单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-29	Single-cell RNA sequencing dissects the immunosuppressive signatures in Helicobacter pylori-infected human gastric ecosystem 2025-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59339-4 PMID:40281037	研究论文	通过单细胞RNA测序和TCR分析，研究幽门螺杆菌感染对人类胃生态系统的影响，揭示其免疫抑制特征	首次在单细胞分辨率下描述了幽门螺杆菌感染重塑的人类胃生态系统，并识别了潜在的免疫逃逸相关T细胞群体	样本量相对有限（23名个体），且未涉及治疗干预后的动态变化	解析幽门螺杆菌感染导致的免疫抑制微环境机制	幽门螺杆菌感染的人类胃部细胞生态系统	单细胞组学	幽门螺杆菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、TCR分析	NA	单细胞转录组数据	187,192个细胞（来自11名阴性和12名阳性个体）
42	2025-04-29	Advances in single-cell DNA sequencing enable insights into human somatic mosaicism 2025-Apr-25, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00832-3 PMID:40281095	研究论文	本文探讨了单细胞DNA测序技术在人类体细胞嵌合体研究中的进展	介绍了单细胞DNA测序技术的最新进展，解决了传统方法难以处理的复杂克隆模式、细胞材料稀缺和非循环细胞等问题	NA	理解组织中存在的遗传异质性以及导致体细胞嵌合体的机制	人类体细胞嵌合体	基因组学	癌症与非癌症疾病	单细胞DNA测序	NA	基因组数据	NA
43	2025-04-29	The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma 2025-Apr-25, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00818-8 PMID:40281242	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中导致免疫抑制的分子机制	结合单细胞测序和空间转录组学技术，首次揭示了HGSC中原发肿瘤和网膜肿瘤在免疫微环境上的差异，并发现了上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯对免疫抑制的重要性	研究样本可能有限，未涉及其他亚型的卵巢癌	探索HGSC中导致免疫抑制的分子机制	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的原发肿瘤和网膜肿瘤	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
44	2025-04-29	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Apr-25, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞测序技术在肾脏研究中的应用，特别是新兴的表观基因组学和多组学方法	整合表观基因组和转录组的单细胞多组学分析，揭示了驱动细胞异质性的细胞特异性基因调控机制	NA	推动肾脏研究中新生物标志物和潜在治疗靶点的发现，促进临床转化	健康与患病肾脏中的细胞异质性	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序技术，多组学分析	NA	单细胞转录组数据，表观基因组数据	NA
45	2025-04-29	ScAGCN: Graph Convolutional Network with Adaptive Aggregation Mechanism for scRNA-seq Data Dimensionality Reduction 2025-Apr-25, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00702-w PMID:40281370	研究论文	本文提出了一种名为scAGCN的自适应聚合机制的图卷积网络，用于单细胞RNA测序数据的降维	设计了一种基于自适应聚合机制的图卷积网络，通过节点分布和相似性箱线图的邻域选择策略优化了聚合函数	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据因规模大、维度高、噪声多和稀疏性强带来的分析挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	15个真实的scRNA-seq数据集，其中10个为大规模数据集
46	2025-04-29	scRNA-seq reveals that VEGF signaling mediates the response to neoadjuvant anlotinib combined with PD-1 blockade therapy in non-small cell lung cancer 2025-Apr-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06485-4 PMID:40281576	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究VEGF信号在非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法反应中的作用	首次揭示了VEGF信号在介导非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法反应中的关键作用，并发现PLA2G4A作为VEGF通路的关键酶与不良预后相关	样本量较小（9例患者进行scRNA-seq，135例进行免疫组化验证），且研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	探索非小细胞肺癌患者对新辅助安罗替尼联合PD-1阻断疗法的耐药机制并预测疗效	非小细胞肺癌患者	数字病理	肺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 图像数据	9例NSCLC患者进行scRNA-seq（3例治疗前，3例MPR患者，3例Non-MPR患者），135例NSCLC患者进行免疫组化验证
47	2025-04-29	Bioinformatic analysis and experimental verification reveal expansion of monocyte subsets with an interferon signature in systemic lupus erythematosus patients 2025-Apr-25, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03560-5 PMID:40281593	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了系统性红斑狼疮(SLE)患者中具有干扰素特征的单个核细胞亚群的扩增	首次在健康人外周血中发现了SIGLEC1+IRF7+单核细胞亚群，并证实其在SLE患者中的扩增与疾病严重程度相关	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证这些单核细胞亚群的具体作用机制	探究SLE患者中单核细胞亚群的变化及其在疾病发病机制中的作用	系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血单个核细胞和单核细胞	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 流式细胞术	DESeq2, limma, Seurat	转录组数据	SLE患者和健康对照者的PBMCs样本(具体数量未明确说明)
48	2025-04-29	The Janus Face of Astrocytes in Multiple Sclerosis: Balancing Protection and Pathology 2025-Apr-25, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111356 PMID:40288545	综述	本文综述了星形胶质细胞在多发性硬化症（MS）中的双重作用及其治疗潜力	揭示了人类星形胶质细胞状态的连续性，超越了传统的A1/A2二分法，并探讨了星形胶质细胞-小胶质细胞串扰和代谢重编程在MS病理中的关键作用	将小鼠A1/A2概念转化为人类MS研究存在挑战，人类星形胶质细胞表现出异质性和环境依赖性反应	探讨星形胶质细胞在MS中的双重作用及其作为治疗靶点的潜力	多发性硬化症（MS）中的星形胶质细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞转录组学、空间转录组学、空间多组学	NA	转录组数据	NA
49	2025-04-29	Microglial Colonization Routes and Their Impacts on Cellular Diversity 2025-Apr-25, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨了小胶质细胞的定植路线及其对细胞多样性的影响	重点关注小胶质细胞通过不同定植路线形成多样性的假说，结合最新研究发现	小胶质细胞多样性形成的具体机制仍不明确	研究小胶质细胞多样性的形成机制及其在脑发育中的作用	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
50	2025-04-29	Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma 2025-Apr-24, Amino acids IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s00726-025-03452-7 PMID:40272558	研究论文	该研究通过整合多数据库数据，构建了与牛磺酸代谢相关的鼻咽癌预后特征，并验证了ABCB1和GORASP1作为关键基因的作用	首次报道了牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后作用，并通过多维分析和实验验证了三个关键基因的功能和预后意义	研究结果需要更大样本量的进一步验证	探索牛磺酸代谢相关基因在鼻咽癌中的预后价值和治疗潜力	鼻咽癌患者	生物信息学	鼻咽癌	基因表达分析、免疫组化、分子对接、单细胞测序	Cox回归、LASSO回归	基因表达数据、临床样本	未明确说明样本数量
51	2025-04-29	DOCK9 as a predictive biomarker linked to angiogenesis and immune response in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Apr-24, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01653-8 PMID:40272582	研究论文	本研究探讨了DOCK9基因在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的预后标志物作用及其对血管生成和免疫反应的影响	首次将DOCK9基因与ESCC的血管生成和免疫反应联系起来，并开发了一个21基因预后风险模型	研究主要基于RNA微阵列和单细胞RNA测序数据，需要进一步实验验证DOCK9的功能机制	识别ESCC的预后生物标志物并探索其治疗策略	食管鳞状细胞癌（ESCC）组织和人脐静脉内皮细胞	肿瘤生物学	食管鳞状细胞癌	RNA微阵列分析、单细胞RNA测序、蛋白表达分析	21基因预后风险模型	RNA测序数据、蛋白表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及ESCC组织和人脐静脉内皮细胞
52	2025-04-29	Integration of single-cell sequencing and mendelian randomization reveals novel causal pathways between monocytes and hepatocellular carcinoma 2025-Apr-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02357-x PMID:40272662	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化方法，揭示了单核细胞与肝细胞癌之间的新因果通路	首次将单细胞测序技术与孟德尔随机化分析相结合，研究单核细胞与肝细胞癌的关系	NA	探讨单核细胞中差异表达基因与肝细胞癌发展的关联	人类肝脏先天性淋巴细胞（ILCs）中的单核细胞亚群及其细胞标记物	生物信息学	肝细胞癌	单细胞转录组分析，孟德尔随机化（MR）分析	NA	转录组数据	NA
53	2025-04-29	Neutrophil single-cell analysis identifies a type II interferon-related subset for predicting relapse of autoimmune small vessel vasculitis 2025-Apr-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58550-7 PMID:40274824	研究论文	通过单细胞转录组和表面蛋白质组分析，识别自身免疫性小血管炎复发预测的中性粒细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与II型干扰素相关的中性粒细胞亚群（Neu_T2ISG），并发现其与疾病复发相关	研究样本量有限，且仅针对新发显微镜下多血管炎（MPA）患者	探索中性粒细胞在自身免疫性小血管炎中的动态变化及其与疾病复发的关联	新发显微镜下多血管炎（MPA）患者的外周血白细胞	单细胞分析	自身免疫性小血管炎	单细胞转录组分析、表面蛋白质组分析	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	新发MPA患者的外周血白细胞样本
54	2025-04-29	Leveraging TME features and multi-omics data with an advanced deep learning framework for improved Cancer survival prediction 2025-Apr-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98565-0 PMID:40275021	研究论文	本研究通过整合多组学数据和先进的深度学习框架，提高了胶质瘤患者生存预测的准确性	利用单细胞RNA测序数据和多组学数据构建了一个自归一化网络模型，显著提高了预后预测的准确性，并通过梯度归因分析增强了模型的可解释性	研究样本量相对有限（620例），且仅针对胶质瘤这一特定癌症类型	提高胶质瘤患者的生存预测准确性并识别潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤（GBM）和低级别胶质瘤（LGG）患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学数据分析	自归一化网络（Self-Normalizing Network）	转录组数据、拷贝数变异（CNV）、体细胞突变（MUT）、微生物数据（MIC）	620个样本（包括GBM和LGG）
55	2025-04-29	A signature based on efferocytosis-related genes for the evaluation of prognosis and the tumour microenvironment in gastric cancer 2025-Apr-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99133-2 PMID:40275059	research paper	该研究整合了单细胞RNA测序数据和TCGA转录组数据，聚焦于胃癌中efferocytosis相关基因的表达和分布，构建了一个基于这些基因的预测模型	首次在单细胞水平上研究胃癌中efferocytosis相关基因的表达和分布，并构建了一个新的预后评估模型	研究样本量较小（10个GC样本），需要在更大样本中进行验证	评估efferocytosis相关基因在胃癌预后和肿瘤微环境中的作用	胃癌组织和相关基因	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq, TCGA transcriptome analysis	prognostic nomogram	RNA sequencing data	10个胃癌样本
56	2025-04-29	Integrated multi-omics reveal lactate metabolism-related gene signatures and PYGL in predicting HNSCC prognosis and immunotherapy efficacy 2025-Apr-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13982-8 PMID:40275154	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了乳酸代谢相关基因特征及PYGL在预测头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）预后和免疫治疗疗效中的作用	开发了基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）的预后多基因特征，并首次系统性地将风险特征与免疫学特性及免疫治疗疗效相关联，同时发现PYGL在调节乳酸代谢和免疫抑制中的关键作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证，且临床样本量有限	探究乳酸代谢相关基因在HNSCC预后和免疫治疗中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者及肿瘤微环境（TME）	数字病理	头颈部鳞状细胞癌	单细胞测序分析、免疫荧光分析、AutoDock 4.2药物筛选	预后多基因特征模型	多组学数据	NA
57	2025-04-29	InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape 2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03554-1 PMID:40275395	研究论文	介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中不受已知因素（如细胞类型分布）影响的空间相关基因模块	InSituCor能够识别不受细胞类型空间分布影响的基因空间相关性，从而揭示更有意义的生物学现象	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	开发工具以发现空间转录组数据中真正有生物学意义的空间相关基因	空间转录组数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	NA	空间转录组数据	NA
58	2025-04-29	CTLA4 modulates B cell receptor signals to inhibit HBsAb secretion in chronic hepatitis B patients 2025-Apr-24, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167848 PMID:40279930	research paper	该研究探讨了CTLA4在慢性乙型肝炎患者B细胞中对HBsAb分泌的抑制作用	揭示了CTLA4在B细胞中的新作用，特别是其对B细胞受体信号和炎症反应的负面影响，以及通过靶向CTLA4恢复HBsAb分泌的潜力	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索慢性乙型肝炎患者B细胞功能缺陷的分子机制，寻找功能性治愈的潜在靶点	慢性乙型肝炎患者的B细胞	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序	HBV小鼠模型	基因表达数据	慢性乙型肝炎患者的B细胞和小鼠模型
59	2025-04-29	Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010365 PMID:40280564	研究论文	探讨肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应中的作用	首次发现肿瘤内微生物群的多样性和负荷与病理完全缓解率显著相关，并开发了基于微生物群的预测模型	样本量较小（89例患者），且仅针对早期三阴性乳腺癌患者	筛选可能从新辅助化疗免疫治疗中受益的三阴性乳腺癌患者	早期三阴性乳腺癌患者	数字病理学	三阴性乳腺癌	16S rDNA测序（16S-seq）、单细胞转录组测序（scRNA-seq）	机器学习模型	微生物组数据、转录组数据	89例女性早期三阴性乳腺癌患者
60	2025-04-29	Ferroptosis and Low-Grade Glioma: The Breakthrough Potential of NUAK2 2025-Apr-24, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.04.035 PMID:40286882	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关基因（FRGs）在低级别胶质瘤（LGG）预后和肿瘤微环境调控中的作用，特别关注NUAK2基因的潜在治疗靶点作用	首次整合多组学数据识别与LGG预后相关的FRGs，并通过单细胞RNA测序和伪时间轨迹分析揭示NUAK2基因在肿瘤进展和免疫抑制中的关键作用	需要更大规模的队列研究验证NUAK2基因的作用，并探索其作为生物标志物和治疗靶点的临床应用	探索铁死亡相关基因在低级别胶质瘤预后和肿瘤微环境调控中的作用，寻找潜在治疗靶点	低级别胶质瘤患者的多组学数据及肿瘤微环境	肿瘤基因组学	低级别胶质瘤	多组学数据分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、伪时间轨迹分析	NA	基因组数据、转录组数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多组学数据