单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-24	The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01427-y PMID:40394014	研究论文	本研究介绍了一种新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并揭示了压力超负荷诱导的右心室肥厚和纤维化的分子特征	首次建立了新生儿大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并通过单细胞RNA测序揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特特征	研究仅关注了新生儿期右心室对压力超负荷的反应，未涉及其他发育阶段	研究儿科心力衰竭的发病机制，特别是右心室压力超负荷导致的肥厚和纤维化	新生儿大鼠/小鼠的右心室组织	心血管疾病研究	心血管疾病	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 组织学染色	NA	RNA测序数据	新生儿大鼠/小鼠右心室组织
42	2025-05-24	Sphingolipid metabolism-related genes as diagnostic markers in pneumonia-induced sepsis: the AUG model 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01150-8 PMID:40394027	研究论文	本研究鉴定了一个与鞘脂代谢相关的新基因标志物（AUG模型），用于肺炎诱发的脓毒症的诊断和预后评估	首次提出由ACER3、UGCG和GBA组成的鞘脂代谢相关基因标志物（AUG模型），并验证其在脓毒症诊断中的性能	临床队列样本量较小（20例PIS患者），需要更大规模的验证研究	鉴定肺炎诱发脓毒症（PIS）的生物标志物和治疗靶点	肺炎诱发脓毒症患者、肺炎患者和健康对照者的外周血样本	生物标志物研究	脓毒症	转录组分析（bulk和单细胞）、细胞通讯分析	AUG模型（基于ACER3、UGCG和GBA基因）	mRNA和蛋白质表达数据、转录组数据	训练集（GSE65682）、验证集（E-MTAB-1548和E-MTAB-5273）、临床队列（20例PIS患者、31例肺炎患者、11例健康对照）
43	2025-05-24	Decoding the impact of MMP1+ malignant subsets on tumor-immune interactions: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02503-y PMID:40394037	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了MMP1在肿瘤生物学和免疫调节中的作用及其对肿瘤进展的影响	揭示了MMP1+恶性细胞与免疫细胞（特别是巨噬细胞和CD8+ T细胞）之间的显著相互作用，并确定了CXCL16-CXCR6和ANXA1-FPR3信号轴作为这些相互作用的关键介质	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内实验验证和临床样本的直接证据	探讨MMP1在肿瘤进展和免疫调节中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	MMP1表达的恶性细胞及其与免疫细胞的相互作用	肿瘤生物学	肿瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	大规模单细胞RNA测序和空间转录组学数据
44	2025-05-24	Multimodal spatial proteomic profiling in acute myeloid leukemia 2025-May-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00897-7 PMID:40394148	研究论文	本文通过优化高通量组织微阵列技术，结合空间免疫荧光和质谱流式成像，研究了急性髓系白血病（AML）骨髓微环境中的免疫、肿瘤和结构组分	开发了一种单玻片高通量空间蛋白组学分析流程，揭示了骨髓中三级淋巴样聚集体的存在，并通过独立方法验证了其与AML预后的相关性	研究主要聚焦AML，虽然方法可推广到其他骨髓疾病，但尚未在其他疾病中验证	解析AML骨髓微环境中白血病细胞与免疫系统的相互作用机制	急性髓系白血病患者的骨髓微环境	空间蛋白组学	急性髓系白血病	高通量组织微阵列、空间免疫荧光、质谱流式成像、空间转录组学	空间K函数无偏聚类	蛋白质组数据、转录组数据	480例患者的公共转录组数据集
45	2025-05-24	HSD17B1-mediated trophoblast differentiation lowers estrogen levels in early-onset preeclampsia 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02490-1 PMID:40394177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了HSD17B1在早发型子痫前期（EOPE）发病机制中的核心作用	首次发现HSD17B1是协调滋养层细胞-内分泌相互作用的关键调控因子，其功能障碍可能导致EOPE发病	研究主要基于体外细胞模型和有限临床样本，需要更大规模临床验证	探究早发型子痫前期伴胎儿生长受限的分子机制	胎盘滋养层细胞亚型和临床胎盘样本	生殖医学	子痫前期	scRNA-seq, 免疫组化, western blotting	BeWo滋养层细胞模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量（EOPE-FGR和正常妊娠胎盘样本）
46	2025-05-24	Pyroptosis drives tumor progression and immune evasion in Hepatocellular Carcinoma: a single-cell and spatial transcriptomic study 2025-May-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02421-6 PMID:40394449	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了焦亡在肝细胞癌（HCC）中的基因表达及其对肿瘤进展和免疫逃逸的影响	首次将CHMP4B鉴定为HCC中与焦亡相关的关键基因，并揭示其在肿瘤微环境中的免疫抑制作用	样本量有限（10例HCC患者），需要更大数据集和多组学方法进一步验证	研究焦亡相关基因在HCC中的表达及其对预后和肿瘤微环境动态的影响	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	10例HCC患者的scRNA-seq数据（来自GEO数据库GSE149614），TCGA的批量RNA-seq数据
47	2025-05-24	Scmaskgan: masked multi-scale CNN and attention-enhanced GAN for scRNA-seq dropout imputation 2025-May-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06138-9 PMID:40394489	research paper	提出了一种名为scMASKGAN的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的缺失值填充，通过将矩阵填充任务转化为像素恢复任务来提高基因表达数据的恢复效果	结合了掩码机制、CNN、注意力机制和残差网络，有效解决scRNA-seq数据中的缺失事件，并利用细胞类型标签作为约束条件提高特征学习的准确性	未提及具体的数据规模限制或模型在不同类型数据上的泛化能力	提高单细胞RNA测序数据中缺失基因表达数据的恢复效果	单细胞RNA测序数据	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq	CNN, GAN, ResNet	gene expression data	10个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据
48	2025-05-24	A novel NFKB1 agonist remodels tumor microenvironment and activates dendritic cells to promote anti-tumor immunity in colorectal cancer 2025-May-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06576-2 PMID:40394677	研究论文	研究发现一种新型NFKB1激动剂F1929-1458，通过重塑肿瘤微环境并激活树突状细胞来促进抗肿瘤免疫	首次鉴定出F1929-1458作为NFKB1激动剂，通过激活NF-κB信号通路诱导肿瘤细胞释放DAMPs，进而激活树突状细胞的cGAS-STING和NLRP3炎症小体通路，增强T细胞介导的抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索能够同时靶向癌症干细胞和肿瘤微环境的治疗剂，以克服结直肠癌治疗抵抗	结直肠癌细胞系CT26和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、小分子下拉质谱、细胞热位移实验、药物亲和实验、分子对接	小鼠结直肠癌移植瘤模型	测序数据、蛋白质互作数据	NA
49	2025-05-24	Non-variable RNA deletion using the CRISPR-Cas9 technique demonstrated improved outcomes in human intestine single-cell RNA sequencing data, even at half sequencing depths 2025-May-20, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00043-6 PMID:40394729	研究论文	本研究提出了一种基于CRISPR-Cas9技术的方法，用于选择性去除单细胞RNA测序数据中的非可变RNA，以提高数据质量并降低测序成本	首次将CRISPR-Cas9技术应用于单细胞RNA测序数据中非可变RNA的去除，相比计算方法更有效且不损害生物相关数据	研究仅针对人类肠道组织样本，未在其他组织类型中验证	提高单细胞RNA测序数据质量并降低测序成本	人类肠道组织的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	17名患者的肠道组织样本
50	2025-05-24	HMG Box-Containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在胰腺炎和胰腺肿瘤进展中的双重作用，既保护胰腺免受炎症损伤，又促进肿瘤前病变的进展	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、小鼠AP模型、条件性HBP1敲除小鼠、致癌KRAS突变小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌、胰腺炎	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型、致癌KRAS突变模型	组织样本、细胞实验数据	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型（具体数量未明确说明）
51	2025-05-24	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	建立了三种小鼠MASH模型，并通过转录组分析比较其与人类MASH的相似性，提出了模型组合使用的策略	未涵盖所有现有小鼠MASH模型，且未考虑其他可能影响模型适用性的因素	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH疾病特征方面的适用性	小鼠MASH模型和人类MASH肝脏转录组	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型（HFD、MCD和CDA-HFD）及CCl₄诱导模型和人类MASH数据集
52	2025-05-24	Endothelial Nrf2 deficiency promotes atherosclerotic lesion formation by shaping a proinflammatory niche 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123725 PMID:40404122	研究论文	本研究探讨了内皮细胞中Nrf2缺乏如何通过促炎性微环境促进动脉粥样硬化斑块形成	揭示了内皮Nrf2缺乏通过改变内皮细胞转录组和细胞间通讯动态促进动脉粥样硬化的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，人类相关性尚需进一步验证	阐明内皮Nrf2在动脉粥样硬化发展中的细胞特异性作用和分子机制	Nrf2Cdh5tKO基因敲除小鼠和对照小鼠的主动脉组织	心血管疾病研究	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、组织学分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明小鼠数量，但涉及Nrf2Cdh5tKO和对照Nrf2flox/flox两组小鼠
53	2025-05-24	Neoadjuvant with low-dose radiotherapy, tislelizumab, albumin-bound paclitaxel, and cisplatin for resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinoma: phase II single-arm trial 2025-May-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59865-1 PMID:40382318	研究论文	评估低剂量放疗联合替雷利珠单抗、白蛋白结合型紫杉醇和顺铂作为新辅助治疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌中的疗效和安全性	首次将低剂量放疗与免疫治疗和化疗联合应用于头颈部鳞状细胞癌的新辅助治疗，并展示了较高的病理完全缓解率	单臂试验设计，样本量较小（28例患者）	提高局部晚期头颈部鳞状细胞癌新辅助治疗的病理完全缓解率和主要病理缓解率	未经治疗的III-IVB期头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	28例患者
54	2025-05-24	The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis 2025-May-17, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.05.015 PMID:40389038	研究论文	本研究探讨了大内脏神经（SplancX）在大肠杆菌诱导的脓毒性腹膜炎大鼠模型中对细菌负荷和免疫功能的调控作用	揭示了大内脏神经通过选择性调节中性粒细胞的活性亚群与静止亚群之间的平衡，显著影响感染急性期的细菌清除	研究仅在大鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需进一步验证	阐明大内脏神经在感染过程中对免疫调节的具体作用	大肠杆菌诱导的脓毒性腹膜炎大鼠模型	免疫学	脓毒性腹膜炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据、蛋白质标记数据	脓毒性腹膜炎大鼠模型
55	2025-05-24	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-May-13, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	通过单细胞RNA测序分析癌症相关成纤维细胞和T细胞的功能变化，预测非小细胞肺癌患者对新辅助PD-1阻断治疗的病理反应	揭示了CAFs和T细胞在免疫治疗反应中的相互作用及代谢异质性，提出了甲硫氨酸循环作为T细胞分化和病理反应的预测因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索非小细胞肺癌患者对新辅助免疫治疗反应的潜在机制	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部III期NSCLC队列及4个公共ICI转录组队列
56	2025-05-24	Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology 2025-May-09, Psychological medicine IF:5.9Q1 DOI:10.1017/S0033291725000819 PMID:40340892	研究论文	该研究通过多组学方法探讨了HiTOP的精神病理学谱系（外化[EXT]、内化[INT]及共享的EXT+INT）如何映射到RDoC的分析单元上	整合HiTOP和RDoC框架，揭示外化和内化精神病理学的共享和独特生物学机制	研究依赖于基因组关联研究和影像数据，可能受限于样本量和数据质量	探讨精神病理学的跨诊断和机制方面	外化和内化精神病理学谱系	精神病理学	精神疾病	多组学方法、全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、磁共振成像(MRI)	NA	基因组数据、影像数据	NA
57	2025-05-24	T cell-mediated SIV dissemination into the CNS: a single-cell transcriptomic analysis 2025-May-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6537361/v1 PMID:40386405	研究论文	通过单细胞转录组分析研究T细胞介导的SIV进入中枢神经系统的机制	发现了一种共表达髓系和淋巴系基因的独特细胞簇，揭示了CD4+细胞毒性样T细胞在SIV进入大脑中的关键作用	研究仅基于三只急性SIV感染的恒河猴，样本量较小	表征急性感染期间脑淋巴细胞的作用以及将SIV传播至中枢神经系统的原发性CD4+T细胞表型	急性SIV感染的恒河猴的脑和血细胞	单细胞转录组学	HIV感染	scRNA-seq, 生物信息学分析, 体外共培养实验	NA	单细胞转录组数据	三只急性SIV感染的恒河猴
58	2025-05-24	Spatially Resolved Panoramic in vivo CRISPR Screen via Perturb-DBiT 2025-May-08, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6481967/v1 PMID:40386382	research paper	介绍了一种名为Perturb-DBiT的新方法，用于在体内进行空间分辨的全景CRISPR筛选，整合基因编辑与空间转录组学	Perturb-DBiT能够同时共测序空间总RNA全转录组和单导向RNA（sgRNA），在同一组织切片上实现无偏见的发现	当前方法仅限于小型扰动面板和检测少量蛋白质编码RNA	研究基因扰动如何影响RNA调控、细胞动力学和组织结构	人类癌症转移模型和免疫能力小鼠模型	基因编辑与空间转录组学	癌症	CRISPR筛选，空间转录组学，总RNA全转录组测序	NA	RNA转录组数据，sgRNA数据	人类癌症转移模型和免疫能力小鼠模型的组织切片
59	2025-05-24	OLS4: a new Ontology Lookup Service for a growing interdisciplinary knowledge ecosystem 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf279 PMID:40323307	research paper	介绍了一个新的本体查找服务OLS4，旨在支持不断增长的跨学科知识生态系统	实现了完整的OWL2规范，支持多语言国际化，并提供了新的用户界面和用户体验增强功能	NA	开发一个能够支持当前本体规模和复杂性的新型本体查找服务	生物信息学和化学领域的本体	生物信息学	NA	OWL2规范	NA	本体数据	NA
60	2025-05-24	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了小鼠肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	研究首次展示了Lgr5+肠道干细胞直接分化为早期分泌细胞的过程，并验证了数学模型的预测	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道组织中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射, 数学建模, 单细胞RNA测序	数学建模	基因表达数据	三种互补的小鼠模型