单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-15	Targeting CIRP and IL-6R-mediated microglial inflammation to improve outcomes in intracerebral hemorrhage 2025-Sep-09, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.012 PMID:40934970	研究论文	本研究探讨神经元来源的CIRP通过IL-6R信号通路激活小胶质细胞炎症的机制，并评估靶向CIRP和IL-6R的肽抑制剂TCC的治疗潜力	首次揭示CIRP通过IL-6R/STAT3通路驱动小胶质细胞炎症反应的机制，并开发了新型双靶点肽抑制剂TCC	研究主要基于动物模型，人类临床数据仅涉及相关性分析，需进一步验证治疗策略的临床转化潜力	阐明脑出血后神经炎症机制并开发靶向治疗策略	大鼠脑出血模型、体外氧糖剥夺模型、小胶质细胞特异性IL-6Rα敲除小鼠及人类脑出血患者	神经科学	脑出血	单细胞RNA测序、肽抑制剂设计、基因敲除模型	动物疾病模型（大鼠/小鼠）及体外细胞模型	基因表达数据、行为学数据、影像学数据、临床数据	包括动物模型（具体数量未明确说明）和人类患者（数量未明确说明）的多层次样本
42	2025-09-15	METTL3 promotes ovarian cancer progression through YTHDF2-dependent degradation of GATA4 2025-Sep-09, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156224 PMID:40945198	研究论文	本研究揭示了METTL3通过YTHDF2介导的GATA4 mRNA降解促进卵巢癌进展的分子机制	首次发现METTL3-YTHDF2调控轴通过m6A修饰特异性降解GATA4 mRNA，并证实靶向该轴具有治疗潜力	机制研究主要基于体外实验，临床转化价值需进一步验证	阐明m6A修饰在卵巢癌进展中的调控机制	卵巢癌细胞及肿瘤微环境中的颗粒细胞、成纤维细胞和内皮细胞	肿瘤表观遗传学	卵巢癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、m6A修饰分析	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	NA（未明确样本数量）
43	2025-09-15	Integrating single-cell transcriptomics, molecular docking, and dynamics simulations to characterize protein kinase X-linked mechanisms in osteosarcoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147335 PMID:40907924	研究论文	本研究整合单细胞转录组学、分子对接和动力学模拟，揭示PRKX-CDC37相互作用在骨肉瘤中的机制并评估麦角胺作为抑制剂的潜力	首次通过多组学方法解析PRKX-CDC37的变构通路，并发现HIS161为中心的催化口袋作为治疗靶点	研究主要基于计算模拟和体外实验，缺乏体内验证数据	解码PRKX的激活机制并评估其作为生物标志物和治疗靶点的临床潜力	骨肉瘤细胞及PRKX-CDC37蛋白复合物	计算生物学	骨肉瘤	单细胞RNA-seq, 分子对接, 分子动力学模拟, siRNA敲低	NA	转录组数据, 蛋白质结构数据	使用GSE152048单细胞RNA-seq数据集（具体样本数未明确说明）
44	2025-09-15	OmnibusX: A unified platform for accessible multi-omics analysis 2025-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013480 PMID:40920823	研究论文	介绍OmnibusX，一个集成化、注重隐私的统一平台，用于无代码多组学数据分析	整合多种组学技术分析流程于单一应用，提供高精度细胞类型预测引擎和交互式绘图编辑器，支持本地数据处理避免外部传输	NA	降低多组学数据分析的技术门槛，增强可重复性，加速生物发现	多组学数据（包括RNA-seq、单细胞RNA-seq、ATAC-seq和空间转录组学数据）	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, spatial transcriptomics	NA	omics数据	NA
45	2025-09-15	Cytotoxic CX3CR1+ Vδ1 T cells clonally expand in an interplay of CMV, microbiota, and HIV-1 persistence in people on antiretroviral therapy 2025-Sep, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1013489 PMID:40920867	研究论文	本研究探讨了HIV-1感染者中Vδ1 γδ T细胞的克隆扩增机制及其与CMV、微生物组和HIV-1病毒库控制的关联	首次综合解析了Vδ1 T细胞在HIV-1感染者中的表型、功能、单细胞转录组和受体库，并揭示了其与CMV、微生物组及HIV-1持久性的多重相互作用	样本量较小（15名HIV-1感染者和15名对照），且仅为观察性研究，无法确定因果关系	阐明HIV-1感染者中Vδ1 T细胞扩增的驱动因素及其在控制HIV-1病毒库中的潜在作用	HIV-1感染者和HIV血清阴性对照者的血液和十二指肠上皮内淋巴细胞	免疫学	HIV-1感染	单细胞转录组测序、表型分析、功能分析、微生物组分析	NA	生物样本（血液、组织活检）、转录组数据、微生物组数据	30人（15名HIV-1感染者+15名对照）
46	2025-09-15	Repopulating Microglia Suppress Peripheral Immune Cell Infiltration to Promote Poststroke Recovery 2025-Sep, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70565 PMID:40931631	研究论文	研究通过PLX5622介导的小胶质细胞清除与再殖策略，重塑卒中后免疫微环境以促进神经功能恢复	首次发现小胶质细胞再殖可抑制外周免疫细胞浸润，并通过单细胞转录组等技术揭示其调控机制	研究基于动物模型，临床转化效果需进一步验证	开发抑制神经炎症并促进神经修复的卒中治疗新策略	缺血性卒中后的小胶质细胞及外周免疫细胞	神经免疫学	缺血性脑卒中	单细胞转录组测序、流式细胞术、细胞因子阵列、免疫荧光	NA	转录组数据、细胞表型数据、行为学数据	NA（未明确样本数量，但涉及多技术平台验证）
47	2025-09-15	Single-cell transcriptomic profiling reveals distinct tumor microenvironments in HPV-associated penile squamous cell carcinoma 2025-Sep, Precision clinical medicine IF:5.1Q1 DOI:10.1093/pcmedi/pbaf013 PMID:40936798	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了HPV阳性和阴性阴茎鳞状细胞癌肿瘤微环境的差异	首次在单细胞水平系统描绘PSCC的肿瘤微环境特征并揭示HPV状态相关的免疫微环境重塑机制	样本量较小（11例患者），且为治疗初治患者，可能限制结果的普适性	阐明HPV相关阴茎鳞状细胞癌肿瘤微环境的差异特征	11例未经治疗的阴茎鳞状细胞癌患者肿瘤组织	单细胞组学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	11例患者，52,980个单细胞
48	2025-09-15	Analysis of immune cell infiltration landscape and identification of diagnostic biomarkers in ankylosing spondylitis 2025-Sep, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0252297 PMID:40936943	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，筛选并确认了与强直性脊柱炎免疫细胞相关的诊断生物标志物	首次结合WGCNA、免疫细胞浸润分析和多组学验证手段鉴定出SBK1、HNRPR和CX3CR1作为AS的新型诊断标志物，并发现CX3CR1下调与M2巨噬细胞比例异常的关键关联	研究依赖于公共数据库的回顾性数据，样本来源和临床信息可能存在异质性；实验验证仅针对部分标志物进行	筛选和验证强直性脊柱炎的免疫细胞相关诊断生物标志物	强直性脊柱炎患者和对照组的基因表达数据及组织样本	生物信息学	强直性脊柱炎	差异表达分析，免疫细胞浸润分析，WGCNA，ROC分析，RT-qPCR，免疫荧光染色，scRNA-seq	NA	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	三个GEO数据集（GSE25101，GSE41038，GSE73754）和单细胞数据集GSE194315
49	2025-09-15	Plasma proteomic signature for preoperative prediction of microvascular invasion in HCC 2025-Sep, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101481 PMID:40823177	研究论文	本研究开发了一种基于血浆蛋白质组学的机器学习模型（PRIM），用于术前预测肝细胞癌微血管侵犯风险	首次通过血浆蛋白质组学分析鉴定出TALDO1、PDIA3和PGK1三个生物标志物，并构建了跨中心验证的高精度预测模型	样本量相对有限（160例患者），且需要进一步多中心验证	开发非侵入性生物标志物用于肝细胞癌微血管侵犯的术前预测	肝细胞癌患者血浆样本	生物信息学	肝细胞癌	数据非依赖采集质谱（DIA-MS）、ELISA、单细胞RNA测序	机器学习模型	蛋白质组学数据	160例HCC患者（80例MVI阳性，80例MVI阴性），来自4个医疗中心
50	2025-09-15	Deciphering tryptophan metabolism in colorectal cancer through multi-omics analysis 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102157 PMID:40836965	研究论文	通过多组学分析揭示色氨酸代谢在结直肠癌中的关键作用及其与肿瘤免疫微环境的关联	结合非靶向代谢组学、靶向代谢组学、单细胞RNA测序和机器学习算法，首次系统阐明色氨酸代谢促进结直肠癌免疫逃逸的机制并构建预后模型	NA	探究色氨酸代谢在结直肠癌进展和免疫微环境调控中的作用	结直肠癌组织、配对癌旁组织、单细胞转录组数据、体外共培养体系	多组学分析	结直肠癌	非靶向代谢组学、靶向代谢组学、单细胞RNA测序、机器学习、体外共培养实验	机器学习预后风险模型	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	多个独立队列的结直肠癌样本及配对癌旁组织
51	2025-09-15	Ginsenoside Rb1 attenuates coronary microvascular inflammatory injury via NDUFS4-SIRT5-DUSP1-mediated mitochondrial quality control in a murine ischemia-reperfusion model 2025-Sep, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2025.04.006 PMID:40843019	研究论文	研究人参皂苷Rb1通过NDUFS4-SIRT5-DUSP1轴调控线粒体质量控制网络，减轻小鼠缺血再灌注模型中的冠状动脉微血管炎症损伤	首次揭示人参皂苷Rb1通过NDUFS4-SIRT5-DUSP1轴调控线粒体质量控制网络，并证实其在减轻冠状动脉微血管炎症损伤中的作用机制	研究基于小鼠模型和细胞实验，临床转化价值仍需进一步验证	探究人参皂苷Rb1在缺血再灌注损伤中对内皮细胞的保护作用分子机制	小鼠模型（SIRT5CKO/TG和NDUFS4CKO/TG）及构建的细胞模型（Si-DUSP-1/ad-DUSP-1和si-SIRT5/ad-SIRT5）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组测序、基因修饰技术、荧光检测、线粒体膜电位测定、RT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	基因修饰小鼠模型及构建的细胞模型（具体数量未明确说明）
52	2025-09-15	Spatiotemporal Dynamics of Central Nervous System Diseases: Advancing Translational Neuropathology via Single-Cell and Spatial Multiomics 2025-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70328 PMID:40843131	综述	本文探讨了整合单细胞和空间多组学技术在解析中枢神经系统疾病时空动态及推动转化神经病理学发展中的潜力	提出整合scRNA-seq和空间转录组学与多组学分析，以揭示空间协调的分子网络和疾病进展中的细胞间通讯机制	面临数据整合、亚细胞空间分辨率及计算可扩展性等挑战	推动中枢神经系统疾病的分子机制解析和精准医疗发展	中枢神经系统疾病，如中风、阿尔茨海默病、帕金森病等	数字病理学	神经系统疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, 多组学分析	NA	转录组数据, 空间数据, 多组学数据	NA
53	2025-09-15	Bioinformatics and experimental approach identify DNMT3A as a diagnostic marker associated with regulated cell death patterns in psoriasis 2025-Sep, Journal, genetic engineering & biotechnology DOI:10.1016/j.jgeb.2025.100526 PMID:40854645	研究论文	本研究通过生物信息学和实验方法鉴定DNMT3A作为与银屑病调控性细胞死亡模式相关的诊断标志物	首次对银屑病中调控性细胞死亡（RCD）模式进行系统评估，并建立RCD评分系统用于诊断和免疫微环境表征	研究基于10个转录组数据集，样本来源和规模可能存在限制	探索调控性细胞死亡在银屑病中的作用机制并寻找诊断标志物	银屑病患者样本和转录组数据	生物信息学	银屑病	转录组分析，scRNA-seq，孟德尔随机化分析，机器学习	机器学习模型（具体类型未明确说明）	转录组数据，单细胞RNA测序数据	10个银屑病患者转录组数据集
54	2025-09-15	CD2-CD58 axis orchestrates cytotoxic T lymphocyte function and metabolic crosstalk in breast cancer brain metastasis 2025-Sep, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.70040 PMID:40859981	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移中对效应T细胞功能及肿瘤代谢互作的影响	首次揭示CD2-CD58轴通过调控代谢重编程（嘧啶合成和精氨酸代谢途径）影响细胞毒性T淋巴细胞功能及乳腺癌脑转移微环境重塑	NA	探究CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移中免疫细胞功能与代谢调控的作用机制	乳腺癌脑转移模型中的CD8 T细胞与肿瘤细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能实验，体内研究	NA	转录组数据	NA
55	2025-09-15	Activity and Heterogeneity of Astrocytes in Neurological Diseases: Molecular Mechanisms and Therapeutic Targets 2025-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70329 PMID:40859959	综述	本文综述了星形胶质细胞在神经系统疾病中的活性、异质性及其分子机制与治疗靶点	利用单细胞测序技术揭示星形胶质细胞亚群在疾病进展中的特异性作用，并探讨其作为精准医疗靶点的潜力	NA	阐明星形胶质细胞在神经系统疾病中的双重角色及其治疗策略开发	中枢神经系统中的星形胶质细胞及其在多种神经疾病中的亚群	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、肌萎缩侧索硬化、缺血性卒中、脑出血、多发性硬化等神经疾病	单细胞测序	NA	分子表达数据	NA
56	2025-09-15	Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.636966 PMID:40909645	研究论文	开发Superb-seq技术，实现单细胞水平同时测量Cas9编辑结果及其对基因表达的影响	首次结合T7转录和单细胞RNA测序，在单细胞分辨率下联合检测Cas9靶向和脱靶编辑及其功能效应	研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因，尚未在其他细胞类型或全基因组范围验证	评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其对基因表达的影响	K562细胞系中的10,000个单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序, T7转录, CRISPR-Cas9编辑	NA	单细胞转录组数据	10,000个K562细胞，使用7个guide RNAs靶向4个基因
57	2025-09-15	PCK1 and ALDH1A1 are identified as biomarkers for inherent drug resistance in hepatocellular carcinoma 2025-Aug-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03481-4 PMID:40856889	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学识别肝细胞癌中与固有耐药性相关的生物标志物PCK1和ALDH1A1	首次结合单细胞测序与空间转录组学技术揭示HCC肿瘤异质性，并发现PCK1和ALDH1A1作为固有耐药性的新型生物标志物	研究样本来源于接受乐伐替尼治疗的患者，可能存在特定药物偏倚，且样本量未明确说明	探究肝细胞癌的肿瘤异质性并识别与固有耐药性相关的生物标志物	肝细胞癌患者肿瘤样本中的恶性细胞亚群	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学, 伪时序分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量的肝细胞癌患者肿瘤样本
58	2025-09-15	Single-cell RNA sequencing reveals different cellular states in malignant cells and the tumor microenvironment in primary and metastatic ER-positive breast cancer 2025-Aug-26, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00808-w PMID:40858590	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示ER阳性乳腺癌原发灶和转移灶中恶性细胞及肿瘤微环境的细胞状态差异	首次在未配对患者样本中系统比较原发与转移性ER阳性乳腺癌的单细胞转录组特征，识别转移灶中促肿瘤微环境的关键细胞亚型	样本量有限（23例患者），且为未配对样本设计	阐明ER阳性乳腺癌从原发向转移转变的遗传和分子机制	23例女性ER阳性乳腺癌患者（原发或转移灶）的单细胞转录组数据	单细胞组学	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	23例女性患者样本
59	2025-09-15	MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.19.660202 PMID:40667002	研究论文	本研究探讨MYD88突变在克隆性造血中的作用及其通过激活先天免疫通路促进炎症和造血干细胞扩张的机制	首次系统揭示MYD88突变（包括淋巴瘤相关和新变异）在普通人群和实体癌患者中促进克隆性造血的功能获得性机制	未明确说明样本规模及统计显著性，对罕见突变的全面性分析可能有限	阐明MYD88基因突变在克隆性造血（CHIP）中的致病机制及炎症促进作用	人类普通人群和初诊实体癌患者的血细胞，以及小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液肿瘤学	血液系统疾病	单细胞RNA测序，基因突变分析，IRAK1/4抑制剂干预	小鼠基因工程模型	基因组数据，转录组数据	NA
60	2025-09-15	An emergent disease-associated motor neuron state precedes cell death in a mouse model of ALS 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.21.671404 PMID:40909710	研究论文	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示ALS小鼠模型中运动神经元退化的分子机制和选择性易感性	首次发现并命名了'疾病相关运动神经元'(DAMNs)这一新型细胞状态，并鉴定了调控健康细胞向DAMNs转变的转录因子网络	研究基于SOD1-G93A ALS小鼠模型，结果向人类ALS的普适性需要进一步验证	探究肌萎缩侧索硬化(ALS)中运动神经元退化和选择性易感性的分子决定因素	SOD1-G93A ALS小鼠模型的脊髓运动神经元	神经科学	肌萎缩侧索硬化(ALS)	单核转录组测序、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据	ALS小鼠模型的脊髓运动神经元（具体数量未在摘要中说明）