单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-09	Cathepsin C correlates with M2 macrophage infiltration and regulates the tumor growth and metastasis in non-small cell lung cancer 2025-Jun-05, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14341-3 PMID:40474091	研究论文	探讨组织蛋白酶C（CTSC）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用及其与M2巨噬细胞浸润的关系	首次系统分析CTSC在NSCLC中的表达及其与M2巨噬细胞浸润的关联，并验证CTSC对肿瘤生长和转移的调控作用	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证的规模可能有限	揭示CTSC在NSCLC中的功能机制及其作为治疗靶点的潜力	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞及患者样本	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组织化学	NA	基因表达数据、临床样本数据	临床NSCLC队列（具体数量未明确提及）
42	2025-06-09	Dissecting the tumor microenvironment in primary breast angiosarcoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun-05, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-02022-9 PMID:40474296	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境，揭示其细胞异质性及潜在治疗靶点	首次利用单细胞RNA测序技术对原发性乳腺血管肉瘤的肿瘤微环境进行深入分析，识别出关键信号通路和细胞间通讯网络	样本量较小（仅3例患者），可能限制结果的广泛适用性	阐明原发性乳腺血管肉瘤的致病机制并改善治疗策略	原发性乳腺血管肉瘤和浸润性乳腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	3例患者（1例双侧原发性乳腺血管肉瘤，2例浸润性乳腺癌）共31,771个细胞
43	2025-06-09	Scalable inference of transcriptional variability with BASiCS 2025-Jun-05, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2025.112157 PMID:40479909	research paper	本文介绍了一种扩展的BASiCS方法，用于单细胞RNA测序数据的可扩展贝叶斯推断	引入了分治推理方案，使BASiCS能够处理大规模数据集，同时保持其解释性和灵活性	未明确提及具体的数据集大小限制或计算资源需求	开发一种可扩展的贝叶斯推断方法，用于分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	BASiCS (贝叶斯层次模型), MCMC, ADVI	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
44	2025-06-09	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Jun-05, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本研究探讨了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗效果	揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的新机制，并展示了使用senolytic药物（Dasatinib和Quercetin）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中进行验证	探索细胞衰老在ONFH发病机制中的作用及senolytic药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）患者和小鼠模型，以及骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠ONFH模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确提及具体样本数量，涉及ONFH患者数据和小鼠模型
45	2025-06-09	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM如何调节Th17细胞的致病性及其在自身免疫中的作用	发现PGAM与其他糖酵解酶不同，是Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于小鼠模型，人类Th17细胞的类似机制尚需验证	阐明糖酵解反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型	基因表达数据	NA
46	2025-06-09	Dynamic evolution of venetoclax resistance in acute myeloid leukemia unveiled by longitudinal single-cell RNA-seq 2025-Jun-05, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217853 PMID:40482912	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序揭示了急性髓系白血病中venetoclax耐药的动态演化	首次在单细胞分辨率下系统描绘了venetoclax治疗过程中骨髓微环境的重塑动态，发现两种关键治疗反应机制，并建立了预测治疗反应的预后标志物	研究样本量有限，需要在更大队列中验证预后标志物的普适性	阐明急性髓系白血病对venetoclax耐药的动态演化机制	接受DAV方案治疗的AML患者骨髓样本	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	配对的治疗前后AML患者骨髓样本（具体数量未明确说明）
47	2025-06-09	Specificity Protein 1 Suppresses Prohibitin 1 to Induce Macrophage M1 Polarization and Impair Phagocytosis, Exacerbating Sepsis-Associated Acute Lung Injury 2025-Jun-05, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.05.434 PMID:40482976	研究论文	本研究探讨了特异性蛋白1（SP1）和抑制蛋白1（PHB1）轴在脓毒症相关急性肺损伤（ALI）中调控巨噬细胞极化和功能的作用	首次揭示了SP1通过转录抑制PHB1表达，促进巨噬细胞M1极化并损害吞噬功能，从而加剧脓毒症诱导的ALI	未来研究需要探索针对调节巨噬细胞极化和改善脓毒症相关ALI免疫稳态的靶向治疗	研究脓毒症相关急性肺损伤的分子机制及潜在治疗靶点	巨噬细胞极化与功能	分子生物学与免疫学	脓毒症相关急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高通量测序（HTS）、机器学习（ML）算法、免疫荧光、ELISA、RT-qPCR、Western blot	NA	基因表达数据、蛋白质数据	使用盲肠结扎穿孔（CLP）诱导的小鼠模型
48	2025-06-09	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Jun-04, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	research paper	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路激活肠道成纤维细胞从而驱动CD肠道纤维化的具体机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需扩大样本量	阐明AREG介导克罗恩病肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道狭窄病变组织、DSS诱导的小鼠结肠炎模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq	Areg基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织病理数据	CD患者狭窄/非狭窄病变组织样本、肠憩室正常组织样本、WT/Areg-/-小鼠模型
49	2025-06-09	Targeting CD39 boosts PD-1 blockade antitumor therapeutic efficacy via strengthening CD8 + TILs function and recruiting B cells in cervical cancer 2025-Jun-03, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03500-0 PMID:40462160	research paper	该研究通过靶向CD39增强PD-1阻断的抗肿瘤疗效，通过强化CD8+TILs功能并招募B细胞在宫颈癌中的应用	发现CD39在耗竭的CD8+T细胞中高表达，并验证了CD39抑制不仅能增强CD8+TILs的细胞毒性，还能通过增加CXCL13分泌促进B细胞浸润	样本量较小（10名宫颈癌患者），需要进一步的大规模临床验证	增强免疫检查点阻断（ICBs）对宫颈癌患者的治疗效果	宫颈癌患者和皮下肿瘤模型	肿瘤免疫学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据和临床数据	10名宫颈癌患者和TCGA数据库中的队列
50	2025-06-09	PSMB10 maintains the stemness of chemotherapeutic drug-resistant leukemia cells by inhibiting senescence and cytotoxic T lymphocyte-mediated killing in a ubiquitinated degradation manner 2025-Jun-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03420-9 PMID:40462177	research paper	该研究探讨了PSMB10如何通过抑制衰老和细胞毒性T淋巴细胞介导的杀伤，以泛素化降解方式维持化疗耐药白血病细胞的干性	揭示了PSMB10在耐药白血病干细胞（LSCs）中通过调控衰老和免疫逃逸维持干性的新机制，并证明PSMB10是消除耐药LSCs的潜在分子靶点	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探究PSMB10在耐药白血病干细胞干性维持中的作用机制	急性髓系白血病（AML）患者样本、人类AML异种移植模型和PSMB10敲除同源小鼠骨髓移植模型	肿瘤生物学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、流式细胞术（FCM）、免疫共沉淀、荧光素酶报告基因检测、多核糖体分析、定量蛋白质组学等	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞功能实验数据	AML患者临床样本、人类AML异种移植模型和小鼠模型
51	2025-06-09	A resource for whole-body gene expression map of human tissues based on integration of single cell and bulk transcriptomics 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03616-4 PMID:40462185	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组学数据，提供了人体各主要组织和器官中蛋白质编码基因的全基因组表达图谱	结合单细胞和批量转录组学数据，扩展了人体全组织基因表达图谱的分析，并通过抗体谱验证基因表达分类	NA	构建人体全组织基因表达图谱，探索基因、蛋白质及其在细胞中的空间分布	人体31种主要组织和器官中的蛋白质编码基因	基因组学	NA	单细胞转录组分析、批量转录组学	NA	转录组数据	31种人体组织
52	2025-06-09	SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data 2025-Jun-03, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101301 PMID:40480226	research paper	提出了一种基于最优传输的空间转录组数据分析算法SPaSE，用于量化疾病组织中的病理影响	SPaSE算法通过最优传输方法比较疾病和对照组织的空间转录组数据，为每个点计算病理评分，创新性地量化了病理影响	NA	开发一种能够量化空间变异病理影响的分析方法	小鼠心肌梗死后的心脏组织、人类心肌梗死后的数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型	digital pathology	cardiovascular disease	spatial transcriptomics (ST)	optimal transport-based algorithm	spatial transcriptomics data	小鼠和人类的心肌梗死后数据、创伤性脑损伤和杜氏肌营养不良小鼠模型数据
53	2025-06-09	Distinct molecular patterns in R6/2 HD mouse brain: Insights from spatiotemporal transcriptomics 2025-Jun-02, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2025.05.014 PMID:40482637	研究论文	通过时空转录组学分析R6/2亨廷顿病小鼠脑部的分子模式	整合10× Genomics Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了亨廷顿病小鼠脑部区域、时间和细胞类型特异的调控通路	研究仅针对R6/2小鼠模型，结果可能不完全适用于人类亨廷顿病	理解亨廷顿病的发病机制	R6/2亨廷顿病小鼠模型	转录组学	亨廷顿病	10× Genomics Visium空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	NA	转录组数据	R6/2小鼠脑部组织(出生后0天[P0], 4周和12周)
54	2025-06-09	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2025-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	研究论文	本文研究了表观遗传调节因子CBX5在肺纤维化中的作用及其通过代谢重编程抑制纤维化的机制	首次揭示了CBX5作为表观遗传调节因子在肺纤维化中通过调控代谢重编程促进成纤维细胞活化的机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探索CBX5在肺纤维化发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肺成纤维细胞和肺纤维化组织	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序、免疫组化分析、RNA测序分析	NA	基因表达数据、代谢数据	NA
55	2025-06-09	Exploring the Molecular Mechanisms of Fisetin in Treating Periodontitis Through Multiomics and Network Pharmacology 2025-Jun, International dental journal IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.identj.2024.12.012 PMID:39755534	研究论文	本研究通过多组学和网络药理学方法探讨了非瑟酮治疗牙周炎的分子机制	首次结合网络药理学、动物模型和单细胞空间转录组技术全面解析非瑟酮治疗牙周炎的作用机制	临床前研究结果需进一步通过人体临床试验验证	探究非瑟酮治疗牙周炎的分子机制与治疗效果	牙周炎大鼠模型和人牙周膜成纤维细胞(PDLFs)	多组学分析	牙周炎	网络药理学分析、单细胞转录组测序、空间转录组技术	动物疾病模型	转录组数据	NA
56	2025-06-09	BNT162b2 COVID-19 vaccination elicits the expansion of CD16+CD8+ T cells endowed with natural killer cell features 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.024 PMID:39894227	研究论文	研究BNT162b2 COVID-19疫苗接种后引发的CD16+CD8+ T细胞扩增及其自然杀伤细胞特性	揭示了BNT162b2 mRNA疫苗能诱导产生具有自然杀伤细胞特性的CD16+CD8+ T细胞，这些细胞具有抗体依赖性细胞毒性(ADCC)能力	研究样本量较小(30人)，且仅针对健康个体	表征BNT162b2 mRNA疫苗接种后出现的非常规T细胞亚群	30名接种BNT162b2 mRNA疫苗的健康人类个体	免疫学	COVID-19	多参数流式细胞术，单细胞转录组分析	NA	血液样本	30名健康个体
57	2025-06-09	ICOSL, OX40L, and CD30L control persistence of asthmatic CD4 tissue-resident memory CD4 T cells 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1097 PMID:39921040	research paper	研究探讨了ICOSL、OX40L和CD30L这三种共刺激分子在控制哮喘CD4组织驻留记忆T细胞持久性中的作用	首次发现联合抑制ICOSL与OX40L或CD30L能有效减少肺部炎症性Trm细胞的积累，并提出潜在的治疗哮喘的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	寻找控制过敏原诱导的记忆CD4 T细胞再激活的共刺激分子，并评估其靶向治疗对哮喘相关记忆T细胞群体的影响	哮喘患者和小鼠模型中的肺CD4 T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
58	2025-06-09	Adulthood outcomes of thymic transplantation in a case of congenital athymia due to FOXN1 mutation 2025-Jun, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.02.006 PMID:39956280	research paper	报道一例因FOXN1突变导致先天性无胸腺症患者接受胸腺移植后19年的临床和免疫学结果	首次详细描述了异体胸腺移植后长期免疫重建的临床和分子特征	仅基于单一病例研究，结果可能不具有普遍性	评估先天性无胸腺症患者胸腺移植后的长期免疫重建效果	一名R255X纯合FOXN1突变导致的先天性无胸腺症成人患者	免疫学	先天性免疫缺陷	高维光谱流式细胞术、单细胞RNA测序、T细胞受体测序	NA	临床数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据	1名患者+年龄匹配对照
59	2025-06-09	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次中的基因组决定因素	开发了一种高灵敏度的单细胞RNA测序方法，首次在单细胞水平上追踪了抗原转换事件中的转录组变化和基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示非洲锥虫抗原表达层次形成的分子机制	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	单个寄生虫细胞
60	2025-06-09	Interrogating mediators of single-cell transcriptional changes in the acute damaged cerebral cortex: Insights into endothelial-astrocyte interactions 2025-Jun, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2025.104003 PMID:40090391	研究论文	研究探讨了内皮细胞EphA4在急性损伤大脑皮层中调节细胞特异性转录组变化的作用，特别是在星形胶质细胞和内皮细胞之间的相互作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了EphA4敲除对星形胶质细胞基因表达的显著影响，并发现新的Sox9+星形胶质细胞亚群	研究仅基于实验性创伤性脑损伤模型，结果可能无法完全反映人类TBI的复杂性	探索创伤性脑损伤后细胞特异性转录变化的机制	内皮细胞和星形胶质细胞	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	EphA4敲除小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及多个细胞亚群(C0-C5)