单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-04	Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62574-4 PMID:40753081	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
42	2025-08-09	OmniCellAgent: Towards AI Co-Scientists for Scientific Discovery in Precision Medicine 2025-Aug-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.31.667797 PMID:40766492	研究论文	本文介绍了一种新型的AI代理OmniCellAgent，旨在通过整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具和生物医学知识，促进精准医学中的自主科学发现	开发了首个专门设计的代理AI模型OmniCellAgent，能够系统整合大规模单细胞RNA测序数据、组学数据分析工具、积累的生物医学知识和文献检索，以促进精准医学中的自主科学发现	未明确提及具体限制	促进精准医学中的自主科学发现	非计算专家用户（如患者、家庭成员、临床医生和湿实验室研究人员）	精准医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	大型语言模型（LLMs）和AI代理	单细胞组学数据	NA
43	2025-08-09	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	本研究通过分析1012个mCRPC组织样本，探讨了基因表达通路与临床结果及肿瘤异质性的关联	识别了五个与mCRPC预后相关的通路集群，并发现增殖、AR信号丢失及糖酵解/mTOR信号通路具有独立预后价值	生存数据仅来自272名患者，样本量有限	探索mCRPC中基因表达通路与临床预后的关系	转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个mCRPC组织样本（来自769名患者）
44	2025-08-09	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	本研究通过整合转录组学、免疫组化和单细胞RNA测序数据，探讨嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组化验证嘌呤代谢相关基因作为结直肠癌预后标志物，并结合单细胞RNA测序分析其在肿瘤进展中的表达模式	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响标志物的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床相关性并验证其作为预后标志物的潜力	结直肠癌患者组织样本	数字病理学	结直肠癌	转录组分析, 免疫组化(IHC), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据, 免疫组化图像, 单细胞测序数据	未明确样本数量（包含TP53野生型、突变型和微卫星稳定型等多个患者亚群）
45	2025-08-09	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝细胞癌（HCC）的异质性和复发特征，揭示了复发HCC中恶性细胞与免疫细胞的相互作用机制，并开发了一个预测复发风险的模型	揭示了复发HCC中恶性细胞通过MIF-(CD74 + CXCR4)信号通路影响免疫细胞的机制，并开发了一个新的复发肿瘤细胞相关风险评分（RTRS）模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索肝细胞癌的异质性和复发特征，寻找关键治疗靶点	肝细胞癌（HCC）的原发和早期复发样本	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序，免疫组织化学分析，RT-qPCR	机器学习模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但包括原发和早期复发HCC样本
46	2025-08-09	Time, the final frontier 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70025 PMID:40126098	research paper	本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验转向数据驱动的连续方法	提出将时间动态纳入癌症研究，开发先进的活体成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具	未具体说明现有技术的局限性或新方法的潜在挑战	探索肿瘤的时间动态，以更全面地理解癌症细胞与其微环境的相互作用	肿瘤及其微环境	digital pathology	cancer	live imaging, temporal omics methodologies	NA	omics data, imaging data	NA
47	2025-08-09	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地绘制了白血病进展过程中基质微环境与白血病干细胞之间的相互作用图谱，并确定了牛磺酸代谢通路作为新的治疗靶点	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生发展中的作用机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析	基因敲除小鼠模型	RNA-seq数据、基因表达数据	患者来源的AML细胞和遗传改造小鼠模型
48	2025-08-09	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Aug, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	研究论文	本研究调查了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼物种在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生虫的机制	研究仅在实验室条件下进行，未考虑自然环境中的复杂因素	探究不同鲑鱼物种对鲑鱼虱的抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉红鲑鱼、银鲑鱼和狗鲑鱼）	水产病理学	寄生虫感染	组织学分析、蛋白质组学分析和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼物种在三个连续挑战试验中的皮肤和鳍样本
49	2025-08-09	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Aug, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	研究论文	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路促进肠道纤维化的具体机制，并证实AREG缺失可减轻纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需扩大样本量	阐明AREG介导克罗恩病肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道组织标本、DSS诱导的小鼠结肠炎模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞移植实验	基因敲除小鼠模型（Areg-/-）	基因表达数据、组织病理数据	CD患者狭窄/非狭窄病变组织标本、肠憩室正常组织对照、WT/Areg-/-小鼠模型
50	2025-08-09	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究旨在识别驱动骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键分子靶点，并探索其潜在机制	发现转录因子ETS2通过靶向并增强CEBPB的表达来调控OC分化，为OA的发病机制和治疗提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探索骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM模型小鼠	基因表达数据	NA
51	2025-08-09	Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674 PMID:40609925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键作用	首次发现piR_021767作为精子生成障碍的关键调控因子，并揭示了其通过抑制BAX表达调控精原细胞凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探究piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的分子机制	猪和小鼠的精子生成细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序, PANDORA-seq, 双荧光素酶报告实验	小鼠睾丸热应激模型	RNA测序数据	23,385个猪数据点和小鼠模型
52	2025-08-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，首次揭示了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞和分子响应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，系统分析了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞异质性，并鉴定了潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼阶段，成年鱼的缺氧响应可能有所不同	探究四指马鲅对缺氧条件的细胞和分子响应机制	四指马鲅（Eleutheronema tetradactylum）幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、苏木精-伊红染色（HE staining）、透射电子显微镜（TEM）	NA	RNA测序数据、显微图像	NA
53	2025-08-09	Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Aug, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70632 PMID:40760788	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析，研究免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病风险之间的因果关系	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，首次系统评估免疫细胞特征对多种脑部疾病的因果影响，并建立了胶质母细胞瘤风险特征	样本量可能限制某些关联的检测效力，且结果需要进一步实验验证	阐明免疫细胞特征与脑部疾病之间的因果关系，并探索胶质母细胞瘤的生物标志物	731种免疫细胞特征与13种脑部疾病的关系	生物医学	胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症、重度抑郁症等	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析、非负矩阵分解(NMF)	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	涉及731种免疫细胞特征和13种脑部疾病的大规模数据分析
54	2025-08-09	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次系统地描述了小鼠狐猴的细胞和分子生物学特征，并比较了其与人类、小鼠和猕猴的转录组差异	研究仅基于四只供体的样本，样本量相对较小	建立小鼠狐猴作为灵长类生物学研究的模型生物	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（droplet-based and plate-based）	NA	转录组数据	4只小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞
55	2025-08-09	Unravelling Osteoporosis: Key Genes and Potential Therapies 2025-Aug, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70759 PMID:40764749	研究论文	通过孟德尔随机化和多组学分析，识别与骨质疏松症相关的关键基因及其潜在治疗靶点	首次利用孟德尔随机化结合GWAS数据鉴定出FMO4、PSMA4和VEGFA三个骨质疏松症相关基因，并揭示其通过氧化应激、免疫调节等分子机制参与疾病发生	研究基于欧洲人群的FinnGen联盟数据，结论在其他族群中的普适性需验证	探索骨质疏松症的分子机制并发现新型治疗靶点	骨质疏松症相关基因及其调控网络	生物医学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、GWAS、scRNA-seq、免疫浸润分析、基因集富集分析	NA	基因组数据、转录组数据	FinnGen联盟GWAS数据（具体样本量未说明）
56	2025-08-09	New insights into interstitial cystitis/bladder pain syndrome at single-cell resolution 2025-Aug, BJUI compass IF:1.6Q3 DOI:10.1002/bco2.70051 PMID:40765664	综述	本文总结了单细胞RNA测序在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)研究中的最新发现，重点关注膀胱细胞群体，特别是尿路上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	通过单细胞RNA测序揭示了IC/BPS中膀胱细胞的异质性，包括尿路上皮细胞的改变、间质细胞的亚型以及免疫景观的特征，并发现了潜在的病毒病因和性别差异	需要整合多组学方法并探索基于尿液的非侵入性单细胞RNA测序以改进诊断和治疗	深入了解间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)的细胞异质性和潜在治疗靶点	健康人和IC/BPS患者的膀胱细胞亚型，以及小鼠模型	单细胞测序	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	已发表的scRNA-seq研究数据
57	2025-08-09	CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	research paper	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学技术，揭示了口腔炎症快速进展中的血管病变模式	首次发现CD38+内皮细胞重塑在快速进展的口腔炎症中的空间特异性作用，并提出了可靶向治疗的血管病变轴	样本量相对有限，特别是高等级牙周炎部分仅包含8个样本	探究快速进展型口腔炎症的细胞机制和空间结构特征	种植体周围炎和不同等级牙周炎患者的组织样本	digital pathology	oral inflammatory diseases	scRNA-seq, sp-proteomics, laser capture microdissection, microbiome analysis	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial proteomics data	36个种植体周围炎样本(121395个细胞)，15个空间蛋白质组学样本(337260个细胞)，8个高等级牙周炎样本(225137个细胞)
58	2025-08-09	Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70140 PMID:40767620	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习，定义了肺腺癌中的ac4C基因特征	首次将单细胞转录组学与多种机器学习算法结合，开发了一个ac4C相关基因特征模型(ARGSig)，用于肺腺癌预后预测	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型	肺腺癌患者的转录组和单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	机器学习(10种算法)	转录组数据	多个独立队列的公共数据库数据
59	2025-08-09	Mouse lemur cell atlas informs primate genes, physiology and disease 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09114-8 PMID:40739355	研究论文	本研究通过大规模单细胞RNA测序构建了鼠狐猴细胞图谱，揭示了其基因、生理和疾病特征	首次系统构建了鼠狐猴单细胞转录组图谱，发现了数千个新基因和剪接位点，并揭示了灵长类特有的生理和疾病特征	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质组和功能验证数据	建立鼠狐猴分子遗传研究基础，探索灵长类基因、生理和疾病特征	鼠狐猴(Microcebus spp.)的27个器官组织	基因组学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	27个器官的大规模单细胞RNA测序数据
60	2025-08-09	CXCL16 Producing Tumor Clones Are Shaping Immunosuppressive Microenvironment in Squamous Cell Carcinoma via CXCR6 Regulatory T Cell 2025-Aug, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71060 PMID:40776410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了鳞状细胞癌中CXCL16产生肿瘤克隆通过CXCR6调节性T细胞塑造免疫抑制微环境的机制	首次发现SCC特异性COL6A1+/ITGA5+癌细胞产生CXCL16，并通过CXCL16/CXCR6轴招募Tregs形成免疫抑制微环境	样本量较小（仅5例BCC、3例SCCIS和2例SCC），需要更大规模研究验证	探究鳞状细胞癌肿瘤进化的详细机制	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)和基底细胞癌(BCC)患者组织样本	肿瘤免疫学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、T细胞受体(TCR)克隆分析、空间转录组学(ST)	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	5例BCC、3例SCCIS和2例SCC患者组织样本，共计117,663个细胞