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当前共找到 33643 篇文献,本页显示第 41 - 60 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
41 2025-12-05
Development and application of a barcoded rabies viral tracing method for mapping brain-wide inputs to single neurons
2025-Dec-02, Cell reports methods IF:4.3Q2
研究论文 开发了一种条形码狂犬病毒追踪方法,用于在单细胞水平上绘制大脑范围内对转录组定义神经元的输入连接 结合逆行病毒追踪与单细胞RNA测序,实现了在单细胞分辨率下同时映射局部和远程输入连接 NA 构建大脑在细胞分辨率下的介观连接组 小鼠内侧前额叶皮层(mPFC)的神经元 神经科学 NA 单细胞RNA测序,逆行病毒追踪 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
42 2025-12-05
Mapping heterogeneity in the tumor microenvironment of renal cell carcinoma through single-cell omics
2025-Dec-02, Trends in cancer IF:14.3Q1
综述 本文综述了单细胞组学技术在揭示肾细胞癌肿瘤微环境异质性方面的应用与发现 整合多种单细胞技术(scRNA-seq、snRNA-seq、scATAC-seq、scTCR-seq、成像质谱流式)系统解析肾细胞癌肿瘤微环境的细胞组成、调控机制和空间异质性 NA 阐明肾细胞癌肿瘤微环境的复杂性,识别治疗反应的生物标志物,指导精准免疫治疗 肾细胞癌肿瘤微环境中的细胞群体(包括CD8 T细胞亚群、肿瘤相关巨噬细胞、树突状细胞、自然杀伤细胞、癌症相关成纤维细胞等) 数字病理学 肾细胞癌 单细胞RNA测序、单核RNA测序、转座酶可及染色质测序、T细胞受体测序、成像质谱流式 NA 单细胞组学数据、空间转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 NA NA
43 2025-12-05
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了CellPhoneDB v5,一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 扩展了配体-受体相互作用库,增加了约1000个非肽类配体介导的相互作用;引入了新的查询方式以定制实验设计;整合了空间转录组学和转录因子活性等新策略来优先排序细胞间相互作用;新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 需要基本的Python知识,且协议执行时间约为15分钟,可能对非专业用户有一定门槛 开发并优化一个生物信息学工具包,以更精确地推断细胞间通信,从而深入理解组织生物学在生理微环境中的作用 单细胞多组学数据,包括配体-受体相互作用、空间转录组学数据和转录因子活性数据 生物信息学 NA 单细胞多组学分析,包括空间转录组学和单细胞ATAC-seq NA 单细胞基因组学数据,包括空间转录组学数据和染色质可及性数据 NA NA 单细胞多组学,空间转录组学,单细胞ATAC-seq NA NA
44 2025-12-05
Marsupial single-cell transcriptomics identifies temporal diversity in mammalian developmental programs
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组学分析有袋类动物负鼠的发育过程,揭示了哺乳动物发育程序中的时间多样性 首次将有袋类动物纳入单细胞转录组学研究,识别了异时性组织并发现前部结构转录程序启动更早、进展更快 研究仅聚焦于有袋类动物负鼠,可能无法完全代表所有哺乳动物发育模式 探究哺乳动物发育程序中的时间多样性,特别关注有袋类动物的异时性现象 有袋类动物负鼠(Monodelphis domestica)的原肠胚形成和早期器官发生过程 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及负鼠发育多个阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
45 2025-12-05
The extracellular-matrix-remodeling capability exposes therapeutic vulnerability in a subset of renal cell carcinomas with tumor thrombi
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究通过多中心、多组学数据分析,识别了肾细胞癌伴癌栓的两种亚型,并揭示了预后不良亚型中由上皮LOX表达驱动的细胞外基质重塑及其在构建肿瘤免疫屏障中的作用 首次在肾细胞癌伴癌栓中识别出两种临床相关亚型,并发现预后不良亚型中上皮LOX驱动的细胞外基质重塑是关键的肿瘤免疫屏障形成机制,为LOX抑制联合免疫治疗提供了新策略 研究基于回顾性多中心数据,需要前瞻性临床试验验证LOX抑制剂的治疗效果 探究肾细胞癌伴癌栓的肿瘤微环境特征、分子亚型及其对治疗抵抗的影响,寻找新的治疗靶点 164例肾细胞癌伴癌栓患者 数字病理学 肾细胞癌 空间转录组学,多组学数据分析,多重免疫荧光染色 NA 空间转录组数据,多组学数据,临床数据 164例患者 NA 空间转录组学 NA NA
46 2025-12-05
Benchmarking Ploidy Estimation Methods for Bulk and Single-Cell Whole Genome Sequencing
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文对用于批量及单细胞全基因组测序数据的倍性估计方法进行了系统性基准测试 首次对11种批量WGS和8种单细胞WGS倍性估计工具的性能进行了系统性比较,为方法选择提供了实证指导 现有工具在整倍体样本或长读长测序数据上表现不佳 评估和比较不同计算工具在批量及单细胞全基因组测序数据中估计细胞倍性的性能 批量WGS和单细胞WGS数据,包括实验数据集和模拟数据集 机器学习 NA 全基因组测序 NA 基因组测序数据 来自二倍体细胞与异倍体或多倍体细胞混合的样本 NA 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
47 2025-12-05
Combinatorial BMP4 and activin direct the choice between alternate routes to endoderm in a stem cell model of human gastrulation
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究结合单细胞转录组学、活细胞成像和数学模型,探索了激活素和骨形态发生蛋白4(BMP4)如何协同或拮抗地引导人类原肠胚形成过程中的命运决定,揭示了内胚层通过直接和间接两条路径产生的机制 揭示了BMP4在诱导中胚层基因的同时促进多能性退出的双重作用,并首次在人类干细胞模型中阐明了信号组合不仅决定细胞最终命运,还影响其发育路径的选择,表明谱系汇聚增强了命运决定的稳健性 研究基于干细胞模型,可能与体内实际发育过程存在差异;未全面探索其他可能参与的信号通路 探究组合信号(激活素和BMP4)如何引导人类原肠胚形成过程中的细胞命运决定 人类干细胞模型中的细胞 发育生物学 NA 单细胞转录组学、活细胞成像、数学建模 NA 转录组数据、成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
48 2025-12-05
Single-Cell Transcriptomics Reveals ITGA2-Mediated Metabolic Reprogramming and Immune Crosstalk in Pediatric Thyroid Carcinogenesis
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了ITGA2介导的代谢重编程和免疫互作在儿童甲状腺癌发生中的关键作用 首次在儿童甲状腺癌中识别出ITGA2-PTC细胞亚群,并阐明其通过增强糖酵解和诱导M2巨噬细胞极化驱动肿瘤发生的双重致癌通路 样本量相对有限(4例PPTC和9例APTC),且主要基于转录组数据,可能需要更多功能验证 探究儿童甲状腺癌特异性分子机制及其临床行为差异 儿童和成人甲状腺癌临床标本及衍生类器官模型 数字病理学 甲状腺癌 单细胞RNA测序,多重免疫组化 NA 转录组数据,图像数据 13例临床标本(4例PPTC,9例APTC),共90234个细胞转录组 NA 单细胞RNA-seq NA NA
49 2025-12-05
Single-Cell Immune Profiling Reveals Neutrophils Promote Myasthenia Gravis Exacerbation Through BAFF Secretion
2025-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞通过分泌BAFF促进重症肌无力加重的机制 首次在MG急性加重期揭示了骨髓中性粒细胞成熟增强、迁移至外周血后分泌BAFF促进病理B细胞分化的新轴心,并发现IFN-γ信号通路是BAFF过度分泌的关键驱动因素 研究主要基于急性加重期样本,对疾病稳定期或其他自身免疫病的普适性需进一步验证 探究中性粒细胞在重症肌无力急性加重中的具体作用机制 重症肌无力患者的骨髓和外周血样本、实验性自身免疫性重症肌无力小鼠模型、临床队列数据 单细胞组学 重症肌无力 单细胞RNA测序 基因敲除模型 单细胞转录组数据、临床数据 未明确具体样本数量,涉及MG患者、EAMG小鼠模型及临床队列 NA 单细胞RNA-seq NA NA
50 2025-12-05
Distinct senotypes in p16- and p21-positive cells across human and mouse aging tissues
2025-Dec, The EMBO journal
研究论文 本研究通过分析人类和小鼠衰老组织的单细胞RNA测序数据,揭示了p21和p16阳性细胞在衰老过程中的异质性及其与衰老相关分泌表型(SASP)的关联 首次在体内系统比较了p21和p16作为衰老标志物的表达异质性,发现它们在不同细胞类型和组织中缺乏共表达,并揭示了p21+和p16+细胞具有独立的轨迹动态 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平的验证;分析依赖于现有公共数据集,可能存在批次效应 阐明p21和p16在细胞衰老过程中的个体作用及其与SASP的关系 人类和小鼠多种衰老组织中的细胞 单细胞组学 衰老相关疾病 单细胞RNA测序 RNA velocity分析,伪时间分析 单细胞转录组数据 多个公共单细胞RNA测序数据集(涵盖人类和小鼠多种组织) NA 单细胞RNA-seq NA NA
51 2025-12-05
Endothelial protective effects of ferulic acid in preeclampsia treatment
2025-Dec-01, American journal of physiology. Cell physiology
研究论文 本研究探讨了阿魏酸通过靶向STAT3/VEGF信号轴改善子痫前期小鼠模型的内皮功能和炎症反应 首次在子痫前期模型中系统验证阿魏酸通过调控STAT3/VEGF信号通路改善内皮功能障碍的保护作用 研究基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;机制研究主要聚焦STAT3/VEGF轴,可能存在其他通路参与 评估阿魏酸作为子痫前期治疗策略的疗效和机制 L-NAME诱导的子痫前期小鼠模型 NA 子痫前期 单细胞RNA测序,分子检测 NA 基因表达数据,生理指标数据 未明确说明样本数量的小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
52 2025-12-05
Identification of novel differentiation trajectories and gene network associations with ectopic pregnancy in fallopian tube epithelium
2025-Dec-01, Human reproduction (Oxford, England)
研究论文 本研究通过单细胞转录组数据的网络建模,揭示了输卵管上皮细胞的新型分化轨迹及其与子宫内膜的功能差异,并识别了与异位妊娠相关的候选基因 识别了新型OVGP1+上皮祖细胞及其双向分化轨迹,并利用超图模型揭示了输卵管与子宫内膜分泌细胞之间的功能差异,首次将异位妊娠GWAS的eQTLs映射到网络模型中 样本量有限,且未进行体外或体内验证候选基因 探究输卵管上皮细胞的发育轨迹及其与子宫内膜的功能差异,以理解异位妊娠的分子机制 输卵管和子宫内膜的上皮细胞 数字病理学 异位妊娠 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RNA速度分析,超图建模,表达数量性状位点(eQTL)映射 超图模型 单细胞转录组数据 13名女性的输卵管scRNA-seq样本(来自三项研究)和13名女性的子宫内膜scRNA-seq样本(来自一项研究) NA 单细胞RNA-seq NA NA
53 2025-12-05
LCN2 drives ferroptosis-associated ischemia-reperfusion injury after renal transplantation: integrated machine learning and in vivo validation
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合机器学习与体内验证,揭示了脂质运载蛋白-2(LCN2)在肾移植后铁死亡相关缺血-再灌注损伤中的关键作用 首次将LCN2确定为移植相关肾缺血-再灌注损伤中铁死亡和免疫失调的关键介质,并开发了一个包含LCN2的六基因机器学习模型用于IRI预测 研究主要基于小鼠模型和回顾性人类队列,需要在更大规模的前瞻性临床研究中验证LCN2抑制剂的治疗效果 阐明LCN2在肾移植缺血-再灌注损伤中的作用机制,并探索其作为治疗靶点的潜力 小鼠肾缺血-再灌注损伤模型、人类肾移植患者样本 机器学习 肾脏疾病 转录组测序、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、差异表达分析 逻辑回归、随机森林、集成模型 转录组数据、单细胞RNA测序数据 6个小鼠IRI转录组数据集(83个样本)、2个人类移植队列(212个样本) NA 单细胞RNA测序 NA NA
54 2025-12-05
Eosinophils enhance granuloma-mediated control of persistent Salmonella infection in mice
2025-Dec, Nature microbiology IF:20.5Q1
研究论文 本文通过小鼠模型揭示了嗜酸性粒细胞在控制鼠伤寒沙门氏菌持续感染中的宿主保护作用 首次发现嗜酸性粒细胞通过CCL11依赖性招募和主要碱性蛋白表达,改变巨噬细胞极化,从而在肉芽肿中限制沙门氏菌的利用 研究基于小鼠模型,人类中的相关性尚需进一步验证 探究嗜酸性粒细胞在控制沙门氏菌持续感染中的作用机制 小鼠模型中的鼠伤寒沙门氏菌感染 NA 沙门氏菌感染 空间转录组学 NA 转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
55 2025-12-05
Neutrophil CD11b is a pivotal PANoptosis marker correlated with disease activity in antineutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitis
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过生物信息学分析识别CD11B为抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎中关键的PANoptosis相关基因,并验证了中性粒细胞上活化的CD11b水平与疾病活动性相关 首次将CD11B鉴定为AAV中关键的PANoptosis相关基因,并揭示了其通过脂肪酸代谢途径调节中性粒细胞活化和PANoptosis的机制 研究样本量有限,且主要依赖生物信息学分析和体外实验,需要更大规模的临床队列和体内实验验证 识别抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎中关键的PANoptosis相关标志物,并探究其与疾病活动性的关联 抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎患者、ANCA相关性肾炎小鼠模型、中性粒细胞 生物信息学 血管炎 基因微阵列、单细胞测序、免疫荧光染色、代谢通路分析 NA 基因表达数据、单细胞测序数据、临床参数 AAV患者和健康对照的血液、尿液、血浆及肾脏标本,ANCA-GN小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
56 2025-12-05
Joint profiling of cell morphology and gene expression during in vitro neurodevelopment
2025-Dec-01, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过联合分析诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质神经元在三个发育时间点的细胞形态和基因表达,揭示了形态特征与基因表达之间的关系,并评估了其在神经发育相关疾病模型中的应用潜力 首次在单细胞分辨率上联合使用Cell Painting(CP)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,对iPSC衍生的皮质神经元进行多模态表征,将形态特征与生物学功能关联,并展示了其在捕获疾病遗传性方面的能力 研究主要基于体外iPSC衍生的神经元模型,可能无法完全模拟体内神经发育的复杂性;样本虽大但仅限于特定时间点和细胞类型 探究iPSC衍生的皮质神经元在神经发育过程中的形态与基因表达关系,并评估其作为脑相关复杂性状(如精神分裂症和双相情感障碍)疾病模型的适用性 诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质神经元,包括来自Kabuki综合征患者的神经祖细胞 数字病理学 精神分裂症, 双相情感障碍, Kabuki综合征 Cell Painting(CP), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像, 基因表达数据 约60,000个iPSC衍生的皮质神经元,覆盖三个发育时间点 NA 单细胞RNA-seq NA NA
57 2025-12-05
D3Impute: Dropout-aware discrimination, distribution-aware modeling, and density-guide imputation for scRNA-seq data
2025-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为D3Impute的判别性插补框架,用于解决单细胞RNA测序数据中非生物零值的识别与插补问题 提出了三个关键创新:1) 适应数据集特性的分布感知归一化;2) 使用bulk RNA-seq数据作为生物参考的双网络判别器;3) 保持局部细胞邻域结构的密度引导插补引擎 NA 开发一种能够准确区分scRNA-seq数据中非生物零值与真实生物零值并进行有效插补的计算方法 单细胞RNA测序数据 计算生物学 NA 单细胞RNA测序 双网络判别器 基因表达数据 六个不同数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
58 2025-12-05
Light-modulated stem cells in the camera-type eye of an annelid model for adult brain plasticity
2025-Dec-01, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了海洋环节动物Platynereis dumerilii成年眼睛和大脑中的神经源性细胞,探讨了光调节干细胞在相机型眼睛中的作用及其与脑可塑性的关联 首次在无脊椎动物(环节动物)的相机型眼睛中识别出光依赖的神经干细胞,并揭示了其与脊椎动物眼睛发育的相似性,同时展示了环境光通过c-opsin1基因调控干细胞增殖的新机制 研究基于单一物种模型,可能不适用于其他无脊椎动物或脊椎动物;光调节机制的具体分子通路尚未完全阐明;样本量相对有限,可能影响统计普适性 探究无脊椎动物相机型眼睛中干细胞的发育、调控及其与脑可塑性的关系,比较与脊椎动物眼睛进化的异同 海洋环节动物Platynereis dumerilii的成年眼睛和大脑细胞 单细胞生物学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但基于单细胞RNA测序分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
59 2025-12-05
Prognostic and immunological potential of AC012236.1/hsa-miR-30d-5p CeRNA of AVEN by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq in lung adenocarcinoma
2025-Dec-01, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和bulk RNA-seq分析,探讨了lncRNA-AC012236.1/hsa-miR-30d-5p-AVEN轴在肺腺癌中的预后价值、免疫调控作用及其分子机制 首次在肺腺癌中系统揭示了AVEN通过lncRNA-AC012236.1/hsa-miR-30d-5p轴调控肿瘤进展和免疫微环境的ceRNA机制,并利用单细胞RNA-seq技术明确了其在恶性上皮细胞亚群中的特异性表达 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本验证规模有限;ceRNA调控网络的实验证据仍需进一步完善 阐明AVEN在肺腺癌中的预后意义、免疫微环境关联及其上游调控机制 肺腺癌组织、TCGA和GEO数据库、A549细胞系 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 生物信息学分析, 体外细胞实验 Cox回归模型, 列线图 RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 临床数据 TCGA和GEO数据库的肺腺癌样本,具体数量未明确说明;临床样本验证;A549细胞系 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
60 2025-12-05
N-phenylquinazolin-4-amine-based EGFR TKIs suppress pulmonary fibrosis by modulating the EGFR/ERBB3 axis in epithelial-macrophage interaction
2025-Dec-01, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究评估了基于N-苯基喹唑啉-4-胺的EGFR酪氨酸激酶抑制剂在小鼠肺纤维化模型中的作用,发现其通过调节肺泡上皮EGFR/ERBB3轴来减轻纤维化 揭示了EGFR/ERBB3信号轴在肺纤维化中通过上皮-巨噬细胞相互作用的关键作用,并证明特定EGFR TKI(如达克替尼)比现有药物(尼达尼布)更有效地抑制炎症因子 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床相关性需进一步验证;未详细探讨EGFR TKI的长期安全性和耐药性 评估EGFR TKI作为肺纤维化治疗策略的有效性,并探索EGFR/ERBB3信号在疾病进展中的作用机制 小鼠肺纤维化模型(博来霉素和辐射诱导)、人类肺泡上皮细胞、肺纤维化患者组织样本 NA 肺纤维化 单细胞RNA测序、基因敲低、磷酸化蛋白检测 NA 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据、组织样本数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
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