单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28333 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-06-01 |
Deep exploration of logical models of cell differentiation in human preimplantation embryos
2025-May-27, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-025-00537-7
PMID:40425601
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研究论文 | 该研究开发了一个名为SCIBORG的计算工具包，通过整合单细胞转录组数据和先验知识网络，推断基因调控的布尔网络，以探索人类胚胎植入前细胞分化的逻辑模型 | 开发了SCIBORG工具包，利用逻辑编程处理单细胞数据的高维搜索空间，并学习两个不同发育阶段的布尔网络家族，揭示了滋养外胚层成熟的关键基因 | 缺乏某些生物系统的可行扰动数据，限制了动态模型的验证或生成 | 探索人类胚胎植入前细胞分化的逻辑模型，特别是滋养外胚层的成熟过程 | 人类胚胎滋养外胚层（TE）及其成熟过程 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 布尔网络（BN） | 单细胞转录组数据 | NA |
| 42 | 2025-06-01 |
Novel ribosome biogenesis-related biomarkers and therapeutic targets identified in psoriasis
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03833-8
PMID:40425712
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研究论文 | 该研究通过转录组和单细胞RNA测序数据，鉴定了与银屑病发病机制相关的核糖体生物发生相关生物标志物，并探索了潜在的治疗靶点 | 首次将核糖体生物发生（RiboSis）与银屑病发病机制联系起来，并鉴定了11个候选生物标志物，其中MPHOSPH6和ISG20通过外部数据集验证和分子对接预测为潜在治疗靶点 | 研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证 | 探索核糖体生物发生与银屑病发病机制的关系，并寻找潜在的治疗靶点 | 银屑病患者转录组和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 银屑病 | RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析(DEG), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析, 分子对接 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的批量转录组和单细胞RNA测序数据集 |
| 43 | 2025-05-29 |
Author Correction: Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02747-9
PMID:40425739
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2025-06-01 |
A robust multi-scale clustering framework for single-cell RNA-seq data analysis
2025-May-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-03603-6
PMID:40425750
|
research paper | 提出了一种名为scMSCF的鲁棒多尺度聚类框架，用于单细胞RNA-seq数据分析，以提高细胞类型识别的准确性 | 结合多维PCA降维、K-means聚类和加权集成元聚类方法，并通过自注意力驱动的Transformer模型优化聚类性能 | 未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA-seq数据高维度、稀疏性和噪声带来的聚类挑战 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | Transformer | 基因表达数据 | 八个单细胞RNA测序数据集 |
| 45 | 2025-06-01 |
Optimized culturing yields high success rates and preserves molecular heterogeneity, enabling personalized screening for high-grade gliomas
2025-May-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00946-1
PMID:40425813
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research paper | 该研究开发了一种优化的培养方法，用于建立高级别胶质瘤（HGG）的体外模型，以提高培养成功率和保留肿瘤的分子异质性 | 结合单细胞来源（SCD）和部分解离的3D来源（3DD）组织片段，使用超声抽吸和3DD手术样本，实现了96%的培养成功率，并保留了肿瘤的分子特征 | 研究样本量相对较小（114例HGG标本），且未明确说明长期培养的稳定性 | 开发一种可靠的方法来建立高级别胶质瘤（HGG）的体外模型，以支持个性化药物筛选 | 高级别胶质瘤（HGG）患者来源的细胞培养物 | 肿瘤学 | 高级别胶质瘤 | 单细胞测序、拷贝数分析 | 体外细胞培养模型 | 基因组和转录组数据 | 114例HGG标本，其中18例用于抗癌药物筛选 |
| 46 | 2025-06-01 |
Ligustrazine nano-drug delivery system ameliorates doxorubicin-mediated myocardial injury via piezo-type mechanosensitive ion channel component 1-prohibitin 2-mediated mitochondrial quality surveillance
2025-May-27, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03420-z
PMID:40426179
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研究论文 | 研究探讨了川芎嗪纳米给药系统通过调节PIEZO1-TMBIM6-PHB2Ser91/Ser176磷酸化轴改善阿霉素诱导的心肌损伤和线粒体功能障碍 | 首次利用四骨架核酸分子作为川芎嗪载体，并通过基因修饰动物模型和单细胞测序分析揭示了PIEZO1-TMBIM6-PHB2信号轴在心肌保护中的作用机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验，尚未进行临床验证 | 开发新型纳米给药系统以减轻阿霉素诱导的心肌病 | 阿霉素诱导的心肌病小鼠模型和基因修饰细胞系统 | 纳米医学 | 心血管疾病 | 纳米药物递送技术、单细胞测序、分子生物学技术 | 基因修饰小鼠模型 | 测序数据、分子生物学数据 | 未明确说明样本数量，使用基因修饰小鼠模型和细胞系统 |
| 47 | 2025-06-01 |
Semaglultide targets Spp1+ microglia/macrophage to attenuate neuroinflammation following perioperative stroke
2025-May-27, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03465-9
PMID:40426210
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研究论文 | 本文研究了semaglutide如何通过靶向Spp1+小胶质细胞/巨噬细胞来减轻围手术期卒中后的神经炎症 | 发现了一种新的保护性Spp1Mac/MG亚群，并证明semaglutide可以上调这一亚群，从而减轻神经炎症 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探索semaglutide在围手术期缺血性卒中(PIS)中的神经保护机制 | 围手术期缺血性卒中(PIS)小鼠模型中的Spp1+小胶质细胞/巨噬细胞 | 神经科学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、高参数流式细胞术、RNA测序 | 小鼠围手术期缺血性卒中(PIS)模型 | RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像数据 | PIS小鼠模型 |
| 48 | 2025-06-01 |
scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling
2025-May-27, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00616-z
PMID:40426257
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research paper | 提出了一种名为scE2EGAE的端到端可学习图自编码器，用于增强单细胞RNA测序数据分析 | 通过可微分边缘采样学习细胞间关系图，避免了传统固定图构建方法的信息丢失问题 | 仅在8个公共scRNA-Seq数据集上进行了验证，需要更多数据集验证泛化能力 | 改进单细胞RNA测序数据的分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | bioinformatics | NA | scRNA-Seq | graph autoencoder (GAE) with GNN | gene expression data | 8个公共scRNA-Seq数据集 |
| 49 | 2025-06-01 |
Dual roles of IRE1α inhibition in reversing mitochondrial ROS-induced CD8+ T-cell senescence and exerting direct antitumor effects in multiple myeloma
2025-May-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011044
PMID:40425229
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研究论文 | 本研究探讨了IRE1α抑制在逆转线粒体ROS诱导的CD8+ T细胞衰老及在多发性骨髓瘤中发挥直接抗肿瘤作用的双重机制 | 揭示了IRE1α抑制通过NPR2-cGMP-PKG通路恢复T细胞功能，并直接抑制骨髓瘤细胞的双重作用机制 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证 | 探索IRE1α抑制在逆转T细胞衰老和抗骨髓瘤中的双重作用机制 | 多发性骨髓瘤患者的CD8+ T细胞和骨髓瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序 | Vk*MYC小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 患者来源的CD8+ T细胞和健康供体的外周血单个核细胞 |
| 50 | 2025-06-01 |
SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes
2025-May-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf431
PMID:40433981
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research paper | 介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因 | SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因 | NA | 识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育及与疾病相关的细胞身份失调 | 单细胞中的细胞身份基因 | machine learning | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 遗传序列数据和基因表达数据 | NA |
| 51 | 2025-06-01 |
Integrative genome-wide association studies, proteome-wide Mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm
2025-May-21, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380
PMID:40409638
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组关联研究(GWAS)、蛋白质组范围内的孟德尔随机化(PW-MR)和单细胞RNA测序数据，识别出白细胞介素-6受体(IL6R)作为主动脉瘤(AA)的潜在治疗靶点 | 首次整合GWAS、PW-MR和单细胞RNA测序数据，系统性地识别IL6R作为AA的新治疗靶点，并建议使用托珠单抗等靶向药物 | 靶向IL6R治疗可能存在副作用，需要进一步考虑 | 寻找主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点 | 主动脉瘤患者 | 基因组学 | 心血管疾病 | GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序 | 孟德尔随机化 | 基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据 | 8125名AA患者和381,977名对照 |
| 52 | 2025-06-01 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Regional Differences in the Prefrontal and Entorhinal Cortex of Alzheimer's Disease Brain
2025-May-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104841
PMID:40429980
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较阿尔茨海默病患者前额叶皮层和内嗅皮层的细胞和转录变化 | 揭示了前额叶皮层和内嗅皮层在阿尔茨海默病中的区域性差异，并识别了与疾病进展相关的LINC01099调控网络 | 研究仅基于三个单细胞RNA测序数据集，样本量可能有限 | 比较阿尔茨海默病患者不同脑区的细胞和转录变化，寻找新的生物标志物和治疗策略 | 阿尔茨海默病患者的前额叶皮层和内嗅皮层 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, RT-qPCR | NA | 单细胞转录组数据 | 124,658个细胞核，31个细胞簇 |
| 53 | 2025-06-01 |
Human and Mouse Bone Marrow CD45+ Erythroid Cells Have a Constitutive Expression of Antibacterial Immune Response Signature Genes
2025-May-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13051218
PMID:40427045
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research paper | 该研究通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、细胞因子分泌分析和单细胞免疫蛋白质组学分析，全面探索了人类和小鼠骨髓CD45+红细胞的特征及其在抗菌免疫反应中的作用 | 发现人类和小鼠骨髓CD45+红细胞具有组成型表达抗菌免疫反应特征基因的能力，并证实其分泌的细胞因子和条件培养基在体外能抑制细菌生长 | 研究主要基于体外实验和公开数据的再分析，缺乏体内实验验证 | 探究骨髓CD45+红细胞在抗菌免疫反应中的作用 | 人类和小鼠骨髓CD45+红细胞 | 免疫学 | NA | 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、流式细胞术、scRNA-seq数据分析 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 公开的人类和小鼠骨髓红细胞转录组数据 |
| 54 | 2025-06-01 |
High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas
2025-May-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17101681
PMID:40427178
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研究论文 | 该研究旨在发现与患者预后相关的双峰表达基因，揭示潜在的致癌基因型并为肺腺癌（LUAD）提供新的治疗见解 | 发现KYNU作为肺腺癌的预后生物标志物，并揭示其在免疫抑制代谢中的作用，尤其是在KEAP1/STK11共突变肿瘤中 | 小鼠模型中KYNU表达与人类肿瘤存在差异，提示临床前模型的局限性 | 探索肺腺癌中与预后相关的双峰表达基因及其潜在治疗靶点 | 肺腺癌患者和小鼠模型 | 癌症研究 | 肺腺癌 | meta分析、转录组学、代谢组学、单细胞测序 | NA | 转录组数据、代谢组数据、单细胞数据 | 多个LUAD数据集及小鼠模型数据 |
| 55 | 2025-06-01 |
GSNCASCR: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Curated Gene Sets with Single-Cell RNA-Seq Data
2025-May-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104771
PMID:40429912
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研究论文 | 介绍了一个名为GSNCASCR的R包，用于识别单细胞RNA-Seq数据中差异共表达的预定义基因集 | 结合CSCORE和GSNCA两种算法的优势，能够量化并检查通路内细胞类型特异性的共表达变化，且在模拟和真实数据中表现优于GSCA和GSNCA | 未明确提及具体局限性 | 开发一个生物信息学工具，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异共表达通路并评估基因在通路中的重要性 | 预定义的基因集和单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | CSCORE和GSNCA | 基因表达数据 | 模拟数据集和真实COVID-19数据集 |
| 56 | 2025-06-01 |
Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response
2025-May-14, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16050575
PMID:40428397
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research paper | 通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组学分析，识别出与自身免疫性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并评估这些基因编码的蛋白质作为癌症免疫治疗靶点的潜力 | 系统性搜索具有自身免疫性疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并利用人类遗传学识别潜在的癌症免疫治疗靶点 | 研究仅关注了四种癌症类型和七种自身免疫性疾病，可能未涵盖所有相关疾病 | 识别与自身免疫性疾病和癌症风险相反的遗传变异，并评估其作为癌症免疫治疗靶点的潜力 | 乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者（240,540例病例/317,000例对照）及七种自身免疫性疾病患者（112,631例病例/895,386例对照） | genetics | breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune disease | GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq | NA | genomic data, RNA-Seq data | 240,540例癌症病例/317,000例对照；112,631例自身免疫性疾病病例/895,386例对照 |
| 57 | 2025-06-01 |
Constructing a Prognostic Model for Non-Small-Cell Lung Cancer Risk Based on Genes Characterising the Differentiation of Myeloid-Derived Suppressor Cells
2025-May-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104679
PMID:40429821
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于髓源性抑制细胞（MDSCs）分化状态的NSCLC预后风险模型 | 首次基于MDSCs分化状态构建NSCLC预后风险模型，并筛选靶向预后基因的小分子化合物作为潜在治疗策略 | 模型验证主要依赖回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 阐明MDSCs在NSCLC肿瘤微环境中的调控机制并构建预后预测模型 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者和髓源性抑制细胞（MDSCs） | 数字病理学 | 肺癌 | scRNA-seq, Bulk RNA-seq | Elastic Net回归, 多变量Cox回归 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量（使用内部和外部验证集） |
| 58 | 2025-06-01 |
Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomics with Machine Learning Reveals a Heme Metabolism-Based Panel for Lung Adenocarcinoma Chemotherapy Resistance
2025-May-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104685
PMID:40429829
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞转录组数据与机器学习，揭示了基于血红素代谢的肺腺癌化疗耐药性评估面板 | 开发了血红素代谢风险评分（HMRS）面板，用于患者分层，并鉴定ABCC2作为克服顺铂耐药的关键调控因子 | 研究依赖于公开数据库数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制 | 探讨血红素代谢在肺腺癌中的临床意义，特别是其与铁死亡和药物敏感性的关联 | 肺腺癌（LUAD）患者 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），LASSO回归，多变量Cox回归分析 | 机器学习 | 转录组数据 | 来自TCGA-LUAD、GEO数据库和一个单细胞RNA测序队列的多组学数据 |
| 59 | 2025-06-01 |
Elucidating the Prognostic and Therapeutic Implications of Insulin Resistance Genes in Breast Cancer: A Machine Learning-Powered Analysis
2025-May-13, Biology
DOI:10.3390/biology14050539
PMID:40427728
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research paper | 该研究利用机器学习算法和统计方法构建了一个基于胰岛素抵抗相关基因（IRGs）的乳腺癌预后模型，并在多个独立验证队列中验证了其预测能力 | 提出了一个由七个核心IRGs组成的胰岛素抵抗风险评分（IRRS）系统，能够有效预测乳腺癌患者的总体生存期和对新辅助治疗的反应 | 研究结果需要在更大规模的前瞻性临床研究中进一步验证 | 阐明胰岛素抵抗基因在乳腺癌中的预后和治疗意义 | 乳腺癌患者及其胰岛素抵抗相关基因 | machine learning | breast cancer | single-cell RNA sequencing, 机器学习算法 | 机器学习模型（具体类型未明确说明） | 基因表达数据 | 四个独立验证队列（包括METABRIC和三个GSE数据集） |
| 60 | 2025-06-01 |
Arhgap29 Deficiency Directly Leads to Systemic and Craniofacial Skeletal Abnormalities
2025-May-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26104647
PMID:40429791
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research paper | 本研究探讨了Arhgap29基因缺失如何导致小鼠出现系统性及颅面骨骼异常，特别是与综合征性唇腭裂（SCL/P）相关的特征 | 首次揭示了Arhgap29在骨骼发育中的双重作用，即维持基质稳态和调节骨吸收平衡，并通过空间转录组学将其缺失与骨分化缺陷联系起来 | Arhgap29缺失导致骨骼异常的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究Arhgap29基因在骨骼发育中的作用及其与综合征性唇腭裂的关联 | Arhgap29基因敲除小鼠模型 | 发育生物学 | 唇腭裂 | micro-CT成像、组织学分析、转录组学方法、免疫组化分析、空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 图像数据、转录组数据 | 未明确说明小鼠数量 |