune dysregulation and cellular dysfunction mediate di-n-pentyl phthalate-induced hepatotoxicity: Insights from single-cell RNA sequencing
2026-Apr-28, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association
IF:3.9Q1
DOI:10.1016/j.fct.2026.116114
PMID:42061636
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示邻苯二甲酸二正戊酯诱导肝毒性的免疫失调和细胞功能障碍机制 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析了DNPP暴露对肝脏免疫细胞亚群和基因表达谱的影响,揭示了免疫稳态破坏和细胞功能损伤在肝毒性中的关键作用 | NA | 探究DNPP诱导肝毒性的潜在分子机制 | 小鼠肝脏组织及细胞(T-NK细胞、髓系细胞、内皮细胞) | 机器学学 | 肝毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 55 | 2026-05-02 |
GRK5 in dorsolateral septal somatostatin neurons mediates chronic stress-induced depression via the AKT-mTORC1 pathway
2026-Apr-28, Neuropharmacology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.neuropharm.2026.110997
PMID:42061809
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研究论文 | 研究发现慢性应激通过下调小鼠背外侧隔核中表达生长抑素的GABA能神经元的GRK5,经AKT-mTORC1通路导致抑郁样行为 | 首次鉴定出背外侧隔核中SST阳性神经元内的GRK5是抑郁症的新型治疗靶点,并阐明其通过AKT-mTORC1通路介导抑郁样行为的作用机制 | 仅在小鼠模型中验证,未在人类样本中确认;未涉及其他脑区或神经元亚型的潜在相互作用 | 探究慢性应激诱导抑郁症的分子机制,寻找背外侧隔核特异性的治疗靶点 | 小鼠(C57BL/6背景)的背外侧隔核中表达生长抑素的GABA能神经元 | 机器学习 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 慢性束缚应激模型(CRS)和慢性社交挫败应激模型(CSDS)的小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium平台进行单细胞RNA测序,用于鉴定DLS SST神经元中的GRK5下调 |
| 56 | 2026-05-02 |
Multi-organ single-cell analysis of preferential expression of CAKUT genes
2026-Apr-27, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-026-05003-y
PMID:42045859
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研究论文 | 通过多器官单细胞分析揭示CAKUT相关基因在发育过程中的优先表达模式 | 首次在跨组织、跨时间维度上系统分析CAKUT基因在人类胎肾、输尿管和膀胱中的单细胞表达动态,发现共享的基质-间充质基因表达特征 | 依赖公共数据库的单细胞RNA测序数据,样本类型和数量有限,可能未覆盖所有CAKUT相关基因和发育阶段 | 探究先天性肾脏和尿路畸形(CAKUT)相关基因在发育过程中是否汇聚于共享的细胞程序 | 人类胎儿和成体的肾脏、输尿管、膀胱组织以及早期胚胎转录组数据 | 单细胞转录组学 | 先天性肾脏和尿路畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自公共数据库的人类胎儿和成体肾脏、输尿管、膀胱样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 57 | 2026-05-02 |
SIRT7-mediated H3K79 desuccinylation modulates functional activities of goat ovarian granulosa cells
2026-Apr-27, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学与分子功能实验结合,探索SIRT7介导的H3K79去琥珀酰化对山羊卵巢颗粒细胞功能活性的调控作用 | 首次发现SIRT7通过调控组蛋白H3K79琥珀酰化水平影响颗粒细胞自噬与凋亡,并鉴定TMEM74为潜在关键下游因子 | 具体分子机制仍需进一步深入研究 | 揭示SIRT7相关组蛋白琥珀酰化在山羊卵巢颗粒细胞功能稳态维持中的表观遗传机制 | 山羊卵巢颗粒细胞 | 机器学学习 | 生殖衰老 | 单细胞RNA测序、转录组分析、位点特异性组蛋白突变体 | NA | 单细胞基因表达数据、转录组数据 | 山羊卵巢颗粒细胞(具体样本量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-02 |
Multi-omics integration identifies PFOS-associated immune signatures in Kawasaki disease
2026-Apr-26, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2026.110279
PMID:42061194
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研究论文 | 采用多组学整合方法分析全氟辛烷磺酸暴露与川崎病免疫转录组特征的关联 | 首次通过多组学整合分析系统性地揭示PFOS暴露与川崎病免疫炎症通路的潜在关联,并利用机器学习、SHAP分析和单细胞RNA测序鉴定出关键枢纽基因及其细胞特异性表达 | 主要基于计算预测,缺乏体内外实验验证和流行病学数据支持 | 探索全氟辛烷磺酸暴露与川崎病免疫转录组特征之间的潜在关联 | 川崎病患者的转录组数据、PFOS毒理学靶点基因、独立队列的验证数据 | 数字病理学, 机器学习 | 川崎病 | 多组学整合分析, 单细胞RNA测序, 机器学习 | 机器学习模型, SHAP分析 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 分子对接数据 | 多个独立队列(具体数量未在摘要中明确给出) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-05-02 |
A macrophage co-expression signature enables robust prognostic prediction in glioblastoma
2026-Apr-25, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2026.102784
PMID:42035563
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研究论文 | 通过整合单细胞巨噬细胞异质性与共表达网络模型,构建了针对胶质母细胞瘤的巨噬细胞共表达衍生风险评分,并揭示SPP1作为关键巨噬细胞效应分子的作用 | 首次结合单细胞转录组数据与共表达网络分析,构建了巨噬细胞共表达衍生风险评分,并系统验证了该评分在多个独立队列中的预后分层能力及免疫治疗相关意义 | 未提及具体局限性,但基于方法学可推测可能包括单细胞数据整合的批次效应、虚拟敲除分析的预测性而非验证性、及功能验证仅限于细胞系层面 | 阐明巨噬细胞状态特异性转录程序与共表达网络如何整合影响胶质母细胞瘤患者预后及免疫治疗相关表型 | 胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的巨噬细胞亚群及其相关调控程序和共表达网络 | 机器学习和生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA-seq | 多算法机器学习框架(具体模型未明确) | 基因表达数据 | 多个独立队列,包括TCGA、CGGA和GEO数据库(具体样本量未提及) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2026-05-02 |
Translating brain anatomy and disease from mouse to human in latent gene expression space
2026-Apr-24, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106259
PMID:42034047
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研究论文 | 利用小鼠和人类基因表达数据构建潜在空间,实现脑解剖和疾病翻译 | 提出一个定量框架,通过变分自编码器将小鼠空间转录组学嵌入潜在空间,实现跨物种的脑区域翻译,并预测阿尔茨海默病和帕金森病中的人类脑变化模式 | 未明确提及,但可能包括潜在空间简化可能丢失部分生物学细节,以及仅依赖基因表达数据可能忽略其他因素 | 建立小鼠和人类大脑之间的定量共同空间,并应用于神经退行性疾病模型 | 小鼠和人类大脑基因表达数据及神经退行性疾病模型 | 机器学习 | 老年疾病 | 空间转录组学 | 变分自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |