单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-08	Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 2025-Aug-04, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115414 PMID:40769386	研究论文	研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响	首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性	未观察到Padi4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应	探讨PADs在脊髓损伤后恢复中的作用，特别是性别差异的影响	小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况	神经科学	脊髓损伤	scRNA-seq分析、Padi4基因敲除小鼠模型	动物模型（小鼠）	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	使用Cl-amidine处理的小鼠及Padi4基因敲除小鼠
42	2025-08-08	A multi-tissue human knee single-cell atlas identifies that osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-Aug-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08586-8 PMID:40753276	研究论文	构建了首个膝关节骨关节炎的单细胞RNA测序图谱，揭示了骨关节炎中组织干细胞减少和炎症性疼痛巨噬细胞增加的分子机制	首次构建了膝关节多组织的单细胞RNA测序图谱，发现了骨关节炎中组织干细胞和免疫细胞的显著变化	研究仅关注了膝关节的几种组织，可能未涵盖所有相关组织类型	揭示骨关节炎的分子机制并构建多组织单细胞图谱	人类膝关节组织（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种膝关节组织样本（具体数量未提及）
43	2025-08-08	Neurobiological subtypes of adolescent depression: a multimodal integration of morphometric similarity network and spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03133-7 PMID:40753308	research paper	该研究通过整合形态相似性网络和空间转录组学，识别了青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制	首次结合形态相似性网络和空间转录组学，揭示了青少年抑郁症的两种神经生物学亚型及其分子机制，为精准治疗提供了新框架	研究样本可能不够多样化，且未涉及长期随访数据验证亚型稳定性	识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制，推动精准治疗发展	青少年重度抑郁症患者	神经科学	抑郁症	形态相似性网络分析、空间转录组学、HYDRA算法	HYDRA	神经影像数据、转录组数据	未明确说明样本数量
44	2025-08-08	Adverse prognosis gene expression patterns in metastatic castration-resistant prostate cancer 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70001 PMID:39985777	研究论文	本研究通过分析1012个转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)组织样本，探讨了基因表达通路与临床结果及肿瘤异质性的关联	识别了五个与mCRPC预后相关的通路簇，并发现增殖、AR信号丢失和糖酵解/mTOR信号通路具有独立的预后价值	仅272名患者有生存数据，样本量相对有限	探索mCRPC中基因表达通路与临床预后的关系	转移性去势抵抗性前列腺癌(mCRPC)患者	数字病理学	前列腺癌	scRNA-seq, 基因集变异分析	NA	基因表达数据	1012个mCRPC组织样本(来自769名患者)
45	2025-08-08	Elucidating prognostic significance of purine metabolism in colorectal cancer through integrating data from transcriptomic, immunohistochemical, and single-cell RNA sequencing analysis 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70010 PMID:40017120	研究论文	通过整合转录组学、免疫组织化学和单细胞RNA测序数据，阐明嘌呤代谢在结直肠癌中的预后意义	首次通过免疫组织化学分析验证嘌呤代谢作为结直肠癌预后标志物的临床相关性，并发现五个嘌呤代谢相关基因的低表达与不良预后相关	嘌呤代谢反应的可逆性可能影响研究结果的稳定性	评估嘌呤代谢在结直肠癌中的临床相关性及其作为预后标志物的潜力	结直肠癌患者及其亚组（野生型TP53、突变型TP53和微卫星稳定表型）	数字病理学	结直肠癌	转录组分析、免疫组织化学（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、免疫组织化学图像、单细胞RNA测序数据	结直肠癌患者及其亚组
46	2025-08-08	Exploration of heterogeneity and recurrence signatures in hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70012 PMID:40018995	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，探索了肝细胞癌的异质性和复发特征，并构建了一个新的术后复发预后模型	揭示了复发HCC中CD8 T细胞增加和CD4 T细胞减少的现象，提出了MIF-(CD74 + CXCR4)信号通路作为关键机制，并开发了一个新的复发肿瘤细胞相关风险评分(RTRS)	研究主要基于小鼠植入模型验证，可能需要在更大规模的人类样本中进行进一步验证	探索肝细胞癌的异质性和复发特征，以设计更有效的抗癌疗法	肝细胞癌(HCC)的原发和早期复发肿瘤	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习, RT-qPCR	机器学习模型	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但使用了原发和早期复发HCC的单细胞RNA测序数据
47	2025-08-08	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Aug, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	本文提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域自适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	引入了一个即插即用模块，生成重要性感知且相互独立的权重，自适应地调节源域和目标域之间每个样本的潜在表示	未明确提及具体局限性	提高单细胞水平药物反应预测的准确性	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域自适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括细胞系、PDX模型和临床肿瘤患者队列
48	2025-08-08	DARLIN mouse for in vivo lineage tracing at high efficiency and clonal diversity 2025-Aug, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01141-z PMID:40119004	research paper	介绍DARLIN小鼠模型，用于高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪	DARLIN模型通过整合三个条形码阵列并结合Cas9和TdT，提高了每个条形码阵列的编辑多样性，理论上可生成10个不同的谱系条形码，并在单细胞检测中恢复超过70%细胞的谱系条形码	执行该协议需要对测序文库生成和Linux操作有一定了解	开发一种高效且具有克隆多样性的体内谱系追踪工具	小鼠模型	基因组学	NA	Cas9和末端脱氧核苷酸转移酶（TdT）结合	DARLIN小鼠模型	基因组数据	NA
49	2025-08-08	Time, the final frontier 2025-Aug, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70025 PMID:40126098	研究论文	本文主张将时间动态整合到癌症研究中，强调从传统的终点实验转向数据驱动的连续方法	提出将时间动态纳入癌症研究，开发先进的实时成像技术、创新的时间组学方法和新型计算工具	未具体说明实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	探索肿瘤的时间动态变化，以更全面地理解癌症细胞与其微环境的相互作用	肿瘤及其微环境	数字病理学	癌症	实时成像技术、时间组学方法	NA	组学数据、成像数据	NA
50	2025-08-08	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Aug, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性清除CCR8+Treg细胞来增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫，并评估了抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗的疗效和安全性	揭示了抗CCR8疗法通过重塑肿瘤微环境和破坏CCR8+Treg-C-CL5+树突状细胞相互作用，与PD1阻断协同作用的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限，需要进一步验证	探索增强肺癌抗肿瘤免疫的新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）小鼠模型和临床患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型和临床患者数据
51	2025-08-08	Presbycusis: Pathology, Signal Pathways, and Therapeutic Strategy 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410413 PMID:40349177	综述	本文综述了老年性耳聋的病理机制、信号通路及治疗策略，特别关注了血管纹在其中的关键作用	重点探讨了血管纹在老年性耳聋中的作用，并介绍了单细胞转录组学在该领域的应用	NA	增进对老年性耳聋中血管纹作用的理解，为个性化治疗和预防策略提供依据	老年性耳聋（特别是血管纹的作用）	NA	老年性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
52	2025-08-08	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	该研究利用MERFISH技术和深度学习核分割方法，构建了人类胎儿皮层发育的空间转录组图谱，揭示了皮层分层和区域特化的分子机制	发现了皮层区域特化的两种不同模式（连续渐变和离散突变），挑战了中孕期皮层区域化仅存在梯度变化的传统观点	研究仅关注胎儿发育阶段，未涉及出生后皮层发育过程	解析人类大脑皮层分层和区域特化的空间分子机制	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）、单核RNA测序、深度学习核分割	深度学习	空间转录组数据、图像数据	超过1800万个单细胞，涵盖7个发育时间点的8个皮层区域
53	2025-08-08	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体(TAUT)轴在促进白血病干细胞(LSCs)生长和白血病发生中的关键作用	首次系统性地描绘了白血病进展过程中基质信号的时序变化，并鉴定出牛磺酸作为髓系恶性肿瘤的关键调节因子	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号如何促进白血病干细胞的生长和白血病发生	白血病干细胞(LSCs)和骨髓基质细胞	肿瘤微环境	急性髓系白血病(AML)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CRISPR筛选，多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据，患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
54	2025-08-08	Visualization of the Spiral Ganglion Neuron in Vivo Using a Novel 177Lu Nuclear Molecule Label 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504464 PMID:40387257	研究论文	本研究开发了一种新型的177Lu核分子标记方法，用于在体内可视化螺旋神经节神经元（SGNs），以评估耳蜗神经的完整性	首次使用放射性核素标记的抗VGLUT1抗体药物实现耳蜗SGNs的动物水平体内成像	研究仅在动物模型中进行，尚未应用于人类临床	开发一种新型方法，用于评估耳蜗神经的完整性，以改善人工耳蜗植入术前的评估	螺旋神经节神经元（SGNs）	数字病理	听力损失	核成像	NA	图像	小鼠和猪模型
55	2025-08-08	Activation of HTR2B Suppresses Osteosarcoma Progression through the STAT1-NLRP3 Inflammasome Pathway and Promotes OASL1+ Macrophage Production to Enhance Antitumor Immunity 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415276 PMID:40387572	研究论文	本研究探讨了HTR2B在骨肉瘤进展中的潜在作用及其通过STAT1-NLRP3炎症小体途径和促进OASL1+巨噬细胞产生来增强抗肿瘤免疫的机制	首次提出HTR2B作为骨肉瘤治疗的新靶点，揭示了其通过双重机制（直接抑制肿瘤细胞增殖和增强宿主免疫反应）发挥作用	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验的进一步验证	探索HTR2B在骨肉瘤进展中的作用及其潜在治疗价值	骨肉瘤组织和细胞系	肿瘤学	骨肉瘤	转录组测序分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	TARGET、GEO数据库中的骨肉瘤组织样本及医院收集的样本
56	2025-08-08	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	研究论文	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈部鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在PBMCs中测量DDR相关信号，并发现其与免疫检查点抑制剂反应的相关性	样本量较小（50名患者），需要进一步验证	探索DDR相关信号和氧化应激状态作为nivolumab疗效的生物标志物	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA原位数据	50名复发/转移性HNSCC患者和26名健康对照
57	2025-08-08	Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy 2025-Aug, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03045-x PMID:40437021	研究论文	本研究探讨了通过重塑缺氧的三阴性乳腺癌（TNBC）微环境来恢复Vγ9Vδ2 T细胞疗法的抗肿瘤效果	揭示了γδ T细胞在TNBC微环境中的功能异质性，并提出了通过抑制HIF-1信号通路来增强Vγ9Vδ2 T细胞疗法的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	提高Vγ9Vδ2 T细胞疗法在晚期乳腺癌治疗中的疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中的γδ T细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、小鼠模型	小鼠模型	scRNA-seq数据、TCGA数据、实验数据	未明确提及具体样本数量，但涉及TNBC、非TNBC及健康个体的数据
58	2025-08-08	Patterns of intra- and intertumor phenotypic heterogeneity in lethal prostate cancer 2025-Aug-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186599 PMID:40493417	研究论文	本研究旨在定义致死性前列腺癌中肿瘤间和肿瘤内异质性的模式、程度和后果	结合原位组织学和测序方法，揭示了患者、转移灶和细胞水平的表型异质性，并发现分子亚型异质性与基因组和临床特征的关联	样本量相对较小（52名患者），且仅针对致死性前列腺癌，可能不适用于其他阶段或类型的前列腺癌	探究致死性前列腺癌的肿瘤异质性模式及其临床意义	52名转移性前列腺癌患者的630多个肿瘤样本	数字病理学	前列腺癌	原位组织学分析、测序方法、单细胞测序	NA	组织样本、测序数据	52名患者的630多个肿瘤样本
59	2025-08-08	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, and Mendelian randomization to elucidate the role of HLA-DPA1 expression levels and non-classical monocytes in the pathogenesis of idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145284 PMID:40545078	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究和表达数量性状位点数据，研究HLA-DPA1表达水平与非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	首次发现HLA-DPA1在非经典单核细胞中的表达与特发性肺动脉高压的免疫失调和血管重塑密切相关	研究样本量有限，且未进行功能验证实验	阐明HLA-DPA1表达水平与非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	特发性肺动脉高压患者的单核细胞和非经典单核细胞	生物信息学	特发性肺动脉高压	scRNA-seq, GWAS, eQTL, sc-eQTL, bulk RNA-seq	NA	RNA测序数据	特发性肺动脉高压患者和健康对照的外周血单核细胞和肺组织样本
60	2025-08-08	Temporal control of progenitor competence shapes maturation in GABAergic neuron development in mice 2025-Aug, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01999-y PMID:40629142	研究论文	本研究探讨了小鼠GABA能神经元发育中祖细胞能力的时间控制如何影响其成熟和分化	揭示了转录程序和染色质可及性如何调控GABA能神经元亚型在神经发育过程中的成熟和多样化	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及人类或其他物种	探究祖细胞能力如何影响GABA能神经元的成熟和分化	小鼠胚胎中的GABA能投射神经元和中间神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、染色质可及性分析、谱系追踪、出生日期标记、跨发育阶段移植和扰动测序	NA	转录组数据和染色质可及性数据	小鼠胚胎样本