单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-26	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞水平结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型	开发了TARGET-seq+，提高了单细胞RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型的灵敏度	未提及具体的局限性	优化单细胞水平的RNA测序、蛋白表达分析和基因分型技术，以研究体细胞突变在癌前和癌组织中的影响	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA序列数据、蛋白表达数据、基因型数据	未提及具体样本数量
42	2025-06-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文提出了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	开发了一个无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决复杂空间转录组数据分析中的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
43	2025-06-26	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jun-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的强效中和人源单克隆抗体的分子机制	从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现其中SD4、SD12和SD22具有高中和活性，特别是SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的中和活性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对SFTSV的有效治疗方法和疫苗设计基础	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其单克隆抗体	病毒学与免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq、X射线晶体学	NA	分子结构数据、动物实验数据	多种人源单克隆抗体(包括SD4、SD12、SD22)和小鼠模型
44	2025-06-26	Distinct transcriptomic signatures in pulmonary tissue resident and vascular resident-like T cells in nonhuman primates 2025-Jun-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112745 PMID:40546965	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了恒河猴肺血管相关（ivs+）CD8 T细胞与间质（ivs-）T细胞的转录组特征差异	研究发现ivs+ T细胞并非被动的血液污染物，而是一个独特的、具有细胞毒性效应功能的'类驻留'群体，丰富了我们对血管内免疫的理解	研究样本仅限于非人灵长类动物（恒河猴），人类相关性的验证需要进一步研究	探索肺血管相关和间质T细胞的转录组特征差异及其在免疫监视中的作用	恒河猴肺血管相关（ivs+）和间质（ivs-）CD8 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、血管内染色（ivs）	NA	转录组数据、流式细胞数据	恒河猴样本（具体数量未明确说明）
45	2025-06-26	Regulation of cGAS-STING pathway with inhalable nanozyme in acute lung injury 2025-Jun-20, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123521 PMID:40554963	research paper	该研究通过吸入式纳米酶调控cGAS-STING通路，缓解急性肺损伤	首次发现CAL纳米片能结合受损DNA并有效抑制cGAS-STING通路介导的炎症反应	研究尚未进行临床试验验证其临床效果	开发针对急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征的新型治疗方法	急性肺损伤(ALI)和急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	生物医学工程	急性肺损伤	转录组分析结合单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
46	2025-06-26	Spatial Transcriptomics in Thyroid Cancer: Applications, Limitations, and Future Perspectives 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120936 PMID:40558562	review	本文综述了空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用、局限性及未来展望	利用空间转录组学技术揭示甲状腺癌肿瘤微环境的异质性、肿瘤进化及细胞间相互作用	技术限制包括分辨率低、测序深度不足、需要高质量样本及复杂的数据处理过程	探讨空间转录组学在甲状腺癌研究中的应用及其对个性化治疗的推动作用	甲状腺癌样本及其肿瘤微环境	digital pathology	thyroid cancer	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data with spatial context	NA
47	2025-06-26	Muscle Spatial Transcriptomic Reveals Heterogeneous Profiles in Juvenile Dermatomyositis and Persistence of Abnormal Signature After Remission 2025-Jun-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14120939 PMID:40558566	研究论文	本研究旨在探究青少年皮肌炎（JDM）患者治疗前后肌肉分子特征的空间异质性	首次在JDM肌肉中识别出空间分布的病理特征，并发现这些特征在缓解期后仍持续存在	样本量较小，仅分析了4例JDM肌肉活检	理解JDM患者肌肉病理生理学特征及预测复发的生物标志物	青少年皮肌炎（JDM）患者的肌肉组织	空间转录组学	青少年皮肌炎	空间转录组学分析、标准化形态计量学	无监督参考自由反卷积	空间转录组数据	4例JDM肌肉活检（2例不同临床严重度，2例治疗前后对比）
48	2025-06-26	Decoding Cellular Landscapes: Unravelling Periodontitis and Periapical Periodontitis at the Single-Cell Frontier 2025-Jun-18, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2025.100851 PMID:40554261	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	首次在单细胞水平上比较了牙周炎和根尖周炎的基因表达和细胞异质性，并鉴定了疾病特异性关键基因和关键细胞类型	研究仅基于公开数据集，未进行独立样本验证；样本量相对较小	阐明牙周炎和根尖周炎在关键基因表达和细胞异质性方面的差异	牙周炎和根尖周炎患者的牙槽骨组织	单细胞转录组学	牙周疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，实时定量PCR	NA	单细胞RNA测序数据	来自GEO数据库的两个数据集(GSE171213和GSE181688)
49	2025-06-26	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Jun-18, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学分析和双标免疫荧光技术探讨了TREM-1在口腔白斑恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与口腔白斑恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能在临床样本中确认这一关联	探索TREM-1在口腔白斑恶性转化中的作用机制及其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者和对照组的组织样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	生物信息学分析, 单细胞RNA测序, 双标免疫荧光	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
50	2025-06-26	Acquired resistance to immunotherapy by physical barriers with cancer cell-expressing collagens in non-small cell lung cancer 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500019122 PMID:40498460	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中癌细胞表达的胶原蛋白如何通过形成物理屏障导致获得性免疫治疗耐药性	揭示了肿瘤细胞通过表达胶原蛋白形成物理屏障的固有机制，提出通过破坏这些屏障或敲除相关基因可恢复肿瘤对免疫治疗的敏感性	研究主要基于小鼠模型和肿瘤类器官，临床转化效果需进一步验证	探究非小细胞肺癌获得性免疫治疗耐药性的肿瘤细胞固有机制	非小细胞肺癌小鼠模型和肿瘤类器官	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序、电子显微镜检测	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、显微图像	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型和肿瘤类器官
51	2025-06-26	Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology 2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424448122 PMID:40512783	研究论文	本研究揭示了雄激素通过巨噬细胞调控鹿角生长的分子机制	首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明通过CCL2或LPS局部注射可诱导雌鹿长角	分子调控网络的具体机制仍需进一步探索	解析雄激素调控鹿角再生的分子机制	梅花鹿的鹿原基骨膜(AP)组织	发育生物学	NA	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织学数据	梅花鹿和裸鼠移植模型
52	2025-06-26	STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging 2025-Jun-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.027 PMID:40532697	research paper	介绍了一种名为STAMP的新型单细胞转录组分析和多模态成像分析方法	STAMP方法通过结合转录组学和蛋白质组学成像平台，消除了测序成本，实现了数百万细胞的成本效益高的单细胞基因组学分析	NA	克服单细胞RNA测序在可扩展性、高成本和细胞破坏方面的限制	外周血单个核细胞、细胞系和干细胞	digital pathology	NA	单细胞转录组学、蛋白质组学成像	NA	RNA、蛋白质和H&E图像数据	10,962,092个高质量细胞/核和6,030,429,954个转录本
53	2025-06-26	Integrated Multiomics Analysis and Machine Learning Approaches in Bladder Cancer: Unveiling the Impact of Immunogenic Cell Death and Its Key Gene SLC2A3 on Prognosis and Personalized Treatment Strategies 2025-Jun-17, ACS omega IF:3.7Q2 DOI:10.1021/acsomega.5c01496 PMID:40547707	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，揭示了免疫原性细胞死亡（ICD）及其关键基因SLC2A3在膀胱癌预后和个性化治疗策略中的影响	首次基于ICD建立风险特征，并通过机器学习算法识别SLC2A3作为关键基因，探索其在精准治疗中的潜在价值	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏外部验证队列	探索ICD相关基因在膀胱癌预后和个性化治疗中的作用	膀胱癌患者样本和正常样本	生物信息学	膀胱癌	多组学分析、机器学习算法	组合机器学习算法（101种）和个体机器学习算法（10种）	基因表达数据、单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的膀胱癌和正常样本
54	2025-06-26	Liver metastasis or peritoneal metastasis: single-cell RNA sequencing reveals the organotropism in colorectal cancer is driven by distinct partial-EMT processes 2025-Jun-17, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217880 PMID:40553883	research paper	通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌肝转移和腹膜转移中器官趋向性由不同的部分上皮间质转化过程驱动	首次在单细胞水平上揭示了结直肠癌肝转移和腹膜转移中肿瘤细胞的不同部分上皮间质转化状态及其标记物	研究样本量有限，未涉及其他转移器官的比较	探索结直肠癌转移器官趋向性的分子机制	结直肠癌肝转移和腹膜转移的肿瘤细胞及其微环境	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但涉及CRLM和CRPM两组样本
55	2025-06-26	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jun-17, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究提出了一种结合单细胞水平顺式孟德尔随机化与共定位分析的单细胞转录组关联研究流程，用于揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病风险的细胞特异性影响	开发了一种新的单细胞TWAS流程，结合了单细胞水平的顺式孟德尔随机化和共定位分析，能够发现传统批量RNA测序TWAS所遗漏的细胞特异性基因-结果关联	单细胞eQTL数据集的样本量相对较小	揭示免疫细胞中基因表达对动脉粥样硬化性心血管疾病风险的细胞特异性影响	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化	孟德尔随机化(MR), 共定位分析	单细胞转录组数据, GWAS数据	未明确说明具体样本量，但提到sc-eQTL数据集样本量相对较小
56	2025-06-26	Application of single-cell sequencing in the study of immune cell infiltration in inflammatory bowel disease and colorectal cancer 2025-Jun-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i6.107382 PMID:40547160	综述	本文综述了单细胞测序技术在炎症性肠病和结直肠癌免疫细胞浸润研究中的应用	利用单细胞测序技术揭示肠道微环境中免疫细胞的浸润模式及其在疾病进展中的作用	NA	探讨炎症性肠病与结直肠癌之间的关系及免疫细胞浸润特征	炎症性肠病(IBD)和结直肠癌(CRC)	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序(SCS)	NA	NA	NA
57	2025-06-26	Patterning Defects in Mice with Defective Ventricular Wall Maturation and Cardiomyopathy 2025-Jun-12, Journal of cardiovascular development and disease IF:2.4Q2 DOI:10.3390/jcdd12060224 PMID:40558659	研究论文	本研究通过单细胞和单核RNA测序技术及空间转录组学，探讨了小鼠心室壁发育中的基因表达模式及其在左心室非致密化心肌病（LVNC）模型中的变化	揭示了小鼠心室壁基因表达的区域性差异及其在LVNC模型中的异常，强调了空间调控基因程序在心室发育中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，与人类胎儿心脏的基因表达模式存在差异，可能限制了结果的直接适用性	探究心室壁成熟过程中的基因表达模式及其在心肌病发病机制中的作用	小鼠心室壁发育及左心室非致密化心肌病（LVNC）模型	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、单核RNA测序、空间转录组学、原位杂交（ISH）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及正常和LVNC模型小鼠的心室组织
58	2025-06-26	Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.657480 PMID:40501958	研究论文	通过细胞表面蛋白质组学分析，识别CD72作为调控小胶质细胞平铺现象的关键分子	首次利用细胞表面邻近标记和质谱技术分析小胶质细胞表面蛋白质组，并发现CD72对小胶质细胞平铺的调控作用	研究主要基于模型系统，尚未在完整生物体内验证CD72的功能	探索小胶质细胞平铺现象的分子机制	小胶质细胞及其表面蛋白质	细胞生物学	NA	细胞表面邻近标记、质谱、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、RNA测序数据、图像数据	NA
59	2025-06-26	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	研究论文	研究Y染色体缺失（LOY）在癌症和T细胞中的并发缺失及其对预后的影响	首次通过泛癌分析和单细胞RNA测序数据，揭示了LOY在恶性上皮细胞、肿瘤间质细胞和免疫细胞中的存在及其相互关系，并发现LOY在CD4和CD8 T细胞中诱导免疫抑制转录组特征	研究主要基于RNA测序数据，未涉及其他分子机制验证	探讨LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其对癌症死亡率的影响	29种人类肿瘤类型的批量及单细胞RNA测序数据，以及自体和同基因小鼠模型	癌症研究	上皮癌	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的样本及小鼠模型
60	2025-06-26	Baseline total lesion glycolysis identifies high-risk patients with immunosuppressive signatures in early-stage natural killer/T-cell lymphoma 2025-Jun-04, The oncologist DOI:10.1093/oncolo/oyaf164 PMID:40492497	研究论文	本研究探讨了基线总病灶糖酵解（TLG）作为早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）高风险患者的生物标志物的潜力	首次提出基线TLG作为识别高风险NKTCL患者的生物标志物，并证明其优于现有的治疗后Deauville量表和循环EBV-DNA的风险模型	研究样本量相对较小（n=192），且仅针对接受特定治疗方案的患者	寻找早期NKTCL患者的基线生物标志物，以识别高风险患者	早期自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）患者	数字病理学	自然杀伤/T细胞淋巴瘤	18F-FDG PET/CT, scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	影像数据, 基因表达数据	192名患者（训练队列127名，验证队列65名），其中10名进行scRNA-seq，65名进行bulk RNA-seq