单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-14	Analysis of Microarray and Single-Cell RNA-Seq Finds Gene Co-Expression and Tumor Environment Associated with Extracellular Matrix in Epithelial-Mesenchymal Transition in Prostate Cancer 2025-Sep-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178575 PMID:40943497	研究论文	利用生物信息学方法分析前列腺癌中与上皮-间质转化相关的基因共表达网络及肿瘤微环境	首次结合微阵列和单细胞RNA测序数据重建前列腺癌EMT相关差异表达基因网络	NA	阐明前列腺癌中差异表达基因的分子特征和通路，并识别潜在生物标志物	前列腺癌(PCa)相关的基因表达数据	生物信息学	前列腺癌	微阵列，单细胞RNA测序(RNA-Seq)	NA	基因表达数据	基于TCGA等公共数据库的样本（具体数量未明确说明）
42	2025-09-14	Machine Learning Integration of Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data Reveals Cathepsin B as a Central PANoptosis Regulator in Influenza 2025-Sep-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178533 PMID:40943452	研究论文	通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，结合机器学习方法鉴定出组织蛋白酶B（CTSB）是流感感染中PANoptosis的关键调控因子	首次整合bulk和scRNA-seq数据解析流感感染中PANoptosis的细胞异质性和转录动态，并利用多种机器学习算法识别出CTSB作为核心调控因子	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚待进行；机制研究仍需进一步实验验证	解析流感病毒感染中PANoptosis的分子调控机制，寻找关键调控因子	流感A病毒（IAV）感染的小鼠模型，巨噬细胞和中性粒细胞	生物信息学	流感	bulk RNA-seq, scRNA-seq, AUCell, ssGSEA, AddModuleScore	SVM, Random Forest, LASSO	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但包含bulk和单细胞RNA-seq数据集
43	2025-09-14	BMP5 signalling in beta cells and the impact on insulin secretion in the context of type 2 diabetes 2025-Sep, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06457-9 PMID:40471239	研究论文	本研究探讨了BMP5信号在胰岛β细胞中的功能及其对2型糖尿病胰岛素分泌的影响	首次揭示BMP5是β细胞中主要表达的BMP配体，并证明其信号增强会损害β细胞功能	NA	探究BMP5在维持β细胞功能中的作用及其与2型糖尿病的关联	人类胰岛细胞和EndoC-βH1细胞系	分子生物学	2型糖尿病	scRNA-seq, 慢病毒介导的基因敲低, 葡萄糖刺激胰岛素分泌测试	NA	RNA测序数据, 基因表达数据	来自有无2型糖尿病供体的人类胰岛细胞scRNA-seq数据集
44	2025-09-14	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Sep, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术发现CXCL6是MMP7的下游靶点，并证实其作为胆道闭锁新型胆汁标志物的潜力	首次发现CXCL6是MMP7在胆道闭锁中的下游靶点，并揭示其在肝纤维化中的潜在病理作用	机制研究主要基于体外实验，需进一步体内验证	探究MMP7在胆道闭锁发病机制中的下游信号通路	胆道上皮细胞及胆道闭锁患者肝组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	胆道闭锁患者、非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝组织和血清样本
45	2025-09-14	Heterogeneity in Osteosarcoma Revealed by scRNA Sequencing: CLU+ Endothelial Cells as Key Players in Tumor Progression 2025-Sep, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70138 PMID:40623412	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤的空间异质性，发现CLU+内皮细胞在肿瘤进展中的关键作用	首次在骨肉瘤中通过空间区域（中心区与周边区）配对样本的单细胞分析揭示CLU+内皮细胞通过ITGB1和Nectin2-TIGIT通路促进转移并诱导T细胞耗竭	样本量较小（仅6例患者），需更大队列验证	探究骨肉瘤瘤内异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	骨肉瘤患者的配对肿瘤组织样本（中心区与周边区）	单细胞组学	骨肉瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	6例骨肉瘤患者的配对肿瘤样本
46	2025-09-14	Investigating cytotoxic and inflammatory human IL-7 receptor low effector memory CD8+ T cells in lupus 2025-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105898 PMID:40857939	研究论文	本研究通过分析狼疮患者中IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞的异质性，探讨其在炎症和组织损伤中的作用	发现IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞亚群在狼疮外周血和肾脏中积累，并证实其通过TNF-α和IFN-γ诱导中性粒细胞胞外诱捕网形成	NA	探究CD8+ T细胞在狼疮发病机制中的临床和生物学意义	狼疮患者的外周血和肾脏组织样本	免疫学	狼疮	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列, Imaging Mass Cytometry (IMC)	NA	基因表达数据, 组织图像数据	来自狼疮患者和正常肾脏组织的样本（具体数量未明确说明）
47	2025-09-14	OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013480 PMID:40920823	研究论文	介绍OmnibusX平台，一个集成化、隐私优先的无代码多组学数据分析工具	整合多种组学分析工作流和开源工具于统一平台，提供高精度细胞类型预测引擎和交互式绘图编辑器	NA	降低多组学数据分析的技术门槛，提高可重复性，加速生物发现	多组学数据分析流程和工具集成	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics	NA	多组学数据	NA
48	2025-09-14	Cytotoxic CX3CR1+ Vδ1 T cells clonally expand in an interplay of CMV, microbiota, and HIV-1 persistence in people on antiretroviral therapy 2025-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013489 PMID:40920867	研究论文	本研究揭示了HIV-1感染者中Vδ1 γδ T细胞的克隆扩增现象及其与CMV、微生物组和HIV-1病毒库控制的关联	首次在单细胞水平解析Vδ1 T细胞的表型、功能、转录组和受体库，并阐明其与CMV、微生物组及HIV-1病毒库的多重相互作用	样本量较小（15例HIV-1感染者与15例对照），且为横断面研究，无法确定因果关系	探究HIV-1感染者中Vδ1 T细胞的扩增机制及其在控制HIV-1病毒库中的潜在作用	HIV-1感染者和HIV血清阴性对照者的血液和十二指肠上皮内淋巴细胞	免疫学	HIV-1感染	单细胞转录组测序、表型分析、功能分析、微生物组分析	NA	生物样本（血液、组织活检）、测序数据、表型数据	30人（15例HIV-1感染者+15例对照）
49	2025-09-14	Repopulating Microglia Suppress Peripheral Immune Cell Infiltration to Promote Poststroke Recovery 2025-Sep, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70565 PMID:40931631	研究论文	研究通过短暂清除并再增殖小胶质细胞来调节卒中后免疫微环境，促进神经功能恢复	首次发现小胶质细胞再增殖可重塑免疫微环境，抑制外周免疫细胞浸润并促进卒中后恢复	NA	开发抑制有害炎症并促进神经修复的卒中治疗策略	缺血性卒中后的小胶质细胞和免疫微环境	神经科学	缺血性卒中	单细胞转录组学、行为测试、细胞因子阵列、流式细胞术、免疫荧光	NA	转录组数据、行为数据、细胞表型数据	NA
50	2025-09-14	From Pathophysiology to Innovative Therapies in Eye Diseases: A Brief Overview 2025-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178496 PMID:40943417	综述	本文综述了眼科疾病从病理生理学到创新疗法的进展，重点介绍了分子影像和精准治疗技术	整合了高分辨率成像技术、人工智能辅助分析及基因治疗、干细胞疗法等前沿治疗策略	这些技术尚未在常规临床实践中广泛应用，需进一步验证、监管批准和长期安全性评估	探讨分子影像和精准治疗在眼科疾病中的应用与挑战	年龄相关性黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼和葡萄膜炎等致盲性眼病	数字病理学	眼科疾病	OCT, OCT血管成像, MALDI-MSI, 空间转录组学, 单细胞转录组学, 蛋白质组学	机器学习	影像	NA
51	2025-09-14	Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury 2025-Aug-29, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1 PMID:40909780	研究论文	本研究探讨造血细胞中EphA4缺失如何通过调节小胶质细胞异质性改善脑损伤后的长期空间记忆功能	首次揭示外周免疫来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞动态影响神经免疫重塑和功能恢复的新机制	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中验证；长期效应机制需进一步探索	探究EphA4在调节脑损伤后小胶质细胞反应和功能恢复中的作用	造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型	神经免疫学	脑损伤	单细胞RNA测序，骨髓嵌合模型，控制性皮质撞击(CCI)	基因敲除动物模型	基因表达数据，行为学数据，形态学数据	使用造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠进行实验
52	2025-09-14	Liposomal Doxorubicin, but Not Platinum-Taxane, Supports MHC-II Expression and Immune Maturation in the Ovarian Tumor Microenvironment 2025-Aug-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172827 PMID:40940927	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和流式细胞术，评估了不同化疗方案对卵巢癌小鼠模型肿瘤生长和肿瘤微环境免疫细胞群的影响	发现聚乙二醇化脂质体多柔比星（PLD）能选择性上调肿瘤细胞MHC II类分子表达并促进免疫成熟，而铂类-紫杉烷方案无此效应	研究基于小鼠模型和有限体外实验，临床转化价值需进一步验证	评估化疗与免疫系统的相互作用，特别是不同化疗方案对卵巢癌免疫微环境的影响	卵巢癌小鼠模型、卵巢癌细胞系和患者肿瘤细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞转录组测序、流式细胞术	NA	转录组数据、流式细胞数据	小鼠模型、多个卵巢癌细胞系和患者肿瘤样本
53	2025-09-14	Neuromodulatory Signaling in Chronic Pain Patients: A Narrative Review 2025-Aug-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171320 PMID:40940732	综述	本文综述了神经调节信号在慢性疼痛病理机制中的作用及潜在治疗靶点	整合转录组分析、功能神经影像和单细胞RNA测序等新技术揭示患者特异性神经调节功能障碍模式	NA	探讨神经调节系统在慢性疼痛中的作用机制并指导精准治疗策略	慢性疼痛患者（如纤维肌痛症患者）的神经调节通路	神经科学	慢性疼痛	转录组分析、功能神经影像、单细胞RNA测序	NA	临床观察数据与临床前研究数据	NA
54	2025-09-14	Artificial Intelligence in Ocular Transcriptomics: Applications of Unsupervised and Supervised Learning 2025-Aug-26, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14171315 PMID:40940727	综述	本文综述了2019至2025年间人工智能在眼科转录组学中的应用，重点探讨无监督与监督学习方法在生物标志物发现、细胞类型分类及眼病模型构建中的进展	系统整合了AI在眼科转录组学中的最新应用，涵盖从传统机器学习到深度学习框架的多模态整合方法	模型可解释性与标准化存在挑战	推动精准眼科医学发展	眼组织转录组数据（包括视网膜、角膜等）	自然语言处理	眼科疾病（如黄斑变性、糖尿病视网膜病变、青光眼等）	微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	PCA, t-SNE, UMAP, WGCNA, LASSO, SVM, RF, 变分自编码器, 神经网络	基因表达数据	NA
55	2025-09-14	Current Role and Future Frontiers of Spatial Transcriptomics in Genitourinary Cancers 2025-Aug-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172774 PMID:40940870	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
56	2025-09-14	A fibroblast-centric network drives cold fibrosis in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.25.668405 PMID:40909739	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中由癌症相关成纤维细胞驱动的冷纤维化结构及其与免疫细胞的相互作用	首次将非癌性纤维化中的热/冷纤维化概念应用于癌症研究，发现LUSC中存在独特的冷纤维化结构并由CAF自分泌生长因子环路维持	样本量较小（16例患者），且仅限于初治患者	探究慢性炎症相关癌症中纤维化基质的组织原则及治疗脆弱性	肺鳞状细胞癌患者肿瘤及癌旁正常组织	肿瘤微环境研究	肺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	16例初治肺鳞状细胞癌患者的匹配肿瘤和癌旁组织
57	2025-09-14	CCL26 and CXCL12 Promote Release of Insulin-Sensitizing Adipose Tissue Macrophage sEVs from Subcutaneous Adipose Tissue in Obesity 2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.20.670151 PMID:40894782	研究论文	研究发现皮下脂肪组织中的巨噬细胞通过释放小细胞外囊泡改善胰岛素敏感性，并揭示了CCL26和CXCL12在此过程中的调控机制	首次发现皮下脂肪组织巨噬细胞来源的sEVs具有改善胰岛素敏感性的功能，并阐明CCL26和CXCL12调控巨噬细胞亚群分布的机制	NA	探究肥胖状态下皮下脂肪组织对抗代谢功能障碍的保护性机制	皮下脂肪组织巨噬细胞(sATMs)及其分泌的小细胞外囊泡(sEVs)	代谢疾病研究	代谢功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞生长和迁移测量	NA	基因表达数据, 细胞测量数据	NA
58	2025-09-14	Genomic Insights into Tumorigenesis in Newly Diagnosed Multiple Myeloma 2025-Aug-23, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics15172130 PMID:40941618	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤（MM）及其癌前阶段的遗传突变，揭示疾病进展的分子机制	发现新诊断MM患者中的新基因，并识别出在癌变中起关键作用的特定基因和基因家族	NA	检测导致多发性骨髓瘤进展和肿瘤发生的遗传突变	MGUS、SMM及新诊断MM患者的样本	基因组学	多发性骨髓瘤	scRNA-seq	NA	基因组序列数据	NA
59	2025-09-14	Dynamic Intercellular Networks in the CNS: Mechanisms of Crosstalk from Homeostasis to Neurodegeneration 2025-Aug-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178155 PMID:40943076	综述	本文综述了中枢神经系统中动态细胞间通讯网络在健康稳态、衰老、脱髓鞘疾病和阿尔茨海默病等状态下的作用机制	通过比较不同疾病背景下的细胞间信号机制，强调了中枢神经对话不仅作为疾病进展的标志，还作为精准治疗的潜在途径	NA	探讨细胞间通讯网络如何维持或破坏中枢神经系统的完整性和功能	神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和其他胶质细胞群体	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
60	2025-09-14	Neoadjuvant immunotherapy promotes the formation of mature tertiary lymphoid structures in a remodeled pancreatic tumor microenvironment 2025-Aug-15, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0387 PMID:40815230	研究论文	本研究通过空间多组学分析揭示了新辅助免疫治疗在胰腺癌中促进成熟三级淋巴结构形成及其与肿瘤微环境重塑的关系	首次构建了接受新辅助免疫治疗的PDAC患者肿瘤和淋巴结的空间多组学图谱，并利用机器学习方法识别了TLS特异性空间基因表达特征	研究样本量有限，且主要基于观察性分析，需要进一步实验验证机制	探究三级淋巴结构在胰腺癌免疫治疗中的作用及其空间特征	胰腺导管腺癌（PDAC）患者肿瘤组织和肿瘤邻近淋巴结	数字病理学	胰腺癌	成像质谱流式技术、空间转录组学、机器学习图像分类	无监督学习、图像分类模型	组织图像、空间转录组数据、多组学数据	接受联合新辅助免疫治疗的PDAC患者肿瘤和淋巴结样本（具体数量未明确说明）