单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-12	Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.020 PMID:40680743	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示胰腺癌神经侵袭中涉及的独特细胞亚型及其微环境特征	首次系统描绘了不同神经侵袭状态下的细胞组成、谱系动态和空间组织结构，并鉴定出新型NRP2成纤维细胞群体和三种施万细胞亚型	样本量相对有限（25例患者62个样本），且主要聚焦于胰腺导管腺癌	探究胰腺癌神经侵袭的细胞微环境机制和关键细胞亚型的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织样本和其中的神经-肿瘤微环境	单细胞组学与空间转录组学	胰腺癌	sc/snRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	25例患者的62个组织样本
42	2025-09-12	Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005 PMID:40578362	研究论文	提出一种名为RECODR的计算流程，通过分析单细胞RNA测序数据中的基因共表达网络变化来识别癌症治疗耐药机制并发现药物靶点	首次将基因共表达背景（而非单纯表达水平）与图嵌入方法结合，揭示传统计算方法无法检测的耐药机制	NA	识别癌症治疗耐药机制并开发有效联合治疗方案	癌症细胞（脉络丛癌、髓母细胞瘤、三阴性乳腺癌）	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、图嵌入	图网络	基因表达数据	临床前和临床试验中的肿瘤样本（具体数量未明确说明）
43	2025-09-12	Dynamic Interaction of Oligodendrocyte Precursor Cells with Other Cell Types in the Central Nervous System 2025-Sep-08, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050 PMID:40930164	综述	本文系统梳理了少突胶质前体细胞（OPCs）与中枢神经系统内其他细胞类型的动态相互作用及其功能多样性	突破传统认知，利用单细胞测序和活体成像技术揭示OPCs在发育、稳态和病理状态下的多功能性及微环境依赖性	NA	整合OPCs非髓鞘化功能的多模态证据并探讨神经再生医学的治疗靶点	少突胶质前体细胞（OPCs）及其与神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管内皮细胞的相互作用	神经科学	多发性硬化症、脑缺血	单细胞测序、活体成像技术	NA	NA	NA
44	2025-09-12	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Diet-Dependent Dynamics of Glucosinolate Sulfatases Expression and Cellular Origin in the Midgut of Plutella xylostella 2025-Sep-08, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399 PMID:40930467	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示小菜蛾中肠细胞中葡萄糖硫苷硫酸酯酶的表达动态及其细胞起源受饮食调控	首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，揭示特定细胞类型表达GSS基因及饮食条件对细胞分化轨迹的影响	研究仅针对两种宿主植物（萝卜和豌豆），可能无法代表所有潜在宿主情况	探究小菜蛾中肠细胞类型特异性表达葡萄糖硫苷硫酸酯酶及其分化机制	小菜蛾（Plutella xylostella）幼虫中肠细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot, Immunohistochemistry	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	28,451个中肠细胞
45	2025-09-12	FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf865 PMID:40923764	研究论文	提出一种基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达	利用预训练基础模型整合先验知识，采用双分支框架和双图策略捕捉切片间异质性和切片内复杂性	NA	从组织学图像预测空间转录组数据，解决现有数据有限和复杂性捕捉不足的问题	组织切片图像和空间基因表达数据	数字病理	癌症（未指定具体类型）	空间转录组学（ST）	Transformer, 图神经网络（GNN）, CNN	图像	NA
46	2025-09-12	S100A4 facilitates radiation-induced tumor repopulation by driving polyploid giant cancer cells budding 2025-Sep-04, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218017 PMID:40914345	研究论文	本研究揭示了S100A4通过驱动多倍体巨癌细胞出芽促进放疗后肿瘤再生的分子机制	首次发现S100A4-IRF3-ISG15/BST2信号轴调控PGCCs出芽过程，并提出靶向RAGE受体可抑制该过程	研究主要基于结直肠癌模型，在其他癌种中的普适性需进一步验证	探究放疗后多倍体巨癌细胞（PGCCs）出芽的分子调控机制	结直肠癌细胞及PGCCs	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组学、功能基因组学、纵向模型	NA	基因组数据、转录组数据	NA
47	2025-09-12	Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain 2025-Sep-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09435-8 PMID:40903571	研究论文	本研究使用单细胞测序技术揭示人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人期的基因表达和基因组变化	首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术，系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化	研究主要聚焦前额叶皮层，其他脑区变化尚未涉及；样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明	探究人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制	人类前额叶皮层细胞	基因组学	老年疾病	snRNA-seq, scWGS, 空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本（具体数量未说明）
48	2025-09-12	Spatial and functional characterization of IL1RL1+ mast cells reveals immune regulatory roles in renal cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究通过空间和功能分析揭示IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用	首次在ccRCC中系统表征IL1RL1+肥大细胞的空间分布和免疫调节功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床干预研究	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式和免疫调节功能	肾透明细胞癌患者组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化, 基因敲除实验	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本，具体数量未明确说明
49	2025-09-12	Sensitive dissection of a genomic regulatory landscape using bulk and targeted single-cell activation 2025-Sep-03, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100984 PMID:40930101	研究论文	开发TESLA-seq方法结合CRISPR激活筛选与靶向单细胞RNA测序，用于高灵敏度解析基因组调控景观	提出TESLA-seq技术，能够并行读取数百个增强子对基因座内所有基因的影响，揭示传统方法难以发现的调控关系	NA	识别和功能扰动内源性增强子，解析PHOX2B基因座周围的调控网络	神经元细胞命运主调控因子PHOX2B及其相关增强子	基因组学	神经母细胞瘤	CRISPR激活筛选(CRISPRa)，靶向单细胞RNA测序(TESLA-seq)	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
50	2025-09-12	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427116122 PMID:40854129	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统描绘小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其对去势反应的转录和表观遗传基础，并发现与人类前列腺癌亚型对应的细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞机制和空间组织基础	小鼠前列腺细胞及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学, meta分析	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺多叶样本及人类前列腺癌meta分析数据
51	2025-09-12	Single-cell RNA Sequencing In Pediatric Sepsis: γδ T Cell Exhibits A Differentiation To γδT17 Subtype Along With Significantly Enhanced Cell Communication With Neutrophils 2025-Sep-02, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547934 PMID:40931501	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特征，揭示其向γδT17亚型分化及与中性粒细胞增强的细胞通讯	首次在儿科脓毒症中发现γδ T细胞向促炎性γδT17亚型分化，并鉴定中性粒细胞来源的抵抗素通过CAP1受体结合驱动该过程	研究局限于外周血单核细胞分析，未涉及组织局部免疫微环境	阐明儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特性及其分化机制	儿科脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	伪时序分析（Pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	儿科脓毒症患者PBMCs样本（具体数量未明确说明）
52	2025-09-12	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文回顾了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统总结了μST在细胞和亚细胞尺度转录组映射方面的突破性进展，并首次全面梳理了该领域面临的数据稀疏性、平台碎片化等核心问题	作为综述文章，未提供原始实验数据验证所述技术方案的有效性	探讨显微分辨率空间转录组学的技术机遇与挑战，推动多组学整合和AI驱动的空间分析发展	空间转录组学技术及其在组织基因表达分析中的应用	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	NA
53	2025-09-12	An Organ-on-Chip Platform for Strain-Controlled, Tissue-Specific Compression of Cartilage and Mineralized Osteochondral Interface to Study Mechanical Overloading in Osteoarthritis 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501588 PMID:40556597	研究论文	开发一种芯片上的骨软骨单元平台，用于研究机械超负荷在骨关节炎中的作用	首次在芯片上实现应变控制、组织特异性压缩的骨软骨界面模型，能够模拟体内应变梯度	模型仍需进一步验证其与完整人体关节的生物学相关性	研究异常力学与骨关节炎起始/进展之间的分子联系	人源复合透明软骨-矿化软骨下微组织	组织工程与生物力学	骨关节炎	单细胞RNA测序，芯片器官技术	芯片器官模型	基因表达数据，力学响应数据	NA
54	2025-09-12	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Sep, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本研究揭示了衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍的机制	首次发现衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍，并证明使用senolytic药物ABT-737可逆转这一过程	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中进行验证；长期治疗效果和安全性需要进一步评估	探究衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的作用机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型（LPS诱导）	基因表达数据、电生理数据、行为学数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J小鼠进行实验
55	2025-09-12	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学在HIV组织研究中的应用，包括平台选择、工作流程和生物信息学分析	提出了空间转录组学在HIV组织持久性机制研究中的创新应用，能够以前所未有的分辨率分析感染细胞及其微环境	目标捕获中目标数量增加常会降低灵敏度，且需要确保分析严谨性并验证发现	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞、周围微环境及免疫效应细胞	空间转录组学	HIV/AIDS	空间转录组分析、ATAC-seq、蛋白捕获、T细胞受体测序	NA	空间转录组数据	NA
56	2025-09-12	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the Glycolysis-related gene GPRC5A as a potential biomarker for gastric cancer by machine learning 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147059 PMID:40865843	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，通过机器学习识别糖酵解相关基因GPRC5A作为胃癌潜在生物标志物	开发了基于四分位距(IQR)的新方法评估单细胞水平糖酵解活性，解决了以往评分方法分辨率不足和鲁棒性有限的问题	NA	探索胃癌中糖酵解代谢改变的生物标志物，用于早期诊断和靶向治疗	胃癌细胞和组织	数字病理	胃癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
57	2025-09-12	Repopulating Microglia Suppress Peripheral Immune Cell Infiltration to Promote Poststroke Recovery 2025-Sep, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70565 PMID:40931631	研究论文	研究通过PLX5622诱导小胶质细胞清除与再增殖，重塑卒中后免疫微环境以促进神经功能恢复	发现再增殖小胶质细胞呈现稳态表型，显著抑制外周免疫细胞浸润并驱动免疫细胞表型转换	NA	开发抑制有害炎症并促进神经修复的卒中治疗策略	缺血性卒中后的小胶质细胞及免疫微环境	神经免疫学	缺血性脑卒中	单细胞转录组学、流式细胞术、细胞因子阵列、免疫荧光	NA	转录组数据、细胞表型数据、行为学数据	NA
58	2025-09-12	spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672472 PMID:40909542	研究论文	介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR	专注于质谱衍生的空间组学数据集，支持小样本量、空间稀疏性和高缺失值情况下的全数据驱动分析	主要针对质谱平台，可能不适用于其他空间组学技术如空间转录组	开发一个端到端的分析工具，用于整合和分析空间多组学测量数据	空间组学数据，包括转录本、蛋白质、代谢物和翻译后修饰的高分辨率测量	生物信息学	NA	质谱，空间组学技术	NA	多组学数据，显微镜成像数据	小样本量数据集
59	2025-09-12	Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672469 PMID:40909566	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了统计框架以提升标记物的特异性和一致性	提出了量化标记物表达保真度和背景表达的统计方法，并利用大规模单核转录组数据揭示了标记物的区域变异性	研究基于已有19项研究的数据，可能受原始数据质量和注释一致性的限制	改进和扩展大脑皮层细胞类型的分子标记物，以支持神经学研究中的细胞类型注释和验证	人类大脑皮层细胞	单细胞转录组学	NA	单核RNA测序	统计框架（伪批量分析）	单细胞转录组数据	近50万个高质量单核转录组样本，来自19项研究
60	2025-09-12	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Aug-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159 PMID:40864551	研究论文	通过单细胞RNA测序研究人脑细胞与狂犬病病毒的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫抑制如何影响神经嗜性病毒感染动力学	人脑细胞共培养体系	单细胞转录组学	病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	人脑细胞共培养样本（具体数量未明确说明）