单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-22	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的防护作用及对小胶质细胞反应的影响	首次通过基因敲除ACAN证明PNN结构在调节小胶质细胞-斑块关联和斑块形态中的关键作用，并利用单细胞空间转录组学发现增强的DAM表型	研究基于5xFAD小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究周围神经网（PNNs）在阿尔茨海默病 pathogenesis 中的作用机制	5xFAD转基因小鼠模型及ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、组织形态学数据	5xFAD转基因小鼠和ACAN cKO小鼠模型
42	2025-09-22	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	本研究通过单细胞时空图谱揭示嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键作用	首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎成纤维细胞，形成正反馈循环驱动免疫细胞招募	研究基于小鼠模型，人类疾病中的直接适用性需进一步验证	解析2型皮肤炎症的细胞相互作用机制并探索治疗靶点	小鼠皮肤炎症模型（MC903和oxazolone诱导的皮炎）	免疫学	炎症性皮肤疾病	MERFISH, scRNA-seq	NA	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
43	2025-09-22	Single-cell transcriptional landscape of liver transplant rejection reveals tissue persistence of clonally expanded, treatment-resistant T cells 2025-Aug-12, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.08.004 PMID:40812614	研究论文	利用单细胞RNA测序和免疫组库分析揭示肝移植排斥中克隆扩增的CD8 T细胞的组织持久性及其与治疗抵抗的关系	首次在儿科肝移植排斥中鉴定出克隆扩增的CD8 T细胞表型及其在组织中的长期持久性，并发现其与Kupffer细胞的差异互作机制	样本量较小（30例冷冻肝活检），且仅针对儿科患者，结果可能无法推广到成人群体	探究肝移植后T细胞介导的排斥（TCMR）中CD8 T细胞的克隆扩增、持久性和分子机制	儿科肝移植患者的肝活检样本（排斥与非排斥状态）	单细胞基因组学	肝移植排斥	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组库分析、MultiNicheNet互作分析	NA	单细胞转录组数据、免疫受体序列数据	30例冷冻肝活检样本（来自儿科患者）
44	2025-09-22	Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection 2025-Aug-11, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612 PMID:40803501	研究论文	本研究揭示慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞通过铁死亡机制导致功能失调，并探索靶向铁死亡恢复抗病毒能力的治疗策略	首次发现HBV特异性CD8+ T细胞发生铁死亡，并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进铁死亡的机制	NA	探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞铁死亡现象及其与功能失调的关系，并开发潜在干预策略	慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞，特别是HBV特异性CD8+ T细胞	免疫学	乙型肝炎	流式细胞术、电子显微镜、单细胞RNA测序、MHC I四聚体技术	NA	细胞样本、分子数据	慢性乙型肝炎患者CD8+ T细胞样本（具体数量未明确说明）
45	2025-09-22	Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658650 PMID:40661601	研究论文	提出MERLIN+P+TFA方法，通过先验知识引导的稀疏正则化稳健估计转录因子活性并重构基因调控网络	引入先验知识引导的稀疏正则化技术，提高转录因子活性估计的鲁棒性和基因调控网络推断质量	先验知识中的噪声可能影响估计结果，需要生成上下文特异性金标准进行验证	开发计算方法和实验验证流程，重构基因组尺度基因调控网络	酵母和哺乳动物系统的批量及单细胞表达数据，小鼠胚胎干细胞状态	系统生物学	NA	scRNA-seq, 实验验证	MERLIN+P+TFA	基因表达数据	模拟和真实数据（酵母和哺乳动物系统），实验验证58个调控因子
46	2025-09-22	Statistical significance of clustering for count data 2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf120 PMID:40971569	研究论文	提出SigClust-DEV方法，用于评估计数数据中聚类结果的统计显著性	针对计数数据设计专门的聚类显著性检验方法，克服了现有方法在离散数据和非高斯高维数据中的局限性	方法主要针对计数数据设计，在其他数据类型上的性能可能需要进一步验证	开发适用于计数数据的聚类统计显著性评估方法	计数数据，特别是基因组学中的计数数据和医疗记录数据	机器学习	癌症	scRNA-seq, 电子健康记录分析	SigClust-DEV	计数数据	通过大量模拟实验验证，并应用于Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者电子健康记录
47	2025-09-22	Identification and validation of mitochondrial ferroptosis and immune microenvironment-related hub biomarkers in liver cirrhosis by integrated bioinformatics analysis 2025 Jul-Sep, Science progress IF:2.6Q2 DOI:10.1177/00368504251380638 PMID:40966021	研究论文	通过整合生物信息学分析识别并验证与肝硬化的线粒体铁死亡和免疫微环境相关的枢纽生物标志物	首次结合线粒体铁死亡相关基因与免疫微环境分析，识别肝硬化中的关键生物标志物，并通过单细胞测序和分子对接进行多维度验证	研究依赖于公共数据库的转录组数据，未涉及独立临床队列的外部验证	寻找肝硬化诊断的生物标志物并探索其与免疫微环境的关联	肝硬化患者的肝组织转录组数据	生物信息学	肝硬化	RNA-seq, 单细胞测序, 免疫组化(IHC), 分子对接	LASSO回归, 随机森林, WGCNA	基因表达数据	NA（未明确说明样本数量，数据来源于GEO数据库）
48	2025-09-22	INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651831 PMID:40654897	研究论文	开发INLAomics框架，用于空间多组学数据的可扩展和可解释整合分析	提出基于多元层次贝叶斯模型的框架，整合空间转录组和蛋白质组数据，保留空间背景并提升可解释性	NA	解决空间多组学数据整合中忽视空间背景、可解释性差和可扩展性挑战的问题	组织切片中的蛋白质丰度和基因表达数据	生物信息学	NA	空间转录组学、抗体蛋白质组学	多元层次贝叶斯模型	空间多组学数据	多种数据集（具体数量未说明）
49	2025-09-22	Heterogeneity of mature oligodendrocytes in the central nervous system 2025-May-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00055 PMID:38934385	综述	本文综述了中枢神经系统中成熟少突胶质细胞的异质性，涵盖其形态、功能及分子多样性	挑战了成熟少突胶质细胞功能静态的传统观点，并系统总结了其亚型多样性及动态功能	细胞亚类划分需谨慎，因时空局限性研究可能导致细胞身份结论的过度简化	探讨成熟少突胶质细胞的功能与分子异质性及其在生理和病理条件下的意义	成熟少突胶质细胞	神经科学	多发性硬化、阿尔茨海默病、精神疾病	单细胞/细胞核RNA测序、空间转录组学、单细胞蛋白质组学	NA	分子表达数据	NA
50	2025-09-22	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	研究论文	研究发现中年时期出现一种独特的脂肪祖细胞亚群CP-A，驱动活跃的脂肪生成并导致内脏脂肪堆积	首次通过单细胞RNA测序鉴定出年龄特异性脂肪祖细胞亚群CP-A，并揭示其通过白血病抑制因子受体信号通路促进脂肪生成	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪组织重塑的细胞机制	小鼠脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞RNA测序、谱系追踪、移植实验	NA	基因表达数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
51	2025-09-22	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	提出CellSP计算框架，用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能模块	引入'基因-细胞模块'概念，首次系统识别多细胞中协调的亚细胞转录分布模式	NA	开发工具识别和解释亚细胞转录分布的功能性空间模式	小鼠脑组织、肾癌与健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型	空间转录组学	肾癌、阿尔茨海默病	空间转录组学技术	计算框架	mRNA空间分布数据	多种组织和技术条件下的样本（具体数量未明确说明）
52	2025-09-22	High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646189 PMID:40291712	研究论文	提出DeepDETAILS框架，通过深度学习从批量测序样本中高分辨率重建细胞类型特异性转录调控信号	开发了新型准监督框架，能够利用scATAC-seq参考库对其他组学数据集进行跨模态反卷积，实现碱基对精度的细胞类型特异性信号重建	NA	解决从批量测序数据获得单细胞分辨率基因组特征的重大技术挑战	人类组织和细胞类型	计算生物学	原发性硬化性胆管炎	scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习	基因组测序数据	39种人类组织和86种不同细胞类型
53	2025-09-22	Multi-omics integration uncovers key transcriptional regulators in triple-negative breast cancer spatial heterogeneity 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1614254 PMID:40969325	研究论文	通过多组学整合方法构建三阴性乳腺癌空间细胞图谱，揭示细胞类型异质性和关键转录调控因子	首次结合scRNA-seq和空间转录组学构建TNBC空间细胞图谱，识别上皮细胞和间质细胞中的关键转录因子及其调控网络	NA	解析三阴性乳腺癌的空间微环境异质性和调控机制	三阴性乳腺癌组织中的细胞类型及其空间分布	空间转录组学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间转录组学, 多组学整合	NA	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
54	2025-09-22	NADH supplementation improves human oocyte maturation and developmental competence of resulting embryos in controlled ovarian hyperstimulation cycles: a pilot study implicating the CDK2/GAS6 signaling pathway 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1627679 PMID:40969372	研究论文	一项初步研究显示NADH补充剂通过上调CDK2/GAS6信号通路改善人类卵母细胞成熟和胚胎发育能力	首次探索NADH（而非NAD+前体）对人类卵母细胞成熟的直接影响，并揭示其通过CDK2/GAS6信号通路发挥作用	初步研究样本量有限，使用废弃卵母细胞可能存在局限性	研究NADH对人类卵母细胞体外成熟和胚胎发育能力的影响及作用机制	人类GV/MⅠ期卵母细胞	生殖医学	卵巢功能减退	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光、线粒体表型分析	NA	基因表达数据、荧光成像数据	来自控制性超排卵周期的废弃卵母细胞
55	2025-09-22	Single-cell transcriptomics reveals predominantly inflammatory endothelial cell responses and suppressed vascular repair in silicosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1629226 PMID:40969743	研究论文	通过单细胞转录组学揭示矽肺中内皮细胞以炎症反应为主且血管修复功能受抑制	首次在矽肺中鉴定出两种功能不同的内皮细胞亚群：促炎亚群和修复亚群，并揭示其失衡机制	研究仅基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究矽肺发病过程中内皮细胞的作用和分子机制	二氧化硅暴露小鼠的肺内皮细胞	单细胞组学	矽肺	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	二氧化硅暴露小鼠的肺组织样本（具体数量未明确说明）
56	2025-09-22	A Brief Introduction to Genomics and Single-cell Analysis for Psychiatric Disorders 2025, Juntendo medical journal DOI:10.14789/ejmj.JMJ25-0003-R PMID:40969821	综述	本文回顾了基因组学和单细胞分析在精神疾病研究中的最新进展，特别关注双相情感障碍	整合临床基因组数据与细胞类型特异性表达谱，探索iPSCs作为基因组研究未来延伸的潜力	直接获取活体人脑组织存在重大限制	理解精神疾病的病理机制并开发创新诊断和治疗策略	精神疾病（特别是双相情感障碍和精神分裂症）	基因组学	精神疾病	单细胞RNA测序，iPSCs技术	NA	基因组数据，表达谱数据	尸检脑组织样本
57	2025-09-22	Unlocking hematopoietic stem cell potential: integrative computational approaches for genomic and transcriptomic analysis 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1589823 PMID:40970097	综述	本文综述了整合计算方法在造血干细胞基因组和转录组分析中的应用与潜力	强调计算工具与多组学数据的协同作用，用于发现新型HSC亚型、调控因子及治疗靶点	NA	解析造血干细胞生物学机制并提升血液疾病精准治疗	造血干细胞（HSCs）	计算生物学	血液疾病	scRNA-seq, ChIP-seq, 网络推断算法, 机器学习	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据, 多组学数据	NA
58	2025-09-22	CD44 as a novel therapeutic target in pulmonary arterial hypertension: Insights from multi-omics integration and molecular docking 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332817 PMID:40971695	研究论文	本研究通过多组学整合和分子对接探讨CD44作为肺动脉高压新型治疗靶点的潜力	首次发现CD44在肺动脉平滑肌细胞中的显著表达及其与孕酮的潜在相互作用，为治疗干预提供新途径	NA	研究CD44在肺动脉高压炎症过程中的作用并探索其治疗靶点潜力	特发性肺动脉高压患者和肺动脉细胞	生物信息学	肺动脉高压	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接	NA	RNA测序数据	NA
59	2025-09-22	Exploratory trajectory inference reveals convergent lineages for CD8 T cells in chronic LCMV infection 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0332406 PMID:40971956	研究论文	本文提出探索性轨迹推断方法，用于从单细胞RNA测序数据中解析CD8 T细胞在慢性感染中的分化轨迹	引入基于模拟的轨迹集成无监督聚类分析，首次成功解析收敛性分化拓扑结构	方法依赖于模拟数据的质量，在复杂拓扑结构中可能仍存在解析难度	开发新的轨迹推断方法以解决单细胞数据中复杂分化轨迹的解析问题	慢性LCMV感染过程中的CD8 T细胞	生物信息学	病毒感染	scRNAseq, RNA velocity分析	无监督聚类	单细胞RNA测序数据	慢性LCMV感染时间序列中的CD8 T细胞样本
60	2025-09-22	Linking transcriptome and morphology in bone cells at cellular resolution with generative AI 2024-Dec-31, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjae151 PMID:39303095	观点文章	探讨生成式AI在结合骨细胞转录组与形态学数据方面的应用前景与挑战	提出利用生成式AI整合单细胞测序和空间转录组数据，以细胞分辨率解析骨细胞的生物学过程	存在骨单细胞数据集的技术偏差、重要骨细胞类型缺乏分析以及空间信息不足等问题	推动生成式AI在骨细胞生物学研究中的应用，揭示细胞分化动态和形态-分子关联	骨细胞	计算生物学	NA	单细胞测序, 空间转录组学	生成式AI	组织学图像, 单细胞分子数据, 空间转录组数据	NA