单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-22	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，揭示了水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间的通讯和适应性变化来应对不同的土壤条件	研究仅针对水稻，可能不适用于其他植物	探究根部组织在单细胞尺度上如何适应不同的土壤条件和压力	水稻根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
42	2025-06-22	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	通过多代单细胞追踪技术研究DNA复制和遗传性DNA损伤如何导致细胞异质性	结合内源性标记蛋白和定制计算工具，首次实现了多代细胞中DNA复制模式和遗传性DNA损伤的同时追踪	研究仅追踪了最多四代细胞，可能无法完全反映长期癌症发展过程中的细胞变化	解析致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	异步生长的多代细胞系	单细胞分析	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	单细胞追踪数据、转录组数据	多代细胞系（最多四代）
43	2025-06-22	Narrowing Down Key Players in Autoimmunity via Single-Cell Multiomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451233 PMID:40534591	综述	本文综述了单细胞多组学技术在自身免疫性疾病研究中的应用及其对疾病机制的揭示	利用单细胞多组学技术识别疾病相关细胞状态和细胞通讯网络，包括与特定自身免疫易感基因位点相关的网络	未提及具体的技术瓶颈或研究限制	探讨自身免疫性疾病的分子机制和效应细胞	T细胞和B细胞及其抗原受体	生物医学	自身免疫性疾病	单细胞多组学技术	NA	单细胞数据	NA
44	2025-06-22	MIC-Drop-seq: Scalable single-cell phenotyping of mutant vertebrate embryos 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656468 PMID:40502104	研究论文	介绍了一种名为MIC-Drop-seq的新技术，用于在斑马鱼胚胎中进行高通量基因破坏和单细胞RNA测序，以大规模绘制基因功能	结合了高通量基因破坏和多重单细胞RNA测序技术，能够在单个实验中同时靶向50个转录调节因子，并在1000个斑马鱼胚胎中进行表型分析	技术主要应用于斑马鱼胚胎，可能在其他生物系统中的适用性尚未验证	开发一种可扩展的平台，用于在脊椎动物发育中以细胞分辨率绘制基因功能	斑马鱼胚胎	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、多重混合CRISPR液滴(MIC-Drop-seq)	NA	基因表达数据	1000个斑马鱼胚胎，靶向50个转录调节因子
45	2025-06-22	Apoptosis inhibition reprograms alveolar myofibroblasts toward ductal myofibroblasts 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.26.654588 PMID:40492191	研究论文	研究通过抑制肺泡肌成纤维细胞（AMFs）的凋亡，揭示了其向导管肌成纤维细胞（DMFs）的转化过程	首次通过诱导BCL2过表达抑制AMFs凋亡，发现AMFs能够成熟为DMFs，并展示了肺间充质细胞的命运可塑性和病理生理趋同性	缺乏直接的实验证据证明AMFs的凋亡清除机制	探究肺泡肌成纤维细胞的凋亡抑制对其命运和功能的影响	肺泡肌成纤维细胞（AMFs）和导管肌成纤维细胞（DMFs）	细胞生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	使用三种独立的Cre驱动小鼠模型
46	2025-06-22	Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability 2025-May-12, ArXiv PMID:40463696	research paper	提出了一种利用大语言模型和单细胞转录组学数据生成生物上下文细胞嵌入的新框架	结合NCBI基因数据库的基因特异性文本注释和大语言模型，生成生物上下文细胞嵌入，提高了细胞类型聚类、细胞脆弱性分析和轨迹推断的可解释性	未提及具体的数据集验证效果或模型性能的局限性	通过单细胞水平测序数据理解细胞身份和功能	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集中的细胞	computational biology	NA	scRNA-seq, LLMs	text-embedding-ada-002, textembedding-3-small, text-embedding-3-large, BioBERT, SciBERT	单细胞RNA测序数据和NCBI基因描述文本	未提及具体样本数量
47	2025-06-22	SCassist: An AI Based Workflow Assistant for Single-Cell Analysis 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.650107 PMID:40492199	研究论文	介绍了一个名为SCassist的R包，利用大型语言模型（LLM）来简化和增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析	首次将大型语言模型（LLM）集成到scRNA-seq数据分析流程中，提供智能化的参数推荐和结果解释	未提及具体性能评估或与其他工具的对比结果	简化scRNA-seq数据分析流程，降低技术门槛	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	LLM（包括Gemini、GPT和Llama3）	单细胞RNA测序数据	NA
48	2025-06-22	nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf089 PMID:40438146	research paper	介绍了一个用于MARS-seq实验的系统预处理管道nf-core/marsseq，旨在标准化MARS-seq分析并提高其适用性	基于nf-core框架改进了MARS-seq2.0管道，简化了执行流程，增加了透明度和可扩展性，并实现了RNA速度估计的自定义工作流程	未明确提及具体限制，但暗示了数据格式可能限制了分析的广度	标准化MARS-seq分析并提高其适用性，特别是对RNA速度的研究	MARS-seq实验数据	生物信息学	NA	MARS-seq2.0, RNA速度估计	NA	scRNA-seq数据	NA
49	2025-06-22	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	本文提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积分析	ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	NA	提高空间转录组数据中细胞类型分布的解析精度	空间转录组数据和参考数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组技术	ReSort	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型
50	2025-06-22	Zileuton protects against arachidonic acid/5-lipoxygenase/leukotriene axis-mediated neuroinflammation in experimental traumatic brain injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516836 PMID:40538546	research paper	该研究探讨了5-脂氧合酶（5-LOX）在创伤性脑损伤（TBI）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了5-LOX在TBI中的具体作用机制，并验证了zileuton通过抑制5-LOX减轻神经炎症和脑损伤的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究5-LOX在TBI病理生理学中的作用及其治疗潜力	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	RNA-seq分析、RT-PCR、免疫细胞化学、Western blotting、单细胞测序、液相色谱质谱/质谱、酶联免疫吸附试验	小鼠TBI模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量，但使用了假手术组和TBI组的小鼠脑组织样本
51	2025-06-22	EPHX2 overexpression deters the advancement of clear cell renal cell carcinoma via lipid metabolism reprogramming 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1541429 PMID:40538850	研究论文	本研究探讨了EPHX2在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)进展中的机制作用及其通过脂质代谢重编程抑制肿瘤生长的潜力	首次整合机器学习方法分析EPHX2在ccRCC中的作用，并通过实验验证其过表达对肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力的抑制作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证	阐明EPHX2在ccRCC进展中的机制作用	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)细胞系786-O和ACHN	肿瘤学	肾癌	转录组分析、慢病毒转染技术	机器学习模型	转录组数据	TCGA和GEO数据库中的ccRCC样本数据，以及786-O和ACHN细胞系
52	2025-06-22	Single Cell and Transcriptomic Analysis of Regulatory Mechanisms of Key Genes in Systemic Lupus Erythematosus 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S522871 PMID:40539001	研究论文	该研究通过整合单细胞和转录组数据，识别出系统性红斑狼疮（SLE）发病机制中的六个关键基因，并强调了记忆B细胞的核心作用	整合单细胞和转录组数据识别关键基因，揭示了记忆B细胞在SLE中的核心作用	样本量较小（6名SLE患者和6名对照）	理解系统性红斑狼疮的发病机制	系统性红斑狼疮患者和对照组的血液样本	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 转录组分析, ssGSEA, 甲基化分析, PPI网络构建	NA	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	6名SLE患者和6名对照
53	2025-06-22	High-expression of BCL10 inhibits cell-mediated immunity within the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616321 PMID:40539049	研究论文	本研究探讨了BCL10在肿瘤免疫微环境中对免疫细胞的影响及其与免疫抑制的关系	首次系统研究了BCL10在肿瘤免疫微环境中的作用，揭示了其通过NF-κB信号通路和PD-1上调导致CD8+T细胞耗竭的机制	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步人类临床试验验证	探究BCL10在肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫细胞功能的影响	BCL10蛋白、肿瘤免疫微环境中的免疫细胞(CD8+T细胞、CD4+Th1细胞、NK T细胞等)	肿瘤免疫学	宫颈鳞状细胞癌(CESC)	生物信息学分析(xCELL, CIBERSORT, QUANTISEQ, MCPcounter)、单细胞RNA测序、小鼠模型	植入性CESC小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的肿瘤样本、GEO数据库中的单细胞RNA测序数据、小鼠模型
54	2025-06-22	Integrated machine learning and single-cell RNA sequencing reveal COL4A2 and CXCL6 as oxidative stress-associated biomarkers in periodontitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1598642 PMID:40539067	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞RNA测序技术，揭示了COL4A2和CXCL6作为牙周炎氧化应激相关生物标志物的潜在作用	首次结合机器学习和单细胞RNA测序技术鉴定牙周炎氧化应激相关生物标志物，并验证其在特定细胞亚群中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，尚未进行临床样本的大规模验证	探索氧化应激与牙周炎发病机制的关联，并寻找潜在的诊断生物标志物和治疗靶点	牙周炎患者的牙龈组织转录组数据及大鼠牙周炎模型	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 基因集富集分析(GSEA)	机器学习算法(未指定具体模型)	RNA测序数据	未明确说明人类样本数量，包含大鼠模型数据
55	2025-06-22	Single-cell sequencing reveals dysregulated cell type perturbations and critical mediator communication remodelling in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557564 PMID:40539065	研究论文	通过单细胞测序技术揭示结直肠癌中细胞类型扰动和关键介质通讯重塑的失调	识别了具有增殖和侵袭特征的上皮亚群，以及髓系细胞的终末状态ActMono，并揭示了galectin信号在免疫调节中的关键作用	样本量相对较小（41例CRC样本），且仅基于转录组数据进行分析	研究结直肠癌的细胞异质性和免疫微环境，识别关键亚群、功能通路和预后生物标志物	结直肠癌（CRC）患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序	预后模型（CRS）	转录组数据	41例CRC样本
56	2025-06-22	Cellular hierarchy framework based on single-cell and bulk RNA sequencing reveals fatty acid metabolic biomarker MYDGF as a therapeutic target for ccRCC 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615601 PMID:40539074	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示脂肪酸代谢生物标志物MYDGF作为ccRCC治疗靶点的细胞层次框架	结合单细胞测序和空间转录组学，重新定义了与ccRCC中脂肪酸代谢增加相关的基因集，并发现MYDGF等四个候选基因与ccRCC进展相关	未明确说明样本量是否足够大以覆盖ccRCC的异质性	探索脂肪酸代谢重编程对ccRCC异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和恶性上皮细胞	数字病理学	肾癌	单细胞测序, 空间转录组学, RNA-seq	机器学习算法	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
57	2025-06-22	Single-cell RNA seq data analysis reveals molecular markers and possible treatment targets for laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC): an in-silico approach 2025, In silico pharmacology DOI:10.1007/s40203-025-00382-w PMID:40539082	研究论文	通过单细胞RNA测序数据分析揭示喉鳞状细胞癌的分子标志物和潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示喉鳞状细胞癌的细胞异质性，并识别出与癌症进展相关的关键基因和通路	研究基于计算机模拟方法，需进一步实验验证	探索喉鳞状细胞癌的诊断和治疗靶点	喉鳞状细胞癌(LSCC)	数字病理学	喉癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	GSE252490数据集中的单细胞RNA测序数据
58	2025-06-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究探讨了HGF-Met信号在肾脏上皮小管相互连接中的作用	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合的机制，且这一过程独立于细胞增殖	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人体组织中验证	阐明上皮小管吻合的分子机制	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎肾脏样本
59	2025-06-22	Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response 2024-12-03, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c08490 PMID:39563529	研究论文	研究mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的免疫原性及其对炎症反应的影响	揭示了两种不同的炎症基因表达程序（炎症性Class A和非炎症性Class B），并发现SM-102介导的炎症趋化因子表达	未提及具体样本量，且研究局限于肌肉组织和脾脏细胞的反应	评估mRNA/LNP的佐剂性及其在疫苗和治疗中的设计框架	肌肉组织和脾脏细胞	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
60	2025-06-22	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	meta-analysis	通过单细胞RNA测序元分析揭示基于趋化因子的细胞通讯在免疫疾病中的作用	揭示了疾病特异性和共有的免疫细胞趋化和外渗模式，为开发靶向治疗提供了新视角	依赖于公开可用的scRNA-seq数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	解析免疫细胞迁移中涉及的疾病特异性细胞间通讯	多种免疫疾病（如特应性皮炎、慢性阻塞性肺病等）及其影响的器官（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涵盖多种免疫疾病和组织的公开scRNA-seq数据集