单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-23	scRNA-seq reveals an immune microenvironment and JUN-mediated NK cell exhaustion in relapsed T-ALL 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102098 PMID:40306275	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了复发T-ALL患者的骨髓免疫微环境及JUN介导的NK细胞耗竭	首次在复发T-ALL患者中鉴定出JUN是NK细胞耗竭的关键因子，并验证了JUN抑制剂对白血病细胞的杀伤作用及对NK细胞功能的改善	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于细胞系和动物模型，需进一步临床验证	探究T-ALL复发的免疫微环境特征及潜在治疗靶点	复发T-ALL患者的骨髓免疫细胞（包括HSCs、GMPs、CD4 T、CD8 T、NK细胞等）	单细胞转录组学	T细胞急性淋巴细胞白血病（T-ALL）	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	CDX（细胞源性肿瘤异种移植）、PDX（患者源性肿瘤异种移植）、NOTCH1突变小鼠模型	单细胞转录组数据	NA
42	2025-05-23	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学，全面分析了儿童高级别胶质瘤(pHGG)的免疫景观，揭示了治疗压力下的细胞状态变化	首次在儿童高级别胶质瘤中系统比较了不同年龄组和治疗方案下的免疫微环境差异，并发现了与成人不同的髓系亚群比例	样本量相对有限，且未涉及长期治疗反应的动态监测	探究儿童高级别胶质瘤免疫微环境特征及其对治疗的反应	儿童弥漫性高级别胶质瘤(HGG)和高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	肿瘤免疫学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但包含匹配的多种细胞类型
43	2025-05-23	Low T cell diversity associates with poor outcome in bladder cancer: A comprehensive longitudinal analysis of the T cell receptor repertoire 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102101 PMID:40315845	research paper	该研究探讨了膀胱癌患者T细胞受体（TCR）多样性与临床结果的关系	首次全面分析了膀胱癌患者TCR多样性的纵向变化及其与治疗结果的关联	研究样本量有限，且未探讨TCR多样性影响生存的具体机制	评估TCR多样性作为膀胱癌预后生物标志物的潜力	膀胱癌患者的T细胞受体库	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞测序	NA	测序数据	未明确说明数量的膀胱癌患者样本
44	2025-05-23	High-Sensitivity PD-L1 Staining Using Clone 73-10 Antibody and Spatial Transcriptomics for Precise Expression Analysis in Non-Tumorous, Intraepithelial Neoplasia, and Squamous Cell Carcinoma of Head and Neck 2025-May-20, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01798-8 PMID:40392349	研究论文	本研究通过高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术，评估了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中PD-L1的表达，并探讨了其与临床病理特征和预后的关系	使用高灵敏度的73-10抗体和空间转录组学技术（ST）分析PD-L1表达，揭示了PD-L1在HNSCC中的分布及其与免疫微环境的关系	样本量有限，尤其是ST分析仅涉及6对样本，可能影响结果的广泛适用性	评估PD-L1在HNSCC中的表达及其与免疫治疗和预后的关系，以扩大适合免疫检查点抑制剂治疗的患者范围	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）、鳞状上皮内瘤变（SIN）和正常口腔黏膜（NOM）的临床样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组织化学染色（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织样本、转录组数据	94例HNSCC临床样本（含配对的SIN和NOM样本），其中6对样本进行了ST分析
45	2025-05-23	Neuron-like macrophage differentiation via the APOE-TREM2 axis contributes to chronic pain in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-10035-5 PMID:40392335	研究论文	本研究探讨了APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中通过促进巨噬细胞向神经元样分化所起的作用	揭示了APOE-TREM2轴调控巨噬细胞向神经元样分化的新机制及其在鼻咽癌慢性疼痛中的作用	研究主要基于体外和小鼠模型，需要在人类患者中进行进一步验证	阐明APOE-TREM2轴在鼻咽癌慢性疼痛中的作用机制	鼻咽癌患者和小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	鼻咽癌	TCGA-NPC转录组数据分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、体外共培养系统	小鼠模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据	TCGA-NPC数据集和未指定数量的鼻咽癌患者样本及小鼠模型
46	2025-05-23	ACSS2 mediates an epigenetic pathway to regulate β-cell adaptation during gestation in mice 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58322-3 PMID:40393969	研究论文	本研究揭示了小鼠妊娠期间β细胞适应的精确过程，并发现了一个特定的表观遗传途径调控这一过程	首次在单细胞水平上揭示了妊娠期间β细胞适应的精确过程，并发现ACSS2介导的表观遗传途径调控这一过程	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究妊娠期间β细胞适应的分子机制	小鼠胰腺β细胞	表观遗传学	妊娠糖尿病	单细胞转录组分析、遗传分析	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	NA
47	2025-05-23	CellFM: a large-scale foundation model pre-trained on transcriptomics of 100 million human cells 2025-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59926-5 PMID:40393991	研究论文	本文介绍了一个基于1000万人类细胞转录组数据预训练的大规模基础模型CellFM，用于解决单细胞数据分析中的噪声、批次效应和稀疏性问题	提出了一个包含8亿参数的单细胞基础模型CellFM，是目前人类基础模型中训练数据和模型规模最大的之一	未提及模型在特定细胞类型或疾病中的应用效果	开发一个统一模型来表征细胞状态，解决单细胞数据分析中的关键挑战	人类单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞测序	RetNet框架改进模型	转录组数据	1000万人类细胞
48	2025-05-23	TGF-β signaling redirects Sox11 gene regulatory activity to promote partial EMT and collective invasion of oncogenically transformed intestinal organoids 2025-May-20, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-025-00560-7 PMID:40393982	研究论文	本研究利用具有结直肠癌驱动突变的肠道类器官模型，探讨了TGF-β1诱导的部分上皮-间质转化（pEMT）和集体侵袭的机制基础	发现Sox11作为转录因子基因在潜在领导者/pEMT细胞中表达峰值，且对TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭是必要的但不充分	Sox11在TGF-β1诱导的pEMT和集体侵袭中的作用机制尚未完全阐明	探究TGF-β1诱导的部分上皮-间质转化（pEMT）和集体侵袭的调控机制	具有结直肠癌驱动突变的肠道类器官	肿瘤生物学	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光染色, 功能丧失和过表达实验	肠道类器官模型	基因表达数据, 免疫荧光图像	人类结直肠癌样本和肠道类器官
49	2025-05-23	The unique hypertrophic and fibrotic features of neonatal right ventricle in response to pressure overload 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01427-y PMID:40394014	研究论文	本研究介绍了一种新生大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并揭示了压力超负荷引起的右心室肥厚和纤维化的分子特征	首次建立了新生大鼠/小鼠右心室压力超负荷模型，并通过单细胞RNA测序揭示了新生儿右心室对压力超负荷反应的独特特征	研究仅针对新生大鼠/小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	研究儿科心力衰竭的发病机制，特别是右心室压力超负荷引起的病理变化	新生大鼠/小鼠的右心室组织	心血管疾病研究	儿科心力衰竭	批量RNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、组织学染色	NA	RNA测序数据	新生大鼠/小鼠右心室组织（具体数量未明确说明）
50	2025-05-23	Sphingolipid metabolism-related genes as diagnostic markers in pneumonia-induced sepsis: the AUG model 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01150-8 PMID:40394027	研究论文	本研究通过识别与鞘脂代谢相关的基因特征（AUG模型），为肺炎诱导的脓毒症（PIS）提供了新的诊断标志物和治疗靶点	首次提出由ACER3、UGCG和GBA组成的鞘脂代谢相关基因特征（AUG模型），并验证其在PIS诊断中的性能	临床队列样本量较小（20例PIS患者、31例肺炎病例和11例健康对照）	识别肺炎诱导的脓毒症（PIS）的生物标志物和治疗靶点	肺炎诱导的脓毒症（PIS）患者、肺炎病例和健康对照	生物医学研究	脓毒症	转录组分析（包括批量转录组和单细胞转录组）	AUG模型	mRNA和蛋白质表达数据	20例PIS患者、31例肺炎病例和11例健康对照
51	2025-05-23	Decoding the impact of MMP1+ malignant subsets on tumor-immune interactions: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2025-May-20, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02503-y PMID:40394037	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了MMP1在肿瘤生物学和免疫调节中的作用及其对肿瘤进展的影响	揭示了MMP1+恶性细胞与免疫细胞（特别是巨噬细胞和CD8+ T细胞）之间的显著相互作用，并确定了CXCL16-CXCR6和ANXA1-FPR3信号轴作为这些相互作用的关键介质	研究主要基于体外实验和转录组学数据，缺乏体内实验验证	探讨MMP1在肿瘤进展和免疫调节中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	MMP1+恶性细胞及其与免疫细胞的相互作用	肿瘤生物学	多种肿瘤类型	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	大规模单细胞RNA测序数据（具体样本数量未提及）
52	2025-05-23	Multimodal spatial proteomic profiling in acute myeloid leukemia 2025-May-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00897-7 PMID:40394148	research paper	该研究通过优化高通量组织微阵列技术，结合空间免疫荧光和质谱流式成像，揭示了急性髓系白血病（AML）骨髓微环境中的三级淋巴样聚集体，并验证了其与AML预后的关联	开发了一种单张切片上的高通量空间蛋白组学分析流程，首次在骨髓中发现并验证了三级淋巴样聚集体，并证明其与AML预后的相关性	研究主要基于组织微阵列技术，可能无法完全反映原始组织的空间复杂性；验证队列来自公共数据库而非独立收集	解析AML骨髓微环境中白血病细胞与免疫系统的相互作用机制	急性髓系白血病患者的骨髓微环境	digital pathology	leukemia	high-plex spatial immunofluorescence, mass cytometry imaging, spatial transcriptomics	unbiased clustering on the spatial K function	proteomic data, transcriptomic data	480例患者的转录组数据集（公共数据库）
53	2025-05-23	HSD17B1-mediated trophoblast differentiation lowers estrogen levels in early-onset preeclampsia 2025-May-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02490-1 PMID:40394177	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了HSD17B1在早发型子痫前期(EOPE)发病机制中的核心作用	首次发现HSD17B1是协调滋养细胞-内分泌互作的关键调控因子，其功能障碍可能导致EOPE发病	研究主要基于体外细胞模型和有限临床样本，需要更大规模临床验证	阐明早发型子痫前期伴胎儿生长受限的分子机制	胎盘滋养细胞亚型	生殖医学	妊娠高血压疾病	scRNA-seq, 免疫组化, 蛋白质印迹	BeWo滋养细胞模型	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	EOPE-FGR患者和正常妊娠对照的胎盘样本
54	2025-05-23	Pyroptosis drives tumor progression and immune evasion in Hepatocellular Carcinoma: a single-cell and spatial transcriptomic study 2025-May-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02421-6 PMID:40394449	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，探讨了细胞焦亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，特别是CHMP4B基因对肿瘤进展和免疫逃逸的影响	首次在HCC中鉴定出CHMP4B作为关键的细胞焦亡相关基因，并揭示其通过调节肿瘤微环境促进免疫逃逸的机制	样本量有限（仅10例HCC患者），需要更大数据集和多组学方法进一步验证	研究细胞焦亡相关基因在肝细胞癌中的作用及其对肿瘤微环境和预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	10例HCC患者的单细胞RNA测序数据，以及TCGA的批量RNA测序数据
55	2025-05-23	Scmaskgan: masked multi-scale CNN and attention-enhanced GAN for scRNA-seq dropout imputation 2025-May-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06138-9 PMID:40394489	研究论文	提出了一种名为scMASKGAN的方法，用于改进单细胞RNA测序数据中的缺失值填充	将矩阵填充任务转化为像素恢复任务，结合了掩码机制、CNN、注意力机制和残差网络，有效处理scRNA-seq数据中的缺失事件	NA	改进单细胞RNA测序数据中的缺失值填充，以更全面地探索潜在的生物学信息	单细胞RNA测序数据	数字病理学	神经母细胞瘤	scRNA-seq	CNN, GAN, ResNet	基因表达数据	10个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据
56	2025-05-23	A novel NFKB1 agonist remodels tumor microenvironment and activates dendritic cells to promote anti-tumor immunity in colorectal cancer 2025-May-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06576-2 PMID:40394677	research paper	研究发现一种新型NFKB1激动剂F1929-1458，通过重塑肿瘤微环境并激活树突状细胞，促进抗肿瘤免疫，从而克服结直肠癌治疗抵抗	首次鉴定出F1929-1458作为NFKB1激动剂，通过激活NF-κB信号通路诱导肿瘤细胞释放DAMPs，进而激活DC细胞并增强T细胞介导的抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索能够同时靶向肿瘤干细胞和肿瘤微环境的治疗剂，以克服肿瘤治疗抵抗	结直肠癌肿瘤微环境、肿瘤干细胞、树突状细胞和T细胞	肿瘤免疫治疗	结直肠癌	单细胞测序、小分子下拉质谱、细胞热位移实验、药物亲和实验、分子对接	小鼠结直肠癌移植瘤模型（CT26细胞系）	NA	NA
57	2025-05-23	Non-variable RNA deletion using the CRISPR-Cas9 technique demonstrated improved outcomes in human intestine single-cell RNA sequencing data, even at half sequencing depths 2025-May-20, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00043-6 PMID:40394729	研究论文	本研究提出了一种基于CRISPR-Cas9技术的方法，用于选择性去除单细胞RNA测序数据中的非可变RNA，以提高数据质量并降低测序成本	首次将CRISPR-Cas9技术应用于选择性去除scRNA-seq数据中的非可变RNA，相比计算方法更有效且不损害生物相关数据	研究仅针对人类肠道组织样本，未验证在其他组织或物种中的适用性	提高单细胞RNA测序数据质量并降低测序成本	人类肠道组织的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	17名患者的肠道组织样本
58	2025-05-23	Targeting mitochondrial complex I of CD177+ neutrophils alleviates lung ischemia-reperfusion injury 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102140 PMID:40398393	research paper	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的作用，并探索其作为早期生物标志物和治疗靶点的潜力	首次发现CD177+中性粒细胞在肺缺血再灌注损伤中的关键作用，并验证线粒体复合物I抑制剂IACS-010759的治疗效果	研究主要基于动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索肺缺血再灌注损伤中中性粒细胞亚型的作用机制及治疗策略	CD177+中性粒细胞	生物医学	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	小鼠IRI模型, 大鼠左肺移植模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
59	2025-05-23	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-May-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	揭示了鸟类双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先的红锥细胞和蓝锥细胞，并通过CRISPR介导的基因敲除验证了这一假设	研究仅在新孵化的鸡视网膜中进行，可能无法完全代表所有鸟类或其他脊椎动物的情况	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜中的光感受器细胞	进化生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR介导的基因敲除	NA	RNA测序数据	新孵化的鸡视网膜细胞
60	2025-05-23	Mucinous breast cancer organoids: an in vitro research model 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02586-0 PMID:40388071	research paper	该研究建立了源自患者的黏液性乳腺癌类器官模型，用于临床药物筛选和科学研究	首次报道了黏液性乳腺癌类器官模型，并验证了其在早期传代中与原组织相似的特性	研究仅基于一名患者的样本，样本量有限	开发一种可靠的体外模型以解决纯黏液性乳腺癌的异质性问题	纯黏液性乳腺癌患者的手术肿瘤样本	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-Seq, histological staining, drug testing	organoid model	RNA sequencing data, histological images	1名64岁中国女性患者的肿瘤样本