单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-07	Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis 2025-Jun-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03838-3 PMID:40462105	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了周细胞在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的作用及其与肿瘤微环境的相互作用，为免疫治疗提供了新策略	首次在单细胞水平鉴定CRPC特异性周细胞亚群，揭示其促肿瘤和免疫抑制特性，并证明PDGFR抑制剂与抗PD-1疗法的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究周细胞在CRPC进展和免疫治疗抵抗中的作用机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的周细胞亚群	digital pathology	prostate cancer	single-cell transcriptomics, immunofluorescence staining, bulk RNA-seq	RM-1皮下肿瘤模型	单细胞转录组数据、免疫荧光图像、RNA-seq数据	多个bulk RNA-seq和微阵列数据集，小鼠肿瘤模型
42	2025-06-07	DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03631-5 PMID:40462157	research paper	提出了一种名为DeepGFT的新方法，通过结合深度学习和图傅里叶变换来识别空间转录组学中的空间域	DeepGFT方法首次同时建模点对点和基因对基因的关系，用于空间域识别	未明确提及方法的计算复杂度或对特定数据类型的适应性限制	提高空间转录组学中空间域识别的准确性	人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据	digital pathology	breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph Fourier transform	spatial transcriptomics data	涉及人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据，具体样本量未明确
43	2025-06-07	PDE3B and HBB are key prognostic biomarkers driving cell proliferation and regulating immune microenvironment in breast cancer 2025-Jun-03, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00470-z PMID:40462176	研究论文	本研究探讨了PDE3B和HBB在乳腺癌中的预后和功能作用，重点关注它们对细胞增殖和免疫微环境调节的贡献	首次将PDE3B和HBB鉴定为乳腺癌的预后标志物，并证实它们在细胞增殖和免疫微环境调节中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索乳腺癌中新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌细胞和肿瘤微环境	癌症研究	乳腺癌	scRNA-seq, TCGA数据分析, qRT-PCR, IHC, Western blot	LASSO回归, Kaplan-Meier生存分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本和MDA-MB-231细胞系
44	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
45	2025-06-07	Unraveling the genetic blueprint of doxorubicin-induced cardiotoxicity through systems genetics approaches 2025-Jun-03, Cardio-oncology (London, England) DOI:10.1186/s40959-025-00349-y PMID:40462234	研究论文	本研究通过系统遗传学方法，利用BXD重组自交系小鼠群体，探索阿霉素诱导心脏毒性的遗传基础	首次使用BXD重组自交系小鼠群体进行系统遗传学分析，识别与阿霉素心脏毒性相关的QTLs和候选基因	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化需要进一步验证	解析阿霉素诱导心脏毒性的遗传机制	BXD重组自交系小鼠群体	系统遗传学	心血管疾病	定量性状位点(QTL)定位、孟德尔随机化分析、超声心动图	BXD小鼠模型	基因型数据、表型数据、超声心动图数据	58个BXD品系及亲本B6和D2小鼠(每个品系/性别≥4只，3-4月龄)
46	2025-06-07	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类(PIGU)在肝细胞癌(HCC)糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用多种组学数据和CRISPR敲除技术，揭示了PIGU通过调控糖酵解途径促进HCC发展的新机制	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的调控作用及其分子机制	肝细胞癌(HCC)细胞系(SMMC-7721和Huh7)	肿瘤代谢	肝癌	RNA测序(bulk RNA和scRNA-seq)、CRISPR敲除、免疫组化(IHC)、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	3773例HCC样本(bulk RNA)、234例HCC样本(IHC和蛋白质组学)、22861个HCC细胞(scRNA-seq)
47	2025-06-07	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM	模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法	ResNet18	全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据	TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列
48	2025-06-07	Transcriptional landscape of aniridia-associated keratopathy through single-cell RNA sequencing 2025-Jun-03, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2025.05.008 PMID:40473205	research paper	通过单细胞RNA测序揭示无虹膜相关角膜病变的转录景观	首次使用单细胞RNA测序技术分析无虹膜相关角膜病变的转录组特征，揭示了角膜上皮细胞的基因表达变化	研究仅基于一例患者样本，结果可能不具有广泛代表性	阐明无虹膜相关角膜病变的分子机制	先天性无虹膜患者的角膜上皮细胞	digital pathology	aniridia-associated keratopathy	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	1例48岁女性先天性无虹膜患者的角膜上皮组织
49	2025-06-07	mNSF: multi-sample non-negative spatial factorization 2025-Jun-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03601-x PMID:40457480	research paper	提出了一种名为mNSF的多样本非负空间因子分解方法，用于分析多样本空间转录组数据	mNSF是一种无需对齐的框架，扩展了单样本空间因子分解方法，能够处理多样本数据集，并整合了样本特异性空间相关性建模	在空间对齐可行的情况下，mNSF的性能与基于对齐的方法相当，但在空间对齐不可行的情况下，mNSF的优势更为明显	开发一种能够分析多样本空间转录组数据的稳健方法	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
50	2025-06-07	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Jun-02, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法表征脊髓损伤中的肿胀性坏死（oncosis）过程，揭示了相关基因的表达动态和细胞定位	首次提供了脊髓损伤后肿胀性坏死基因调控的时空图谱，并确定了潜在的治疗靶点	研究主要基于大鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的肿胀性坏死相关基因	多组学分析	脊髓损伤	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	大鼠脊髓损伤模型	RNA测序数据, 显微镜图像	五个不同时间点的脊髓损伤样本
51	2025-06-07	SLC6A6-Mediated Taurine Uptake Sustains Corneal Epithelial Stem/Progenitor Cell Function to Counteract Age-Related Dysfunction 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.25 PMID:40478558	research paper	本研究探讨了SLC6A6介导的牛磺酸转运在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的作用及其在年龄相关性角膜伤口愈合中的意义	揭示了SLC6A6驱动的牛磺酸摄取在维持角膜缘干细胞/祖细胞稳态中的关键作用，并提出了针对年龄相关性角膜疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明SLC6A6介导的牛磺酸转运在角膜缘干细胞/祖细胞功能维持中的作用及其在年龄相关性角膜功能障碍中的意义	小鼠角膜缘干细胞/祖细胞（LSPCs）和TKE2细胞	细胞生物学	角膜疾病	LC-MS/MS, 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫荧光	小鼠角膜伤口愈合模型	基因表达数据, 蛋白质数据	C57BL/6J小鼠和TKE2细胞
52	2025-06-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台	强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用	未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性	概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台	造血系统的正常和恶性细胞	分子生物学	NA	单细胞多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
53	2025-06-07	scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data 2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性	NA	解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
54	2025-06-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jun, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架	RNA测序数据	未明确说明样本数量
55	2025-06-07	Enhancer Extrachromosomal Circular DNA ANKRD28 Elicits Drug Resistance via POU2F2-Mediated Transcriptional Network in Multiple Myeloma 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415695 PMID:40167268	研究论文	该研究揭示了增强子型染色体外环状DNA ANKRD28通过POU2F2介导的转录网络在多发性骨髓瘤中引发药物耐药性的机制	首次阐明了非编码区eccDNA作为增强子通过转录因子POU2F2调控致癌基因表达的耐药机制，从表观遗传学角度提出了全新见解	研究主要基于体外实验和测序数据分析，临床样本量有限，需进一步验证	探究多发性骨髓瘤药物耐药性的表观遗传学机制	多发性骨髓瘤患者血清样本及耐药细胞系	表观遗传学	多发性骨髓瘤	全基因组测序、H3K27ac ChIP-seq、scRNA-seq、scATAC-seq、CUT&Tag、CRISPR/Cas9	NA	基因组数据、表观遗传数据、单细胞数据	包含治疗反应良好/不良的多发性骨髓瘤患者血清样本及耐药细胞系
56	2025-06-07	Glycolysis-Derived Lactate Induces ACSL4 Expression and Lactylation to Activate Ferroptosis during Intervertebral Disc Degeneration 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416149 PMID:40171826	研究论文	本研究揭示了椎间盘退变（IVDD）过程中髓核细胞（NPCs）的代谢变化及糖酵解衍生的乳酸通过激活铁死亡导致NPCs功能障碍的机制	首次发现乳酸通过促进组蛋白H3K18乳酰化和ACSL4在K412位点的乳酰化激活铁死亡，并证实抑制糖酵解可改善NPCs功能障碍	未明确乳酸诱导SIRT3表达下降的具体机制	探究IVDD中NPCs的代谢重编程机制及乳酸的作用	髓核细胞（NPCs）	细胞生物学	椎间盘退变	单细胞RNA测序、腺相关病毒9（AAV9）基因沉默、化学处理	NA	RNA测序数据	未明确样本量（动物实验）
57	2025-06-07	Inhibiting the Histone Demethylase Kdm4a Restrains Cardiac Fibrosis After Myocardial Infarction by Promoting Autophagy in Premature Senescent Fibroblasts 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414830 PMID:40231733	research paper	探究组蛋白去甲基化酶Kdm4a通过促进早衰成纤维细胞自噬抑制心肌梗死后心脏纤维化的机制	首次揭示Kdm4a通过Trim44介导的自噬途径促进成纤维细胞早衰及心脏纤维化，并阐明其对心肌梗死后心脏重塑的影响	未探讨Kdm4a-Trm44轴在其他器官纤维化中的作用，动物模型未涵盖长期预后观察	阐明成纤维细胞早衰在心肌梗死后心脏纤维化中的作用机制	早衰成纤维细胞(PSFs)与心肌梗死后心脏组织	心血管疾病分子机制	心血管疾病/心肌梗死	scRNA-seq, ChIP-seq, ChIP-PCR, 免疫染色, 功能获得/缺失实验	NA	基因表达数据、表观遗传数据、组织染色数据	未明确说明（含动物模型与体外实验）
58	2025-06-07	Exploring the Latent Information in Spatial Transcriptomics Data via Multi-View Graph Convolutional Network Based on Implicit Contrastive Learning 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413545 PMID:40304359	研究论文	本研究提出了一种名为STMIGCL的新框架，通过多视图图卷积网络和隐式对比学习来探索空间转录组数据中的潜在信息，以提高空间域识别的精确度	引入了多视图图卷积网络和隐式对比学习，结合邻域图和基因表达数据，通过潜在空间中的对比增强来优化低维表示，并使用注意力机制自适应整合不同视图	未明确提及具体的数据集或样本量的限制，可能在实际应用中存在泛化性问题	提高空间转录组数据中空间域识别的精确度，增强对组织微环境和生物过程的理解	空间转录组数据	生物信息学	NA	多视图图卷积网络、隐式对比学习、注意力机制	GCN (图卷积网络)	空间转录组数据	NA
59	2025-06-07	MRAS: Master Regulator Analysis of Alternative Splicing 2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202414493 PMID:40323145	research paper	介绍了一种名为MRAS的计算方法，用于识别在剪接调控网络中起核心作用的关键剪接因子	MRAS是一种新颖的计算方法，能够有效识别导致剪接紊乱和驱动表型变异的关键剪接因子	未明确提及具体的技术限制或数据局限性	研究目的是开发一种方法来识别调控剪接网络的关键剪接因子，并理解其在疾病表型中的作用	研究对象为剪接因子及其在肿瘤发生、发展、转移和治疗抵抗中的作用	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
60	2025-06-07	Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease 2025-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02146-2 PMID:40328997	研究论文	本文通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，研究了乳糜泻（CD）患者小肠中免疫-上皮-基质细胞的相互作用及其对肠道损伤的影响	揭示了乳糜泻中上皮细胞向祖细胞状态的转变、干扰素驱动的转录反应以及特定T细胞亚群的改变，并发现了治疗后的持续免疫-上皮'疤痕'	样本量相对较小（35名参与者进行单细胞转录组学，20名进行空间转录组学），且仅针对乳糜泻患者	解析乳糜泻中免疫-上皮-基质细胞的相互作用及其对肠道损伤的机制	乳糜泻患者的小肠活检样本	单细胞转录组学	乳糜泻	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	35名参与者进行单细胞转录组学（86,442个细胞），20名进行空间转录组学