单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-03	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Jul-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本文探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病（AD）中对斑块积累的保护作用及其对微胶质细胞反应的影响	研究发现ACAN的缺失会导致斑块沉积增加、斑块球形度降低以及微胶质细胞与斑块关联受损，并通过单细胞空间转录组学鉴定了5xFAD ACAN cKO小鼠中增强的疾病相关微胶质细胞（DAM）表型	研究仅使用了5xFAD小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探索神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病中的作用及其对微胶质细胞反应的影响	5xFAD小鼠模型及其中ACAN基因的条件性敲除（cKO）	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞空间转录组学	5xFAD小鼠模型	基因表达数据	5xFAD ACAN cKO小鼠
42	2025-08-03	Hemocyte diversity in crustaceans 2025-Jul-30, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2025.110612 PMID:40750028	review	本文综述了甲壳动物血细胞的多样性及其免疫功能，强调了单细胞RNA测序等新技术对传统分类方法的挑战	利用单细胞RNA测序技术揭示了新的血细胞分子标记，表明传统基于形态的分类方法过于简单，可能存在更多具有特殊功能的血细胞类型	NA	探讨甲壳动物血细胞的分类、功能及其在免疫防御中的作用	甲壳动物的血细胞，特别是小龙虾和虾等常见研究模型	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子数据	NA
43	2025-08-03	Time-coexpress: temporal trajectory modeling of dynamic gene co-expression patterns using single-cell transcriptomics data 2025-Jul-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06218-w PMID:40731381	研究论文	提出了一种基于copula的框架TIME-CoExpress，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性动态变化	采用数据驱动的平滑函数建模非线性基因共表达变化，并整合了单细胞RNA测序数据的常见特征如过度离散和零膨胀	未明确提及方法在大规模数据集上的计算效率或可扩展性	开发更灵活准确的单细胞转录组数据基因共表达分析方法	单细胞RNA测序数据和基因共表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	copula模型	基因表达数据	垂体胚胎发育过程中的单细胞RNA测序数据集(比较突变型和野生型小鼠)
44	2025-08-03	Targeting FGFR4 abrogates HNF1A-driven metastasis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jul-29, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02408-5 PMID:40731412	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌(PDAC)转移的机制，并验证了FGFR4抑制作为潜在治疗策略的有效性	首次阐明HNF1A-FGFR4轴在PDAC转移中的作用机制，并验证两种FGFR4抑制剂(H3B-6527和U3-1784)的治疗潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗方案	胰腺导管腺癌细胞(ATCC和患者来源细胞)及小鼠模型	肿瘤学	胰腺癌	scRNA-seq, 组织微阵列(TMA), UMAP空间分析, RNA干扰	小鼠异种移植模型	基因表达数据, 组织图像数据	未明确说明患者样本数量，包含ATCC标准细胞系和患者来源细胞
45	2025-08-03	Identification of immune signatures associated with both SARS-CoV-2 infection and lung transplantation 2025-Jul-29, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102262 PMID:40749682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重细胞因子分析，揭示了COVID-19相关肺损伤患者在接受肺移植后的免疫特征变化	发现了肺移植患者中RBD特异性抗体的显著减少以及特定白细胞亚群的扩增，这些免疫特征与COVID-19感染和肺移植均相关	样本量有限，且仅针对COVID-19相关肺损伤的肺移植患者进行研究	探究COVID-19相关肺损伤患者在接受肺移植后的免疫特征变化	COVID-19相关肺损伤的肺移植患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，多重细胞因子分析	NA	RNA测序数据，细胞因子数据	未明确提及具体样本数量，但包括CALI肺移植患者和血清阴性对照组
46	2025-08-03	Nitidine chloride may mediate its antitumor effects by targeting kinesin family member 20A in colorectal cancer cells 2025-Jul-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i7.108666 PMID:40741189	研究论文	本研究探讨了氯化硝基嘧啶（NC）通过靶向驱动蛋白家族成员20A（KIF20A）在结直肠癌细胞中发挥抗肿瘤作用的机制	首次揭示了NC与KIF20A的高亲和力结合及其在结直肠癌细胞中的表达下调作用	需要进一步通过KIF20A敲除实验确认NC的结合特异性和机制作用	研究KIF20A在结直肠癌细胞中的表达特征及其作为NC抑制结直肠癌治疗的潜在靶基因	结直肠癌细胞及临床样本（208例结直肠癌组织和208例非癌对照组织）	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫组织化学染色、CRISPR技术、分子对接、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、分子对接数据	416例临床样本（208例结直肠癌组织和208例非癌对照组织）及多种结直肠癌细胞系
47	2025-08-03	Lung Single-Cell Transcriptomics Reveal Diverging Pathobiology and Opportunities for Precision Targeting in Scleroderma-Associated Versus Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension 2025-Jul-21, Circulation. Genomic and precision medicine DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004936 PMID:40686216	研究论文	通过单细胞转录组学比较系统性硬化症相关肺动脉高压（SSc-PAH）与特发性肺动脉高压（IPAH）的基因表达模式，探索精准治疗的可能性	首次在单细胞水平上揭示了SSc-PAH与IPAH的基因表达差异，并提出了针对SSc-PAH的潜在精准治疗药物	样本量较小（每组仅4例），需要在更大样本中验证结果	比较SSc-PAH与IPAH的分子病理差异，寻找精准治疗靶点	肺动脉高压患者的肺组织样本	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（10X Genomics Chromium Flex平台）	Seurat分析平台	基因表达数据	4例SSc-PAH患者、4例IPAH患者和4例失败供体样本
48	2025-08-03	Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	本研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体的分化能力	研究仅使用了恒河猴模型，尚未在人类中进行验证	探究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞分化的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞	生物医学	骨质疏松症	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	恒河猴自愿饮酒模型	细胞、基因表达数据	恒河猴模型中的HSPCs
49	2025-08-03	Integration of Untargeted Metabolomics, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing, and Molecular Dynamics Simulation Reveals GOT1, CYP1A2, and CA2 as Potential Targets of Huang Qin Decoction Preventing Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Jul-17, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18071052 PMID:40732339	研究论文	本研究通过整合代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，揭示了黄芩汤预防结直肠癌肝转移的潜在靶点GOT1、CYP1A2和CA2	首次整合多种技术手段（代谢组学、网络药理学、scRNA-seq、分子动力学模拟）系统解析黄芩汤抗结直肠癌肝转移的多靶点作用机制	研究主要基于计算预测和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	阐明黄芩汤治疗结直肠癌肝转移的活性成分、作用靶点及分子机制	黄芩汤（HQD）及其对结直肠癌肝转移的治疗作用	网络药理学	结直肠癌	非靶向代谢组学、网络药理学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子动力学模拟、原子力显微镜（AFM）	分子对接模型、分子动力学模拟模型	代谢组数据、单细胞转录组数据、分子相互作用数据	小鼠模型（具体数量未明确）及体外细胞实验
50	2025-08-03	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	探讨全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	揭示了WGD是一种持续的突变过程，并开发了新的WGD时序方法doubleTime	样本量相对较小，仅针对高级别浆液性卵巢癌	研究WGD在卵巢癌中的作用及其对肿瘤进化和免疫系统的影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，RNA表达数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
51	2025-08-03	A Novel Hypoxia-Immune Signature for Gastric Cancer Prognosis and Immunotherapy: Insights from Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2025-Jul-16, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070552 PMID:40729021	研究论文	本研究开发了一种新的缺氧-免疫相关基因特征，用于胃癌的预后评估和免疫治疗策略指导	整合了bulk和单细胞RNA-seq数据，识别了与缺氧和免疫相关的五个关键基因，构建了一个新的预后特征	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	开发胃癌预后评估和免疫治疗响应的生物标志物	胃癌患者	生物信息学	胃癌	RNA-seq（包括bulk和单细胞）	Cox回归分析	基因表达数据	TCGA-STAD数据集和GSE84437队列
52	2025-08-03	Cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2025-Jul-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.035 PMID:40695276	研究论文	本文提出了一种基于细胞类型特异性、多靶点的药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，开发了一种针对不同细胞类型的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
53	2025-08-03	Renin Cells Drive Kidney Neurovascular Development and Arterial Remodeling when Renin Activity is Deficient 2025-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.08.663706 PMID:40672316	研究论文	该研究利用新型超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠、高分辨率3D成像和单细胞RNA测序技术，揭示了肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的作用	首次使用超亮肾素细胞特异性tdTomato报告小鼠结合高分辨率3D成像和单细胞RNA测序技术，系统描绘了肾素细胞与神经纤维及周围细胞的相互作用机制	研究主要基于小鼠模型，结果向人类转化的可能性需要进一步验证	探究肾素细胞在肾脏神经血管发育和动脉重塑中的功能机制	肾素细胞及其与周围神经纤维和血管的相互作用	肾脏发育生物学	肾脏血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高分辨率3D成像	tdTomato报告小鼠模型	基因表达数据、3D图像数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型
54	2025-08-03	Comparative ScRNA-Seq Profiling of Antigen-Specific CD4 + T cells in Semi-Allogeneic Transplantation and Pregnancy Reveals Intersecting Signatures of Rejection and Tolerance 2025-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.06.663404 PMID:40672265	research paper	该研究通过单细胞RNA测序比较了半同种异体移植和妊娠中抗原特异性CD4 + T细胞的转录状态，揭示了排斥和耐受的共同特征	首次系统地比较了移植和妊娠中抗原特异性CD4 + T细胞的转录状态，并发现了排斥和成功妊娠中激活的滤泡和非滤泡效应表型的显著重叠	研究主要基于小鼠模型，人类数据的相关性需要进一步验证	探究移植和妊娠中抗原特异性CD4 + T细胞的转录状态，以理解排斥和耐受的机制	抗原特异性CD4 + T细胞	免疫学	移植排斥	ScRNA-seq	NA	RNA-seq数据	小鼠模型及人类数据集
55	2025-08-03	DGAT: A Dual-Graph Attention Network for Inferring Spatial Protein Landscapes from Transcriptomics 2025-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.05.662121 PMID:40672156	研究论文	提出了一种名为DGAT的双图注意力网络，用于从转录组数据推断空间蛋白质景观	DGAT通过构建整合转录组、蛋白质组和空间信息的异构图，利用图注意力网络学习RNA-蛋白质关系，从而从仅含转录组的空间转录组数据中预测蛋白质表达	NA	填补空间组学中蛋白质水平测量的空白，增强对癌症、免疫学和精准医学的功能解释	空间转录组数据	机器学习	癌症（包括乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤）	空间转录组技术、CITE-seq	双图注意力网络（DGAT）	转录组和蛋白质组数据	公共和内部数据集（包括扁桃体、乳腺癌、胶质母细胞瘤和恶性间皮瘤样本）
56	2025-08-03	A New Tool to Decrease Interobserver Variability in Biomarker Annotation in Solid Tumor Tissue for Spatial Transcriptomic Analysis 2025-Jul-09, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47070531 PMID:40728999	研究论文	开发了一种新工具以减少在固体肿瘤组织中生物标志物注释的观察者间变异性，用于空间转录组分析	开发了一种基于MATLAB的新工具，通过研究者定义的参数自动注释γH2AX阳性或阴性区域，减少了人工注释的变异性	工具的性能依赖于研究者定义的参数，可能在不同实验室或不同条件下需要调整	减少空间转录组数据分析中的观察者间变异性，提高数据注释的准确性和可重复性	辐照后的胶质母细胞瘤组织中的γH2AX标记	数字病理学	胶质母细胞瘤	免疫荧光和空间转录组学	NA	图像和RNA表达数据	NA
57	2025-08-03	Spatia: Multimodal Model for Prediction and Generation of Spatial Cell Phenotypes 2025-Jul-07, ArXiv PMID:40671942	研究论文	提出了一种名为Spatia的多模态模型，用于预测和生成空间细胞表型，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	Spatia模型通过跨注意力机制融合细胞形态和转录组数据，并使用transformer模块在生态位和组织水平上捕获空间依赖性，同时采用生成扩散解码器合成高分辨率细胞图像	未明确提及具体局限性	学习统一的、空间感知的表征，整合细胞形态、基因表达和空间背景信息	细胞形态、基因表达和空间组织	数字病理学	NA	空间转录组学	transformer, 生成扩散模型	图像, 基因表达数据	来自49名捐赠者的1700万细胞-基因对、100万生态位-基因对和1万组织-基因对，涵盖17种组织类型和12种疾病状态
58	2025-08-03	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jul, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	首次揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的具体功能及其对精子发生和雄性生育力的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂调控中的作用机制	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、单细胞RNA-Seq分析	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用基因工程小鼠模型
59	2025-08-03	Spatial Transcriptome Analysis Reveals Diverse Human Burn Wound Microenvironment 2025 Jul-Aug, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70061 PMID:40579885	研究论文	该研究利用空间转录组学技术揭示了人类烧伤伤口微环境的多样性	首次应用空间转录组学技术检测烧伤组织中空间基因表达模式，揭示了不同烧伤深度区域的基因表达差异	提供了该技术在烧伤组织研究中的注意事项，需要未来研究进一步验证	理解人类烧伤伤口微环境并识别具有再生潜力的特定区域	人类烧伤组织	数字病理学	烧伤	空间转录组学	NA	空间基因表达数据	未明确说明样本数量
60	2025-08-03	miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08646-3 PMID:40593296	研究论文	本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌(HNSC)的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别了miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素	利用miRNA为中心的调控网络结合regulome数据构建预测模型，识别了miR-27b和FN1在HPV阴性HNSC转移中的新作用机制	研究样本量虽然较大但仍是回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证	探索HPV阴性头颈部鳞状细胞癌转移的分子机制并开发预测模型	HPV阴性头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤基因组学	头颈部鳞状细胞癌	转录组测序，单细胞RNA-seq	miRNA调控网络模型	RNA-seq数据	333例HPV阴性HNSC肿瘤样本