单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-29	Single-Cell Transcriptional Analysis of Murine Mesenteric Lymph Nodes Following Oral Lyso-phosphatidylserine Nanoparticle Administration Reveals Cellular Heterogeneity in Tolerance Features 2025-Jul-23, Journal of pharmaceutical sciences IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.xphs.2025.103919 PMID:40712826	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了口服含LysoPS纳米颗粒后小鼠肠系膜淋巴结中免疫细胞的异质性及耐受特征	利用含LysoPS的耐受性纳米颗粒平台预防和减轻不良免疫反应，并通过单细胞RNA测序揭示了其耐受机制	LysoPS介导的口服耐受涉及的生物过程和细胞通讯仍不完全清楚	研究含LysoPS纳米颗粒在预防不良免疫反应中的作用及其机制	小鼠肠系膜淋巴结中的免疫细胞（B细胞、T细胞和NK细胞）	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型
42	2025-07-29	Technological innovations promote cancer stem cell-based translational research 2025-Jul-23, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217949 PMID:40712971	综述	本文全面概述了癌症干细胞（CSCs）在肿瘤治疗抵抗和复发中的作用，并探讨了技术进步如何促进基于CSCs的治疗策略的发展	整合了单细胞测序、功能基因组学、器官芯片平台和人工智能（AI）等最新技术，深入理解CSCs的分子调控机制，并推动靶向干预的发展	未提及具体实验数据或临床研究结果，主要依赖文献综述和技术展望	探讨癌症干细胞（CSCs）在肿瘤治疗抵抗和复发中的作用，并分析技术进步如何促进基于CSCs的治疗策略	癌症干细胞（CSCs）及其微环境	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序、功能基因组学、器官芯片平台、AI	NA	NA	NA
43	2025-07-29	TNF drives aberrant BMP signaling to induce endothelial and mesenchymal dysregulation in pulmonary hypertension 2025-Jul-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174456 PMID:40569693	研究论文	研究探讨了肿瘤坏死因子α（TNF）如何通过异常BMP信号传导导致肺动脉高压（PH）中内皮细胞和间充质细胞的失调	揭示了TNF通过内皮NF-κB激活和随后的内皮SMAD2/3信号传导导致BMP信号传导异常的新机制	研究主要基于TNF-Tg小鼠模型，可能无法完全反映人类PH的复杂性	阐明肺动脉高压发病机制中内皮细胞和间充质细胞间的分子互作	野生型和TNF-Tg小鼠的肺内皮细胞和间充质细胞	病理生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、配体-受体相互作用分析、转录因子结合分析、RNA速度评估	TNF-Tg小鼠模型	单细胞RNA测序数据	野生型和TNF-Tg小鼠的肺内皮细胞和间充质细胞
44	2025-07-29	Prkcq in ILC2 cells-enhanced the amounts of tissue-resident macrophages promotes pancreatic fibrosis in chronic pancreatitis 2025-Jul-22, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110559 PMID:40706949	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了Prkcq在ILC2细胞中的作用及其通过调节组织驻留巨噬细胞（TRMs）促进慢性胰腺炎（CP）纤维化的机制	首次发现Prkcq在ILC2细胞中通过调节IL-4的表达影响TRMs的数量，进而调控慢性胰腺炎的纤维化过程	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索慢性胰腺炎纤维化的分子机制及潜在治疗靶点	小鼠模型中的ILC2细胞和组织驻留巨噬细胞（TRMs）	分子生物学	慢性胰腺炎	单细胞测序、H&E染色、Masson染色、Sirius Red染色	小鼠模型	基因表达数据、病理学图像	未明确提及具体样本数量
45	2025-07-29	Single-cell transcriptomics identifies chondrocyte differentiation dynamics in vivo and in vitro 2025-Jul-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.031 PMID:40712580	研究论文	该研究通过单细胞转录组学技术，比较了体内和体外软骨细胞分化的动态过程，并提出了改进体外软骨形成的方法	结合胚胎长骨的单细胞RNA测序数据和公共数据，构建了软骨内骨化的图谱，并利用这一图谱评估了已发表的体外软骨形成方案	研究中未提及样本的具体数量，且缺乏与人类胚胎组织的详细比较	改进体外软骨形成的方法，以促进肌肉骨骼疾病建模和再生医学的发展	胚胎长骨和人类胚胎干细胞	生物医学工程	肌肉骨骼疾病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
46	2025-07-29	Marsupial single-cell transcriptomics identifies temporal diversity in mammalian developmental programs 2025-Jul-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.037 PMID:40712578	research paper	通过单细胞转录组学分析有袋类动物（袋鼠）的发育程序，揭示哺乳动物发育时序的多样性	首次构建了有袋类动物（袋鼠）原肠胚形成和早期器官发生的单细胞转录组图谱，揭示了前部结构转录程序的加速发育	研究仅聚焦于一种有袋类动物（Monodelphis domestica），可能无法完全代表所有有袋类动物的发育特征	探究哺乳动物发育程序的时序多样性，特别是有袋类动物的异时发育现象	有袋类动物（袋鼠 Monodelphis domestica）的原肠胚形成和早期器官发生过程	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
47	2025-07-29	N-glycosylation stabilized TNFAIP6 promotes ovarian cancer metastasis by activating the PI3K-AKT signaling pathway 2025-Jul-21, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112013 PMID:40701312	研究论文	本研究揭示了N-糖基化稳定的TNFAIP6通过激活PI3K-AKT信号通路促进卵巢癌转移的机制	首次发现TNFAIP6通过N-糖基化稳定化促进卵巢癌转移，并阐明其通过PI3K/AKT通路调控EMT的分子机制	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明卵巢癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	卵巢癌细胞系和动物模型	癌症生物学	卵巢癌	RNA-seq, scRNA-seq, Western blot, 免疫荧光, 免疫共沉淀	shRNA敲低/过表达模型	基因组数据、蛋白质数据	TCGA和GEO数据库中的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
48	2025-07-29	An amphiregulin reporter mouse enables transcriptional and clonal expansion analysis of reparative lung Tregs 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187245 PMID:40626358	研究论文	本研究通过创建一种能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠（AregThy1.1），研究了Areg产生的调节性T细胞（Tregs）在组织修复中的作用	首次创建了能够检测活细胞中Areg表达的报告小鼠，并利用单细胞RNA测序和TCR测序技术揭示了Areg产生Tregs的转录组特征和克隆扩增偏好	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究Areg产生的Tregs在组织修复中的作用机制	AregThy1.1报告小鼠中的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），单细胞TCR测序	AregThy1.1报告小鼠	RNA测序数据	使用流感A和博来霉素诱导的肺损伤小鼠模型
49	2025-07-29	Allergen induces pulmonary neuroendocrine cell hyperplasia in a model of asthma 2025-Jul-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187018 PMID:40626365	research paper	该研究探讨了过敏原如何通过调控肺神经内分泌细胞（PNECs）来加剧哮喘反应	揭示了过敏原（如屋尘螨）通过Notch信号通路调控PNECs增生，进而加剧哮喘反应的机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类哮喘患者中验证	探究PNECs在过敏原诱导的哮喘反应中的调控机制	小鼠肺神经内分泌细胞（PNECs）	呼吸系统疾病研究	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠哮喘模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及野生型和基因敲除小鼠
50	2025-07-29	High-precision immune-related plasma proteomics profiling predicts response to immunotherapy in patients with triple-negative breast cancer 2025-Jul-04, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2025.0038 PMID:40613791	研究论文	通过高精度血浆蛋白质组学分析预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的反应	发现了与免疫治疗反应显著相关的血浆蛋白（ARG1、NOS3和CD28），并开发了血浆免疫预测评分系统	回顾性研究，样本量相对有限（195例）	寻找非侵入性生物标志物以预测三阴性乳腺癌患者对免疫治疗的反应	195例接受抗PD-1免疫治疗的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	高精度蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	血浆蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	195例三阴性乳腺癌患者的血浆样本
51	2025-07-29	Multiplexed imaging to reveal tissue dendritic cell spatial localisation and function 2025-Jul, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.14962 PMID:38969618	综述	本文综述了多重成像技术在揭示组织树突状细胞空间定位和功能方面的应用	利用多重成像技术填补了传统方法在细胞空间定位信息上的空白	NA	探讨树突状细胞在组织中的空间定位与功能	组织树突状细胞	数字病理学	NA	多重成像技术	NA	图像	NA
52	2025-07-29	A primer on single-cell RNA-seq analysis using dendritic cells as a case study 2025-Jul, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.15009 PMID:39245787	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在树突状细胞（DCs）研究中的应用，为免疫学家提供了全面的sc转录组分析介绍	通过整合前沿研究和计算方法，揭示了DCs的复杂性和异质性，为免疫学研究提供了新工具	主要面向不熟悉该领域的研究者，可能缺乏对高级计算技术的深入探讨	促进scRNA-seq技术在DCs研究和免疫学领域的应用	树突状细胞（DCs）	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
53	2025-07-29	Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503499 PMID:40433893	研究论文	开发了一种基于血液生物标志物的预测指标ANLiM评分，用于预测甲胎蛋白产生型胃癌（AFPGC）的肝转移和免疫治疗反应，并通过多组学分析揭示了AFPGC肝转移的免疫抑制性肿瘤微环境	结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率（NLR）开发了新型预测指标ANLiM评分，并通过多组学分析揭示了AFPGC肝转移的免疫微环境特征	研究为回顾性设计，样本量相对有限（317例患者）	开发预测AFPGC肝转移和免疫治疗反应的生物标志物，并探索肿瘤微环境特征	甲胎蛋白产生型胃癌（AFPGC）患者	肿瘤学	胃癌	全外显子测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光	多变量逻辑回归模型、列线图（nomogram）	临床数据、基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	317例AFPGC患者
54	2025-07-29	A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02707-1 PMID:40442373	研究论文	本文介绍了一种名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学和空间转录组学数据	开发了OmiCLIP模型，首次实现了组织病理学图像与转录组学数据的整合，并构建了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	开发一个能够整合组织病理学图像和转录组学数据的基础模型	组织病理学图像和空间转录组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	OmiCLIP	图像、转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
55	2025-07-29	CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts 2025-Jul, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00496-4 PMID:40495034	research paper	该研究探讨了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmbhi成纤维细胞相互作用促进伤口愈合的机制	揭示了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯，激活其增殖和细胞外基质沉积的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类伤口愈合中得到验证	阐明CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的具体作用机制	小鼠伤口愈合模型中的CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA
56	2025-07-29	Fibroblasts-The emerging therapeutic target of the cardiovascular system? 2025-Jul, Pharmacological reviews IF:19.3Q1 DOI:10.1016/j.pharmr.2025.100072 PMID:40609323	综述	本文综述了成纤维细胞在心血管系统中的异质性和可塑性，探讨了其作为治疗靶点的潜力	揭示了成纤维细胞在心血管系统中的多样性和可塑性，提出了其作为新兴治疗靶点的潜力	缺乏对成纤维细胞亚型的共识命名法，血管干预研究相对有限	探讨成纤维细胞在心血管系统中的多样性和治疗潜力	成纤维细胞在心血管系统中的异质性和功能	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
57	2025-07-29	Rewriting the dendritic cell code in cancer-from subset identity to immunotherapeutic design 2025-Jul, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70108 PMID:40667699	综述	本文综述了树突状细胞（DCs）在抗肿瘤免疫中的核心作用，探讨了不同DC亚群的发育路径和功能特性，以及肿瘤微环境如何动态重编程这些细胞	整合了空间转录组学和单细胞研究的最新发现，揭示了关键的DC-T细胞生态位，并评估了当前和新兴的治疗策略	NA	探讨树突状细胞在癌症免疫治疗中的作用及其被肿瘤微环境重编程的机制	树突状细胞（DCs）及其亚群（如cDC1、cDC2、pDCs、DC3s、tDCs、moDCs和RORγt抗原呈递细胞）	免疫学	癌症	空间转录组学、单细胞研究	NA	NA	NA
58	2025-07-29	EVscope: A Comprehensive Bioinformatics Pipeline for Accurate and Robust Analysis of Total RNA Sequencing from Extracellular Vesicles 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.660984 PMID:40666973	研究论文	介绍了一个名为EVscope的开源生物信息学流程，专门用于处理EV RNA-seq数据集，以提高RNA生物标志物和细胞间通讯研究的准确性和鲁棒性	EVscope采用优化的全基因组期望最大化(EM)算法，显著提高了单碱基分辨率下的多映射读取分配，并首次生成基于EM的BigWig文件用于下游分析	未明确提及具体限制，但可能面临EV RNA极低丰度和片段化带来的分析挑战	开发一个标准化的计算工作流程，用于EV RNA-seq数据的质量控制和RNA特征分析	细胞外囊泡(EV)中的RNA	生物信息学	NA	RNA-seq	期望最大化(EM)算法	RNA测序数据	NA
59	2025-07-29	Taurine Transporter SLC6A6 Expression Promotes Mesenchymal Stromal Cell Function 2025-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.24.661367 PMID:40667251	研究论文	该研究探讨了牛磺酸转运蛋白SLC6A6在间充质基质细胞（MSC）功能中的作用及其对骨组织发育和修复的影响	首次揭示了牛磺酸转运蛋白TauT在MSC中的关键作用，及其通过Wnt/β-catenin信号通路和氧化磷酸化影响MSC的成骨分化能力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类MSC的研究样本量有限	探究牛磺酸转运蛋白SLC6A6对间充质基质细胞功能及骨组织稳态的调控机制	小鼠和人类的间充质基质细胞（MSC）	细胞生物学	骨疾病	单细胞RNA测序、shRNA敲低、RNA测序分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和原代人类MSC
60	2025-07-29	Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies 2025-Jun-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136163 PMID:40649940	综述	本文综述了空间转录组学在兽医医学中的应用，包括研究、诊断和治疗策略	系统梳理了空间转录组学在兽医医学中的应用现状，并指出了该领域的研究空白和未来方向	兽医医学领域的相关研究数量有限，且存在疾病、物种、器官和地理上的偏差	评估空间转录组学在兽医医学中的研究、诊断和治疗应用	人类和动物健康相关研究	数字病理学	NA	空间转录组学（10× Visium, Slide-seq, Nanostring, MERFISH）	NA	基因表达数据	1398项符合纳入标准的研究