单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-17	Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1605116 PMID:40519263	综述	本文综述了海马神经发生中特别是成年齿状回干细胞转录组分析的研究进展	通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中存在异质性神经干细胞群体，包括长寿型和早期耗竭型	主要基于小鼠模型研究，人类成年神经发生的证据有限	探讨海马神经发生的分子机制及其在衰老和神经病理中的作用	成年哺乳动物海马齿状回的神经干细胞及其分化过程	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	主要基于小鼠模型研究，涉及人类样本的研究较少
42	2025-06-17	Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1610694 PMID:40519262	研究论文	研究成年发病甲状腺功能减退对大鼠卵巢发育和基因表达特征的影响	首次使用单细胞RNA测序技术研究成年发病甲状腺功能减退对颗粒细胞和卵母细胞基因表达的影响，并发现线粒体ROS的显著异质性	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本	探讨成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和基因表达的影响	成年发病甲状腺功能减退大鼠模型	内分泌学	甲状腺功能减退	单细胞RNA测序	大鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
43	2025-06-17	Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627 PMID:40519935	研究论文	通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达、预后价值及其在癌症免疫治疗中的潜在作用	首次全面分析了TMED2在泛癌中的表达模式、预后关联及其与免疫特征和信号通路的联系	研究主要基于公共数据库分析，需要更多实验验证TMED2的具体作用机制	探索TMED2在泛癌中的调控作用及其作为癌症治疗靶点的潜力	多种癌症类型及其相关细胞	生物信息学	泛癌	单细胞测序、基因共表达网络分析、通路富集分析	NA	基因表达数据、临床数据	来自多个公共数据库的泛癌样本数据
44	2025-06-17	Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343 PMID:40519934	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了脑海绵状血管瘤(CCM)病变组织中的动态细胞群和免疫浸润情况	首次在CCM病变组织中进行了单细胞转录组分析，发现了单核细胞、中性粒细胞和NK细胞比例增加以及细胞间通讯增强	样本来源仅限于散发性CCM患者，未涵盖家族性CCM病例	全面绘制散发性CCM患者病理组织中的细胞亚群和信号通路改变	CCM患者的病变脑血管组织和正常对照组的脑血管组织	单细胞转录组学	脑海绵状血管瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重荧光免疫组化	NA	单细胞转录组数据	CCM患者的病变组织和正常对照组织(具体数量未明确说明)
45	2025-06-17	Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558 PMID:40519938	研究论文	本研究通过转录组生物信息学方法，揭示了幽门螺杆菌感染与胃癌肿瘤微环境及化疗耐药性的关联	建立了幽门螺杆菌相关预后指数（HPI），并发现高HPI与更差的预后相关，同时揭示了ACSM5和HSPB2基因在其中的作用	研究结果需要进一步的实验验证和更大规模的临床样本验证	探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药性的影响，以改进胃癌治疗策略	胃癌患者和相关的基因表达数据	生物信息学	胃癌	转录组生物信息学分析、scRNA-seq、药物敏感性测试	NA	基因表达数据、临床样本数据	TCGA和GSE62254数据集中的样本
46	2025-06-17	Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112061 PMID:40520014	综述	本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控中的多样表型和功能可塑性，特别强调了多组学方法带来的新见解	利用多组学技术（如单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学）揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用、功能机制和空间组织	NA	研究巨噬细胞在正常和病变心脏中的生物学特性和功能	巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
47	2025-06-17	Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.108618 PMID:40520021	research paper	通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用	首次整合大规模单细胞和空间转录组学数据，鉴定了8种成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5轴促进肿瘤进展	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证；药理抑制实验仅部分逆转了恶性表型	解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的互作机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	NA	transcriptomics data	大规模单细胞和空间转录组数据集（具体样本数未明确说明）
48	2025-06-17	ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105550 PMID:40520022	research paper	本研究探讨了ITLN1如何通过驱动ZBP1依赖的PANoptosis促进克罗恩病结肠炎的进展	发现了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在克罗恩病进展中的作用机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证有限	探究克罗恩病中肠上皮细胞PANoptosis的促进机制	克罗恩病患者结肠组织和IL-10 KO小鼠模型	分子生物学	克罗恩病	scRNA-seq, Co-IP, MS, RNA-seq	IL-10 KO小鼠模型	基因表达数据	克罗恩病患者结肠组织和小鼠模型
49	2025-06-17	Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1588987 PMID:40520167	研究论文	研究探讨了败血症幸存小鼠对李斯特菌感染的增强抵抗力及其与脂质代谢和髓系细胞重编程的关系	揭示了败血症生存诱导髓系细胞脂质代谢重编程的新机制，为增强对细胞内病原体的免疫提供了新见解	研究仅使用了小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究败血症幸存者免疫系统如何通过脂质代谢和髓系细胞重编程增强对二次感染的抵抗力	败血症幸存小鼠及其对李斯特菌感染的免疫反应	免疫学	败血症	单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组织化学、血清细胞因子检测、血浆脂质组学	小鼠盲肠结扎穿刺(CLP)模型	基因表达数据、脂质代谢数据、细胞表型数据	未明确说明小鼠数量
50	2025-06-17	Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1533817 PMID:40520235	综述	本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层面的研究进展	从单基因、批量测序到单细胞测序三个阶段探讨结直肠癌的发生发展机制，强调了肿瘤内细胞间异质性和肿瘤微环境相互作用的重要性	未提及具体临床转化应用的障碍或数据可及性问题	探讨结直肠癌发生发展的分子机制	结直肠癌的遗传和非遗传因素	基因组学	结直肠癌	批量测序技术、单细胞测序技术	NA	基因组数据、转录组数据	NA
51	2025-06-17	Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with dilated cardiomyopathy (DCM) by bioinformatics analysis and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1562891 PMID:40520229	研究论文	通过生物信息学分析和机器学习识别慢性肾病（CKD）伴扩张型心肌病（DCM）的诊断生物标志物	鉴定了MNS1和HERC6作为新的生物标志物，并开发了一种新的诊断列线图，用于及时诊断CKD患者伴DCM并发症	研究依赖于公开数据集，可能需要进一步实验验证	早期检测CKD患者中的DCM并发症	慢性肾病（CKD）和扩张型心肌病（DCM）患者	生物信息学	慢性肾病和心血管疾病	生物信息学分析、机器学习（LASSO、SVM-RFE、RF）、单细胞RNA测序	LASSO、SVM-RFE、RF	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57338、GSE29819、GSE104954、GSE145154）
52	2025-06-17	Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1536198 PMID:40520228	研究论文	通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制	结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组生物标志物，并揭示组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC发病机制中的关键作用	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏实验验证	寻找PTC可靠的诊断生物标志物并阐明其细胞机制	甲状腺乳头状癌(PTC)	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习	NA	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE3467等)及单细胞数据集GSE191288
53	2025-06-17	Integrative single-cell and cell-free plasma RNA transcriptomics identifies biomarkers for early non-invasive AD screening 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1571783 PMID:40520536	研究论文	通过整合单细胞和血浆游离RNA转录组学数据，识别用于早期非侵入性阿尔茨海默病筛查的生物标志物	提出了一种结合血浆游离RNA和脑单细胞RNA测序数据的多组学方法，用于非侵入性AD筛查	血浆游离RNA的稳定性可能影响临床转化	开发非侵入性工具以检测阿尔茨海默病脑部病理变化	阿尔茨海默病患者和年龄匹配的对照	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq	支持向量机, 随机森林, 逻辑回归	RNA测序数据	337份血浆样本（172名AD患者和165名对照）和88份脑组织样本（46名AD患者和42名对照）
54	2025-06-17	scFocus: Detecting branching probabilities in single-cell data with SAC 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.04.036 PMID:40520594	研究论文	提出了一种名为scFocus的分析算法，用于在单细胞数据的低维潜在空间中基于强化学习和无监督分支划分细胞亚群	结合分支概率和无监督聚类，有效表征基因表达强度的变化，不依赖先验信息反映连续细胞状态	NA	在复杂生物系统中获取基因集组成对应每个谱系分支的精确信息	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	强化学习	单细胞转录组数据	十个单细胞数据集，包括小规模数据集、常见规模数据集和多批次数据集
55	2025-06-17	The complex interplay of TROP2 and PD-L1 in immune regulation and drug resistance in lung cancer 2025, American journal of cancer research IF:3.6Q2 DOI:10.62347/NHFJ1535 PMID:40520853	研究论文	本研究探讨了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的复杂相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗疗效的影响	揭示了TROP2和PD-L1在肺腺癌中的新分子机制，并提出了潜在的诊断标志物和治疗策略	研究主要基于细胞系和肿瘤组织样本，未涉及大规模临床试验验证	研究TROP2和PD-L1在肺腺癌中的相互作用及其对药物抵抗和免疫治疗的影响	肺腺癌细胞系、肿瘤组织和免疫细胞	肿瘤免疫学	肺癌	转录组分析、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、免疫组织化学数据、单细胞RNA测序数据	肺腺癌细胞系（PC9亲本及耐药变异株）、肿瘤组织和免疫细胞样本
56	2025-06-17	Notable influences of estrogen and sex-specific microenvironment in colorectal cancer revealed by single-cell transcriptome analysis 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.106133 PMID:40520886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示雌激素和性别特异性微环境在结直肠癌中的显著影响	揭示了结直肠癌中性别差异的细胞组成、功能及细胞间相互作用的特异性，特别是雌激素信号通路激活与凋亡活性的正相关性，以及女性患者中增强的免疫反应	样本量相对较小（32例结直肠癌样本），且研究结果需进一步在更大样本中验证	探究结直肠癌中性别特异性预后差异的生物学机制	结直肠癌患者样本及细胞系	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序、多重免疫组化、Western blot、TUNEL检测	NA	单细胞转录组数据、蛋白质数据	32例结直肠癌样本，共167,437个细胞
57	2025-06-17	PDGF-BB/EGR1 Axis Drives Fibroblast Activation Protein Expression to Promote Abdominal Aortic Aneurysm 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.114429 PMID:40520892	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在腹主动脉瘤（AAA）发展过程中血管平滑肌细胞（VSMCs）中的分子机制	揭示了PDGF-BB通过转录因子EGR1上调FAP表达的机制，并验证了FAP抑制在AAA治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床应用的广泛性有待进一步验证	探究FAP在AAA发展中的作用及其分子调控机制	血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤（AAA）	分子生物学	腹主动脉瘤	RNA测序（bulk和single-cell）、PET/CT成像	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	小鼠模型和1例人类AAA患者
58	2025-06-17	FOS as a biomarker for myocardial infarction treatment with Deng's Yangxin Decoction: a systems biology-based analysis 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1488684 PMID:40520937	研究论文	本研究通过系统生物学方法探讨了邓氏养心汤治疗心肌梗死的潜在生物标志物及其作用机制	首次发现FOS作为邓氏养心汤治疗心肌梗死的核心生物标志物，并揭示了其与免疫浸润调节的潜在关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索邓氏养心汤治疗心肌梗死的生物标志物和作用机制	心肌梗死患者和邓氏养心汤	系统生物学	心血管疾病	分子对接、WGCNA、CIBERSORT、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	公开数据集中的心肌梗死患者和对照样本
59	2025-06-17	Extrachromosomal circular DNA drives dynamic genome plasticity: emerging roles in disease progression and clinical potential 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111765 PMID:40521196	综述	本文综述了染色体外环状DNA（eccDNA）的分类、生物发生、检测方法、生物学功能及其临床意义	提出了压力选择理论，认为eccDNA是细胞适应环境和治疗压力的适应性储备	在理解组织特异性作用、实现临床转化和方法标准化方面仍存在挑战	探讨eccDNA在生理调控和疾病病理中的关键作用及其临床潜力	染色体外环状DNA（eccDNA）	基因组学	癌症、心血管疾病、神经系统疾病、自身免疫性疾病和代谢性疾病	长读长测序、单细胞测序、CRISPR合成和计算工具	NA	基因组数据	NA
60	2025-06-17	High expression of CCL3/CCL4/CCL5/CCR5 promotes exhausted CD8+ T cells terminal differentiation and is associated with poor prognosis in pediatric B-ALL patients 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251346823 PMID:40522146	研究论文	本研究旨在识别B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞之间差异上调的配体-受体相互作用，并基于CCL3/CCL4/CCL5表达水平开发多变量Cox回归模型以预测儿童B-ALL患者的总生存期	首次报道了CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL中终末耗竭CD8 T细胞分化中的关键作用，并开发了创新的分层模型	NA	探索B-ALL细胞对耗竭T细胞亚群的影响及其对患者预后的影响	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	多变量Cox回归模型	转录组数据	221例儿童B-ALL样本及来自研究中心的成人B-ALL患者数据