单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-13	Dysbiosis of the gut microbiome may contribute to the pathogenesis of oral lichen planus through Treg dysregulation 2025-Jun-09, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.009 PMID:40499683	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调与口腔扁平苔藓（OLP）发病机制之间的关系，特别是通过调节性T细胞（Treg）功能失调的角度	首次将肠道菌群失调与OLP的发病机制联系起来，特别是通过SCFA产生菌减少影响Treg功能的新机制	样本量未明确说明，且未进行干预性研究验证因果关系	探究肠道菌群失调是否通过影响Treg功能参与OLP的发病机制	OLP患者的粪便、唾液样本及病变组织	免疫学	口腔扁平苔藓	16S rRNA基因分析、质谱分析、多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	微生物组数据、转录组数据、蛋白质组数据	OLP患者的粪便、唾液和血液样本（具体数量未说明）
42	2025-06-13	Exploring the role of LFNG in hepatoblastoma using multiomics and raise a query in proof link 2025-Jun-09, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149604 PMID:40499700	研究论文	本研究通过多组学分析探索LFNG在肝母细胞瘤中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次发现LFNG在肝母细胞瘤中作为细胞间通讯的靶点，促进肿瘤发展，并验证了LFNG过表达对肿瘤细胞迁移和侵袭的影响	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证	识别肝母细胞瘤中异常表达的基因，探索影响肿瘤免疫微环境的细胞间通讯靶点	肝母细胞瘤组织和HUH6细胞系	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	多组学分析、单细胞转录组测序、划痕愈合实验、Transwell实验	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	两个公共数据集（GSE133039和GSE180664）的肝母细胞瘤样本
43	2025-06-13	Single-cell profiling of lichen planus reveals type I interferon response triggering the interface dermatitis reaction 2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043 PMID:40499747	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了扁平苔藓（LP）中I型干扰素反应触发界面皮炎反应的机制	首次在扁平苔藓病变皮肤中发现I型干扰素富集环境，并揭示了I型干扰素对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响	研究主要基于体外模型，可能需要更多体内实验验证	研究扁平苔藓的免疫发病机制及其驱动界面皮炎反应的潜在机制	扁平苔藓患者的病变皮肤与健康对照皮肤	免疫学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	体外共培养模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（LP患者和健康对照的皮肤样本）
44	2025-06-13	Folliculin deletion in the mouse kidney results in cystogenesis of the loops of Henle via aberrant TFEB activation 2025-Jun-09, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	research paper	该研究探讨了在小鼠肾脏中删除Folliculin（FLCN）基因如何通过异常的TFEB激活导致Henle环的囊肿形成	揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用，特别是在Henle环中，为Birt-Hogg-Dubé（BHD）综合征的发病机制提供了新的见解	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类肾脏组织的验证	探究FLCN基因在肾单位发育中的作用及其与BHD综合征的关系	小鼠肾脏中的肾单位，特别是Henle环	分子生物学	Birt-Hogg-Dubé综合征	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及样本数量
45	2025-06-13	Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.08.658502 PMID:40501632	research paper	该研究识别并描述了一种在早期肝芽发育过程中源自Cdx2阳性内胚层祖细胞的原始肝母细胞群	发现了一种新的原始肝母细胞群，揭示了其在早期肝发育中的贡献以及WNT抑制和RA许可对原始肝母细胞出现的调控机制	原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中的贡献减弱，具体机制尚不明确	研究早期肝脏发育过程中的细胞谱系异质性	小鼠和人类的原始肝母细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究	NA	转录组数据	小鼠和人类样本
46	2025-06-13	Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658085 PMID:40501690	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性	提供了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间转录组相似性的新证据	不确定这些相似性是否反映共同的进化同源性，还是由于共享组织功能而独立衍生的特征	探索果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组相似性	果蝇前列腺样附属腺体和哺乳动物前列腺基底细胞	生物信息学	前列腺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据
47	2025-06-13	scMetaIntegrator: a meta-analysis approach to paired single-cell differential expression analysis 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657898 PMID:40501846	research paper	提出了一种新的元分析方法scMetaIntegrator，用于处理配对单细胞RNA测序数据中的差异基因表达分析	该方法考虑了生物学重复和细胞变异性，提供了稳健的效应量估计和可重复的p值	未明确提及具体局限性	改进配对单细胞RNA测序数据的差异基因表达分析方法	配对单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	meta-analysis	单细胞RNA测序数据	真实和合成数据集
48	2025-06-13	Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657944 PMID:40501930	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探究母体暴露于多氯联苯（PCBs）对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露通过内质网应激途径对雌性后代肝脏细胞类型特异性反应的调控机制	研究仅针对雌性后代小鼠，未涉及雄性后代或更长期的影响	探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响	出生后28天的雌性小鼠肝脏组织	单细胞转录组学	代谢紊乱	scRNA-seq, RT-qPCR	NA	单细胞RNA测序数据	出生后28天的雌性小鼠肝脏组织样本
49	2025-06-13	Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658097 PMID:40502088	研究论文	本文提出了一种名为DR-GEM的自监督元算法，用于改进单细胞和空间基因组学研究中的降维和聚类方法	DR-GEM结合了分布鲁棒优化和平衡共识机器学习的原理，通过自监督机制提高对稀有细胞类型和状态的检测能力，并减少技术噪声的影响	NA	改进单细胞基因组学中的降维和聚类方法，以更好地支持数据驱动的发现	单细胞和空间基因组学数据	机器学习	NA	单细胞分辨率空间转录组学、Perturb-seq	自监督元算法（DR-GEM）	单细胞组学数据	合成和真实世界的单细胞组学数据集
50	2025-06-13	A multi-step immune-competent genetic mouse model reveals phenotypic plasticity in uveal melanoma 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657841 PMID:40502063	研究论文	开发了一种多步骤免疫能力遗传小鼠模型，用于研究葡萄膜黑色素瘤的表型可塑性	通过逐步引入人类UM进展相关的遗传改变，创建了一个能够模拟人类疾病进展的免疫能力小鼠模型	模型可能无法完全捕捉人类UM的所有复杂性	研究葡萄膜黑色素瘤的生物学特性并开发免疫治疗策略	葡萄膜黑色素瘤	癌症研究	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型	基因表达数据	NA
51	2025-06-13	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	研究论文	本文通过整合新的固定细胞数据集与先前发表的活细胞数据，更新并验证了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱	发现了新的假定免疫细胞群、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群、一个茎干特异性细胞类型，并探索了完整的刺细胞发育轨迹	先前图谱在细胞数量和转录组深度上仍有限制，且细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞，来自摄食息肉和茎干组织
52	2025-06-13	Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis 2025-Jun-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042584 PMID:40489880	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系	利用多个数据集综合分析动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和分子机制，并通过单细胞RNA测序数据揭示不同细胞类型中的基因表达特征	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨炎症相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点	动脉粥样硬化斑块中的基因表达和分子机制	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR	基因表达数据	多个公开数据集（GSE198600, GSE120521, GSE253903, GSE224273）
53	2025-06-13	Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes 2025-Jun-06, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873 PMID:40499345	研究论文	本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法（RVEA-CAST），用于单细胞转录组数据的聚类分析	采用多目标优化视角解决单细胞RNA测序数据的聚类问题，设计了三个问题感知的变异算子以优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类这一具有挑战性的任务	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法）	基因表达数据	十个真实的scRNA-seq数据集
54	2025-06-13	Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation 2025-Jun-06, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854 PMID:40499413	研究论文	本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用	揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制	研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平	阐明PM加剧哮喘的分子机制	哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠哮喘模型	基因表达数据、血清标志物数据	未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集
55	2025-06-13	CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST 2025-Jun-06, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916 PMID:40499539	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用	首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型	研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证	探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号	LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX)	癌症生物学	前列腺癌	纵向单细胞RNA测序	PDX模型	RNA测序数据	NA
56	2025-06-13	Cell-surface proteomic profiling identifies CD72 as a regulator of microglial tiling 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.657480 PMID:40501958	研究论文	通过细胞表面蛋白质组学分析，识别出CD72作为调节小胶质细胞平铺现象的关键分子	首次将细胞表面邻近标记与质谱技术结合，系统性分析稳态下小胶质细胞表面蛋白质组，并开发基于图像的六项形态/空间指标的功能筛选方法	研究主要基于体外模型和脑片实验，尚未在完整生物体内验证CD72的调控机制	揭示小胶质细胞平铺现象（非重叠突触空间分布）的分子调控机制	小胶质细胞的表面蛋白质组及其空间分布特征	神经科学	NA	细胞表面邻近标记技术、质谱分析、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据、显微图像数据	NA（未明确说明具体样本数量）
57	2025-06-13	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	研究论文	通过基于成像的空间转录组学分析17个人类婴儿肺在不同发育和损伤阶段的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	首次创建了一个涵盖不同发育阶段和疾病严重程度的急性新生儿肺损伤的空间转录组图谱，并应用计算聚类方法识别共享分子模式	样本量相对较小（17个婴儿肺），且仅关注了急性新生儿肺损伤	揭示肺器官发生过程中的细胞转变时机和调控机制，以及疾病中这些过程的破坏	人类婴儿肺组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17个人类婴儿肺样本，约120万个细胞
58	2025-06-13	Human microglia in brain assembloids display region- specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657874 PMID:40501840	research paper	研究通过构建区域特异性大脑类器官并结合人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和作用	首次在区域特异性大脑类器官中整合人类小胶质细胞，并发现其对携带SCN2A突变的神经元过度兴奋的反应	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和其在神经环路中的作用	人类小胶质细胞和区域特异性大脑类器官	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序，化学遗传学	大脑类器官模型	基因表达数据，钙信号数据	多种区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑）
59	2025-06-13	NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas 2025-Jun-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1 PMID:40502769	research paper	该研究探讨了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中驱动脂肪酸氧化和抗铁死亡的作用机制	首次揭示了NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程促进脑膜瘤恶性表型的新机制	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限	探究NOTCH3信号在脑膜瘤代谢重编程中的作用	NOTCH3+人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞	肿瘤代谢	脑膜瘤	单细胞RNA测序，代谢组学，脂质组学，bulk RNA测序	细胞系模型(CH157-MN)	基因表达数据，代谢数据	未明确说明具体样本数量，涉及多组细胞系实验
60	2025-06-13	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-03, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	research paper	通过多组学分析揭示食管腺癌（EAC）原发性和转移性肿瘤的细胞状态和微环境特征	识别了五种恶性细胞程序，包括未分化、中间、分化、上皮-间质转化和循环程序，并预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进一步验证	解析EAC疾病进展和治疗反应的机制	原发性和转移性EAC肿瘤	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-nuclei transcriptomic sequencing, chromatin accessibility sequencing, spatial profiling, single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data, spatial data	一个EAC肿瘤队列及三个外部单细胞RNA-seq和三个批量RNA-seq研究