单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-04	Association between periodontitis and blood lipid levels: a cross-sectional study 2025-Jul-02, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06341-3 PMID:40604728	研究论文	本研究探讨了血脂水平与牙周炎之间的关联，并探索了血脂异常与牙周病之间的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序分析揭示了免疫细胞（特别是肥大细胞）在牙周炎组中脂质代谢增强的现象，以及它们通过炎症信号通路（如IL7、IL15）调节成纤维细胞活性的机制	研究为横断面设计，无法确定因果关系	研究血脂水平与牙周炎之间的相关性，并探索其潜在的细胞和分子机制	2009-2014年美国国家健康与营养调查（NHANES）中具有完整血清血脂水平和牙周检查数据的参与者	医学研究	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞代谢通路分析、CellChat	逻辑回归分析	临床数据、单细胞RNA测序数据	5,342名参与者
42	2025-07-04	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了一种名为LAML的最大似然方法，用于推断时间分辨的细胞谱系树，并应用于动态谱系追踪系统	提出了LAML方法，能够准确推断细胞谱系树的拓扑结构和分支长度，并在模拟数据和肺癌小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和肺癌小鼠模型
43	2025-07-04	GADD45GIP1 promotes osteosarcoma progression by modulating RPL35 ubiquitination and alleviating endoplasmic reticulum stress via the PERK/eIF2α pathway 2025-Jul-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03866-z PMID:40604925	研究论文	本文研究了GADD45GIP1通过调节RPL35泛素化和减轻内质网应激促进骨肉瘤进展的分子机制	首次揭示了GADD45GIP1通过PERK/eIF2α通路调控RPL35泛素化和内质网应激促进骨肉瘤进展的新机制	研究主要基于体外和动物实验，尚未进行临床试验验证	探索骨肉瘤进展的新分子机制及潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞及患者组织样本	分子肿瘤学	骨肉瘤	转录组生存分析、单细胞RNA测序、免疫共沉淀(IP)、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	41例正常组织和67例肿瘤组织
44	2025-07-04	An orally bioavailable BRD4 inhibitor disrupts expansion of a pathogenic epithelial-mesenchymal niche in bleomycin-induced fibrosis 2025-Jul-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03306-6 PMID:40604997	研究论文	研究口服生物可利用的BRD4抑制剂在博来霉素诱导的肺纤维化中破坏致病性上皮-间充质生态位扩展的作用	设计并合成了一种高效、选择性且口服生物可利用的BRD4抑制剂（ZL0969），并验证其在抑制肌成纤维细胞形成和减少致病性肺泡祖细胞群方面的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨BRD4信号在博来霉素诱导的肺损伤中祖细胞扩展中的作用	博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型及人类IPF样本	病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	基因表达数据	C57BL6小鼠及人类IPF样本
45	2025-07-04	The role of B12 deficiency and methionine synthase in methionine-dependent cancer cells 2025-Jul-02, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00405-2 PMID:40605016	研究论文	探讨B12缺乏和甲硫氨酸合成酶在甲硫氨酸依赖性癌细胞中的作用	揭示了甲硫氨酸依赖性癌细胞生长受限的机制，即B12缺乏导致的甲硫氨酸合成酶活性低下	研究仅基于细胞系，未涉及体内实验	解析癌细胞甲硫氨酸依赖性的分子机制	癌细胞系	癌症代谢	癌症	单细胞RNA-seq、代谢流分析(MFA)、同位素稀释	NA	基因表达数据、代谢物数据	多种癌细胞系
46	2025-07-04	CircERC1 facilitates chemoresistance through inhibiting pyroptosis and remodeling extracellular matrix in pancreatic cancer 2025-Jul-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02385-9 PMID:40605033	研究论文	该研究揭示了circERC1在胰腺癌中通过抑制细胞焦亡和重塑细胞外基质促进化疗耐药的新机制	首次发现circERC1通过调控hnRNPA1的泛素化降解抑制PKM2/NLRP3炎症小体通路，从而抑制细胞焦亡，并揭示了其在重塑肿瘤微环境中的作用	研究主要基于体外和动物实验，尚未进行临床验证	探索胰腺癌对GEM-NabP化疗耐药的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)组织来源的细胞外囊泡(EVs)和肿瘤微环境	肿瘤生物学	胰腺癌	circRNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA pull-down、质谱分析、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、影像数据(PET-CT)	未明确说明具体样本数量，包括PDAC组织来源的EVs和体内外实验模型
47	2025-07-04	Investigating the potential role of EIF2S2 in OSCC progression through comprehensive bioinformatics analysis and experimental validation 2025-Jul-02, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02830-x PMID:40605071	研究论文	通过综合生物信息学分析和实验验证，探讨EIF2S2在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的潜在作用	揭示了EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与免疫微环境、突变负荷、药物敏感性和预后的关联，提出了EIF2S2作为潜在生物标志物和治疗靶点的可能性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分可能不足，且样本量未明确说明	探索EIF2S2在OSCC中的表达模式及其与肿瘤进展和免疫逃避的关系	口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织和相关免疫微环境	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq、免疫评分、药物敏感性评估、互作网络构建	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	NA
48	2025-07-04	Identification of parthanatos-related molecular subtypes and development of prognostic risk models in ovarian cancer based on multi-omics analysis 2025-Jul-02, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01726-y PMID:40605104	研究论文	通过多组学分析识别卵巢癌中与parthanatos相关的分子亚型，并开发预后风险模型	首次基于parthanatos相关基因（PRG）构建卵巢癌预后风险模型，并验证了TGFBI在促进卵巢癌细胞增殖、侵袭和克隆形成中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制	探索parthanatos在卵巢癌中的预后和生物学意义，并开发新的治疗策略	卵巢癌患者及其相关基因	数字病理学	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blotting、集落形成实验、Transwell迁移实验	预后风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA和GEO数据集中的卵巢癌样本
49	2025-07-04	Pan-cancer multi-omics profiling of MS4A2 unveils its functional landscape in lung adenocarcinoma 2025-Jul-02, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002903 PMID:40607924	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了MS4A2在肺腺癌中的功能景观及其预后价值	首次在四种生存指标（OS/DSS/PFI/DFI）上全面评估了MS4A2在肺腺癌中的预后分层，并揭示了其通过双趋化因子极化调控免疫抑制微环境的机制	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证MS4A2的功能机制	阐明MS4A2在肺腺癌中的功能角色和临床意义	肺腺癌（LUAD）患者	digital pathology	lung cancer	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 甲基化表观遗传分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier模型	转录组数据, 表观遗传数据, 药物敏感性数据	TCGA/GTEx数据库中的33种癌症数据及NSCLC队列的单细胞数据
50	2025-07-04	Single-cell transcriptomic analysis reveals therapeutic mechanisms of adipose-derived stem cell exosomes in sepsis-induced lung injury 2025-Jul-02, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002894 PMID:40607951	研究论文	本研究探讨了脂肪源性干细胞外泌体对脓毒症诱导的肺损伤的治疗效果及其潜在机制	首次使用单细胞转录组分析揭示ADSC外泌体通过调节免疫细胞功能和细胞间通讯网络治疗脓毒症肺损伤的新机制	样本量较小（每组仅2个样本进行单细胞RNA测序），且仅使用雄性小鼠模型	探索脓毒症诱导的急性肺损伤的新型治疗方法	脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型	单细胞转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	小鼠盲肠结扎穿孔(CLP)模型	转录组数据	每组12只小鼠用于生存率分析，5只用于肺组织病理学分析，2只用于单细胞RNA测序
51	2025-07-04	Iterative clustering algorithm G-DESC-E and pan-cancer key gene analysis based on single-cell sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf288 PMID:40608007	研究论文	提出了一种基于单细胞测序数据的G-DESC-E迭代聚类算法，并进行了泛癌关键基因分析	首次将单细胞测序技术应用于泛癌分析中的关键基因研究，提出G-DESC-E算法，通过网格化方法有效区分降维数据，并结合标签熵和Kullback-Leibler散度公式构建目标函数，提高聚类准确性	未明确说明算法的计算效率或在大规模数据集上的表现	提高单细胞测序数据在泛癌分析中的聚类准确性，并识别与癌症发生和进展相关的关键基因	单细胞测序数据	生物信息学	泛癌	单细胞测序	G-DESC-E算法（结合网格化方法和Louvain算法）	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及真实世界数据集
52	2025-07-04	FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders 2025-Jul-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.286372 PMID:39744817	研究论文	本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1与GATA1在TLN1转录调控中的新机制	发现FLI1变异通过影响与GATA1的协同转录活性导致talin-1缺乏，从而影响血小板功能，并提出talin-1可作为FLI1变异致病性的生物标志物	研究仅针对四种FLI1变异，可能无法涵盖所有相关变异的影响	阐明FLI1变异导致血小板功能障碍的分子机制	人类巨核细胞和血小板	分子生物学	血小板功能障碍	单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	患者巨核细胞和血小板样本
53	2025-07-04	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	该研究探讨了Calpain-2在胸主动脉夹层（TAD）中通过调节内皮细胞粘附蛋白导致内皮屏障功能障碍的机制	首次揭示了Calpain-2通过调节内皮细胞粘附蛋白（如Integrin alpha-V、vinculin和talin-1）在TAD早期病理过程中的关键作用，并发现血管紧张素II通过上调Calpain-2导致内皮完整性破坏	研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证仍需进一步研究	阐明胸主动脉夹层（TAD）发病的分子机制并寻找潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
54	2025-07-04	Enhancing genetic transformation efficiency in cucurbit crops through AtGRF5 overexpression: Mechanistic insights and applications 2025-Jul, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13912 PMID:40213927	研究论文	本研究通过过表达AtGRF5基因，提高了葫芦科作物的遗传转化效率，并揭示了其机制	发现AtGRF5过表达通过促进愈伤组织增殖和增加再生过程中的密集细胞来显著提高遗传转化效率，并开发了ABA诱导的AtGRF5表达系统以减少多效性影响	AtGRF5过表达可能引起生长缺陷，需要进一步优化以减少副作用	提高葫芦科作物的遗传转化效率并揭示其分子机制	葫芦科作物	植物遗传学	NA	DNSO方法、高分辨率时间序列转录组学、单细胞RNA测序、DAP-seq	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
55	2025-07-04	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease 2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征(cSjD)中干扰素富集的单核细胞亚群中SUV3表达减少的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3在儿童干燥综合征发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序，fCLIP-qPCR，透射电子显微镜(TEM)，体外功能实验	基因敲低模型	RNA测序数据，显微镜图像，功能实验数据	儿童干燥综合征患者单核细胞样本(具体数量未明确说明)
56	2025-07-04	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分红细胞集落，提高了传统手动评分的效率和准确性	未明确说明工具在极端或复杂条件下的性能表现	提高红细胞集落形成实验（CFA）的评分效率和准确性	红细胞集落形成单位（CFU-e）	digital pathology	hematologic diseases	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确说明具体样本数量，但涉及多个实验条件下的红细胞集落
57	2025-07-04	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了不同多能祖细胞（MPPs）在LPS诱导的紧急粒细胞生成早期阶段的转录变化及其作用	揭示了LPS暴露如何通过转录重编程影响MPPs的谱系输出，特别是发现炎症祖细胞群体的出现及其染色质可及性变化	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本或其他感染模型	探究MPPs在LPS诱导的紧急粒细胞生成中的作用及其分子机制	野生型小鼠的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、移植实验、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	野生型小鼠的MPPs样本
58	2025-07-04	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	research paper	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	利用基于代理的模型（ABM）模拟细胞间相互作用，能够捕捉个体细胞行为的细微差别，并提供动画可视化和灵活的代理行为规则修改	未提及具体的技术限制或数据集的局限性	解析细胞间相互作用（CCIs）以增强对细胞信号传导的理解	单细胞RNA测序和空间转录组数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组	ABM (agent-based model)	单细胞和空间转录组数据	八个不同的单细胞数据集
59	2025-07-04	scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500870 PMID:40317650	研究论文	本文介绍了scCompass，一个整合多物种单细胞RNA测序数据的数据库，旨在为AI模型训练提供标准化和高质量的数据资源	提出了一个整合和标准化处理多物种单细胞RNA测序数据的数据库，支持AI模型训练，并提供了预训练模型检查点	未提及具体的技术或模型性能限制	构建一个大规模、多物种、适合AI模型的单细胞数据资源库	105百万个单细胞，涵盖13个物种	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	105百万个单细胞，13个物种
60	2025-07-04	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	研究论文	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境分为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出TMEclassifier工具，能够将肿瘤微环境分为三种亚型，并通过实验验证了不同亚型对免疫治疗的不同反应	需要进一步验证TMEclassifier在其他癌症类型中的适用性	研究肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗	肿瘤微环境和患者样本	机器学习	癌症	RNA测序	机器学习分类器	RNA测序数据	前瞻性胃癌队列(TIMES-001)及其他多样化队列