单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-09	Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10056-4 PMID:40610613	研究论文	本研究通过机器学习辅助的多维转录组分析，探讨了细胞骨架相关分子与肝细胞癌预后的关系	开发了一个基于五种细胞骨架相关基因（ARPC1A、CCNB2、CKAP5、DCTN2、TTK）的预后模型，并通过单细胞测序和空间转录组学揭示了这些基因在恶性组织中的表达及其与免疫抑制微环境的关联	研究依赖于公开数据集，可能受到样本选择和数据的限制	探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序（scRNA-seq）、空间转录组学、药物筛选、分子对接	LASSO回归、随机森林	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	TCGA-LIHC数据集、ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV两个独立队列
42	2025-07-09	The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03066-1 PMID:40610765	研究论文	本研究探讨了JPT1在肝细胞癌（HCC）中的表达、功能及其与预后的关系	首次系统性地研究了JPT1在HCC中的表达模式、功能机制及其与免疫微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明JPT1在HCC进展中的作用及其潜在机制	肝细胞癌（HCC）患者和癌细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	生物信息学分析（包括差异表达基因分析、功能富集分析、空间转录组学）	Cox比例风险模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的HCC患者样本
43	2025-07-09	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究探讨了p75NTR对颌面过程矿化和发育的影响，并阐明了p75NTR对神经嵴细胞成牙或成骨分化能力的潜在机制	通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对EMSCs成牙或成骨分化能力的潜在机制，揭示了p75NTR在硬组织发育启动和胚胎发育期间EMSCs成牙和成骨分化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探索p75NTR对颌面过程矿化和发育的影响及其机制	p75NTR基因敲除小鼠和野生型小鼠胚胎的EMSCs	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 矿化诱导和伤口愈合实验	NA	基因表达数据	p75NTR-/-和p75NTR+/+小鼠胚胎的EMSCs
44	2025-07-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究四指马鲅幼鱼鳃部在低氧条件下的细胞和分子反应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，揭示了四指马鲅鳃部细胞在低氧应激下的异质性，并鉴定出潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼鳃部，未涉及其他组织或发育阶段	探究四指马鲅对低氧环境的细胞和分子响应机制	四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 苏木精-伊红(HE)染色, 透射电子显微镜(TEM)	NA	RNA测序数据, 形态学图像数据	未明确说明样本数量，研究使用四指马鲅幼鱼鳃组织在常氧和低氧条件下的样本
45	2025-07-09	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Jul-03, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于结合TCGA和单细胞RNA-seq数据识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	整合了批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，进行突变特异性免疫动态分析，填补了批量与单细胞分析之间的空白	未提及具体的技术验证或实验验证步骤	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究其与患者生存和免疫细胞状态的关系	癌症患者基因组数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞RNA-seq数据	TCGA数据库中的癌症样本及用户提供的单细胞数据集
46	2025-07-09	Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf317 PMID:40618351	研究论文	本文介绍了一种名为Magic的自训练对比学习模型，用于从组织学图像预测空间基因表达分布	提出了结合对比学习和基于动量的伪目标生成模块，以减少噪声影响，并利用基于transformer的解码器预测基因表达	未提及具体的技术实现细节和计算资源需求	开发一种能够从组织学图像预测空间基因表达的计算方法	乳腺癌和结直肠癌的组织切片及TCGA数据集	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	对比学习模型（Magic）	图像和基因表达数据	训练集包含56个乳腺癌切片的75,760个点，验证集包含5个独立切片的11,026个点
47	2025-07-09	Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf309 PMID:40618350	研究论文	提出了一种基于方差分解分析的单细胞转录组数据基因共表达网络推断方法GCNVDA，用于探索基因调控机制	GCNVDA方法通过整合多种变异源（包括基因水平方差和残差误差）来推断基因共表达网络，优于现有算法	未提及具体的数据稀疏性和噪声处理能力限制	探索细胞类型特异性基因共表达网络，以理解基因功能和疾病病理学	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	GCNVDA	转录组数据	三个真实世界的单细胞数据集
48	2025-07-09	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jun-24, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文研究了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）的进展	揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发性AD风险降低47%的关联，并发现TET2突变骨髓移植在AD小鼠模型中减少认知衰退和β-淀粉样斑块形成	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本的直接证据有限	探究克隆造血（CH）与阿尔茨海默病（AD）的相互作用机制	TET2突变的髓系细胞、AD小鼠模型、人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因测序数据、行为数据	UK Biobank数据及AD小鼠模型
49	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
50	2025-07-09	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了硫丹（ENDO）诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应，揭示了细胞间通讯和炎症微环境的变化	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的发现	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠的肝脏细胞	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
51	2025-07-09	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）的免疫谱系变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活和扩增、Treg细胞数量减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调节作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅分析了外周血样本	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照者的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照者
52	2025-07-09	Reduced Thioredoxin Regulates IL-1β Secretion via NLRP3 of IL-1β+ Alveolar Macrophages in COPD 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513004 PMID:40620599	研究论文	本研究探讨了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中氧化还原蛋白硫氧还蛋白(TRX)的变化及其在IL-1β释放中的作用	首次发现reTRX在COPD中的异常变化及其通过NLRP3途径调控IL-1β分泌的机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床样本验证不足	探究COPD发病过程中TRX的变化及其在炎症反应中的作用	COPD患者的肺泡巨噬细胞(AM)、COPD小鼠模型和THP-1细胞模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白活性分析、Monocle2分析、分子动力学(MD)模拟、免疫共沉淀(CO-IP)	COPD小鼠模型、THP-1细胞模型	基因表达数据、蛋白质活性数据	GEO数据库中的COPD肺组织scRNA-seq数据、实验构建的体内外模型
53	2025-07-09	Electroacupuncture at ST36 Treatment Suppresses the Microglial Pyroptosis Through Activating α7nAChR in a Rat Model of Asphyxial Cardiac Arrest 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525373 PMID:40620602	研究论文	本研究探讨了电针刺激ST36穴位通过激活α7nAChR抑制小胶质细胞焦亡，从而在大鼠窒息性心脏骤停模型中发挥神经保护作用	首次揭示了电针ST36通过α7nAChR依赖的机制抑制小胶质细胞焦亡，为心脏骤停后脑缺血损伤的治疗提供了新思路	研究仅在大鼠模型中进行，尚未进行临床验证	探究电针ST36对心脏骤停诱导的全局性脑缺血损伤的神经保护作用及其机制	窒息性心脏骤停大鼠模型和原代小胶质细胞OGD/R模型	神经科学	心脏骤停	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、ELISA、组织病理染色	大鼠心脏骤停/心肺复苏模型、原代小胶质细胞OGD/R模型	基因表达数据、行为学数据、细胞学数据	未明确说明具体数量的大鼠和细胞样本
54	2025-07-09	Unveiling PANoptosis in Acute Kidney Injury: An Integrative Multi-Dimensional Approach to Identify Key Biomarkers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525222 PMID:40620603	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习算法，识别了与急性肾损伤（AKI）中PANoptosis相关的五个关键基因	首次在AKI中研究了PANoptosis的作用，并识别了五个关键基因作为潜在的生物标志物	研究结果需要进一步的临床验证，以确认这些生物标志物在人类AKI中的适用性	探究PANoptosis在急性肾损伤（AKI）中的具体作用及其相关生物标志物	急性肾损伤（AKI）患者和动物模型	生物信息学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组数据分析	机器学习算法	RNA测序数据	未明确提及样本数量，但包括AKI患者和动物模型数据
55	2025-07-09	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals protective effect of salidroside in peritoneal dialysis-associated peritoneal fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1558366 PMID:40620673	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了红景天苷在腹膜透析相关腹膜纤维化中的保护作用及其机制	首次探索红景天苷在腹膜透析诱导的腹膜纤维化中的治疗潜力，并整合多种组学技术揭示其作用机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究红景天苷对腹膜透析相关腹膜纤维化的保护作用及其分子机制	腹膜透析诱导的腹膜纤维化小鼠模型	网络药理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
56	2025-07-09	Prognostic implications of high- OXPHOS macrophages in gastric cancer: a single-cell transcriptomics and tumor microenvironment communication study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1533990 PMID:40620715	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了高OXPHOS巨噬细胞的作用并建立了一个新的预后标志物	首次基于高OXPHOS巨噬细胞建立胃癌预后标志物，并鉴定出NPC2、LY96和TPP1等关键巨噬细胞表达标记物	研究样本量相对有限，且仅基于公开数据库数据	解析胃癌肿瘤微环境的单细胞转录组学特征，建立预后标志物	胃癌患者肿瘤组织和正常胃组织	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	转录组数据	435例胃癌患者
57	2025-07-09	BCMA: An integrative and versatile database for multi-scale and multi-omics molecular atlas of breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.031 PMID:40621063	研究论文	介绍了一个名为BCMA的多尺度、多组学乳腺癌分子图谱数据库，旨在促进乳腺癌的精准治疗研究	整合了多种组学数据和单细胞转录组数据，提供了一个用户友好的基因中心搜索界面，支持多种分析功能	未提及具体的技术验证或独立数据集的验证结果	建立一个综合的、多尺度的乳腺癌分子图谱数据库，以促进对乳腺癌分子特征的理解和生物标志物的发现	乳腺癌患者的多组学数据和单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、临床数据	5424例病例和236,363个细胞
58	2025-07-09	Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732 PMID:40625751	研究论文	本研究通过单细胞转录组和m6A甲基化分析，揭示了脓毒症中血小板介导的免疫调节机制	首次整合单细胞RNA测序和m6A甲基化测序数据，揭示脓毒症中血小板的功能重塑及其m6A依赖的调控机制，并鉴定出关键靶基因RPA1	研究样本量有限，且仅基于外周血单核细胞数据，未涵盖其他免疫组织	探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制	脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、m6A甲基化测序	NA	单细胞转录组数据、甲基化数据	GSE167363数据集（未明确样本数）
59	2025-07-09	Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf106 PMID:40626041	综述	本文讨论了近期在调控和系统基因组学领域的计算进展与挑战，特别是关于顺式调控代码的解码及其在人类疾病遗传变异识别中的应用	提出了利用序列到功能神经网络学习顺式调控序列规则的新方法，并探讨了空间转录组学等新兴技术在构建更广泛适用的顺式调控代码模型中的潜力	指出了当前知识空白、技术限制以及计算方法在基准测试方面的挑战	解码顺式调控代码，理解遗传变异如何影响表型结果，并识别人类疾病中的遗传变异	顺式调控元件、3D染色质组织、基因调控网络	系统基因组学	NA	空间转录组学、基因组学检测	序列到功能神经网络	基因组序列数据	NA
60	2025-07-09	CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592985 PMID:40626177	研究论文	本研究通过多组学整合分析揭示了CYLD作为心肌梗死后心力衰竭转变的关键调控基因	首次通过多组学整合分析（包括WGCNA、机器学习、单细胞测序等）系统鉴定了心肌梗死后心力衰竭转变的关键调控基因CYLD	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	探索心肌梗死后心力衰竭转变的分子机制	心肌梗死和心力衰竭患者的基因表达数据	生物信息学	心血管疾病	Limma差异表达分析、WGCNA、机器学习算法、KEGG通路分析、CIBERSORT免疫细胞分析、单细胞测序	随机森林	基因表达数据	5个GEO数据集（GSE59867等）