单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-08	Inhibitor of DNA-Binding 3 Is a Novel Regulator of Limbal Epithelial Cell Migration Via the EphA2/Akt Signaling Pathway 2025-Jul-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.9.2 PMID:40590805	研究论文	本研究探讨了DNA结合抑制因子3（ID3）通过EphA2/Akt信号通路调控角膜缘上皮细胞迁移的新机制	发现了ID3通过EphA2/Akt信号轴调控角膜上皮伤口愈合的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	探索角膜伤口愈合过程中细胞迁移的调控机制	角膜缘上皮细胞	细胞生物学	角膜损伤	scRNA-seq, bulk RNA-seq, siRNA转染, 划痕实验	NA	RNA测序数据, 细胞迁移数据	野生型角膜细胞和ID3敲除的角膜缘上皮细胞
42	2025-07-08	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以实现高质量的单细胞RNA测序	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中RNA酶活性和转录变化	仅针对蚊子和沙蝇中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或生物体	优化非模式生物组织解离方法，提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
43	2025-07-08	Establishing the causative link between CFAP221 variants and asthenoteratozoospermia in humans 2025-Jun, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03472-y PMID:40272718	研究论文	本研究通过全外显子测序和生物信息学分析，确定了CFAP221基因变异与人类弱畸精子症之间的致病联系	首次发现CFAP221基因是男性不育的新致病基因，并揭示了其在精子鞭毛发育中的关键作用	研究样本仅来自两个无关的中国家庭，样本量较小	探索与男性不育相关的弱畸精子症的新遗传病因	两个无关的中国不育家庭	遗传学	男性不育症	全外显子测序(WES)、Sanger测序、扫描电子显微镜(SEM)、透射电子显微镜(TEM)、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、显微镜图像数据	两个不育家庭的成员
44	2025-07-08	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的关键作用	发现了一个表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，该亚群在巨噬细胞介导的肌肉再生中起关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类肌肉再生中的GPNMB巨噬细胞亚群作用尚需进一步验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复反应中的表型多样性及其在再生过程中的作用	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞样本
45	2025-07-08	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了硫丹诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平解析硫丹诱导肝毒性的关键通路和炎症反应	仅在小鼠模型中进行研究，未验证人类样本	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠肝脏组织	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	暴露硫丹两周的小鼠肝脏样本
46	2025-07-08	Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.21.655347 PMID:40501697	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析酒精使用障碍患者的免疫细胞比例和基因表达差异，并强调了性别和剂量依赖的免疫细胞功能改变	研究仅针对外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型	更好地表征酒精使用障碍中的免疫失调	酒精使用障碍患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	酒精使用障碍	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	酒精使用障碍患者和健康对照者的PBMCs样本
47	2025-07-08	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	研究论文	本文探讨了转录因子在定义小胶质细胞表观基因组结构和转录组中的关键作用	识别了PU.1、Irf8、Sall1和Smad4等转录因子作为小胶质细胞身份的决定因素，并揭示了它们如何与其他转录因子协同作用	未提及具体实验样本量或研究范围限制	研究小胶质细胞转录组程序的调控机制及其在神经炎症和神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞及其转录因子	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
48	2025-07-08	Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan 2025-Apr-30, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	综述	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次全面评估星形胶质细胞在AUD中的作用，并探讨其在胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的潜在影响	对星形胶质细胞亚群及其对酒精暴露易感分子的认识仍存在空白	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用，并探讨其作为治疗干预靶点的潜力	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍和胎儿酒精谱系障碍中的作用	神经科学	酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
49	2025-07-08	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的破坏性作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化促进疾病进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证还需进一步扩大样本量	探究牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	牙周炎小鼠模型和人类牙周炎患者的牙周组织	免疫学	牙周炎	单细胞测序	小鼠牙周炎模型	单细胞测序数据	小鼠模型和人类患者牙周组织样本（具体数量未提及）
50	2025-07-08	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2025-04, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	本研究揭示了USP4减少驱动的RAB7A泛素化如何破坏自噬体-溶酶体融合，从而加剧牙周炎的进展	首次揭示了USP4和RAB7A之间的相互作用在牙周炎发病机制中的关键作用，并提出了USP4上调作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本分析相对有限	阐明自噬与牙周炎发病机制之间的精确相互作用	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠	分子病理学	牙周炎	基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、ScRNA-seq	NA	基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据	临床牙龈样本和实验性牙周炎小鼠（具体数量未明确说明）
51	2025-07-08	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	本研究探讨了T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮（SLE）患者中的预后和治疗价值	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE疾病严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小（10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者），需要更大规模的研究验证	研究T-bet+ B细胞在系统性红斑狼疮中的预后和治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者和健康捐赠者的外周血样本	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、全血培养实验、scRNA-seq数据分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	10名健康捐赠者和22名活动性SLE患者
52	2025-07-08	Reduced Thioredoxin Regulates IL-1β Secretion via NLRP3 of IL-1β+ Alveolar Macrophages in COPD 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513004 PMID:40620599	研究论文	本研究探讨了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中硫氧还蛋白(TRX)的变化及其在IL-1β释放中的作用	首次发现reTRX在COPD中的异常变化通过TXNIP-NLRP3途径上调IL-1β的分泌	研究主要基于小鼠模型和THP-1细胞系，人类样本验证不足	阐明COPD中氧化应激与炎症因子分泌的分子机制	COPD患者的肺泡巨噬细胞和小鼠模型	分子病理学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq, 分子动力学模拟(MD), 免疫共沉淀(CO-IP)	小鼠模型, THP-1细胞模型	基因表达数据, 蛋白质活性数据	GEO数据库中的COPD肺组织scRNA-seq数据, 实验动物和细胞模型
53	2025-07-08	Electroacupuncture at ST36 Treatment Suppresses the Microglial Pyroptosis Through Activating α7nAChR in a Rat Model of Asphyxial Cardiac Arrest 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525373 PMID:40620602	研究论文	本研究探讨了电针刺激ST36穴位通过激活α7nAChR抑制小胶质细胞焦亡，从而在大鼠窒息性心脏骤停模型中发挥神经保护作用	首次揭示了电针ST36通过α7nAChR依赖的机制抑制小胶质细胞焦亡，为心脏骤停后脑缺血损伤的治疗提供了新思路	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究电针ST36对心脏骤停诱导的全球性脑缺血损伤的神经保护作用及其机制	窒息性心脏骤停大鼠模型和原代小胶质细胞	神经科学	心脏骤停	单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、ELISA、组织病理染色	大鼠窒息性心脏骤停模型、氧糖剥夺/复氧(OGD/R)模型	基因表达数据、行为学数据、细胞学数据	未明确说明具体数量的大鼠和细胞样本
54	2025-07-08	Unveiling PANoptosis in Acute Kidney Injury: An Integrative Multi-Dimensional Approach to Identify Key Biomarkers 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525222 PMID:40620603	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习算法，识别了与急性肾损伤（AKI）相关的五个关键PANoptosis相关基因	首次在AKI中研究了PANoptosis的作用，并识别了五个关键基因作为潜在生物标志物	研究结果仍需在更大规模的临床样本中进一步验证	探究PANoptosis在急性肾损伤中的具体作用及其相关生物标志物	急性肾损伤（AKI）	生物信息学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析、机器学习算法	机器学习算法	RNA测序数据、转录组数据	AKI动物模型
55	2025-07-08	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and network pharmacology reveals protective effect of salidroside in peritoneal dialysis-associated peritoneal fibrosis 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1558366 PMID:40620673	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学分析，探讨了红景天苷在腹膜透析相关腹膜纤维化中的保护作用及其机制	首次将单细胞RNA测序、批量RNA测序和网络药理学方法整合应用于研究红景天苷对腹膜纤维化的治疗潜力，并识别出四个潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验验证	探究红景天苷对腹膜透析引起的腹膜纤维化的保护作用及其分子机制	腹膜纤维化小鼠模型	网络药理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 网络药理学分析	小鼠腹膜纤维化模型	RNA测序数据	NA
56	2025-07-08	Prognostic implications of high- OXPHOS macrophages in gastric cancer: a single-cell transcriptomics and tumor microenvironment communication study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1533990 PMID:40620715	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析胃癌肿瘤微环境，揭示了高氧化磷酸化（OXPHOS）巨噬细胞的预后意义	首次基于单细胞转录组数据构建了高OXPHOS巨噬细胞相关的19基因预后特征，并鉴定了NPC2、LY96和TPP1等关键标记物	研究样本量相对有限（435例GC患者），且仅基于GEO和TCGA数据库的回顾性数据	解析胃癌肿瘤微环境异质性并建立新型预后标志物	胃癌组织及其肿瘤微环境中的细胞（特别是肿瘤相关巨噬细胞）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	435例胃癌患者（来自TCGA STAD数据集）和配对正常胃组织的单细胞测序数据（GSE184198）
57	2025-07-08	BCMA: An integrative and versatile database for multi-scale and multi-omics molecular atlas of breast cancer 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.031 PMID:40621063	研究论文	介绍了一个名为BCMA的多尺度、多组学乳腺癌分子图谱数据库，旨在促进乳腺癌的精准治疗研究	整合了多种组学数据和单细胞转录组数据，提供了一个用户友好的基因中心搜索界面，支持多种分析功能	未提及具体的技术验证或独立数据集的验证结果	建立一个综合性的乳腺癌分子图谱数据库，以支持乳腺癌的精准治疗研究	乳腺癌患者的多组学数据和单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	多组学分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据、甲基化数据、临床数据	5424例病例和236,363个细胞
58	2025-07-08	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	本文提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能灵活整合非转录组协变量	未明确提及具体局限性	开发一种高效的空间转录组数据降维方法，以促进对高分辨率亚细胞空间转录组数据的分析	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium)
59	2025-07-08	KMT2D regulates tooth enamel development 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608898 PMID:39411159	研究论文	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用，并鉴定了其直接靶向的8个基因	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙釉质发育情况	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA-seq、CUT&RUN-seq、单细胞RNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因组数据、转录组数据、影像数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
60	2025-07-08	Single-cell sequencing of facial adipose tissue unveils FKBP5 as a therapeutic target for facial infiltrating lipomatosis 2024-07-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03835-9 PMID:39020442	研究论文	通过单细胞测序技术揭示FKBP5作为面部浸润性脂肪瘤病治疗靶点的研究	首次在面部浸润性脂肪瘤病（FIL）患者的脂肪组织中，通过单细胞转录组测序发现FKBP5的过表达及其在脂肪生成中的作用	研究样本量有限，且机制研究主要在体外和动物模型中进行，需进一步临床验证	探索面部浸润性脂肪瘤病的发病机制并寻找潜在治疗靶点	面部脂肪组织中的基质血管部分（SVF）及纤维脂肪前体细胞（FAPs）	数字病理学	面部浸润性脂肪瘤病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	FIL患者和非FIL个体的面部脂肪组织样本