单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-10	Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions 2025-May, Trends in microbiology IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013 PMID:39843314	review	本文综述了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿工具	评估了单细胞测序、荧光技术和高级Hi-C方法在质粒-宿主相互作用研究中的应用，并讨论了CRISPR-based phage engineering等新兴技术的潜力	NA	探讨质粒介导的抗生素抗性基因(ARGs)在复杂微生物组中的传播机制	质粒-宿主相互作用	微生物学	抗生素抗性	单细胞测序, 荧光技术, Hi-C, CRISPR-based phage engineering	NA	基因测序数据	NA
42	2025-05-10	Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications 2025-May, Journal of bioscience and bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008 PMID:39984340	综述	本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、挑战及应用	重点介绍了细菌scRNA-seq技术的创新方法及其在微生物学中的新兴应用	讨论了细菌scRNA-seq面临的技术挑战，如细菌mRNA缺乏poly-A尾和单个细菌细胞RNA含量低	总结细菌单细胞转录组学的现状和未来方向	细菌系统	微生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
43	2025-05-10	Identification of CACNB1 protein as an actionable therapeutic target for hepatocellular carcinoma via metabolic dysfunction analysis in liver diseases: An integrated bioinformatics and machine learning approach for precise therapy 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142315 PMID:40139615	研究论文	通过整合生物信息学和机器学习方法，识别CACNB1蛋白作为肝细胞癌的可操作治疗靶点，并研究代谢功能障碍在肝病中的作用	利用单细胞RNA测序分析NAFLD衍生的肝硬化的微环境代谢活动，开发了一种基于高斯混合模型的纤维化预测模型，并识别了CACNB1蛋白作为HCC的潜在治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能需要进一步实验验证	研究代谢功能障碍在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）和肝细胞癌（HCC）中的作用，并开发精确治疗方法	806例NAFLD样本和267例正常肝脏样本，以及来自TCGA和GEO的HCC数据集	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高斯混合模型（GMM），机器学习算法	高斯混合模型（GMM）	基因表达数据	806例NAFLD样本和267例正常肝脏样本，以及多个HCC数据集
44	2025-05-10	Unveiling hypoxia-related prognostic and immunotherapeutic biomarkers in lung adenocarcinoma through single-cell and bulk RNA sequencing: Including insights into PGF 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143056 PMID:40228772	research paper	通过单细胞和批量RNA测序揭示肺腺癌中与缺氧相关的预后和免疫治疗生物标志物，包括对PGF的见解	识别了与晚期肺腺癌相关的新亚型，并开发了基于缺氧相关分子簇的新型预后特征	样本量较小（15例患者），可能影响结果的普遍性	研究缺氧微环境与免疫抵抗之间的相互作用机制	肺腺癌（LUAD）患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing, spatial transcriptomic analysis	NA	RNA sequencing data	15例肺腺癌患者
45	2025-05-10	Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics 2025-May-01, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107498 PMID:40318741	研究论文	通过单细胞转录组学数据识别人类动脉粥样硬化组织中内皮-间充质转化(EndoMT)的基因特征	首次利用人类斑块组织的单细胞转录组数据构建EndoMT基因特征，并验证其与稳定斑块组织学特征的关联	研究样本量有限(n=46)，且主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	阐明人类动脉粥样硬化中EndoMT的分子机制	人类颈动脉斑块组织和小鼠模型	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	46例人类颈动脉scRNA-seq样本，632例bulk RNA-seq样本
46	2025-05-10	Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70195 PMID:40321594	综述	本文系统概述了类器官技术从实验室到临床的转化路径，强调其在个性化医疗中的构建方法、关键调控因素及多方面应用	类器官技术通过三维培养系统模拟组织特异性微环境，为精准医疗提供了动态平台，包括药物开发、再生策略和个体化治疗方案	标准化、血管化和伦理问题仍是当前面临的挑战	推动精准医疗的发展，从分子层面到患者特异性治疗	类器官技术及其在精准医疗中的应用	生物技术	肿瘤	三维培养系统、CRISPR功能筛选、空间转录组学	NA	NA	NA
47	2025-05-10	Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.7 PMID:40323269	研究论文	本研究通过系统性地分析敲除小鼠品系的眼部表型，鉴定了与年龄相关性角膜营养不良相关的基因	鉴定了12个与角膜生物学相关的新基因，并发现这些基因可能作为治疗人类老年角膜疾病的潜在靶点	研究结果基于小鼠模型，需要进一步验证其在人类中的相关性	探究导致老年小鼠角膜营养不良的基因，及其对人类迟发性角膜营养不良的潜在影响	敲除小鼠品系及人类角膜基因	遗传学	角膜营养不良	基因敲除、单细胞转录组学、蛋白互作分析	敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白互作数据	8901个敲除小鼠品系
48	2025-05-08	Abnormal lineage differentiation of peri-implantation aneuploid embryos revealed by single-cell RNA sequencing 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70326 PMID:40329849	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
49	2025-05-10	Targeting VSIG4+ tissue-resident macrophages enhances T cell cytotoxicity and immunotherapy efficacy in cancer 2025-Apr-29, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.011 PMID:40339578	研究论文	本研究探讨了VSIG4+组织驻留巨噬细胞在癌症中的作用及其对T细胞细胞毒性和免疫治疗效果的增强作用	发现VSIG4过表达的TRM衍生TAM亚群在多种癌症中存在，并揭示了VSIG4通过直接或间接方式促进免疫抑制效应的机制，同时鉴定出MEF2C作为维持VSIG4表达的关键转录因子	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索TRM衍生的TAM亚群在癌症中的作用及其对免疫治疗的影响	VSIG4+组织驻留巨噬细胞及其衍生的TAM亚群	肿瘤免疫学	睾丸癌、肝细胞癌、肺癌、胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	RNA测序数据	NA
50	2025-05-10	Lactate drives senescence-resistant lineages in hepatocellular carcinoma via histone H2B lactylation of NDRG1 2025-Apr-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217567 PMID:39978571	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序轨迹分析重建肝细胞癌（HCC）的克隆演化，揭示了LDHA-NDRG1轴在肿瘤异质性和抗衰老机制中的关键作用	揭示了LDHA介导的组蛋白H2B在NDRG1上的K58位点乳酸化修饰，这一表观遗传机制将代谢重编程与衰老逃逸联系起来	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，需要在人类患者中进行进一步验证	探索肝细胞癌的肿瘤异质性机制并开发精准治疗策略	肝细胞癌（HCC）的克隆演化及LDHA-NDRG1轴	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析	14基因预后模型	RNA测序数据	公共HCC数据集及转移性HCC小鼠模型
51	2025-05-10	Single-Cell RNA Sequencing Outperforms Single-Nucleus RNA Sequencing in Analyzing Pancreatic Cell Diversity and Gene Expression in Goats 2025-Apr-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083916 PMID:40332786	研究论文	本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在分析山羊胰腺细胞多样性和基因表达方面的效果	首次在山羊胰腺研究中比较了scRNA-seq和snRNA-seq的效果，发现scRNA-seq在检测细胞类型多样性和关键基因表达谱方面更优	研究仅使用了3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织，样本量较小	比较scRNA-seq和snRNA-seq在山羊胰腺研究中的效果	山羊胰腺组织	基因组学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	3只10日龄健康雌性山羊的胰腺组织
52	2025-05-10	Personalized Stem Cell-Based Regeneration in Spinal Cord Injury Care 2025-Apr-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083874 PMID:40332538	综述	本文探讨了干细胞工程和再生医学在脊髓损伤治疗中的新进展，特别是通过神经干细胞/祖细胞、诱导多能干细胞和间充质干细胞的移植	结合患者特异性变异、生物工程创新和转录组学引导的精准医学，定义了脊髓损伤治疗的新前沿	患者特异性因素如细胞衰老、遗传和表观遗传变异、损伤微环境和合并症影响干细胞疗法的疗效	探索干细胞疗法在脊髓损伤治疗中的临床应用	脊髓损伤患者	再生医学	脊髓损伤	单细胞转录组学、CRISPR介导的低免疫原性工程、生物材料递送平台	NA	NA	NA
53	2025-05-10	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分治疗脓毒症的作用机制	结合网络药理学、RNA测序、单细胞RNA测序和多种机器学习模型，系统分析了牛黄活性成分在脓毒症治疗中的潜在靶点和机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索牛黄活性成分治疗脓毒症的分子机制	牛黄活性成分与脓毒症相关基因	生物信息学	脓毒症	RNA测序、单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost, SVM, Decision Tree, KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据，GSE65682数据库用于生存分析
54	2025-05-10	Identifying Aberrant 1CM-Related Pathways by Multi-Omics Analysis and Validating Tumor Inhibitory Effect of One-Carbon Donor Betaine in Gastric Cancer 2025-Apr-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083841 PMID:40332533	研究论文	通过多组学分析识别胃癌中异常的1CM相关通路，并验证一碳供体甜菜碱对胃癌的抑制作用	首次通过多组学联合分析揭示胃癌中1CM相关通路的异常激活，并发现甜菜碱作为一碳供体对胃癌细胞的抑制作用	样本量有限，特别是转录组测序仅使用了6对组织样本，需要更大规模的验证	阐明胃癌中代谢重编程的分子机制，特别是1CM相关通路的作用	胃癌患者和健康个体的血浆样本、胃癌组织	代谢组学	胃癌	代谢组学分析、转录组测序、单细胞测序、Random Forest分析	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	334例血浆样本（胃癌患者和健康个体）、6对组织样本
55	2025-05-10	The Complementary Role of Morphology in Understanding Microglial Functional Heterogeneity 2025-Apr-17, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083811 PMID:40332469	综述	本文探讨了小胶质细胞在稳态、发育阶段和疾病状态下的异质性，重点整合了转录组数据和形态学分析	通过整合转录组数据和形态学分析，深入理解小胶质细胞的异质性及其在不同条件下的功能	未提及具体实验样本量或数据来源的详细描述	揭示小胶质细胞的异质性及其在发育和疾病中的功能	小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据、形态学数据	NA
56	2025-05-10	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Apr-16, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	研究论文	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了PIK3CA通过HIF介导的缺氧信号上调内皮细胞中Vegf-a的表达，并在人类样本中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究血管畸形的发病机制，为治疗提供新靶点	小鼠模型和人类血管畸形样本	NA	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、组织样本	小鼠模型和未明确数量的人类样本
57	2025-05-10	A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1 PMID:40321761	研究论文	开发了一种人源化小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染并揭示神经干细胞过早分化	首次开发了一种人源化、免疫活性小鼠模型系统，模拟产前寨卡病毒感染引起的脑损伤，范围从轻度到重度	模型系统虽然模拟了人类表型谱，但仍需进一步验证其临床转化潜力	开发可靠的实验系统以模拟人类产前寨卡病毒感染情况	人源化小鼠模型和寨卡病毒感染的影响	传染病学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
58	2025-05-10	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Apr-16, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的新标志物	首次揭示CD147+小胶质细胞在PFA-EPN肿瘤微环境中的关键作用及其与CD8+T细胞排斥的关系	样本量较小（G2组5例，G3组7例），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）肿瘤样本	digital pathology	ependymoma	多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	组织图像、基因表达数据	12例肿瘤样本（G2组5例，G3组7例）
59	2025-05-10	IRF5 Mediates Artery Inflammation in Salt-Sensitive Hypertension by Regulating STAT1 and STAT2 Phosphorylation to Increase ESM1 Transcription: Insights from Bioinformatics and Mechanistic Analysis 2025-Apr-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083722 PMID:40332339	研究论文	本研究揭示了IRF5通过调节STAT1和STAT2的磷酸化促进ESM1转录，从而在盐敏感性高血压中调节动脉炎症的分子机制	首次发现IRF5通过调控STAT1和STAT2磷酸化促进ESM1转录的机制，并验证了其在盐敏感性高血压中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证较少	探究盐敏感性高血压中动脉炎症的分子机制	盐敏感性高血压小鼠模型和人/小鼠主动脉内皮细胞	生物信息学与分子机制研究	心血管疾病	scRNA-seq, RNA测序, ChIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测	DOCA-盐诱导高血压小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，包括小鼠模型和人/小鼠主动脉内皮细胞
60	2025-05-10	Single-Cell Transcriptomic Analysis of the Potential Mechanisms of Follicular Development in Stra8-Deficient Mice 2025-Apr-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26083734 PMID:40332359	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨Stra8缺陷小鼠卵泡发育的潜在机制	使用单细胞RNA测序技术构建了野生型和Stra8缺陷小鼠卵巢细胞的全面转录图谱，揭示了Stra8在生殖细胞分化和卵泡形成中的复杂作用	研究仅限于胚胎期E14.5和E16.5阶段的小鼠卵巢细胞，未涉及其他发育阶段或其他物种	探讨Stra8缺陷对小鼠卵泡发育的影响及其分子机制	野生型和Stra8缺陷小鼠的卵巢细胞	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14,755个单细胞，来自野生型和Stra8缺陷小鼠的卵巢