单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-09	Integrated multiomics and Mendelian randomization identify CHIT1 as a novel sepsis biomarker and therapeutic target 2025-May-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99619-z PMID:40325173	研究论文	本研究通过整合多组学数据和孟德尔随机化方法，发现CHIT1作为脓毒症的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CHIT1鉴定为脓毒症的新生物标志物和潜在药物靶点，揭示了其在加剧中性粒细胞过度炎症和免疫抑制中的作用	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	寻找能预测脓毒症患者预后的新关键生物标志物并探索其分子机制	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	批量转录组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析	单变量Cox回归模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE65682等)和eQTLGen Consortium及IEU OpenGWAS项目数据
42	2025-05-09	Modulation of senescent Lepr+ skeletal stem cells via suppression of leptin-induced STAT3‒FGF7 axis activation alleviates abnormal subchondral bone remodeling and osteoarthritis progression 2025-May-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04342-1 PMID:40325465	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体内外实验，揭示了瘦素受体阳性骨骼干细胞（Lepr+ SSCs）在骨关节炎（OA）进展中的衰老机制及其通过STAT3-FGF7轴加剧软骨下骨异常重塑的作用	首次揭示了Lepr+ SSCs通过瘦素-Lepr信号通路激活STAT3-FGF7轴促进OA进展的新机制，为OA治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类OA患者中进行验证	探究骨骼干细胞衰老在骨关节炎进展中的作用及其分子机制	小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中的Lepr+骨骼干细胞	骨生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、microCT、病理分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、影像数据、组织病理数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型）
43	2025-05-09	Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy 2025-May-05, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763 PMID:40334802	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用	利用单细胞测序技术揭示了TANs的广泛亚型，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群的区别与共性	目前仍缺乏全面的TANs分类系统	探讨肿瘤相关中性粒细胞在癌症免疫治疗中的作用及其亚型分类	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
44	2025-05-09	Transcriptomic and proteomic characterization of cell and protein biomarkers of checkpoint inhibitor-induced liver injury 2025-May-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04033-z PMID:40317333	研究论文	本研究通过多组学方法分析了免疫检查点抑制剂引起的肝损伤（ChILI）患者的血液样本，揭示了T细胞克隆性、基因表达和蛋白质的变化	首次通过转录组学和蛋白质组学方法全面分析ChILI患者的血液样本，揭示了T细胞克隆性增加和PD-L1表达变化等新发现	样本量有限，且仅针对特定类型的免疫检查点抑制剂引起的肝损伤	研究免疫检查点抑制剂引起的肝损伤的免疫和分子机制，并寻找潜在生物标志物	接受免疫检查点抑制剂治疗并出现肝损伤的癌症患者	生物医学研究	肝损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	ChILI患者组与未发生ChILI的对照组
45	2025-05-09	Integrative epidemiology and immunotranscriptomics uncover a risk and potential mechanism for cutaneous lymphoma unmasking or progression with dupilumab therapy 2025-May, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.028 PMID:39521279	研究论文	本研究通过流行病学和免疫转录组学方法，评估了dupilumab与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）发病和/或进展的潜在关联及其机制	首次结合FDA不良事件报告系统（FAERS）和转录组学数据，揭示了dupilumab可能通过IL-13受体阻断机制导致CTCL的暴露或进展	研究依赖于FAERS数据库的被动报告系统，存在报告偏差，且采用非实验性方法，需进一步实验验证	评估dupilumab与CTCL的安全信号关联，并探究其潜在机制	dupilumab相关不良事件报告及CTCL患者转录组数据	免疫学与肿瘤学	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）	FAERS数据库分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	不良事件报告数据、RNA测序数据	181,575份dupilumab相关不良事件报告（含606例肿瘤报告）
46	2025-05-09	Cutting-edge tools for unveiling the dynamics of plasmid-host interactions 2025-May, Trends in microbiology IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.tim.2024.12.013 PMID:39843314	综述	本文回顾了用于揭示质粒-宿主相互作用动态的前沿技术	评估了单细胞测序、荧光技术和高级高通量染色质构象捕获（Hi-C）等新技术在解析质粒-宿主相互作用中的应用，并讨论了CRISPR-based噬菌体工程等新兴技术的潜力	NA	探讨质粒介导的抗生素抗性基因（ARGs）在复杂微生物组中的传播机制及其控制策略	质粒-宿主相互作用及抗生素抗性基因（ARGs）的传播	微生物学	抗生素耐药性	单细胞测序、荧光技术、高通量染色质构象捕获（Hi-C）、CRISPR-based噬菌体工程	NA	测序数据、荧光成像数据	NA
47	2025-05-09	Cancer-associated fibroblasts promote EGFR-TKI resistance via the CTHRC1/glycolysis/H3K18la positive feedback loop 2025-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03318-y PMID:40011576	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过CTHRC1/糖酵解/H3K18la正反馈环路促进EGFR-TKI耐药性的机制	发现CTHRC1+ CAFs通过TGF-β/Smad3信号通路增强癌细胞的糖酵解活性，并通过组蛋白乳酸化上调CTHRC1表达，形成正反馈环路	NA	探索肺癌中EGFR-TKI耐药性的机制及潜在治疗策略	肺癌患者及癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	接受EGFR-TKI治疗的肺癌患者样本
48	2025-05-09	BRAF mutation cancer, colorectal cancer, tumor associated lymph node structure and immune microenvironment study: MAPK protein kinase molecular action and SIRPG-CD47 protein signaling pathway 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142191 PMID:40101830	研究论文	本研究探讨了BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响，特别是对肿瘤相关淋巴结构成熟和功能的影响	通过单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析和空间转录组分析，揭示了BRAF突变对T细胞亚群和B细胞亚群的影响，以及其在肿瘤免疫微环境重塑中的作用	研究样本量未明确说明，可能影响结果的普遍性	系统评估BRAF基因突变对结直肠癌免疫微环境重塑的影响	结直肠癌患者的临床样本	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、空间转录组分析、免疫组织化学、多重荧光染色技术	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	NA
49	2025-05-09	Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics 2025-May-01, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04058-2 PMID:40307879	研究论文	本研究通过蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法，深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征，以识别潜在的生物标志物和治疗靶点	整合了数据非依赖性采集（DIA）蛋白质组学、单细胞RNA测序和孟德尔随机化（MR）技术，全面解析了斑块不同阶段的蛋白质表达谱，并验证了特定蛋白质与缺血性卒中的因果关系	样本量相对较小（87例颈动脉斑块），且主要关注颈动脉斑块，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化病变	深入了解动脉粥样硬化斑块的分子特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	87例人类颈动脉粥样硬化斑块（AHA IV至VI型）	生物医学研究	心血管疾病	DIA蛋白质组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据、基因组数据	87例人类颈动脉斑块
50	2025-05-09	scSDNE: A semi-supervised method for inferring cell-cell interactions based on graph embedding 2025-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013027 PMID:40333631	研究论文	本文介绍了一种名为scSDNE的半监督图嵌入模型，用于推断基于配体-受体（L-R）相互作用的细胞间通讯	结合深度学习与手动整理的L-R相互作用数据库，构建了一个共享潜在空间来映射相互作用细胞中的基因，提高了细胞间相互作用推断的准确性和生物学可解释性	NA	全面理解细胞间通讯的复杂相互作用机制	细胞间通讯中的配体-受体（L-R）相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督图嵌入模型（scSDNE）	基因表达数据	NA
51	2025-05-09	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究探讨了p63在牙釉质器官(EO)发育中的作用，特别是其在调控Krt8到Krt5转变过程中的功能	揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5转变的机制，并发现这一机制与皮肤发育中的功能相似	研究依赖于小鼠切牙的单细胞RNA测序数据，可能不适用于其他物种或牙齿类型	阐明p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 轨迹重建, 比较转录组分析, 染色质可及性分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠切牙样本
52	2025-05-09	Skin organoid transplantation promotes tissue repair with scarless in frostbite 2025-Apr-18, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwae055 PMID:39363875	research paper	该研究探讨了皮肤类器官移植在促进冻伤无疤痕组织修复中的应用	首次构建了hiPSC来源的皮肤类器官结合明胶水凝胶用于冻伤治疗，并揭示了其通过调节整合素α5β1-FAK通路减少纤维化及促进生理性ECM重建的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行临床转化验证	开发冻伤后促进无疤痕愈合的新型治疗方法	冻伤小鼠模型及hiPSC来源的皮肤类器官	再生医学	冻伤	单细胞转录组测序	小鼠冻伤模型	基因表达数据	未明确说明实验动物数量
53	2025-05-09	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	首次结合网络药理学、RNA测序和机器学习模型（XGBoost、SVM、决策树、KNN）系统分析牛黄治疗脓毒症的分子机制，并通过分子对接和分子动力学模拟验证关键靶点	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明牛黄活性成分治疗脓毒症的分子机制并寻找潜在治疗靶点	牛黄活性成分与脓毒症相关基因/蛋白	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost, SVM, Decision Tree, KNN	基因表达数据	中国国家基因库数据库中的脓毒症数据（具体样本量未明确说明）
54	2025-05-09	Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations 2025-Apr-16, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00235-1 PMID:40234712	研究论文	本研究探讨了PIK3CA驱动的难治性血管畸形的胚胎细胞起源和缺氧介导机制	揭示了Pik3ca通过HIF介导的缺氧信号上调内皮细胞中Vegf-a的表达，并验证了HIF-1α和VEGF-A抑制在小鼠模型中减少异常血管的效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的支持数据可能有限	探究血管畸形的发病机制，为治疗难治性血管畸形提供理论基础	小鼠模型和人类血管畸形样本	血管生物学	血管畸形	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和未指明数量的人类样本
55	2025-05-09	The transcription factor HHEX maintains glucocorticoid levels and protects adrenals from androgen-induced lipid depletion 2025-Apr-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6248794/v1 PMID:40321776	research paper	该研究揭示了转录因子HHEX在维持肾上腺糖皮质激素水平和保护肾上腺免受雄激素诱导的脂质耗竭中的关键作用	首次发现HHEX是雄激素受体靶基因，通过抑制雌性转录程序维持肾上腺性别二态性，并保护脂滴免受雄激素诱导的脂噬作用	研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的HHEX功能需要进一步验证	探究维持肾上腺皮质细胞差异响应能力的分子机制	肾上腺皮质糖皮质激素产生细胞	分子生物学	内分泌疾病	scRNA-seq	遗传小鼠模型	转录组数据	NA
56	2025-05-09	Loss of ATG7 in microglia impairs UPR, triggers ferroptosis, and weakens amyloid pathology control 2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230173 PMID:39945772	research paper	研究揭示了在小胶质细胞中缺失ATG7如何影响未折叠蛋白反应(UPR)、触发铁死亡，并削弱对淀粉样病理的控制	首次发现ATG7缺失导致小胶质细胞UPR减少和氧化应激增加，进而引发铁死亡，影响Aβ斑块的控制	研究主要基于AD小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究ATG7在小胶质细胞中对Aβ斑块控制及细胞死亡机制的影响	AD小鼠模型中的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序、生化分析、免疫荧光分析	AD小鼠模型	基因表达数据、生化数据、图像数据	AD小鼠模型中的小胶质细胞
57	2025-05-09	Macrophages protect against sensory axon loss in peripheral neuropathy 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08535-1 PMID:39939762	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在预防周围神经病变中感觉轴突损失中的作用	首次揭示了CCR2巨噬细胞在肥胖前期糖尿病小鼠周围神经中的神经保护作用及其通过半乳糖凝集素3延缓感觉轴突退化的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究炎症在周围神经病变发病机制中的作用	肥胖前期糖尿病小鼠的周围神经病变	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
58	2025-05-09	Integrating single-cell sequencing and machine learning to uncover the role of mitophagy in subtyping and prognosis of esophageal cancer 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02061-1 PMID:39948301	研究论文	该研究通过整合单细胞测序和机器学习技术，探讨了线粒体自噬相关基因在食管癌亚型分型和预后中的作用	首次结合单细胞测序和机器学习方法分析食管癌中线粒体自噬相关基因的预后价值，并发现两个核心基因HSPD1和MAP1LC3B	研究结果需要更多独立队列验证，分子机制研究仍需深入	探索线粒体自噬相关基因在食管癌分子分型和预后预测中的作用	食管癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq, 单细胞测序	LASSO回归, Random Forest, XGBoost	基因表达数据	TCGA数据库中的食管癌样本及两个外部验证队列
59	2025-05-09	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤	首次开发了针对CD44和CD133的双靶向CAR-T细胞，并加入了IL7Rα装甲，增强了抗肿瘤效果	研究仍处于临床前阶段，尚未进行人体试验	开发一种新型CAR-T细胞疗法，以克服胶质母细胞瘤的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）、患者样本、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、异种移植模型和GBOs
60	2025-05-09	X-scPAE: An explainable deep learning model for embryonic lineage allocation prediction based on single-cell transcriptomics revealing key genes in embryonic cell development 2025-Apr, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109787 PMID:39946788	research paper	介绍了一种基于单细胞转录组学的可解释深度学习模型X-scPAE，用于预测胚胎细胞谱系分配并识别关键基因	结合PCA和注意力机制的自编码器模型，利用CGA算法解释基因表达差异，显著提高了预测准确性	未提及模型在其他物种或更广泛细胞类型中的适用性	理解细胞分化过程并减少人类早期妊娠流产	人类和小鼠的单细胞转录组数据	machine learning	NA	single-cell transcriptomics	PCA-based deep learning attention autoencoder (X-scPAE)	gene expression data	NA