单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-18	Integrative genome-wide analysis unveils the genetic landscape of gallstone disease and highlights novel loci with therapeutic potential 2025-Sep-14, BMJ open gastroenterology IF:3.3Q2 DOI:10.1136/bmjgast-2025-001976 PMID:40953858	研究论文	通过整合基因组范围分析揭示胆结石疾病的遗传背景并强调具有治疗潜力的新基因位点	发现了与胆结石疾病相关的UGT1A4和FADS1/3等新易感基因位点，并揭示了不饱和脂肪酸水平与疾病风险的因果关系	研究主要基于欧洲和日本人群数据，可能存在人群特异性限制	识别胆结石疾病的新遗传位点并探索其临床意义和治疗潜力	胆结石疾病患者及相关遗传数据	基因组学	胆结石疾病	GWAS, meta分析, 转录组范围关联研究, 孟德尔随机化, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 临床数据	UK Biobank, FinnGen R11和Biobank Japan的多个人群队列数据
42	2025-09-18	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs of type 1 diabetes progression 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ady0080 PMID:40929272	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示1型糖尿病进展中胰腺细胞类型特异的基因调控程序	首次结合单核多组学和空间转录组学技术，在人类胰腺样本中系统解析1型糖尿病进展过程中的细胞类型特异性表观遗传驱动因子和细胞间通讯变化	样本量相对有限（最多32名捐赠者），且主要基于观察性数据，因果关系需进一步验证	阐明1型糖尿病在胰腺中的细胞类型特异性调控机制	人类胰腺组织样本（来自非糖尿病患者、自身抗体阳性者和1型糖尿病患者）	生物医学信息学	1型糖尿病	单核多组学（snMultiome）、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据	32名捐赠者（853,005个细胞）
43	2025-09-18	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Sep-12, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT通路加剧脑缺血再灌注损伤中的铁死亡，提出其作为治疗靶点的潜力	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进缺血性脑卒中中的铁死亡，并验证其抑制剂Compound 11的治疗效果	研究主要基于细胞和动物模型，临床转化潜力需进一步验证	探究SPP1在缺血性脑卒中中的作用机制及治疗靶点价值	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	病理机制研究	缺血性脑卒中	Western blot, 免疫荧光, 蛋白质组学分析, 电子显微镜, ROS定量	NA	蛋白质表达数据, 显微镜图像, 生化指标	细胞模型和小鼠动物模型（具体数量未明确说明）
44	2025-09-18	Restoring mitochondrial quantity and quality to reverse the Warburg effect and drive neuroblastoma differentiation 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502483122 PMID:40911595	研究论文	本研究通过恢复线粒体功能，利用视黄酸和线粒体解偶联剂协同促进神经母细胞瘤分化并抑制增殖	提出以线粒体为核心的治疗策略，通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂恢复线粒体数量和质量，首次证明该策略可驱动肿瘤分化并消除干细胞群体	研究主要基于神经母细胞瘤模型，在其他肿瘤类型中的适用性尚需验证	探索恢复肿瘤中线粒体数量和质量的方法，并研究其是否能驱动肿瘤分化	神经母细胞瘤	肿瘤生物学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪、单细胞RNA测序、电子传递链抑制剂	NA	基因表达数据、代谢数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
45	2025-09-18	Tumor-expressed GPNMB orchestrates Siglec-9+ TAM polarization and EMT to promote metastasis in triple-negative breast cancer 2025-Sep-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2503081122 PMID:40892920	研究论文	本研究揭示了肿瘤表达的GPNMB通过调控Siglec-9+ TAM极化和EMT过程促进三阴性乳腺癌转移的分子机制	首次发现GPNMB-Siglec-9轴作为糖免疫检查点驱动TAM介导的转移，并证实双重抑制Siglec-E和PD-1可有效抑制肿瘤干细胞特性和转移	机制研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床转化潜力需进一步验证	探究GPNMB在三阴性乳腺癌转移微环境中的调控机制和治疗靶点价值	三阴性乳腺癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)、单核细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 三维球体共培养技术	NA	基因表达数据	利用公共TNBC scRNA-seq数据集和TNBC队列样本
46	2025-09-18	Multi-Omics Validation of Myelin Water Fraction as a Myelin-Specific MRI Biomarker 2025-Sep-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.27.25334582 PMID:40950466	研究论文	通过多组学方法验证髓鞘水分数（MWF）作为髓鞘特异性MRI生物标志物的生物学相关性	首次整合BMC-mcDESPOT MRI、血浆蛋白质组学和空间转录组学数据，多维度验证MWF的髓鞘特异性	研究仅针对成人脑白质和深部灰质区域，样本来源和年龄范围未明确说明	验证髓鞘水分数（MWF）作为非侵入性髓鞘含量定量生物标志物的生物学特异性	成人脑白质和深部灰质区域	神经影像学	神经系统疾病	BMC-mcDESPOT MRI, SomaScan 7k蛋白质组学, 空间转录组学	NA	MRI影像, 蛋白质组数据, 基因表达数据	NA
47	2025-09-18	Cancer-Associated Fibroblasts in Solid Tumors and Sarcomas: Heterogeneity, Function, and Therapeutic Implications 2025-Sep-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171398 PMID:40940809	综述	探讨实体瘤和肉瘤中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性、功能及其治疗意义	系统总结CAFs在肉瘤中的研究空白，提出CAFs亚型分析作为患者分层的潜在生物标志物	肉瘤中CAFs研究较少，恶性与非恶性成纤维细胞界限模糊	解析CAFs在肿瘤微环境中的功能及靶向治疗策略	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其亚型	肿瘤生物学	实体瘤与肉瘤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
48	2025-09-18	Single-vessel transcriptome map pathological landscapes and reveal NR2F2-mediated smooth muscle cell phenotype acquisition in capillary malformations 2025-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673874 PMID:40950147	研究论文	本研究通过单血管水平空间转录组分析揭示毛细血管畸形中NR2F2介导的平滑肌细胞表型获取机制	首次在单血管水平构建空间转录组图谱，发现NR2F2作为关键调控因子驱动平滑肌细胞表型转化	研究主要基于体外iPSC模型，体内功能验证仍需进一步深入	探究毛细血管畸形的血管病理发生机制	毛细血管畸形病变组织及iPSC衍生的血管细胞	数字病理学	血管畸形	空间全转录组分析(GeoMx)、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学	NA	空间转录组数据、单细胞测序数据、蛋白质组数据	毛细血管畸形病变组织样本及iPSC衍生细胞模型
49	2025-09-18	Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types 2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.09.02.673125 PMID:40950173	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序与新型计算方法，系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达	开发了严格的统计方法识别振荡基因和细胞类型，并发现了胶质细胞等先前被忽视细胞类型中的振荡表达	未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达，可能存在技术或生物学限制	识别和表征单个细胞类型中的振荡基因表达模式	果蝇幼虫的各种细胞类型，包括角质层生成细胞、胶质细胞、神经元和肌肉细胞	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PCA, UMAP	统计分析方法	单细胞转录组数据	涉及多个幼虫发育阶段的数千个细胞
50	2025-09-18	Analysis of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Finds Gene Co-Expression and Tumor Environment Associated with Extracellular Matrix in Epithelial-Mesenchymal Transition in Prostate Cancer 2025-Sep-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178575 PMID:40943497	研究论文	通过生物信息学方法分析前列腺癌中上皮-间质转化相关的基因共表达网络及肿瘤微环境	首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据重建前列腺癌EMT相关差异表达基因网络	NA	揭示前列腺癌差异表达基因的分子特征及通路，识别潜在生物标志物	前列腺癌(PCa)相关基因表达数据	生物信息学	前列腺癌	微阵列、单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	基于TCGA等公共数据库的样本（具体数量未说明）
51	2025-09-18	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Sep, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析诱导型2型糖尿病肾病模型，揭示了肾小球与近端肾小管细胞间串扰引发的炎症微环境及CXCL12介导的T细胞浸润机制	首次将scRNA-seq应用于诱导型（非转基因）T2DKD模型，并发现CXCL12是介导T细胞招募的关键因子	模型虽模拟人类T2DKD特征，但仍需进一步验证其在更广泛人群中的适用性	探究2型糖尿病肾病的发病机制，寻找潜在治疗靶点	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾组织活检样本	生物医学研究	2型糖尿病肾病	scRNA-seq, 组织学分析, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 组织图像, 流式细胞数据	诱导型T2DKD小鼠及对照小鼠，人类肾活检组织
52	2025-09-18	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Sep, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞表观遗传学和多组学分析在肾脏研究中的应用与进展	整合单细胞表观基因组与转录组分析，揭示驱动细胞异质性的基因调控机制	NA	概述单细胞分析技术及其在肾脏研究中的应用	健康与疾病状态下的肾脏细胞	生物信息学	肾脏疾病	单细胞测序、多组学分析	NA	表观基因组数据、转录组数据	NA
53	2025-09-18	FLASH Irradiation Modulates Immune Responses and Accelerates Lung Recovery: A Single-Cell Perspective 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501797 PMID:40536317	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较FLASH放射治疗与传统放射治疗对早期放射性肺损伤的免疫和细胞反应差异	首次从单细胞层面揭示FLASH-RT通过调节中性粒细胞浸润、Th细胞激活和单细胞炎症信号通路来减轻肺损伤并促进组织修复的免疫机制	研究仅关注照射后一周内的早期反应阶段，长期效应尚不明确	探究FLASH放射治疗相比传统放射治疗在减少放射性肺损伤方面的免疫调节机制	小鼠肺部微环境中的免疫细胞和上皮细胞	放射肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
54	2025-09-18	A Study of Skeletal Stem Cell Dynamics and Its Potential Applications in the Design of a Titanium Implant for Senile Osteoporosis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506982 PMID:40536323	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学数据设计了一种针对老年性骨质疏松的钛植入物，利用水凝胶局部递送白藜芦醇以逆转干细胞衰老并促进骨整合	首次揭示骨骼干细胞中造血干细胞与间充质干细胞的反馈循环衰老机制，并基于多组学数据指导植入物功能化设计	研究基于大鼠模型和人类血清数据，临床转化效果需进一步验证	开发针对老年性骨质疏松的精准钛植入物	骨骼干细胞（包括造血干细胞和间充质干细胞）	生物材料	老年性疾病	单细胞转录组学、转录组分析	NA	转录组数据	大鼠单细胞数据与人类血清转录组数据整合分析
55	2025-09-18	Bioactive siRNA-Based Liposomes Promoted Tendon-Bone Healing in Osteoporotic Mice by Recovering the Stemness of CD248+ TSPCs 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509883 PMID:40536433	研究论文	本研究探讨CD248在骨质疏松条件下调控肌腱干细胞/祖细胞干性中的作用，并评估si-CD248脂质体促进腱骨愈合的治疗潜力	首次发现CD248高表达通过改变FAK-JAK-STAT1信号通路损害TSPC干性，并开发了si-CD248脂质体作为靶向治疗策略	研究仅在骨质疏松小鼠模型中进行，尚未进行临床验证	探索骨质疏松条件下腱骨愈合的分子机制并开发新型治疗策略	骨质疏松小鼠模型中的肌腱干细胞/祖细胞(TSPCs)	再生医学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 脂质体递送技术	NA	基因表达数据, 组织学数据, 生物力学数据	骨质疏松小鼠模型（具体数量未明确说明）
56	2025-09-18	A Nano-Electro-Platform Enabling Evolutionary Screening and Remodeling of Tumor Cells for Metastasis Inhibition 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202507684 PMID:40539389	研究论文	开发一种纳米电平台用于筛选和重塑肿瘤细胞以抑制转移	通过纳米电平台实现非侵入性筛选高侵袭性肿瘤细胞亚群，并利用纳米孔聚焦电场对细胞进行基因重塑，生成具有增强靶向和治疗能力的细胞外囊泡	NA	开发针对肿瘤转移的有效靶向治疗策略	高侵袭性肿瘤细胞亚群	生物医学工程	肺癌	单细胞测序、纳米孔聚焦电场技术	NA	生物细胞数据	NA
57	2025-09-18	SGCD: High-Resolution Spatial Domain Characterization via Data Interpolation and Cell-Type Deconvolution 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506176 PMID:40539696	研究论文	提出一种基于数据插值和细胞类型反卷积的新方法SGCD，用于高分辨率组织空间域识别	结合插值技术填补spot间基因表达数据空白，并整合细胞类型反卷积与空间位置信息，通过图对比学习实现精确空间域划分	NA	提升空间转录组数据中组织空间域识别的分辨率和准确性	人类背外侧前额叶皮层、小鼠大脑、胰腺导管腺癌和乳腺癌等组织样本	空间转录组学	癌症（胰腺导管腺癌、乳腺癌）	数据插值、细胞类型反卷积、图对比学习	图对比学习模型	空间转录组数据（基因表达、细胞类型、空间位置）	多个公开数据集（具体数量未明确说明）
58	2025-09-18	Spatiotemporal Adaptations-Driven Dynamic Thra Activation Simulates a Skin Wound Healing Response 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202506651 PMID:40558382	研究论文	本研究揭示甲状腺激素受体Thra通过时空适应性机制协调皮肤伤口愈合过程中的表皮增殖和真皮重建	首次发现Thra通过两种不同但协调的机制（表皮谷胱甘肽代谢激活和真皮SAA3-FN1相互作用）分阶段调控伤口修复过程	研究主要基于小鼠模型和皮肤类器官，人类临床适用性尚需进一步验证	阐明皮肤伤口愈合过程中分子协调的时空程序	小鼠模型（甲亢/甲减）、伤口模型、皮肤类器官	分子生物学	皮肤损伤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、体内/体外分析	NA	基因表达数据、空间转录数据	多种小鼠模型和类器官模型（具体数量未明确说明）
59	2025-09-18	NOX2 Contributes to High-Frequency Outer Hair Cell Vulnerability in the Cochlea 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408830 PMID:40569247	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现NOX2是耳蜗基底转与顶转氧化损伤相关的差异表达基因，并证实其与高频外毛细胞易损性高度相关	首次发现NOX2在高频区域外毛细胞中的特异性表达差异，并揭示其通过调节Nrf2通路影响氧化损伤易感性	研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	探究耳蜗高频区域外毛细胞易损性的分子机制	小鼠耳蜗外毛细胞	听觉神经生物学	感音神经性听力损失	单细胞RNA测序、基因敲除、抑制剂干预	NA	基因表达数据、组织学数据	基因敲除小鼠模型及药物干预实验
60	2025-09-18	Cathepsin K Aggravates Pulmonary Fibrosis Through Promoting Fibroblast Glutamine Metabolism and Collagen Synthesis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413017 PMID:40605618	研究论文	本文发现组织蛋白酶K（CTSK）通过促进成纤维细胞谷氨酰胺代谢和胶原合成加剧肺纤维化	首次揭示CTSK通过内吞作用与SNX9相互作用，激活TGF-β1/SMAD3通路，上调GLS1并促进谷氨酰胺代谢，从而驱动胶原合成	研究主要基于小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证	探究肺纤维化中成纤维细胞异常活化的触发因素及CTSK的作用机制	肺纤维化小鼠模型和患者血清样本	分子病理学	肺纤维化	蛋白质组学、单细胞测序	NA	分子生物学数据、临床数据	小鼠模型和患者血清样本（具体数量未明确说明）