单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-30	PU.1 regulation of type 1 dendritic cell function via NF-κB pathway in inhibition of non-small cell lung cancer progression 2025-Jul, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101154 PMID:40727943	研究论文	本研究探讨了转录因子PU.1在1型常规树突状细胞(cDC1)中的调控作用及其通过调节NF-κB信号通路在非小细胞肺癌(NSCLC)中的治疗潜力	揭示了PU.1通过NF-κB通路调控cDC1功能抑制NSCLC进展的新机制，并提出了PU.1作为NSCLC治疗新靶点的潜力	NA	探究PU.1在cDC1细胞中的调控作用及其在NSCLC治疗中的潜在应用	非小细胞肺癌(NSCLC)组织和1型常规树突状细胞(cDC1)	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞转录组测序和CIBERSORT算法	NA	转录组数据	NA
42	2025-07-30	Single-Cell Transcriptomic Analysis Unveils Key Regulators and Signaling Pathways in Lung Adenocarcinoma Progression 2025-Jun-30, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071606 PMID:40722679	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌进展中的关键调控因子和信号通路	利用单细胞RNA测序技术揭示肺腺癌不同阶段的细胞类型特异性转录组变化及肿瘤微环境中的动态细胞间通讯	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	探索肺腺癌进展的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	肺腺癌患者不同疾病阶段的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个肺腺癌患者队列
43	2025-07-30	Identification of Immune Hub Genes in Obese Postmenopausal Women Using Microarray and Single-Cell RNA Seq Data 2025-Jun-30, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16070783 PMID:40725440	研究论文	本研究通过微阵列和单细胞RNA测序数据识别了肥胖绝经后妇女脂肪组织中的免疫枢纽基因	首次在肥胖绝经后妇女脂肪组织中识别出关键的免疫枢纽基因，并发现NK细胞通过这些基因表达在脂肪组织炎症中起重要作用	研究样本仅限于绝经后肥胖妇女，结果可能不适用于其他人群	阐明肥胖相关免疫失调的潜在机制	肥胖绝经后妇女的脂肪组织	生物信息学	肥胖症	微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RT-qPCR	WGCNA、PPI网络分析、ssGSEA	基因表达数据	来自GEO数据库的微阵列数据集(GSE151839)和单细胞RNA-seq数据集(GSE176171)，以及肥胖和对照组斑马鱼模型
44	2025-07-30	Dissecting the Cellular Heterogeneity Underlying Liver Diseases Through the Integration of GWASs and Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-27, Biology DOI:10.3390/biology14070777 PMID:40723338	研究论文	通过整合GWAS和单细胞RNA测序技术，解析肝脏疾病背后的细胞异质性	首次将GWAS数据与单细胞RNA测序数据整合，揭示了肝脏疾病遗传风险信号主要定位于非实质细胞，特别是特定亚群的免疫激活或应激响应转录程序	研究仅关注了人类肝脏细胞，未涉及其他物种或组织	解析肝脏疾病的细胞异质性，揭示遗传风险的功能基础	人类肝脏细胞（约168,000个）	基因组学	肝脏疾病	GWAS, 单细胞RNA测序	scDRS	基因组数据, 转录组数据	约168,000个人类肝脏细胞
45	2025-07-30	Cell-Type Annotation for scATAC-Seq Data by Integrating Chromatin Accessibility and Genome Sequence 2025-Jun-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15070938 PMID:40723810	研究论文	提出了一种名为scAttG的深度学习框架，用于整合染色质可及性和基因组序列信息，以提高scATAC-seq数据的细胞类型注释准确性	结合了图注意力网络（GATs）和卷积神经网络（CNNs），首次同时利用染色质可及性信号和基因组序列特征进行细胞类型注释	未明确说明模型在不同批次数据间的泛化能力及计算效率	解决现有scATAC-seq细胞注释方法在数据对齐和批次效应方面的局限性	scATAC-seq数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	scATAC-seq	GATs, CNNs	基因组序列数据、染色质可及性数据	多个scATAC-seq数据集（未明确数量）
46	2025-07-30	Integrating Bulk RNA and Single-Cell Sequencing Data Reveals Genes Related to Energy Metabolism and Efferocytosis in Lumbar Disc Herniation 2025-Jun-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13071536 PMID:40722613	研究论文	通过整合批量RNA和单细胞测序数据，揭示了与腰椎间盘突出症（LDH）中能量代谢和胞葬作用相关的基因	首次结合批量RNA和单细胞测序数据，识别出与LDH相关的能量代谢和胞葬作用差异表达基因（EMERDEGs），并验证了其功能	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的体内或体外功能实验	探索LDH的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	腰椎间盘突出症（LDH）患者和对照组的转录组数据	生物信息学	腰椎间盘突出症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR	机器学习方法	转录组数据	未明确提及样本数量，但使用了LDH和对照组的转录组数据集
47	2025-07-30	scQTLtools: An R/Bioconductor Package for Comprehensive Identification and Visualization of Single-Cell eQTLs 2025-Jun-23, Biology DOI:10.3390/biology14070743 PMID:40723304	研究论文	介绍了一个名为scQTLtools的R/Bioconductor包，用于全面识别和可视化单细胞eQTLs	开发了一个综合性的工具包，支持从预处理到可视化的端到端单细胞eQTL分析，并实现了三种统计模型以适应不同的数据特征	目前仅支持顺式eQTL映射，未来将扩展到包括反式eQTL检测	解决现有工具在功能、输入兼容性或稀疏单细胞数据的可扩展性方面的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	急性髓系白血病	scRNA-seq	线性回归、泊松回归和零膨胀负二项回归	单细胞RNA测序数据	NA
48	2025-07-30	Pig meniscus single-cell sequencing reveals highly active red zone chondrocyte populations involved in stemness maintenance and vascularization development 2025-Jun-18, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2400388 PMID:40722245	研究论文	通过猪半月板单细胞测序揭示了参与干细胞维持和血管化发展的高度活跃的红区软骨细胞群体	首次提供了猪半月板的单细胞转录组图谱，揭示了红区和白区软骨细胞亚群的显著差异及其在组织工程中的潜在应用	研究仅基于猪模型，人类半月板的直接应用仍需进一步验证	探索半月板损伤的治疗潜力及猪作为骨科治疗开发模型的适用性	猪半月板细胞	组织工程	骨科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及猪半月板的多种细胞类型
49	2025-07-30	Single cell transcriptomic analysis reveals transcriptome differences of different cells between eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps and non-eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328241 PMID:40720416	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉与非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉之间不同细胞的转录组差异	首次使用单细胞RNA测序技术比较了eCRSwNP和neCRSwNP的细胞异质性和分子机制	样本量较小（3例健康对照和6例患者）	探索eCRSwNP和neCRSwNP的发病机制差异	嗜酸性和非嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者	生物信息学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3例健康对照和6例患者（3例eCRSwNP和3例neCRSwNP）
50	2025-07-30	Single-Cell Data and Weighted Correlation Network Analysis Revealed the Regulatory Mechanisms of Macrophages in Carotid Plaques 2025, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/jimr/9987367 PMID:40727388	研究论文	通过单细胞数据和加权相关网络分析揭示巨噬细胞在颈动脉斑块中的调控机制	在单细胞水平上发现影响颈动脉斑块进展和巨噬细胞调控的潜在生物标志物，并研究其在免疫调控、程序性细胞死亡（PCD）和炎症因子调节中的作用	NA	理解基于巨噬细胞异质性的颈动脉斑块形成机制，为临床干预提供有价值的见解	颈动脉斑块中的巨噬细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组测序、bulk RNA-seq、WGCNA、随机森林、LASSO回归、qRT-PCR、Western blot、ssGSEA	随机森林、LASSO回归	单细胞转录组数据、bulk RNA-seq数据	NA
51	2025-07-30	Identifying and Diagnosing Lytic Cell Death Genes in Atherosclerosis Using Machine Learning and Bioinformatics 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S520039 PMID:40727462	研究论文	本研究利用机器学习和生物信息学方法，探讨了溶解性细胞死亡（LCD）在动脉粥样硬化（AS）中的作用和机制	结合机器学习和生物信息学方法筛选LCD相关基因，并开发了人工神经网络（ANN）模型用于AS的诊断和分期	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探讨溶解性细胞死亡在动脉粥样硬化中的作用和机制	动脉粥样硬化相关基因和细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、机器学习、生物信息学分析	ANN	基因表达数据	来自GEO数据库的基因表达数据和单细胞测序数据
52	2025-07-29	Exploring the comorbidity mechanisms of ITGB2 in rheumatoid arthritis and membranous nephropathy through integrated bioinformatics analysis 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2536730 PMID:40697036	研究论文	通过整合生物信息学分析探索ITGB2在类风湿性关节炎和膜性肾病中的共病机制	首次发现ITGB2是RA和MN的共同致病基因，并揭示了其在M1巨噬细胞极化和B细胞成熟分化中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索类风湿性关节炎和膜性肾病的共同发病机制	类风湿性关节炎和膜性肾病患者	生物信息学	类风湿性关节炎, 膜性肾病	RNA测序, 单细胞RNA测序, 分子对接	随机森林算法, Monocle3, CellChat	基因表达数据	从Gene Expression Omnibus和ImmPort数据库获取的批量及单细胞RNA测序数据集
53	2025-07-29	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Sep-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类（PIGU）在肝细胞癌（HCC）糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用多种组学数据（包括RNA测序、蛋白质组学和单细胞RNA测序）结合CRISPR敲除筛选分析，揭示了PIGU在HCC糖酵解途径中的调控作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证	阐明PIGU在HCC糖酵解途径中的分子调控机制	肝细胞癌细胞系（SMMC-7721和Huh7）及临床样本	癌症生物学	肝细胞癌	RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、CRISPR敲除筛选、免疫组化（IHC）、蛋白质组学	NA	组学数据（转录组、蛋白质组）、细胞实验数据	3773例HCC样本（RNA数据）、234例HCC样本（IHC和蛋白质组数据）、22861个HCC细胞（单细胞RNA测序）
54	2025-07-29	Single-cell RNA sequencing reveals the role of heat shock protein 90AA1 in Müller cell proliferation via the Necroptosis/MAPK pathway in diabetic retinopathy 2025-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110508 PMID:40617280	研究论文	本研究探讨了热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）在糖尿病视网膜病变（DR）中Müller细胞（MCs）增殖中的作用	通过单细胞RNA测序揭示了HSP90AA1在糖尿病视网膜病变中通过坏死性凋亡/MAPK通路调控Müller细胞增殖的新机制	样本量较小（4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者）	研究糖尿病视网膜病变的细胞和分子机制	Müller细胞（MCs）和热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	4名糖尿病患者和2名非糖尿病患者的视网膜样本
55	2025-07-29	Identification of inflammation-related biomarkers and therapeutic targets for neurogenic bladder fibrosis via multi-omics analysis 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110721 PMID:40618693	研究论文	通过多组学分析识别炎症相关生物标志物和治疗靶点，用于神经源性膀胱纤维化的诊断和治疗	首次通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习方法，识别出HIF-1α、IL-1β、CD40和IL10RA作为神经源性膀胱纤维化的诊断标志物，并发现MEK抑制剂PD-0325901作为潜在治疗药物	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证	识别神经源性膀胱纤维化的炎症相关生物标志物并探索潜在治疗药物	神经源性膀胱纤维化大鼠模型和患者组织样本	生物医学	神经源性膀胱纤维化	单细胞RNA测序、批量RNA测序、WGCNA、机器学习、分子对接模拟	机器学习	RNA测序数据	大鼠模型和患者组织样本
56	2025-07-29	Leveraging machine learning and single-cell RNA sequencing strategies to develop a risk prognosis scoring based on liquid-liquid phase separation feature genes in pediatric hepatoblastoma 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110685 PMID:40618698	研究论文	本研究结合机器学习和单细胞RNA测序技术，分析肝母细胞瘤中液-液相分离相关基因的分子特征，并建立首个基于液-液相分离的预后预测模型	首次在肝母细胞瘤中探索液-液相分离的作用，并开发基于机器学习的风险评分模型和可视化诊断工具	研究依赖于公开数据库的RNA-seq数据，未进行实验验证	探索液-液相分离在肝母细胞瘤中的作用并开发预后预测模型	肝母细胞瘤患者	机器学习	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Random Forest, SVM-RFE, Lasso回归	RNA-seq数据	多个GEO数据集(GSE133039, GSE75271, GSE81928, GSE132037, GSE186975)
57	2025-07-29	PANoptosis-driven molecular stratification in esophageal squamous cell carcinoma: A multi-omics prognostic model and FGFR-Targeted therapeutic validation 2025-Sep, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110688 PMID:40628169	研究论文	本研究通过多组学分析构建了一个基于PANoptosis的食管鳞状细胞癌预后模型，并验证了FGFR抑制剂AZD4547的治疗潜力	首次基于PANoptosis构建了食管鳞状细胞癌的预后模型，并发现FGFR抑制剂通过抑制EMT和调控MYC/E2F通路具有治疗潜力	研究结果需要在更大规模的临床队列中进一步验证	探索PANoptosis在食管鳞状细胞癌预后和治疗中的作用	食管鳞状细胞癌患者	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因集富集分析(GSEA)	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据, 微阵列数据	一个外部微阵列队列和一个独立RNA-seq队列
58	2025-07-29	Single-cell transcriptional landscape of peripheral myeloid cells in autoimmune diseases 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113026 PMID:40703454	研究论文	通过单细胞RNA测序分析自身免疫性疾病中外周髓系细胞的转录组景观	首次在14种自身免疫性疾病中大规模分析髓系细胞的单细胞转录组，并鉴定出13个具有独特免疫学特征的髓系细胞亚群	研究仅关注外周髓系细胞，未涉及其他免疫细胞类型或组织特异性髓系细胞	揭示自身免疫性疾病中髓系细胞的异质性和功能失调	375个单细胞RNA测序样本中的351,905个髓系细胞	单细胞转录组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	伪时间分析(pseudotime analysis)	单细胞转录组数据	375个样本(涵盖14种自身免疫性疾病)中的351,905个髓系细胞
59	2025-07-29	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients 2025-Aug, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2849-2 PMID:40374987	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了FAS阳性T细胞和自噬相关特征在预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者对化疗免疫治疗反应中的作用	首次构建了基于自噬相关基因的预后模型，并鉴定FAS作为预后生物标志物，揭示了FAS阳性T细胞与良好预后的关联	样本量相对有限，特别是单细胞测序数据仅来自4例患者	探索自噬相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后价值	弥漫大B细胞淋巴瘤患者和健康对照	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞测序, 空间转录组学, 抗体阵列	自噬相关预后模型	转录组数据, 蛋白质组数据	1,409例DLBCL患者, 531例健康对照, 4例单细胞测序数据, 10例空间转录组数据, 110例本地队列蛋白质组数据
60	2025-07-29	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-Aug, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性、纵向队列研究，旨在评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究首次全面评估心脏移植后代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用多种先进技术进行深度表型分析	样本量相对有限（400例），且为单中心研究	改善心脏移植患者的长期生存率	心脏移植患者	心血管疾病	心血管疾病	心脏磁共振成像和光谱学(cMRI/MRS)、第三代和第四代测序(短读长和长读长测序)、单细胞测序	NA	临床数据、影像数据、基因组数据	400名心脏移植术后患者