单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-19	Smooth muscle cells and fibroblasts in the ascending aorta exhibit minor differences between embryonic origins in angiotensin II-driven transcriptional alterations 2025-May-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99862-4 PMID:40360730	research paper	研究探讨了在血管紧张素II（AngII）诱导的胸主动脉病变中，升主动脉平滑肌细胞（SMCs）和成纤维细胞根据胚胎起源的转录差异	揭示了在AngII诱导的胸主动脉病变前期，SHF和nSHF来源的细胞在转录组上的差异较小，但发现了一个新的成纤维细胞亚群，其中SHF来源的成纤维细胞在细胞外基质相关基因表达上存在特异性差异	研究仅关注了AngII诱导的胸主动脉病变的前期阶段，未涉及病变进展的后期变化	探讨AngII诱导的胸主动脉病变中，不同胚胎来源的平滑肌细胞和成纤维细胞的转录差异	Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠的升主动脉平滑肌细胞和成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	Mef2c-Cre R26RmT/mG小鼠的升主动脉细胞
42	2025-05-19	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into the tumor microenvironment heterogeneity and invasion phenotype in retinoblastoma 2025-May-12, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156009 PMID:40378583	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜母细胞瘤肿瘤微环境的异质性及其与侵袭表型的关系	首次系统描绘了视网膜母细胞瘤中肿瘤微环境的细胞亚群特征及细胞间通讯网络变化	研究样本量有限，且未进行功能实验验证关键发现	探究视网膜母细胞瘤肿瘤微环境异质性及其与肿瘤侵袭的关系	视网膜母细胞瘤肿瘤微环境中的各类细胞	数字病理学	视网膜母细胞瘤	单细胞测序, CIBERSORT算法, 拟时序分析	CellChat, Monocle	单细胞转录组数据, 微阵列数据	未明确说明样本数量
43	2025-05-19	Molecular and genetic characterization of sex-linked orange coat color in the domestic cat 2025-May-12, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.04.055 PMID:40378841	研究论文	本研究揭示了家猫中与性别相关的橙色被毛颜色的分子和遗传基础	发现Sex-linked orange突变是由5-kb缺失引起，导致Arhgap36基因的异位和黑色素细胞特异性表达，从而影响毛发颜色	研究主要基于家猫模型，对其他哺乳动物的适用性尚不明确	解析家猫中与性别相关的橙色被毛颜色的遗传机制	家猫的毛发颜色基因	遗传学	NA	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
44	2025-05-19	KDELR3 and YOD1 proteins as critical endoplasmic reticulum stress mediators and potential therapeutic targets in diabetic foot ulcers: An integrated bioinformatics analysis 2025-May-10, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144095 PMID:40354856	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析，鉴定出KDELR3和YOD1蛋白作为糖尿病足溃疡(DFU)的关键内质网应激介质和潜在治疗靶点	首次通过WGCNA、机器学习算法和分子对接技术筛选出NCCRP1、KDELR3、BOK和YOD1等关键调控蛋白，并验证其作为DFU生物标志物的诊断潜力	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于qRT-PCR，缺乏更深入的机制研究	探索内质网应激反应蛋白在糖尿病足溃疡发病机制中的作用，并寻找新的生物标志物和治疗靶点	糖尿病足溃疡(DFU)相关内质网应激反应蛋白	生物信息学	糖尿病足溃疡	WGCNA、机器学习算法、分子对接、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、qRT-PCR	机器学习算法	基因表达数据	GEO数据库中的DFU数据集
45	2025-05-19	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-May-08, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在小胶质细胞介导的神经炎症和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并阐明了其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢的分子机制	研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证	探究Plxdc2在小胶质细胞功能和缺血性脑损伤中的作用机制	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV和慢病毒载体技术	动物模型	基因表达数据	NA
46	2025-05-19	m2ST: dual multi-scale graph clustering for spatially resolved transcriptomics 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf221 PMID:40272889	研究论文	提出了一种名为m2ST的双重多尺度图聚类方法，用于空间转录组数据的空间聚类分析	引入了多尺度掩码图自编码器提取不同尺度的表示，并设计了定制的多尺度聚类框架，结合尺度共性和特异性信息探索，以及利用Shannon熵动态调整不同尺度的重要性	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据空间域注释的准确性	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	图神经网络（GNN）、掩码图自编码器	空间转录组数据	多个空间转录组数据集（未明确数量）
47	2025-05-19	DNA methylation changes during acute COVID-19 are associated with long-term transcriptional dysregulation in patients' airway epithelial cells 2025-May, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1038/s44321-025-00215-5 PMID:40119174	研究论文	研究COVID-19患者急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录调控失调的关系	首次揭示了COVID-19急性期DNA甲基化变化与长期呼吸道上皮细胞转录失调的关联，并提出了甲基化可能对基因表达产生长期影响的机制	样本量相对较小，长期随访数据有限，需要更大规模的独立队列验证	探究SARS-CoV-2感染后持续健康影响的分子机制	COVID-19患者和对照组的鼻部细胞	分子生物学	COVID-19	酶促DNA甲基化组测序和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	甲基化数据和转录组数据	COVID-19患者19人(scRNA-seq 14人)，对照组14人(scRNA-seq 10人)，随访3个月7人，12个月5人，独立验证队列15人
48	2025-05-19	Single-cell RNA sequencing of bone marrow reveals the immune response mechanisms of lymphocytes under avian leukosis virus subgroup J infection 2025-May, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104995 PMID:40121758	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析鸡骨髓淋巴细胞在禽白血病病毒J亚型感染下的免疫应答机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析ALV-J感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制，鉴定了18个不同的细胞簇，并揭示了关键基因和信号通路	仅针对ALV-J亚型进行研究，未涵盖其他ALV亚型；样本来源仅限于鸡骨髓淋巴细胞	探究禽白血病病毒J亚型感染下骨髓淋巴细胞的免疫应答机制	鸡骨髓淋巴细胞	生物信息学	禽白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Ingenuity Pathway Analysis (IPA)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了18个不同的细胞簇
49	2025-05-19	Neural ensembles that encode nocifensive mechanical and heat pain in mouse spinal cord 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01921-6 PMID:40128392	研究论文	该研究通过基因捕获、活动操纵和单细胞RNA测序技术，识别了成年小鼠脊髓中编码机械性和热痛的不同神经集合	发现了脊髓中独立的神经集合分别编码机械性和热痛，并揭示了多模态Gal抑制性神经元在疼痛传递中的门控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究脊髓神经回路如何区分不同性质的伤害性信息	成年小鼠脊髓神经回路	神经科学	疼痛相关疾病	基因捕获、活动操纵、单细胞RNA测序	小鼠疼痛模型	基因表达数据、行为数据	成年小鼠脊髓组织
50	2025-05-19	Single-cell multi-omics profiling uncovers the immune heterogeneity in HIV-infected immunological non-responders 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105667 PMID:40184908	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示HIV感染免疫无应答者的免疫异质性	开发了scGeneANOVA和VILDA两种新工具，用于检测差异表达基因和量化HIV-1转录本	未提及样本量是否足够大，以及是否考虑了其他潜在影响因素	理解HIV感染免疫无应答者的免疫功能障碍机制	HIV感染免疫无应答者（INRs）、免疫应答者（IRs）和健康对照（HCs）的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞VDJ测序（scVDJ-seq）	scGeneANOVA、VILDA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
51	2025-05-19	Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105685 PMID:40222104	research paper	研究通过单细胞转录组测序和生物信息学分析，揭示了棘阿米巴角膜炎（AK）中的免疫逃逸机制，并开发了一种双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白以增强中性粒细胞招募	首次揭示了棘阿米巴角膜炎中的免疫逃逸机制，并开发了一种新型的双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白，该蛋白在体外和体内均显示出强大的结合亲和力和趋化能力	样本量较小（仅9例患者），且研究结果需要在更大规模的临床研究中进一步验证	改善棘阿米巴角膜炎的治疗效果，通过免疫疗法增强中性粒细胞招募	棘阿米巴角膜炎患者、真菌性角膜炎患者和细菌性角膜炎患者的角膜组织	免疫学	棘阿米巴角膜炎	单细胞转录组测序、生物信息学分析、CellChat分析	NA	转录组数据	9例患者（3例AK患者，3例真菌性角膜炎患者，3例细菌性角膜炎患者）
52	2025-05-19	An unconventional T cell nexus drives HCK-mediated chronic obstructive pulmonary disease in mice 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105707 PMID:40245497	research paper	该研究揭示了HCK作为非传统T细胞轴的顶端调节因子，在驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的COPD病理中的作用	发现HCK作为COPD候选基因，通过调控非传统T细胞轴（如Vγ6Vδ1 T细胞和黏膜相关不变T细胞）驱动IL-17A/G-CSF/粒细胞介导的病理过程	研究主要基于基因靶向小鼠模型，人类COPD中的直接相关性尚需进一步验证	阐明HCK在慢性阻塞性肺病（COPD）病理发生中的分子机制	基因靶向小鼠（HckF/F突变体）及其骨髓嵌合体	呼吸病学	慢性阻塞性肺病（COPD）	基因靶向技术、骨髓嵌合体构建、组织病理学、形态计量学、流式细胞术、单细胞测序	基因修饰小鼠模型	实验数据（组织病理、流式数据、测序数据）	未明确说明实验动物具体数量（以基因靶向小鼠为主要研究对象）
53	2025-05-19	CKAP5 deficiency induces premature ovarian insufficiency 2025-May, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105718 PMID:40252251	研究论文	本研究探讨了CKAP5在卵巢功能和生育能力调控中的作用，揭示了其缺乏导致卵巢早衰的机制	首次发现CKAP5是卵巢衰老的关键基因，并通过体内外实验阐明其通过ATG7促进自噬和通过ATM支持DNA损伤修复的机制	研究样本量有限，需要更大规模的临床验证	阐明CKAP5在卵巢功能调控中的作用及其与卵巢早衰的关系	人类颗粒细胞、小鼠卵巢组织和卵母细胞	生殖医学	卵巢早衰	RNA测序、单细胞转录组分析、基因负荷分析	Ckap5杂合敲除小鼠模型	基因测序数据、转录组数据	人类POI患者和对照组的NGS队列、小鼠模型
54	2025-05-19	Integrated analysis of molecular atlases unveils modules driving developmental cell subtype specification in the human cortex 2025-May, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01933-2 PMID:40259073	研究论文	通过整合分析人类大脑皮层发育和成年期的单细胞转录组数据，揭示了驱动皮层发育中细胞亚型分化的基因共表达网络模块	首次通过平行元分析生成了超过500个基因共表达网络，揭示了皮层发育中的动态细胞亚型特异性，并验证了部分模块在细胞命运决定中的潜在作用	研究主要基于转录组数据，未充分考虑表观遗传等其他调控层面的影响	探究人类大脑皮层发育过程中细胞亚型分化的分子机制	人类大脑皮层发育期和成年期的单细胞转录组数据	单细胞转录组学	神经发育障碍	单细胞转录组测序	基因共表达网络分析	转录组数据	7个发育期数据集和16个成年期数据集
55	2025-05-19	Single-cell spatial transcriptomics of tertiary lymphoid organ-like structures in human atherosclerotic plaques 2025-May, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00639-9 PMID:40295810	研究论文	本文通过单细胞空间转录组学技术，研究了人类动脉粥样硬化斑块中的三级淋巴器官样结构及其在疾病中的作用	首次提供了人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官（PTLOs）的空间分辨单细胞转录组图谱，揭示了其细胞组成和功能	研究主要基于观察性数据，PTLOs在动脉粥样硬化中的确切作用机制仍需进一步实验验证	探索人类动脉粥样硬化斑块中三级淋巴器官样结构的特征及其临床意义	人类动脉粥样硬化斑块中的细胞类型和三级淋巴器官样结构	数字病理学	心血管疾病	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	人类动脉粥样硬化斑块样本（具体数量未提及）
56	2025-05-19	Cell Type Resolved Expression of Duplicate Genes Retained From Whole Genome Duplication in Atlantic salmon 2025-Apr-30, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf076 PMID:40305003	研究论文	利用单细胞转录组学技术研究大西洋鲑鱼肝脏组织中全基因组复制（WGD）保留的重复基因对（ohnologs）的细胞特异性表达及其对细菌感染的转录反应	首次在单细胞水平上解析了全基因组复制保留的重复基因对的细胞特异性表达及其对细菌感染的响应	研究仅针对大西洋鲑鱼的肝脏组织，未涵盖其他组织或物种	探究全基因组复制事件后基因表达的功能和进化结果	大西洋鲑鱼（Salmo salar L）肝脏组织中的重复基因对（ohnologs）	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
57	2025-05-19	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序数据分析，识别了与癫痫相关的关键基因和免疫细胞，并预测了潜在治疗药物	NA	阐明趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的作用及其调控机制	趋化因子及其受体相关基因、癫痫相关细胞和药物	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、单细胞测序数据	NA
58	2025-05-19	Decipher the single-cell level responses to chemotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by a cross-time context graph model 2025-Apr-26, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217751 PMID:40294840	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和跨时间上下文图模型scConGraph，解析了胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗的单细胞水平响应机制	提出了一种可扩展的双层图模型scConGraph，能够有效整合跨时间上下文信息，揭示了肿瘤细胞对吉西他滨耐药的新机制	研究基于PDX模型，可能无法完全反映人体内的复杂微环境	探究胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗产生耐药性的细胞机制	胰腺导管腺癌患者来源的异种移植模型(PDX)	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图模型(scConGraph)	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量(使用PDX模型)
59	2025-05-19	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	research paper	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接H&E图像和转录组学数据	首次将组织学图像和转录组学数据整合到一个基础模型中，并通过Loki平台提供了五项关键功能	未提及具体限制	开发一个能够整合组织学图像和转录组学数据的计算模型	H&E图像和转录组学数据	computational biology	NA	scRNA-seq, spatial transcriptomics (ST)	OmiCLIP	image, transcriptomic data	220万对组织图像和转录组学数据，涵盖32个器官
60	2025-05-19	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	研究论文	本文提出了一种名为'recall'的方法，用于防止单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的过度聚类问题	通过引入人工变量来控制'双重浸渍'效应，recall方法可应用于多种聚类算法，并在真实和模拟数据上展示了先进的聚类性能	NA	解决scRNA-seq分析中因过度聚类导致的下游分析误导问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	真实和模拟数据集