单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-10-03	A Phase I Trial of Evorpacept, Lenalidomide, and Rituximab for Patients with B-Cell Non-Hodgkin Lymphoma 2025-Oct-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-1826 PMID:40729376	研究论文	评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗治疗B细胞非霍奇金淋巴瘤患者的安全性及疗效的I期临床试验	首次将新型CD47阻断剂Evorpacept与来那度胺和利妥昔单抗联合用于治疗B-NHL，并证实其可调节肿瘤免疫微环境	单臂I期研究，样本量较小(n=20)，缺乏对照组	评估Evorpacept联合来那度胺和利妥昔单抗在B细胞非霍奇金淋巴瘤患者中的安全性和抗肿瘤活性	既往接受过至少两种系统治疗的B细胞非霍奇金淋巴瘤成年患者	临床肿瘤学	B细胞非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	20例患者(3例接受DL1剂量，17例接受DL2剂量)
42	2025-10-03	Multicondition and multimodal temporal profile inference during mouse embryonic development 2025-Oct-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279997.124 PMID:40813249	研究论文	提出名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据	开发能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据的联合建模方法，实现单细胞时间谱变化推断、多数据集对齐和缺失模态外推	基于破坏性单细胞测量的固有局限，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹	整合多条件和多模态单细胞时间序列数据，推断细胞发育过程中的动态变化	小鼠胚胎发育过程中的单细胞	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架	单细胞时间序列数据	NA
43	2025-10-03	BBS8-dependent ciliary Hedgehog signaling governs cell fate in the white adipose tissue 2025-Oct, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00524-y PMID:40836034	研究论文	本研究揭示了BBS8依赖性纤毛Hedgehog信号通路通过调控脂肪前体细胞的命运决定来影响白色脂肪组织稳态的新机制	首次发现初级纤毛功能障碍通过诱导P1脂肪前体细胞直接向纤维化祖细胞表型转换，绕过传统的P2祖细胞状态，这一过程在肥胖发生前就已出现	研究主要基于Bbs8基因敲除小鼠模型，在人类中的直接验证尚需进一步研究	探究初级纤毛在白色脂肪组织细胞命运决定中的作用机制	Bbs8基因敲除小鼠的白色脂肪组织和脂肪前体细胞	细胞生物学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Bbs8基因敲除小鼠模型
44	2025-10-03	Hemocytes facilitate interclonal cooperation-induced tumor malignancy by hijacking the innate immune system in Drosophila 2025-Oct, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00547-5 PMID:40846901	研究论文	本研究通过果蝇幼虫眼盘上皮建立肿瘤异质性模型，揭示了血细胞通过劫持先天免疫系统促进肿瘤恶性转化的机制	首次在果蝇模型中揭示血细胞通过Pvf1-Pvr信号招募至肿瘤部位，并通过Spz-Toll-JNK-Hippo信号级联促进良性肿瘤向恶性肿瘤转化	研究基于果蝇模型，在哺乳动物系统中的适用性需要进一步验证	探究肿瘤微环境中不同细胞类型间的相互作用及其在肿瘤进展中的作用机制	果蝇幼虫眼盘上皮肿瘤模型	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序、遗传学分析	果蝇肿瘤模型	基因表达数据	NA
45	2025-10-03	Highly accurate reference and method selection for universal cross-dataset cell type annotation with CAMUS 2025-Oct-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280821.125 PMID:41034048	研究论文	提出一种跨数据集细胞类型注释方法CAMUS，通过智能选择参考数据和方法实现高精度细胞注释	首次提出通用的参考数据和方法选择策略，显著提升跨数据集细胞类型注释的准确性	NA	开发高效的细胞类型注释方法选择策略，提升单细胞数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	672对跨物种scRNA-seq数据集，80个scST数据集，5个scATAC-seq数据集
46	2025-10-03	Disentangling associations between complex traits and cell types with seismic 2025-Oct-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63753-z PMID:41034207	研究论文	提出seismic框架，通过整合单细胞RNA测序与GWAS研究复杂性状与细胞类型间的关联	引入新颖的特异性评分和影响基因分析方法，能同时捕捉表达量和跨细胞类型的一致性	NA	解析复杂性状与细胞类型之间的关联关系	28种多基因性状和1000多种不同粒度细胞类型特征	生物信息学	帕金森病, 阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, GWAS	seismic框架	基因表达数据	超过1000种细胞类型特征和28种多基因性状
47	2025-10-03	Tracking clonal evolution during treatment in ovarian cancer using cell-free DNA 2025-Oct-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09580-0 PMID:41034582	研究论文	本研究开发了CloneSeq-SV技术，通过追踪cfDNA中的克隆特异性结构变异来监测卵巢癌治疗过程中的克隆演化	结合单细胞全基因组测序和时序cfDNA深度测序，利用肿瘤克隆特异性结构变异作为高灵敏度内源性标志物	样本量相对有限（18例患者），需要进一步验证	研究高级别浆液性卵巢癌治疗过程中耐药性的克隆演化机制	18例高级别浆液性卵巢癌患者	癌症基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序、靶向深度测序、单细胞RNA测序	NA	基因组测序数据、RNA测序数据	18例HGSOC患者从诊断到复发的多年时序样本
48	2025-10-03	Human endogenous retrovirus ERVK3-1 characterizes a metabolically active and immunosuppressive subtype of liver cancer 2025-Oct-01, Virology journal IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s12985-025-02928-y PMID:41034947	研究论文	本研究探索了内源性逆转录病毒ERVK3-1在肝细胞癌中的代谢活性和免疫抑制功能	首次系统揭示ERVK3-1通过代谢重编程和免疫抑制双重机制促进肝癌进展，并发现其与免疫检查点表达和免疫治疗抵抗的关联	研究主要基于TCGA数据库的转录组数据分析，需要进一步实验验证具体分子机制	探究ERVK3-1在肝细胞癌中的生物学功能及其临床意义	肝细胞癌患者样本和相关的转录组数据	癌症生物学	肝癌	转录组分析、功能富集分析、蛋白质相互作用网络分析、单细胞RNA测序	生物信息学分析	基因表达数据、单细胞测序数据	TCGA-LIHC队列样本
49	2025-10-03	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals that EZH2 regulates the MIF-CD74 axis to modulate T cell activation and exhaustion in hepatocellular carcinoma 2025-Oct-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07071-4 PMID:41034982	研究论文	本研究构建了一个基于多基因特征的整合模型，用于预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应，并发现EZH2通过MIF-CD74轴调控CD8+ T细胞活化和耗竭	首次整合自噬、衰老、休眠、线粒体功能和肿瘤干细胞性相关基因构建预测模型，并通过单细胞分析和动物模型揭示EZH2调控T细胞功能的新机制	NA	开发可靠的肝细胞癌预后和免疫检查点抑制剂反应预测模型，并探索相关基因在肿瘤免疫微环境调控中的作用	肝细胞癌患者样本和免疫活性小鼠模型	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、动物模型实验	整合基因模型	基因表达数据	NA
50	2025-10-03	TEAD3 + high-risk melanoma cells crosstalk with GAS6 + macrophages via the GAS6-TYRO3 ligand-receptor axis to modulate propionate metabolism and drive melanoma progression 2025-Oct-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03542-0 PMID:41034991	研究论文	本研究通过代谢聚类识别出TEAD3驱动的高风险黑色素瘤亚型，揭示其通过GAS6-TYRO3轴与巨噬细胞互作调控丙酸代谢促进肿瘤进展的机制	首次发现TEAD3+黑色素瘤细胞通过GAS6-TYRO3配体-受体轴与巨噬细胞互作，重编程丙酸代谢诱导甲基丙二酸积累驱动肿瘤进展	研究主要基于TCGA数据库和单细胞测序数据，需要更多独立队列验证临床转化价值	阐明短链脂肪酸代谢失调驱动的黑色素瘤亚型及其侵袭性机制	468例TCGA黑色素瘤样本和单细胞RNA-seq数据中的肿瘤细胞与巨噬细胞	肿瘤代谢与免疫微环境	黑色素瘤	非负矩阵分解(NMF)、单细胞RNA-seq、空间转录组、CRISPR/Cas9、Seahorse代谢分析	NMF聚类分析	基因表达数据、单细胞测序数据、空间转录组数据	468例TCGA黑色素瘤样本，单细胞RNA-seq数据集GSE215120
51	2025-10-03	Targeting tumor microenvironment with biomimetic nanovesicles for non-small cell lung cancer gene therapy 2025-Oct-01, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03684-5 PMID:41035023	研究论文	本研究开发了一种仿生纳米囊泡用于非小细胞肺癌的基因治疗，通过靶向肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	首次构建了CAF膜包被的siRNA递送系统，特异性靶向ACTN1基因用于NSCLC治疗	CAF-癌细胞相互作用的精确机制仍不完全清楚	开发靶向肿瘤微环境的基因治疗策略，改善非小细胞肺癌治疗效果	非小细胞肺癌细胞和癌症相关成纤维细胞	生物医学工程	肺癌	单细胞测序，siRNA基因沉默技术	仿生纳米囊泡递送系统	基因表达数据，细胞功能实验数据，动物实验数据	未在摘要中明确说明具体样本数量
52	2025-10-03	Single-cell transcriptomics of organoids reveals transcriptional control of germline stem cell fate by an E2F1-TFAP2C-SOX17 positive-feedback loop in Turner syndrome 2025-Oct-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01464-0 PMID:41035077	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了特纳综合征中E2F1-TFAP2C-SOX17正反馈环路调控生殖系干细胞命运的分子机制	首次在特纳综合征类器官模型中揭示生殖系干细胞发育轨迹，并发现E2F1通过正反馈环路调控干细胞命运的新机制	研究仅限于体外类器官模型，尚未进行体内验证	探究特纳综合征患者生殖系干细胞发育的分子调控机制	特纳综合征患者来源的iPSCs、生殖系干细胞及其体细胞微环境	发育生物学	特纳综合征	单细胞转录组测序、类器官培养、基因敲除	类器官模型	单细胞RNA测序数据	特纳综合征45,XO患者来源的类器官样本
53	2025-10-03	Single-cell sequencing technology in renal cancer: insights into tumor biology and clinical application 2025-Oct-01, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00811-0 PMID:41035074	综述	本文综述单细胞测序技术在肾癌研究中的应用及其对肿瘤生物学和临床诊疗的推动作用	整合单细胞测序与空间组学技术，在单细胞水平解析肾癌异质性及肿瘤微环境的空间相互作用	未明确提及具体技术局限（如样本处理挑战或数据分析复杂度）	探讨单细胞测序技术如何促进肾癌生物学机制研究和临床转化应用	肾癌（以透明细胞肾细胞癌为主）的肿瘤细胞及肿瘤微环境	生物医学	肾癌	单细胞测序（SCS）、空间组学	NA	单细胞基因组数据、空间转录组数据	NA
54	2025-10-03	Functional diversity of disorder-specific macrophages involved in various diseases 2025-Oct-01, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00390-5 PMID:41035106	综述	本文综述了疾病特异性巨噬细胞的功能多样性及其在各种疾病中的作用机制	突破了传统的M1/M2极化模型，基于单细胞RNA测序技术揭示了疾病特异性巨噬细胞的连续转录状态和功能多样性	NA	探讨疾病特异性巨噬细胞的起源、转录调控和空间异质性，及其在疾病进展中的独特作用	巨噬细胞亚群及其在慢性感染、肿瘤、肥胖和神经退行性疾病等病理环境中的表现	免疫学	多种疾病（结核病、肿瘤、肥胖症、神经退行性疾病等）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多组学方法	NA	转录组数据、表观遗传数据	NA
55	2025-10-03	Comparative single-cell genomics of two uncultivated Naegleria species harboring Legionella cobionts 2025-Sep-30, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00352-25 PMID:40862623	研究论文	本研究通过单细胞基因组测序分析两种未培养的耐格里属阿米巴及其携带的军团菌共生物	首次在耐格里属阿米巴中发现类抗凝血酶结构域基因家族，并鉴定出与植物病原菌TAL效应子相似的军团菌新型效应子	研究对象仅限于从单一河流分离的两种未培养阿米巴物种	探索环境原生生物与胞内细菌病原体的宿主-病原体相互作用进化机制	耐格里属阿米巴原生生物及其携带的军团菌科细菌	基因组学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	从英国利姆河分离的两种未培养耐格里属阿米巴单细胞样本
56	2025-10-03	Identifying candidate genes for spermatogenic failure and predicting ICSI outcomes using single-cell RNA sequencing and protein-protein interaction networks 2025-Sep-30, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf186 PMID:41033661	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质相互作用网络，开发机器学习框架识别精子发生障碍候选基因并预测ICSI治疗结局	首次将单细胞转录组数据与PPI网络结合，利用Node2Vec网络嵌入和随机森林算法，实现了精子发生障碍基因的高效筛选和ICSI结局预测	模型训练依赖文献和数据库标注的基因标签，可能存在误分类或注释偏差；缺乏实验验证，外部队列样本量有限且多样性不足	改进精子发生障碍的基因识别方法并预测ICSI治疗结果	人类精子发生障碍患者（包括无精症、弱精症、畸形精子症）	生物信息学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、蛋白质相互作用网络分析	随机森林、Node2Vec	单细胞转录组数据、蛋白质相互作用数据、临床数据	34名精子发生障碍亚型患者
57	2025-10-03	Single-cell transcriptomic analyses provide insights into SPP1+ TAM-mediated immune suppression and CD8+ T cell dysfunction in lung cancer 2025-Sep-29, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04180-3 PMID:41021043	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞通过A2AR信号通路介导CD8+ T细胞功能失调的免疫抑制机制	首次系统比较原发性和脑转移性肺癌中SPP1+ TAM与CD8+ T细胞的相互作用，并证实抗SPP1治疗可逆转T细胞耗竭	研究主要基于单细胞测序数据和体外实验，需要进一步体内验证	探究SPP1+ TAM在肺癌免疫抑制中的作用机制及治疗潜力	肺癌原发灶和脑转移灶的免疫细胞，特别是SPP1+ TAM和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、qPCR、Western blot、共培养实验	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据、免疫荧光图像、分子生物学数据	肺癌原发和脑转移组织样本（具体数量未明确说明）
58	2025-10-03	Multi-omics analysis of ILF2 reveals its prognostic value and functional roles across pan-cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03609-6 PMID:41021104	研究论文	通过多组学分析揭示ILF2在泛癌中的预后价值和功能作用	首次对ILF2进行系统性泛癌分析，涵盖表达模式、预后意义、基因变异、免疫浸润和治疗反应等多个维度	ILF2在泛癌中的具体分子机制仍需进一步实验验证	探究ILF2在多种癌症中的生物学功能和临床意义	多种癌症类型（特别关注肝细胞癌）和ILF2基因	生物信息学	泛癌分析（特别关注肝细胞癌）	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	多种癌症类型的样本（具体数量未明确说明）
59	2025-10-03	Single-cell RNA sequencing reveals NFATc1-mediated regulatory mechanisms of vascular smooth muscle cell osteogenic transformation in the osteosarcoma microenvironment 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03606-9 PMID:41021149	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的NFATc1介导调控机制	首次在单细胞水平揭示NFATc1在骨肉瘤血管平滑肌细胞成骨转化中的关键作用及其与代谢和基质重塑的关联网络	需要功能扰动实验来建立因果关系	探究骨肉瘤微环境中血管平滑肌细胞成骨转化的调控机制	新鲜骨肉瘤组织中的血管平滑肌细胞	单细胞测序分析	骨肉瘤	单细胞RNA测序（10x Genomics Chromium平台）	k-近邻/Louvain聚类	单细胞RNA测序数据	未明确样本数量，但鉴定出9个主要细胞类别
60	2025-10-03	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing data establishes a cuproptosis-related gene predictive signature in breast cancer 2025-Sep-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03525-9 PMID:41021161	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了乳腺癌中铜死亡相关基因的预后预测模型	首次系统评估铜死亡相关基因在乳腺癌中的预后价值，并构建了基于四个关键基因的预后特征模型	研究基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	建立乳腺癌铜死亡相关基因的预后预测模型	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序、WGCNA分析	预后风险评分模型	RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌队列样本