单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-25	Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics 2025-May-21, Molecular brain IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s13041-025-01197-8 PMID:40400029	研究论文	本研究探讨了CD74在小胶质细胞中的作用，以调节实验性脑缺血和再灌注损伤	首次发现CD74在小胶质细胞中的上调与神经炎症相关，并通过靶向敲低CD74减轻了脑损伤和神经功能缺陷	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索CD74在缺血性中风中的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞和CD74基因	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序和批量RNA测序	CX3CR1Cre/ERT2小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
42	2025-05-25	INBRX-106: a hexavalent OX40 agonist that drives superior antitumor responses via optimized receptor clustering 2025-May-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011524 PMID:40404202	research paper	本文介绍了一种名为INBRX-106的六价OX40激动剂，通过优化受体聚集增强抗肿瘤反应	开发了一种新型六价OX40激动剂INBRX-106，能够独立于Fc介导的交联增强受体聚集，从而优化下游信号传导	虽然在小鼠模型和临床样本中显示出优越性，但进一步的临床效果和安全性需更多临床试验验证	开发一种更有效的OX40激动剂，以克服传统二价激动剂在激活受体和抗肿瘤反应方面的不足	OX40受体及其在T细胞激活和抗肿瘤反应中的作用	免疫疗法	癌症	NF-kß报告基因检测、共聚焦显微镜、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	实验数据、临床样本数据	小鼠肿瘤模型、体外人类样本及来自I/II期临床试验(NCT04198766)的临床样本
43	2025-05-25	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-May-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞中结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型，以提高灵敏度	开发了TARGET-seq+，改进了单细胞RNA测序和基因分型的灵敏度，并整合了细胞表面蛋白表达分析	未提及具体样本量或实验验证结果，可能需要参考Jakobsen等人的详细研究	优化单细胞分析技术，以研究前恶性组织和癌组织中的体细胞突变后果	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、基因型数据	NA
44	2025-05-25	Dissecting key contributions of Th2 and Th17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	探讨Th2和Th17细胞因子在特应性皮炎(AD)病理生理学中的关键作用	揭示了IL-22在Th2驱动的急性AD病理生理中的重要作用，并强调了联合药物治疗在AD靶向治疗中的潜力	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂情况	阐明AD相关细胞因子如何驱动特定的表皮疾病特征	原代和永生化角质形成细胞来源的人类表皮等效物	皮肤病学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学	体外细胞模型	转录组数据	NA
45	2025-05-25	Human Airway Epithelial BAFF is Reduced in Early Life but Virally-induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	research paper	研究人类气道B细胞群的发展动态以及病毒性呼吸道感染如何影响气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞存活和成熟因子	首次发现BAFF/BAFF受体轴在早期生命阶段对B细胞成熟和存活的关键作用，以及病毒刺激通过JAK/STAT信号通路诱导婴儿AECs产生BAFF的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	探究人类气道B细胞群的发展动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs）	免疫学	呼吸道感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	婴儿（<12个月）和较大儿童的气道样本
46	2025-05-25	A survey of the methodological process of modeling, inference, and evaluation of gene regulatory networks using scRNA-Seq data 2025-May-21, Bio Systems DOI:10.1016/j.biosystems.2025.105464 PMID:40409400	综述	本文综述了使用scRNA-Seq数据建模、推断和评估基因调控网络的方法学过程	揭示了scRNA-Seq技术在基因调控网络推断中的技术和方法学挑战，并提出了更稳健的方法学建议	缺乏真实网络的了解和评估指标的非标准化，导致算法性能比较困难	探讨scRNA-Seq数据在基因调控网络推断中的方法学问题和性能评估	基因调控网络（GRNs）	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
47	2025-05-25	Paricalcitol plus hydroxychloroquine enhances gemcitabine activity and induces mesenchymal to epithelial transition in pancreatic ductal adenocarcinoma: A single cell RNA-seq analysis 2025-May-21, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217809 PMID:40409452	研究论文	研究探讨了帕立骨化醇联合羟氯喹增强吉西他滨活性并在胰腺导管腺癌中诱导间质向上皮转化的效果	使用单细胞RNA测序、高维加权基因共表达网络分析和细胞间通讯分析，揭示了GPH治疗通过下调纤维连接蛋白(Fn1)减少EMT的分子机制	研究仅限于KPC-Luc原位小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索联合用药GPH对胰腺导管腺癌EMT过程的影响机制	KPC-Luc原位小鼠模型中的胰腺导管腺癌细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 细胞间通讯分析	KPC-Luc原位小鼠模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用KPC-Luc小鼠模型
48	2025-05-25	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了急性髓系白血病(AML)细胞对药物耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型的多重单细胞RNA测序策略NAMUL-seq，并首次系统性地揭示了AML耐药性主要由表观基因组变化而非基因突变驱动	研究主要基于AML细胞系，未在临床患者样本中验证	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系(KG-1a、Kasumi-1和HL-60)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞染色质可及性分析(scATAC-seq)、DNA甲基化分析、全外显子测序(WES)、NAMUL-seq	NA	基因组数据、表观基因组数据、转录组数据	3种AML细胞系
49	2025-05-25	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-May-21, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	研究论文	通过整合从六周胚胎到老年男性的92,488个人类睾丸细胞，构建了全面的人类男性生殖细胞图谱，揭示了调控男性生殖系发育的因素，并提供了用于未来临床诊断的特发性非梗阻性无精症（iNOA）失调基因	首次构建了从胚胎到成年的人类男性生殖细胞全面发育图谱，揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴和ANGPTL信号在生殖细胞发育中的作用，并鉴定了iNOA患者中失调的基因	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未能完全捕捉到蛋白质水平和表观遗传调控的影响	解析人类男性生殖系从胚胎到成年的调控网络	人类睾丸细胞，包括从六周胚胎到老年男性的生殖细胞	生殖生物学	特发性非梗阻性无精症（iNOA）	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	92,488个人类睾丸细胞
50	2025-05-25	Integrative genome-wide association studies, proteome-wide mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm 2025-May-21, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380 PMID:40409638	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究、蛋白质组孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据，识别出白细胞介素-6受体蛋白作为主动脉瘤的治疗靶点	整合多种组学数据（GWAS、PW-MR、单细胞RNA测序）识别新的生物标志物和治疗靶点，特别是IL6R在主动脉瘤中的关键作用	靶向IL6R的药物可能存在副作用，需要进一步考虑	识别主动脉瘤的新生物标志物和治疗靶点	主动脉瘤患者和对照组的遗传数据	基因组学	心血管疾病	GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序	NA	遗传数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	8125名主动脉瘤患者和381,977名对照
51	2025-05-25	Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725 PMID:40404122	研究论文	研究探讨了内皮细胞中Nrf2缺乏如何通过促炎性微环境促进动脉粥样硬化斑块形成	揭示了内皮Nrf2缺乏通过改变内皮细胞转录组及细胞间通讯促进动脉粥样硬化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究内皮细胞特异性Nrf2缺失在动脉粥样硬化发生中的作用机制	Nrf2Cdh5tKO基因敲除小鼠及对照小鼠的主动脉组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 组织学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 组织学数据	Nrf2Cdh5tKO小鼠和对照Nrf2flox/flox小鼠的主动脉样本
52	2025-05-25	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-May-20, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	research paper	该研究发现了POPDC2基因的双等位基因变异导致一种常染色体隐性遗传的心脏综合征，表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过实验证明这些变异会降低POPDC2与cAMP结合的能力	肌肉活检未显示明显的肌病性病变，POPDC1和POPDC2复合物的稳定性或膜运输受损机制尚未完全阐明	研究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	四个携带POPDC2双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理学研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族成员，超过100万人的群体水平遗传数据
53	2025-05-25	Emergence of regulatory and matrix-producing stromal cells during adipogenic induction in human ceiling culture-derived preadipocytes 2025-May-16, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152012 PMID:40409116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表观遗传分析，探讨了人类天花板培养来源的前脂肪细胞在脂肪生成诱导早期的转录组变化	首次在单细胞水平上揭示了原发性培养的人类ccdPAs的脂肪生成反应，并发现ATOH8在ccdPAs中的表达显著高于ASCs	研究仅关注了早期转录组变化，未涉及长期分化效果或功能验证	探究ASCs和ccdPAs在脂肪生成诱导早期的转录组和表观遗传变化	人类天花板培养来源的前脂肪细胞(ccdPAs)和脂肪来源的干细胞(ASCs)	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 表观遗传分析	NA	RNA测序数据, 表观遗传数据	未明确提及具体样本数量
54	2025-05-25	TCREMP: A Bioinformatic Pipeline for Efficient Embedding of T-cell Receptor Sequences from Immune Repertoire and Single-cell Sequencing Data 2025-May-12, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169205 PMID:40368275	research paper	介绍了一个名为TCREMP的生物信息学流程，用于高效嵌入T细胞受体（TCR）序列，以辅助适应性免疫研究	开发了TCREMP流程，通过将TCR氨基酸序列与常见序列相似性进行数字化，为比较分析和抗原特异性预测提供参考	未提及具体局限性	改进TCR测序数据的处理，以追踪抗原特异性	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	高通量测序，单细胞测序	NA	序列数据	未提及具体样本量
55	2025-05-25	Paired mutation calling and spatial transcriptomics identify cellular neighbourhoods dictating the neoplastic outcome of colitis 2025-May-08, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6401505/v1 PMID:40386410	研究论文	该研究结合体内谱系追踪、计算机模拟、突变分析和空间转录组学，探索了炎症性肠病向癌症转变过程中克隆突变景观的变化及其与细胞环境的关系	首次结合多种技术手段揭示了修复性组织环境如何通过促进促癌克隆的选择和扩张来影响结肠炎相关肿瘤的发生	研究仅基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	阐明炎症性肠病向癌症转变过程中克隆选择和扩张的微环境机制	结肠炎相关肿瘤发生过程中的克隆突变和细胞微环境	空间转录组学	结肠炎相关癌症	谱系追踪、计算机模拟、突变分析、空间转录组学	小鼠模型	基因突变数据、空间基因表达数据	NA
56	2025-05-25	Constructing a cross-tissue human knee single-cell atlas identified osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-May-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6247502/v1 PMID:40386432	研究论文	构建了一个跨组织的人类膝关节单细胞图谱，揭示了骨关节炎减少再生组织干细胞同时增加炎症性疼痛巨噬细胞的机制	首次构建了全面的膝关节骨关节炎单细胞RNA测序图谱，揭示了组织间活跃的通讯机制	未提及样本量或具体实验设计的局限性	研究骨关节炎对膝关节不同组织中细胞组成和功能的影响	人类膝关节组织（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）	数字病理	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
57	2025-05-25	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文介绍了一种名为gsMap的方法，该方法通过整合空间转录组学数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行映射	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状进行映射，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组学数据集，可能无法完全代表成年人的情况	开发一种方法，用于空间解析映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状相关的细胞，特别是与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	NA	空间转录组学数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组学数据集
58	2025-05-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	research paper	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次结合单细胞和空间转录组学，构建了水稻叶片的全面图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	研究仅针对水稻叶片细胞，未涉及其他组织或植物种类	探究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236,708个单细胞转录组
59	2025-05-25	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	研究论文	研究哈洛芬酮通过mTOR-eIF2α-ATF4轴破坏胶原沉积，增强卵巢癌化疗敏感性的机制	发现22基因基质组特征可预测卵巢癌化疗反应和生存率，并鉴定出哈洛芬酮作为靶向COL1A1的天然化合物	研究未涉及哈洛芬酮在人体内的长期安全性和有效性	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和细胞外基质(ECM)	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
60	2025-05-25	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了蛋白质精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在内皮细胞（ECs）中的作用，特别是在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的影响	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞（ECs）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量