单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-24	Single-cell transcriptomics showed that maternal PCB exposure dysregulated ER stress-mediated cell type-specific responses in the liver of female offspring 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657944 PMID:40501930	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了母体暴露于环境相关Fox River多氯联苯混合物对雌性后代肝脏发育的细胞类型特异性影响	首次在单细胞分辨率下揭示了母体PCB暴露如何通过内质网应激介导的途径，特异性影响雌性后代肝脏中不同细胞类型的转录组重编程	研究仅关注了雌性后代且仅在出生后第28天进行观察，未探讨性别差异和更长期的影响	探究母体PCB暴露对后代肝脏发育的细胞特异性影响机制	围产期暴露于PCB的雌性小鼠的肝脏组织	毒理学	代谢紊乱	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	出生后第28天的雌性小鼠肝脏组织
42	2025-06-24	An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus 2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657738 PMID:40502179	research paper	该研究通过整合新的固定细胞数据集与已发表的活细胞数据，更新了Hydractinia symbiolongicarpus的体细胞单细胞图谱，揭示了细胞类型和发育过程的新见解	发现了新的假定免疫细胞群体、先前未描述的神经亚型、两个空间上不同的腺细胞群体、一个茎部特异性细胞类型，以及完整的刺细胞发育轨迹	之前的图谱在细胞数量和转录组深度上有限，且细胞类型分配主要基于推测	推进对Hydractinia symbiolongicarpus细胞多样性和动态的理解	Hydractinia symbiolongicarpus的喂养多足体和茎部组织	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	超过47,000个细胞
43	2025-06-24	A spatial transcriptomic atlas of acute neonatal lung injury across development and disease severity 2025-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.02.656433 PMID:40502191	research paper	利用基于成像的空间转录组学分析了17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织的基因表达模式，创建了一个包含约120万个细胞的空间转录组图谱	首次创建了人类婴儿肺发育和损伤的空间转录组图谱，揭示了组织结构和分子空间关系在发育过程中的协调及疾病中的破坏	样本量相对有限（17例），且主要关注急性新生儿肺损伤	阐明肺器官发育过程中细胞转变的时序和调控机制	17个不同发育和损伤阶段的人类婴儿肺组织	空间转录组学	新生儿肺损伤	成像基空间转录组学	计算聚类方法	空间转录组数据	17例人类婴儿肺组织，约120万个细胞
44	2025-06-24	New Anti-Fibrotic Strategies for Keloids: Insights From Single-Cell Multi-Omics 2025-Jun, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13818 PMID:39902627	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究瘢痕疙瘩的细胞异质性和分子机制，发现两种成纤维细胞亚群在纤维化过程中的不同作用	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定瘢痕疙瘩中POSTN阳性间充质成纤维细胞和IGFBP2阳性成纤维细胞的差异及其在纤维化中的相反作用	样本量较小（仅3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本），需要更大规模的研究验证	探索瘢痕疙瘩的发病机制并开发新型抗纤维化治疗策略	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织	单细胞多组学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学分析、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	3个瘢痕疙瘩组织和3个正常皮肤样本
45	2025-06-24	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-Jun, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究探讨了产前暴露于全氟辛烷磺酸（PFOS）对子代大鼠肺发育和功能的影响	首次结合形态学、功能学及单细胞RNA测序分析PFOS对肺发育的细胞和分子机制	研究仅在大鼠模型中进行，结果可能无法完全适用于人类	探究PFOS暴露对肺发育的毒性作用及其机制	子代大鼠的肺组织	毒理学	肺损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、形态学数据、功能学数据	妊娠期大鼠（剂量组：0、0.01、0.1、1 mg/kg/day）及其子代（出生后0、4、14、21、60天）
46	2025-06-24	The spatial and single-cell landscape of skin: Charting the multiscale regulation of skin immune function 2025-06, Seminars in immunology IF:7.4Q1 DOI:10.1016/j.smim.2025.101958 PMID:40267702	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学技术在揭示皮肤免疫系统多层次异质性中的应用	利用scRNA-seq和ST技术系统性地研究了皮肤免疫功能的分子和细胞特征，揭示了细胞类型在维持稳态和疾病中的相互作用	NA	探讨皮肤免疫系统的多层次异质性及其在疾病中的作用	皮肤免疫细胞及其空间组织	生物医学	皮肤疾病	scRNA-seq, ST	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
47	2025-06-24	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	该研究探讨了通过抑制基质机械感知来抑制心脏纤维化的新策略	发现SRC激酶作为成纤维细胞富集的机械传感器，可通过药物抑制模拟基质软化效果，并与TGFβ抑制协同抑制纤维化	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，人类临床应用的可行性尚需验证	探索治疗心血管纤维化的新方法	心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集
48	2025-06-24	Accurate Transcription Factor Activity Inference to Decipher Cell Identity from Single-Cell Transcriptomic Data with MetaTF 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410745 PMID:40397381	研究论文	本文介绍了一个名为metaTF的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，以更好地理解细胞的特性和功能	metaTF框架在估计转录因子活性方面优于现有方法，并在小鼠造血干细胞发育和乳腺癌上皮细胞功能特性表征中表现出改进的效果	未明确提及具体局限性	通过推断转录因子活性来更好地理解细胞的特性和功能	单细胞RNA测序数据中的细胞	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	计算框架(metaTF)	单细胞RNA测序数据	NA
49	2025-06-24	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	研究低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆扩增的机制	结合单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示IL-2在急性冠状动脉综合征患者中克隆扩增效应T细胞的作用，并发现BACH2作为T效应程序的抑制因子	研究未涉及IL-2治疗对其他免疫细胞类型的影响，且样本量有限	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	转录组数据、T细胞受体序列	急性冠状动脉综合征患者样本
50	2025-06-24	scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656649 PMID:40501593	research paper	介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析	scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，支持本地运行或服务器部署，提供广泛的绘图定制选项，并能无缝处理多模式数据	虽然scExploreR为非程序员提供了分析单细胞数据的工具，但对于复杂的分析任务，编程经验可能仍是必要的	开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学和计算科学之间的沟通鸿沟	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	R Shiny	单细胞数据	NA
51	2025-06-24	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析包的特点在于其易用性、分析全长RNA测序数据的能力以及对批次校正的支持	现有分析工具未提供专门的异构体水平分析或可变剪接检测工具	开发一个便于研究人员无需编程经验即可分析全长scRNA-seq数据的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
52	2025-06-24	NKG7 is a Stable Marker of Cytotoxicity Across Immune Contexts and Within the Tumor Microenvironment 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202551885 PMID:40538191	研究论文	该研究通过大规模单细胞RNA测序图谱，全面分析了免疫亚群和组织中的细胞毒性，发现NKG7是细胞毒性的稳定标记物	发现NKG7作为细胞毒性的新标记物，其表达与细胞毒性活动高度相关（r = 0.97），且比传统标记物如颗粒酶B和穿孔素更可靠	其他人类颗粒酶和细胞毒性成分的作用尚未充分探索	评估NKG7作为细胞毒性标记物的表达模式和功能	免疫亚群和组织中的细胞毒性	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	大规模公开可用的单细胞RNA测序图谱
53	2025-06-24	Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656393 PMID:40502193	研究论文	通过多组学分析，研究唐氏综合症患者肝脏代谢的变化及其与饮食的关系	首次在唐氏综合症患者和小鼠模型中发现了胆汁酸代谢的改变及肝脏功能障碍的蛋白质特征，并探讨了饮食脂肪对基因表达和肝脏病理的影响	研究样本量虽然较大（超过400人），但未明确说明样本的具体来源和多样性	探讨唐氏综合症患者肝脏代谢的变化及其潜在机制	唐氏综合症患者和小鼠模型	代谢组学	唐氏综合症	多组学分析、RNA测序、单细胞转录组学	Dp16小鼠模型	血浆、RNA测序数据	超过400人的血浆样本及小鼠模型
54	2025-06-24	White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656577 PMID:40501707	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了白色和棕色前脂肪细胞，揭示了它们共有的纤维-脂肪祖细胞群	发现了棕色脂肪组织中存在纤维-脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了祖细胞群的已知范围	研究仅基于体外培养的细胞模型，可能无法完全反映体内情况	研究脂肪组织异质性及其在生理和病理生理学中的功能	白色和棕色前脂肪细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	培养的原代白色和棕色前脂肪细胞
55	2025-06-24	Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain 2025-May-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1 PMID:40502768	研究论文	本研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并揭示了其在关节炎和疼痛中的作用	首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并证明淋巴功能障碍会驱动TMJ关节炎和疼痛	研究主要基于小鼠模型和人类组织，可能需要进一步验证在人类中的适用性	探索TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能	颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统	生物医学研究	关节炎	基因报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	基因报告小鼠和人类组织
56	2025-06-24	sciLaMA: A Single-Cell Representation Learning Framework to Leverage Prior Knowledge from Large Language Models 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.28.635153 PMID:40501921	研究论文	提出了一种名为sciLaMA的单细胞表示学习框架，通过整合多模态大型语言模型的静态基因嵌入与scRNA-seq表格数据，提升单细胞数据分析的性能	sciLaMA通过结合多模态大型语言模型的基因嵌入与单细胞RNA测序数据，解决了现有方法在整合外部生物知识方面的不足，同时保持了计算效率	NA	开发一个高效且统一的单细胞数据分析框架，用于提升下游任务的性能，如批次效应校正、细胞聚类和基因模块识别	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	配对变分自编码器（paired-VAE）	表格基因表达数据	NA
57	2025-06-24	MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656468 PMID:40502104	研究论文	介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行大规模单细胞表型分析	结合了高通量基因破坏和多重单细胞RNA测序技术，实现了在脊椎动物发育中大规模基因功能图谱的绘制	技术目前仅应用于斑马鱼胚胎，尚未在其他生物体或更复杂的系统中验证	开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能	斑马鱼胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、多重混合CRISPR液滴技术	NA	基因表达数据	1000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子
58	2025-06-24	Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655632 PMID:40501660	research paper	该研究通过多模式单细胞测序和刺激实验，定义了人类巨噬细胞在不同组织中的特征	揭示了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性基因和蛋白质特征，这些特征与小鼠巨噬细胞具有同源性	研究样本来源于器官捐赠者，可能无法完全代表所有人群的巨噬细胞特征	研究人类巨噬细胞在不同组织中的转录特征及其在稳态和激活状态下的变化	人类巨噬细胞，包括来自肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结的样本	免疫学	NA	多模式单细胞测序，刺激实验	NA	单细胞测序数据	来自多个器官捐赠者的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结样本
59	2025-06-24	Spatiotemporal transcriptomic analysis during cold ischemic injury to the murine kidney reveals compartment-specific changes 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.25.654911 PMID:40501673	研究论文	利用空间转录组学技术对小鼠肾脏冷缺血损伤进行时空转录组分析，揭示特定区域的分子变化	首次使用空间转录组学技术全面表征冷缺血损伤的时空转录组变化，并开发了计算工作流程以识别特定区域的病理生理变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	揭示冷缺血损伤对肾脏移植预后的分子机制	小鼠肾脏	空间转录组学	肾脏疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本（冷缺血损伤0-48小时）
60	2025-06-24	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中的关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来影响神经母细胞极性和命运决定	研究主要基于果蝇模型，在哺乳动物系统中的适用性需要进一步验证	探究miR-190在神经母细胞不对称分裂和细胞命运决定中的分子机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA