单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-09	Stem cells within the HPA axis in tissue homeostasis and disease 2025-Aug-22, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf039 PMID:40590582	综述	本文总结了HPA轴内干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、分布及性别特异性活动	强调单细胞RNA测序揭示的干细胞群体异质性，并讨论体外分化HPA轴干细胞的新策略	对HPA轴动态组织可塑性机制的理解仍有限，尤其在人类研究中	探讨HPA轴干细胞在生理和病理条件下的调控功能及治疗潜力	下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴）中的干细胞和祖细胞	NA	代谢疾病、癌症	单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	NA	NA
42	2025-09-09	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	通过整合空间和功能代谢分析，发现髓袢升支粗段是急性肾损伤中的线粒体脆弱性中心	首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统性揭示肾脏能量代谢的空间分布特征，并发现特定肾段对麻醉药物的代谢敏感性	研究主要基于小鼠模型和有限的人类移植样本，临床推广需进一步验证	探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物的关联	小鼠模型和人类肾移植受者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、影像数据	小鼠缺血-再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明）
43	2025-09-09	Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling 2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670370 PMID:40894541	研究论文	通过整合人类15个组织的单细胞RNA测序数据，系统分析内皮细胞异质性及其在组织微环境中的信号交互	开发计算流程分析代谢物或蛋白质介导的细胞间通讯，并首次使用主题建模识别组织特异性的内皮细胞交互模式	研究仅基于scRNA-seq数据，可能未完全捕捉蛋白质修饰或空间组织等层面信息	探究内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及微环境调控机制	人类15个组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, 主题建模, 细胞间通讯分析	主题模型	单细胞RNA测序数据	超过300万个单细胞，涵盖15个人体组织
44	2025-09-09	TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles 2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.17.670735 PMID:40894666	研究论文	提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA测序数据中推断群体水平标签	首次利用Transformer架构分析细胞群体组成信号，突破传统单细胞水平分析方法，能同时保持单细胞分辨率	NA	开发能够利用细胞组成信息推断组织身份和疾病状态的计算方法	小鼠大脑空间转录组数据中的细胞群体	计算生物学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	Transformer	单细胞RNA表达数据	NA
45	2025-09-09	Reviewing the Developing Significance of the Serine Protease PRSS23 2025-Aug-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL27294 PMID:40917042	综述	本文综述了丝氨酸蛋白酶PRSS23在多种生理和病理过程中的作用及其研究进展	整合了PRSS23从最初发现到近期在癌症、发育生物学和单细胞技术应用中的多功能性研究	NA	总结PRSS23的生物学功能和临床意义	丝氨酸蛋白酶PRSS23及其在正常生理和疾病中的作用	分子生物学	乳腺癌、胃癌、硬皮病	scRNA-seq、生物信息学分析	NA	文献数据	NA
46	2025-09-09	Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis† 2025-Aug-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf107 PMID:40324205	研究论文	本研究探讨虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟	首次报道虾青素在卵母细胞体外成熟中的作用，并采用单细胞转录组测序和微蛋白质组学揭示其作用机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前试验	提高小鼠卵母细胞体外成熟质量及早期胚胎发育能力	小鼠卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序, 微蛋白质组学, 透明带激光打孔辅助体外受精	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	小鼠卵母细胞样本（具体数量未明确说明）
47	2025-07-06	Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation 2025-Aug-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572 PMID:40614731	研究论文	研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟	通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系	3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证	探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs)	细胞生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs)	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
48	2025-09-09	A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62709-7 PMID:40796743	研究论文	报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤的克隆性扩增淋巴结T细胞群体	首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学揭示CAR-T后T细胞淋巴瘤的克隆特征和空间分布	单病例报告，样本量有限	探讨CAR-T治疗后继发T细胞恶性肿瘤的分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	基因组测序，单细胞空间转录组学	NA	基因组数据，转录组数据，空间转录组数据	1例患者
49	2025-09-09	Singletrome enhances detection of long noncoding RNAs in single cell transcriptomes 2025-Aug-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13528-9 PMID:40796606	研究论文	介绍Singletrome工具，用于增强单细胞转录组中长链非编码RNA的检测与分析	开发了Singletrome这一Singularity镜像工具，能整合蛋白质编码基因和lncRNA的GTF注释，考虑基因的正反义重叠，生成增强注释并支持下游分析	NA	提升单细胞RNA测序数据中长链非编码RNA的检测和注释准确性	长链非编码RNA（lncRNAs）和单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 机器学习	NA	单细胞RNA测序数据	NA
50	2025-09-09	Subcellular spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis 2025-Aug-08, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.05.25332835 PMID:40894156	研究论文	通过亚细胞分辨率空间转录组学分析幼年特发性关节炎患者滑膜组织，揭示免疫与基质细胞的空间互作机制	开发新型空间共定位分析流程，首次在JIA滑膜中发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作及CXCL9-CXCR3信号轴等微解剖结构	研究仅针对活动期JIA患者样本，未涵盖疾病不同阶段或治疗后的动态变化	解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子架构与细胞互作网络	活动期幼年特发性关节炎患者的滑膜组织样本	空间转录组学	幼年特发性关节炎	空间转录组学分析，空间共定位分析流程	NA	空间转录组数据，组织切片	活动期JIA患者滑膜组织样本（具体数量未明确说明）
51	2025-09-09	Multi-omics single-cell data alignment and integration with enhanced contrastive learning and differential attention mechanism 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf443 PMID:40795161	研究论文	提出一种基于增强对比学习和差异注意力机制的单细胞多组学数据对齐与整合方法scECDA	采用独立设计的自编码器自主学习各组学数据特征分布，结合增强对比学习和差异注意力机制有效降低噪声干扰	NA	提高单细胞多组学数据整合的准确性和细胞类型识别精度	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术，包括10X Multiome、CITE-seq和TEA-seq	自编码器、对比学习、注意力机制	单细胞多组学数据	八个配对单细胞多组学数据集
52	2025-09-09	A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils 2025-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202502200 PMID:40395143	研究论文	本研究通过单细胞测序解析急性胰腺炎中中性粒细胞亚群，并开发了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略以调控中性粒细胞极化	首次构建急性胰腺炎中性粒细胞单细胞图谱，并提出基于中性粒细胞'搭便车'的纳米治疗策略，实现原位合成抗氧化剂并同时抑制N1/N2极化	NA	开发针对急性胰腺炎的靶向治疗策略，通过调控中性粒细胞极化减轻炎症	中性粒细胞及其在急性胰腺炎中的亚群	数字病理	急性胰腺炎	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
53	2025-09-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Aug, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的机制，重点探讨空间模式、时间模式和终端选择转录因子的作用	整合单细胞转录组学和全脑连接组学的最新突破，全面解析神经细胞身份编码机制	NA	揭示果蝇神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经干细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学、经典遗传学、标记工具	NA	转录组数据、连接组数据	NA
54	2025-09-09	Principles of synaptogenesis: Insights from Caenorhabditiselegans 2025-Aug, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103056 PMID:40483740	综述	基于秀丽隐杆线虫模型探讨突触发生的原理、形成机制与调控过程	整合基因编辑、显微成像、单细胞转录组与计算分析技术，揭示发育和神经活动中突触组装的体内遗传基础	NA	阐明突触形成、组织与精细化的分子机制和调控原理	秀丽隐杆线虫的神经系统突触	神经科学	NA	基因编辑、显微成像、单细胞转录组分析、计算分析	NA	显微图像、转录组数据	NA
55	2025-09-09	Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate targets in acute kidney injury 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096 PMID:40683494	研究论文	通过多组学整合框架鉴定并验证急性肾损伤的五个候选靶点（CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2、SMOX）及其治疗潜力	首次系统性结合遗传学筛选和多组学数据（包括单细胞RNA测序）验证急性肾损伤的候选靶点，并开展计算药物重定位及体内外功能验证	NA	识别和验证急性肾损伤的潜在治疗靶点	候选基因（CD46、IL6R、KLRC1、LEAP2、SMOX）及其在肾小管细胞、免疫细胞和内皮细胞中的功能	生物医学	急性肾损伤	多组学整合分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、计算机模拟药物重定位、体内外药理学实验	NA	基因组数据、转录组数据	NA
56	2025-09-09	Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01496-z PMID:40804481	综述	本文全面回顾了用于选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接检测与差异分析的计算方法	总结了单细胞RNA测序专用技术的最新进展，为群体和单细胞水平的基因调控提供新见解	NA	系统识别、量化和分析APA与AS事件在基因调控中的作用	转录组数据（特别是RNA测序数据）	生物信息学	NA	RNA-seq（包括bulk和single-cell）	NA	RNA测序数据	NA
57	2025-09-09	Pediatric Atopic Dermatitis Exhibits Distinctive Patterns in JAK/STAT Pathway Activation and CD6-ALCAM Signaling 2025-Aug, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e26 PMID:40917795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了儿童特应性皮炎在JAK/STAT通路激活和CD6-ALCAM信号传导方面的独特模式	首次发现儿童AD缺乏成人AD中常见的JAK/STAT通路上调，并独特激活CD6-ALCAM通路	样本量较小（9例儿童和12例成人患者），需更大规模研究验证	识别儿童特应性皮炎的独特免疫特征并比较成人与儿童患者的差异	特应性皮炎患者（儿童和成人）及健康对照者的外周血单核细胞	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	9例儿童患者（6-16岁），12例成人患者（20-60岁）及年龄性别匹配的健康对照
58	2025-09-09	Clonal hematopoiesis is clonally unrelated to multiple myeloma and is associated with specific microenvironmental changes 2025-Jul-31, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026236 PMID:40112284	研究论文	本研究探讨克隆造血（CHIP）与多发性骨髓瘤（MM）的共存关系及其对肿瘤微环境（TME）的影响	首次证明CHIP与MM克隆起源无关，并通过单细胞RNA测序揭示CHIP阳性TME的特定炎症和免疫抑制特征	样本量有限（106例患者），血红蛋白差异趋势未达统计学显著性	分析CHIP在多发性骨髓瘤微环境中的作用及临床意义	多发性骨髓瘤患者（106例）及其肿瘤微环境	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	106例多发性骨髓瘤患者（其中16例进行单细胞RNA测序）
59	2025-09-09	Obesity hinders the efficacy of adipose-derived stem cells for knee osteoarthritis by reducing the proportion of DPP4+ stem cells 2025-Jul-24, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szaf004 PMID:40913785	研究论文	本研究探讨肥胖如何通过减少DPP4+干细胞比例削弱脂肪源性干细胞对膝骨关节炎的治疗效果	首次揭示肥胖小鼠ASC中DPP4+细胞亚群减少是治疗效果下降的关键机制，并鉴定DPP4+ASC为具有优越软骨生成潜力的治疗候选细胞	研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；未探讨其他可能影响ASC功能的肥胖相关因素	探究肥胖对脂肪源性干细胞治疗骨关节炎疗效的影响机制	野生型和ob/ob肥胖小鼠的脂肪源性干细胞及DPP4+细胞亚群	细胞治疗与再生医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选(FACS)、行为学分析、组织学分析	NA	基因表达数据、行为数据、组织学图像数据	野生型和ob/ob小鼠的脂肪源性干细胞样本，包含DPP4+和DPP4-细胞亚群分析
60	2025-09-09	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	本研究开发了一种单克隆来源且带条形码的胚胎体技术，以解决嵌合类器官筛选中由细胞瓶颈引起的统计效力不足和结果混淆问题	提出了单克隆胚胎体结合遗传条形码技术，有效克服了传统嵌合胚胎体筛选中克隆复杂性降低的局限性，提高了遗传扰动效应的量化准确性	目前仅在小鼠胚胎干细胞中进行了概念验证实验，尚未在人类细胞或更复杂的器官系统中广泛应用	优化CRISPR筛选技术在胚胎体研究中的应用，提高遗传筛选的可靠性和可重复性	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传条形码	NA	单细胞转录组数据	使用靶向所有转录因子的gRNA文库的小鼠胚胎干细胞