单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-29	Integrated Analysis of Single-Cell and Transcriptome Data Reveals the Role and Regulatory Mechanisms of Neuroinflammation in Parkinson's Disease 2025-Apr-26, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02306-4 PMID:40285838	研究论文	通过整合单细胞和转录组数据分析，揭示了神经炎症在帕金森病中的作用及其调控机制	首次揭示了转录因子STAT3在帕金森病中作为小胶质细胞促炎激活的核心调控因子的关键作用	研究主要基于数据库数据和动物模型，人类样本的直接验证有限	探索帕金森病中神经炎症的细胞特异性特征和调控机制	人类PD中脑黑质致密部组织、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型	神经科学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列分析、GSVA、GSEA、KEGG和GO分析、轨迹分析、SCENIC分析	动物模型(小鼠)、细胞模型(BV2和SH-SY5Y)	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的人类PD中脑组织数据、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞模型
42	2025-04-29	Blockade of TIGAR prevents CD8+ T cell dysfunction and elicits anti-AML immunity 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04042-y PMID:40285889	研究论文	研究通过阻断TIGAR来防止CD8+ T细胞功能障碍并激发抗急性髓系白血病（AML）免疫反应	首次证明TIGAR沉默可以增强T细胞功能，改善AML预后，并通过单细胞RNA测序分析揭示了TIGAR高表达与T细胞耗竭标志物的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究TIGAR沉默是否能消除AML细胞并恢复功能失调的T细胞	AML小鼠模型和TIGAR基因敲除小鼠	免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	TIGAR基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了C57BL/6J背景的小鼠和C1498细胞
43	2025-04-29	In silico-based analysis and in vitro experiments identify SIGMAR1 as a potential marker of putative lung cancer stem cells 2025-Apr-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02394-6 PMID:40285994	研究论文	通过计算机模拟和体外实验鉴定SIGMAR1作为潜在肺癌干细胞标记物	利用单细胞RNA测序数据识别新的肺癌干细胞标记物SIGMAR1，并通过体外实验验证其表达和功能	未来研究需要进一步探讨SIGMAR1调节肺癌干细胞特性的机制	识别肺癌干细胞的新标记物并验证其功能	A549来源的肿瘤球和人类肺癌组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	两个公开的人类肺癌组织scRNA-seq数据集
44	2025-04-29	Perturbing local steroidogenesis to improve breast cancer immunity 2025-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59356-3 PMID:40287432	research paper	该研究探讨了通过抑制局部类固醇生成来增强对三阴性乳腺癌（TNBC）的抗肿瘤免疫	揭示了抑制免疫细胞类固醇生成可以限制TNBC肿瘤进展，并通过代谢建模和单细胞转录组学鉴定了主要的类固醇生成细胞	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	改善三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	三阴性乳腺癌（TNBC）患者肿瘤和小鼠模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	靶向代谢组学、免疫组织化学、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	TNBC患者肿瘤样本和小鼠模型
45	2025-04-29	Comprehensive single-cell transcriptome analysis of autologous platelet-rich plasma therapy on human thin endometrium 2025-Apr-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99468-w PMID:40287476	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了自体富血小板血浆（PRP）疗法对人类薄型子宫内膜的影响	首次通过转录组分析研究PRP疗法对薄型子宫内膜的影响，揭示了PRP疗法可能增强高干性、刺激间充质-上皮转化（MET）并增强巨噬细胞功能	样本量较小（仅10名患者），可能影响结果的普遍性	探讨PRP疗法对薄型子宫内膜的治疗效果及其潜在机制	薄型子宫内膜患者	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、苏木精和伊红染色（HE）、免疫组织化学（IHC）	CytoTRACE、基因集变异分析（GSVA）	RNA测序数据、组织图像	10名薄型子宫内膜患者的配对样本（治疗前后）
46	2025-04-29	Dynamics of tertiary lymphoid structures and immune cross talk in early versus advanced colorectal cancer: potential implications for immunotherapy 2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04027-x PMID:40287532	research paper	该研究通过分析单细胞RNA测序数据、批量RNA转录数据和病理组织数据，探讨了早期和晚期结直肠癌中肿瘤微环境和三级淋巴结构的动态变化及其对免疫治疗的影响	揭示了CD8+Tex细胞上的CXCL13表达以及CD4+Tfh和BGC细胞之间的CD40-CD40L相互作用可能是三级淋巴结构功能的关键调节因子，并可能影响免疫治疗的响应	研究结果基于三个内部队列，可能需要更大样本量的验证	探讨早期和晚期结直肠癌中肿瘤微环境和三级淋巴结构的差异及其对免疫治疗的影响	早期和晚期结直肠癌患者的肿瘤微环境和三级淋巴结构	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA转录分析、病理组织分析	NA	RNA测序数据、转录数据、病理组织数据	三个内部队列的样本
47	2025-04-29	A specific microbial consortium enhances Th1 immunity, improves LCMV viral clearance but aggravates LCMV disease pathology in mice 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59073-x PMID:40274773	研究论文	本文探讨了特定微生物群落对Th1免疫力的增强作用及其对LCMV病毒感染清除和疾病病理的影响	揭示了特定低复杂度细菌群落（OMM）在增强抗病毒免疫反应中的作用，及其对LCMV病毒清除和疾病病理的双重影响	研究仅限于小鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	研究肠道微生物组对抗病毒免疫反应的影响	小鼠及其肠道微生物组	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	特定无病原体（SPF）小鼠和无菌小鼠
48	2025-04-29	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-Apr-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	research paper	该研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次使用单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在脑膜eLF中的相互作用，揭示了它们如何促进中枢神经系统自身免疫	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果可能不完全适用于人类多发性硬化症	探究脑膜异位淋巴滤泡样结构在中枢神经系统自身免疫中的作用机制	T细胞和B细胞在脑膜异位淋巴滤泡中的相互作用	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，活体成像	T helper 17 (T17) adoptive transfer experimental autoimmune encephalomyelitis model	RNA测序数据，影像数据	NA
49	2025-04-29	The P2X7R/NLRP3 inflammasome axis suppresses enthesis regeneration through inflammatory and metabolic macrophage-stem cell cross-talk 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr4894 PMID:40279432	研究论文	本研究揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴通过放大IL-1β介导的炎症交叉作用和抑制DTA代谢交叉作用，从而抑制腱骨结合部再生	首次揭示了P2X7R/NLRP3炎症小体轴在腱骨结合部再生中的关键调控作用，并提出了针对该轴的治疗策略	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探究腱骨结合部再生不良的关键调控机制	腱骨结合部再生过程中的巨噬细胞和干细胞	再生医学	肌肉骨骼疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除模型	基因表达数据	NA
50	2025-04-29	Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt5915 PMID:40279436	research paper	该研究探讨了脂肪分泌的瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的作用	揭示了瘦素通过调节补体因子D（adipsin）影响骨关节炎的结构和疼痛表型，首次提供了脂肪-关节交叉对话的确凿证据	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	阐明肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用机制	脂肪分泌因子（特别是瘦素和补体因子D）与骨关节炎的关系	骨关节疾病研究	骨关节炎	空间转录组学、全局无监督多组学分析	小鼠脂肪营养不良模型	分子生物学数据、行为学数据	脂肪营养不良小鼠模型（具体数量未明确说明）
51	2025-04-29	Exosomes derived from ccRCC cells confers fibroblasts activation to foster tumor progression through Warburg effect by downregulating PANK3 2025-Apr-25, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02434-8 PMID:40280913	research paper	研究揭示了肾癌细胞通过外泌体下调PANK3激活成纤维细胞，促进肿瘤进展的机制	首次发现肾癌细胞外泌体通过下调PANK3激活成纤维细胞，并促进Warburg效应	研究未涉及PANK3下调的具体分子机制	探究肾癌细胞与基质细胞相互作用的机制及其在肿瘤进展中的作用	肾癌细胞、癌相关成纤维细胞(CAFs)和正常成纤维细胞(NFs)	肿瘤生物学	肾细胞癌	单细胞测序、转录组测序、能量代谢测试	NA	测序数据、代谢数据	不同进展阶段的肾细胞癌组织样本
52	2025-04-29	Telomere-related gene risk model predicts prognostic and immune microenvironment alterations in prostate cancer 2025-Apr-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98663-z PMID:40280966	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和批量RNA-seq数据，分析了前列腺癌中与端粒相关基因的风险模型，预测了预后和免疫微环境的改变	识别了15种不同的细胞类型，并发现髓样树突状细胞（mDCs）作为端粒活跃细胞在前列腺癌发展中的重要作用，同时构建了预测患者生存率的风险模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	提高前列腺癌的预测能力，探索端粒相关基因在疾病发展中的作用	前列腺癌患者和细胞系（LNCaP和DU145细胞）	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	risk model	RNA-seq data	147,856 cells (31,256 with high telomere-related gene score)
53	2025-04-29	Direct cell interactions potentially regulate transcriptional programmes that control the responses of high grade serous ovarian cancer patients to therapy 2025-Apr-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98463-5 PMID:40280979	研究论文	通过分析单细胞RNA测序数据中的细胞双联体，研究高等级浆液性卵巢癌患者对治疗反应的转录调控机制	利用单细胞RNA测序中的生物双联体推断细胞间物理相互作用网络，揭示了与临床预后相关的转录景观	研究样本量较小（7名患者），且仅针对治疗初期的卵巢癌患者	探索细胞间直接物理相互作用如何调控高等级浆液性卵巢癌患者对治疗的反应	高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤微环境细胞	数字病理学	卵巢癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	约18,000个细胞，来自7名未接受治疗的卵巢癌患者
54	2025-04-29	Single-cell RNA sequencing dissects the immunosuppressive signatures in Helicobacter pylori-infected human gastric ecosystem 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59339-4 PMID:40281037	研究论文	通过单细胞RNA测序和TCR分析，研究幽门螺杆菌感染对人类胃生态系统的影响，揭示其免疫抑制特征	首次在单细胞分辨率下描述了幽门螺杆菌感染重塑的人类胃生态系统，并识别了潜在的免疫逃逸相关T细胞群体	样本量相对有限（23名个体），且未涉及治疗干预后的动态变化	解析幽门螺杆菌感染导致的免疫抑制微环境机制	幽门螺杆菌感染的人类胃部细胞生态系统	单细胞组学	幽门螺杆菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR分析	NA	单细胞转录组数据	187,192个细胞（来自11名阴性和12名阳性个体）
55	2025-04-29	Advances in single-cell DNA sequencing enable insights into human somatic mosaicism 2025-Apr-25, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00832-3 PMID:40281095	研究论文	本文探讨了单细胞DNA测序技术在人类体细胞嵌合体研究中的进展	介绍了单细胞DNA测序技术的最新进展，解决了传统方法难以处理的复杂克隆模式、细胞材料稀缺和非循环细胞等问题	NA	理解组织中存在的遗传异质性以及导致体细胞嵌合体的机制	人类体细胞嵌合体	基因组学	癌症与非癌症疾病	单细胞DNA测序	NA	基因组数据	NA
56	2025-04-29	The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma 2025-Apr-25, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00818-8 PMID:40281242	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中导致免疫抑制的分子机制	结合单细胞测序和空间转录组学技术，首次揭示了HGSC中原发肿瘤和网膜肿瘤在免疫微环境上的差异，并发现了上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯对免疫抑制的重要性	研究样本可能有限，未涉及其他亚型的卵巢癌	探索HGSC中导致免疫抑制的分子机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的原发肿瘤和网膜肿瘤	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
57	2025-04-29	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Apr-25, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞测序技术在肾脏研究中的应用，特别是新兴的表观基因组学和多组学方法	整合表观基因组和转录组的单细胞多组学分析，揭示了驱动细胞异质性的细胞特异性基因调控机制	NA	推动肾脏研究中新生物标志物和潜在治疗靶点的发现，促进临床转化	健康与患病肾脏中的细胞异质性	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序技术，多组学分析	NA	单细胞转录组数据，表观基因组数据	NA
58	2025-04-29	ScAGCN: Graph Convolutional Network with Adaptive Aggregation Mechanism for scRNA-seq Data Dimensionality Reduction 2025-Apr-25, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00702-w PMID:40281370	研究论文	本文提出了一种名为scAGCN的自适应聚合机制的图卷积网络，用于单细胞RNA测序数据的降维	设计了一种基于自适应聚合机制的图卷积网络，通过节点分布和相似性箱线图的邻域选择策略优化了聚合函数	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据因规模大、维度高、噪声多和稀疏性强带来的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	15个真实的scRNA-seq数据集，其中10个为大规模数据集
59	2025-04-29	scRNA-seq reveals that VEGF signaling mediates the response to neoadjuvant anlotinib combined with PD-1 blockade therapy in non-small cell lung cancer 2025-Apr-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06485-4 PMID:40281576	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究VEGF信号在非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法反应中的作用	首次揭示了VEGF信号在介导非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法反应中的关键作用，并发现PLA2G4A作为VEGF通路的关键酶与不良预后相关	样本量较小（9例患者进行scRNA-seq，135例进行免疫组化验证），且研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	探索非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法的耐药机制并预测疗效	非小细胞肺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	9例NSCLC患者进行scRNA-seq（3例治疗前，3例MPR患者，3例Non-MPR患者），135例NSCLC患者进行免疫组化验证
60	2025-04-29	Bioinformatic analysis and experimental verification reveal expansion of monocyte subsets with an interferon signature in systemic lupus erythematosus patients 2025-Apr-25, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03560-5 PMID:40281593	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了系统性红斑狼疮(SLE)患者中具有干扰素特征的单个核细胞亚群的扩增	首次在健康人外周血中发现了SIGLEC1+IRF7+单核细胞亚群，并证实其在SLE患者中的扩增与疾病严重程度相关	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证这些单核细胞亚群的具体作用机制	探究SLE患者中单核细胞亚群的变化及其在疾病发病机制中的作用	系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血单个核细胞和单核细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 流式细胞术	DESeq2, limma, Seurat	转录组数据	SLE患者和健康对照者的PBMCs样本(具体数量未明确说明)