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当前共找到 39678 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-27 |
Single-cell omics uncovers novel pathological mechanisms and therapeutic targets for congenital heart diseases: insights from integrated intercellular communication analysis
2026-Apr-16, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-026-05015-3
PMID:41992274
|
综述 | 通过单细胞组学综合分析先天性心脏病的细胞间通讯网络，揭示其病理机制和潜在治疗靶点 | 首次基于整合的重分析识别先天性心脏病亚型特异性的细胞间通讯网络重塑模式，包括信号通路激活或抑制的差异 | 信息不足，未提及 | 通过单细胞组学综述和整合分析，揭示先天性心脏病的分子机制并发现潜在治疗靶点 | 先天性心脏病患者的心脏细胞，包括新生儿和婴儿的左心发育不良综合征、法洛四联症、扩张型心肌病和肥厚型心肌病 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序, 单细胞组学 | NA | 基因表达数据 | 157,273个细胞核，来自5种诊断类别的儿科患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 42 | 2026-05-27 |
Exploration of the roles of SSR2 in hepatocellular carcinogenesis based on single-cell transcriptomics and spatial transcriptomics
2026-Apr-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-05017-w
PMID:41979818
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研究论文 | 基于单细胞转录组和空间转录组数据，探索SSR2基因在肝细胞癌发生中的作用机制 | 首次结合单细胞转录组和空间转录组分析，发现SSR2在NK细胞中高表达伴随细胞质翻译通路增强，驱动肿瘤免疫微环境紊乱 | NA | 探索SSR2基因在肝细胞癌发生中的作用，为改善预后提供新的诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌患者的肝脏组织 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组测序, 批量转录组测序 | 非负矩阵分解, 加权基因共表达网络分析, 集成机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 43 | 2026-05-27 |
Deciphering oxidative stress-related heterogeneity and developing a prognostic signature for colorectal cancer
2026-Apr-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-46560-4
PMID:41935137
|
研究论文 | 该研究通过单细胞和批量RNA-seq数据，揭示氧化应激对结直肠癌肿瘤微环境的影响，并开发了OS相关风险特征模型 | 首次整合单细胞和批量RNA-seq数据揭示结直肠癌中氧化应激相关的肿瘤异质性，并构建了包含12个基因的预后风险模型 | 研究主要基于公共数据集，缺乏独立的大样本前瞻性队列验证；qRT-PCR和IHC验证仅在组织微阵列上进行，样本量有限 | 揭示氧化应激对结直肠癌肿瘤微环境的作用机制，并开发基于氧化应激的预后风险评分模型 | 结直肠癌患者肿瘤组织样本及相应临床数据 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq, qRT-PCR, 免疫组化 | LASSO Cox回归 | 单细胞RNA-seq数据, 批量RNA-seq数据, 组织微阵列数据 | 包含GSE132465（单细胞RNA-seq）、TCGA-CRC、GSE39582和GSE17538等多个公开队列数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 44 | 2026-05-27 |
A single-cell and spatial transcriptomic atlas of human tuberculous constrictive pericardium
2026-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2026.106233
PMID:41875497
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研究论文 | 对人类结核性缩窄性心包炎进行了单细胞和空间转录组图谱分析 | 首次构建了结核性缩窄性心包炎的人体心包单细胞和空间转录组图谱，揭示了与肉芽肿形成、血管重塑和纤维化激活相关的异质性转录程序，并识别了MMP9+巨噬细胞、CCL19+成纤维细胞和S100A4+内皮细胞等关键细胞类型及其空间组织 | 样本量有限（6例患者和3例正常对照），可能无法完全代表疾病异质性；仅通过观察性分析提出细胞间相互作用，功能性验证尚需进一步研究 | 阐明结核性缩窄性心包炎中肉芽肿性炎症与心包纤维化之间的细胞结构和细胞间信号回路 | 手术切除的结核性缩窄性心包炎患者和正常对照的心包组织 | 数字病理学 | 结核病、心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 6例结核性缩窄性心包炎患者和3例正常对照的81,634个细胞 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 45 | 2026-04-12 |
Spatial Transcriptomics of the Cyst Microenvironment in an Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Model
2026-Apr-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000001050
PMID:41920711
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2026-05-27 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2026-Mar-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71027-5
PMID:41917025
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研究论文 | 本研究利用细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序技术，监测烟曲霉感染后宿主肺成纤维细胞的动态变化，发现激活的成纤维细胞通过免疫调节和组织重塑增强肺防御能力 | 首次揭示成纤维细胞在烟曲霉感染中的保护性免疫调节作用，并证明表达骨膜素的成纤维细胞对于限制肺损伤和侵袭性感染至关重要 | 未明确提及 | 探究肺成纤维细胞对烟曲霉引起的肺损伤的功能响应及其在宿主防御中的作用 | 烟曲霉感染的免疫功能正常和免疫抑制小鼠模型中的肺成纤维细胞 | NA | 侵袭性曲霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 动物模型（小鼠），具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 47 | 2026-05-27 |
Perspectives from machine learning and multi-omics to decoding the effects of VDAC2 malignant subsets on tumor evolution
2026-Mar-31, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01394-1
PMID:41917254
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研究论文 | 利用机器学习和多组学技术解码VDAC2恶性亚群对肿瘤演化的影响 | 系统性地从泛癌角度挖掘VDAC2的作用，构建了VDAC2表达和免疫浸润的整体景观，并发现VDAC2-BAK1-IFNγ通路在消化系统癌症中的重要性 | 实验验证仅限于胃癌细胞系，缺乏更多癌症类型的体外和体内验证 | 探究VDAC2在泛癌中的致癌作用和免疫调控机制 | VDAC2基因及其在多种癌症中的表达和功能 | 机器学习 | 泛癌 | RNA-seq,单细胞RNA-seq,空间转录组学, RT-PCR, 细胞共培养, CCK-8实验, Transwell侵袭实验, ELISA | NA | 基因表达数据, 图像, 文本 | 泛癌样本，包括bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和空间转录组学数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-27 |
STiLE: Automated Tissue Microarray Dearraying for Spatial Transcriptomics
2026-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712359
PMID:41890059
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研究论文 | 提出了一种名为 STiLE 的自动组织微阵列解阵工具，用于空间转录组学，仅基于细胞质心坐标实现高效解阵 | STiLE 无需组织学图像，仅使用细胞质心坐标即可完成解阵，对染色质量差和光照不均等伪影具有鲁棒性，并且平台无关 | NA | 开发一种自动化的组织微阵列解阵方法，克服现有方法依赖图像数据且不支持空间转录组学平台坐标输出的局限 | 组织微阵列样本中的细胞 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 细胞质心坐标 | 11个公共组织微阵列样本（每张载玻片含50-150个组织芯）及396个合成数据集 | Vizgen, 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | Vizgen MERSCOPE, 10x Xenium, NanoString CosMx | NA |
| 49 | 2026-05-27 |
Subcellular transcriptome sequencing with single cell APEX-seq identifies regulators of cell-cell interactions
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712496
PMID:41889815
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研究论文 | 提出单细胞APEX-seq方法，在亚细胞分辨率下绘制转录组图谱，并识别细胞间相互作用的调控因子 | 首次将APEX邻近标记与单细胞RNA测序结合，实现在单细胞水平上对亚细胞转录组的空间定位，解决了传统单细胞测序无法解析RNA亚细胞分布的问题 | 该方法依赖APEX标记效率，可能受限于探针设计和RNA回收率；目前仅应用于共培养体系，在复杂组织中的适用性待验证 | 开发单细胞分辨率的亚细胞转录组测序技术，以发现细胞间相互作用的新型调控因子 | 肿瘤-巨噬细胞共培养体系以及HER2+肿瘤细胞与CAR-T细胞的共培养体系 | 单细胞组学 | 肿瘤 | APEX-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据（RNA） | CAR-T细胞与HER2+肿瘤细胞共培养样本（短期和长期共培养） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium液滴系统结合APEX标记的内质网相关转录组捕获 |
| 50 | 2026-05-27 |
A Rare T-Cell Factor 4 Lineage-negative Epithelial Stem Cell Supports Wound Repair and APC-deletion-induced Colon Tumorigenesis
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712502
PMID:41889847
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研究论文 | 研究发现了结肠中一种稀有且表达T细胞因子4阴性（Lin-）的上皮干细胞群，该细胞在肠道屏障修复和APC缺失驱动的结肠肿瘤发生中发挥重要作用 | 首次鉴定出非隐窝基部柱状细胞的Lin-干细胞群，并证明其在APC单倍剂量不足背景下作为结肠肿瘤起源细胞的独特作用 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类组织中验证该干细胞群的存在与功能 | 探究肠道上皮屏障稳态维持及APC缺失诱导的结肠肿瘤发生中的新型干细胞机制 | 小鼠结肠上皮组织中的稀有干细胞群体 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序，谱系追踪，免疫组织化学 | NA | 测序数据，图像 | 小鼠结肠组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 51 | 2026-05-27 |
Binary-SPA: A Reference-Free Method for Cell Annotation in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.17.712369
PMID:41889971
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研究论文 | 提出一种无需外部参考数据的高分辨率空间转录组细胞注释方法Binary-SPA | 无需单细胞RNA测序参考数据集即可实现高精度细胞类型注释，通过两阶段策略结合二分类和锚点标签转移，消除了对外部参考数据的依赖 | 依赖预定义标记基因集，可能在某些组织或条件下标记基因定义不完整 | 开发一种不依赖外部参考数据的空间转录组细胞注释方法 | 高分辨率空间转录组数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 二分类器和锚点标签转移 | 空间转录组数据 | 包含骨髓活检等多种组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 52 | 2026-05-27 |
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712161
PMID:41890078
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research paper | 提出PalmaClust，一个基于帕尔马比率的图融合框架，用于在单细胞RNA测序数据中稳健检测超稀有细胞类型 | 首次将社会学中用于衡量尾部不平等的帕尔马比率引入单细胞RNA测序稀有细胞类型检测，通过融合基于不同基因选择统计量（帕尔马比率、基尼指数、法诺因子）的多个K近邻图，实现了对超稀有细胞群体的灵敏识别和校准置信度 | 文本未提及明确局限性，但可能依赖公共数据集的基准测试，缺乏对真实复杂组织样本的广泛验证 | 开发一种可扩展且统计稳健的方法，用于在单细胞RNA测序数据中灵敏检测稀有细胞群，同时提供校准置信度和可解释的分子特征 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞群，包括短暂祖细胞、治疗耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 | machine learning | NA | scRNA-seq, graph-fusion clustering | KNN, graph-fusion | gene expression data | 多个公共单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-05-27 |
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712262
PMID:41889846
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研究论文 | 以NUP98-KDM5A为模型，研究染色体易位产生的融合蛋白如何通过染色质互作形成凝聚体并驱动致白血病基因表达 | 揭示了NUP98-KDM5A通过结合H3K4me3形成胶状凝聚体，并利用局部H3K4me3密度实现基因靶向选择性的机制，为理解染色质相关凝聚体解读表观遗传景观提供了通用框架 | 未提及 | 阐明NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚体行为的基本原理 | NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病中的基因表达调控 | 机器学习 | 白血病 | 细胞成像、体外重建、基因组分析、单细胞测序 | NA | 图像、基因表达数据、单细胞测序数据 | 来自患者的单细胞测序数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 54 | 2026-05-27 |
FineST: contrastive learning integrates histology and spatial transcriptomics for nuclei-resolved ligand-receptor analysis
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70528-7
PMID:41839892
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研究论文 | FineST是一种深度融合组织学图像与空间转录组数据的对比学习模型，用于细胞核分辨率的配体-受体分析 | 首次利用组织学基础模型的对比学习框架实现空间转录组数据与组织学图像的深度融合，突破分辨率限制并解决数据稀疏性问题 | 仅针对Visium平台进行重点应用验证，对Xenium等高分辨率平台的分析有待进一步拓展 | 实现高分辨率RNA表达插补、细胞类型预测和细胞间通讯模式识别的空间转录组分析方法 | 结直肠癌VisiumHD和乳腺癌Xenium数据集，以及多种癌症类型的肿瘤-免疫相互作用 | 数字病理学 | 结直肠癌, 乳腺癌, 鼻咽癌, 肝细胞癌 | 对比学习, 组织学基础模型 | 对比学习模型 | 组织学图像, 空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | 10x Genomics, NA | 空间转录组学 | 10x VisiumHD, 10x Xenium | 10x VisiumHD和10x Xenium平台，其中Visium为重点应用平台 |
| 55 | 2026-05-27 |
Melanocyte loss dominates the vitiligo transcriptome: a rank-based meta-analysis
2026-Mar-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.02.07.26345817
PMID:41728299
|
研究论文 | 通过对六项独立转录组研究的秩次元分析，确定了白癜风中黑素细胞丢失的一致特征 | 首次通过秩次元分析方法整合多项转录组研究，识别出白癜风皮损中黑素细胞丢失的一致特征，并发现新的候选黑素细胞标记物 | 免疫激活的异质性可能受采样方法和疾病特征影响，需要进一步研究 | 识别白癜风的共识转录组特征 | 白癜风皮损样本 | 机器学习 | 白癜风 | RNA-seq 和 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 115个样本，包括微阵列、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 56 | 2026-05-27 |
Gsx2 regulates oligodendrocyte precursor formation in the zebrafish spinal cord
2026-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.01.001
PMID:41491310
|
研究论文 | 利用斑马鱼模型研究Gsx2基因通过单细胞多组学数据调控脊髓少突胶质前体细胞形成的作用机制 | 首次在斑马鱼脊髓中发现Gsx2在少突胶质前体细胞前体（pre-OPCs）中特异性表达，并通过基因敲除实验证明其调控OPC形成的时间窗口 | 仅基于斑马鱼模型验证，未在哺乳动物系统中进行功能验证；结论准确性和物种间保守性有待进一步确认 | 阐明神经前体细胞向少突胶质细胞谱系特化的分子调控机制，尤其关注Gsx2基因的功能 | 斑马鱼脊髓中的神经前体细胞（NPCs）及少突胶质前体细胞（OPCs） | 生物信息学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | 基因组编辑数据, 单细胞转录组数据, 单核表观组数据 | 斑马鱼gsx2纯合突变体胚胎及对照胚胎（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 57 | 2026-05-27 |
Phf6 truncating mutation drives leukemogenesis via disrupted epigenetic regulation in mice
2026-03, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02828-8
PMID:41588055
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研究论文 | 通过转基因小鼠模型揭示了Phf6截断突变通过破坏表观遗传调控驱动白血病发生的作用机制，并发现KAT6B是潜在治疗靶点 | 首次构建表达患者来源Phf6截断突变的转基因小鼠模型，证明该突变具有功能获得效应，不同于Phf6敲除小鼠不发病的特点 | 未提及具体局限性 | 阐明PHF6截断突变在白血病发生中的具体作用机制 | Phf6截断突变转基因小鼠（Phf6Tg）的造血系统 | 机器学习 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq数据 | 转基因小鼠模型（Phf6Tg）的造血干细胞/祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 58 | 2026-05-27 |
Uncovering causal relationships in single-cell omic studies with causarray
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag175
PMID:41985059
|
研究论文 | 提出causarray框架，用于在单细胞组学研究中通过伪批量与单细胞水平分析揭示因果关系 | 首次在单细胞组学数据中整合未测量混杂因素的广义调整方法与半参数推断，结合灵活机器学习技术以稳健估计处理效应 | 未在更多不同类型单细胞数据集或更大规模队列中验证方法的泛化能力 | 开发能有效消除选择偏倚和未测量混杂效应，从而在单细胞观察性数据中准确推断因果关系的计算框架 | 自闭症风险基因的小鼠胚胎脑内Perturb-seq数据集，以及阿尔茨海默病的人类脑转录组病例对照数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病，自闭症 | 单细胞测序，CRISPR，Perturb-seq | 半参数模型，机器学习 | 单细胞转录组数据 | 两个单细胞基因组研究：小鼠胚胎脑Perturb-seq数据集和三个阿尔茨海默病人类脑转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2026-05-27 |
The differentiation and function of heterogeneous thymic dendritic cell subsets require signals provided by distinct thymocyte cell types
2026-Feb, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02371-9
PMID:41507389
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和功能分析，鉴定七种胸腺常规树突状细胞亚群及其与胸腺细胞亚群的相互作用机制 | 首次全面鉴定七种胸腺常规树突状细胞亚群，并阐明CD4SP和CD8SP胸腺细胞亚群对cDC1和cDC2/pDC的差异化支持机制 | 未提及具体限制，可能包括样本量有限或未能完全模拟人类胸腺环境 | 探究胸腺树突状细胞亚群的异质性和功能分化机制 | 小鼠胸腺树突状细胞和胸腺细胞 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 小鼠胸腺样品，具体数量未提及 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 60 | 2026-05-27 |
Immunometabolic reprogramming of macrophages: Emerging roles in skeletal muscle regeneration and therapeutic perspectives
2026-02, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.108109
PMID:41577156
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综述 | 本文综述了巨噬细胞免疫代谢重编程在骨骼肌再生中的作用，以及在急性和慢性疾病中的治疗潜力 | 首次系统总结了单细胞和空间转录组学揭示的骨骼肌巨噬细胞异质性，并强调免疫代谢重编程作为巨噬细胞可塑性的关键驱动力 | 讨论了将免疫代谢重编程转化为肌肉萎缩疾病有效干预措施的主要挑战和未来方向 | 总结巨噬细胞免疫代谢在骨骼肌再生中的调控作用，并探讨通过重编程巨噬细胞代谢促进再生的新兴治疗策略 | 骨骼肌中的巨噬细胞及其免疫代谢过程 | 机器学习 | 肌肉萎缩疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞转录组, 空间转录组 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞RNA测序, 空间转录组技术 |