单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-09-23	Efferocytosis and M2 Macrophage Polarization Gene Expression Correlates With Relapsed and Refractory Classical Hodgkin Lymphoma Patients: A Multi-Omic Analysis 2025-Sep, Hematological oncology IF:3.3Q2 DOI:10.1002/hon.70135 PMID:40976706	研究论文	通过多组学分析揭示霍奇金淋巴瘤中HRS细胞与M2巨噬细胞的相互作用机制及其与治疗耐药性的关联	首次开发37基因HRS细胞特征用于单细胞识别，发现胞葬作用通路富集与M2巨噬细胞极化是治疗失败的关键预测因子	样本量有限（130例患者），需进一步验证模型在独立队列中的普适性	探究经典霍奇金淋巴瘤治疗失败的微环境机制	130例cHL患者样本及U-HO1细胞系	生物信息学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、CIBERSORT去卷积、CellPhoneDB互作分析	岭回归模型（Ridge Regression）	基因表达数据、单细胞测序数据	130例cHL患者样本的单细胞和批量转录组数据
42	2025-09-23	High-Fat and High-Sugar Diet Induces Murine Premature Ovarian Failure by Promoting Mitochondrial Oxidative Phosphorylation Response 2025-Sep, Food science & nutrition IF:3.5Q2 DOI:10.1002/fsn3.70973 PMID:40979580	研究论文	通过单细胞RNA测序和分子病理学技术系统分析高脂高糖饮食诱导的小鼠卵巢早衰机制	首次应用单细胞RNA测序技术分析高脂高糖饮食小鼠卵巢微环境，并验证氧化磷酸化信号通路在卵巢早衰中的作用机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究高脂高糖饮食诱导卵巢早衰的分子机制	C57BL/6小鼠卵巢组织	分子病理学	卵巢早衰	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、ELISA、免疫荧光染色、qPCR	NA	单细胞转录组数据、病理学数据	实验组和对照组小鼠卵巢组织样本
43	2025-09-23	A comprehensive comparison on clustering methods for multi-slice spatially resolved transcriptomics data analysis 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf471 PMID:40966657	研究论文	对多切片空间转录组数据的聚类方法进行全面比较研究	首次系统评估七种单切片和四种多切片聚类方法在模拟和真实数据集上的性能，并研究预处理技术对聚类效果的影响	仅评估了特定数量的聚类方法，可能未涵盖所有现有技术	比较不同聚类方法在多切片空间转录组数据分析中的性能	空间转录组数据（包含模拟数据集和真实数据集）	生物信息学	NA	空间转录组技术	聚类算法（包括PASTE、Harmony等预处理方法）	空间转录组数据	两个模拟数据集和四个真实数据集
44	2025-09-23	scHSC: enhancing single-cell RNA-seq clustering via hard sample contrastive learning 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf485 PMID:40977264	研究论文	提出一种基于困难样本对比学习的深度学习方法scHSC，用于提升单细胞RNA测序数据的聚类性能	通过困难样本挖掘和对比学习，同时整合基因表达和细胞间拓扑结构信息，采用自适应权重策略结合ZINB模型	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和细胞类型注释效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型、ZINB模型	基因表达数据	18个单细胞RNA测序真实数据集
45	2025-09-23	A comparative transcriptomic analysis at single-cell resolution reveals acral melanoma features distinct from cutaneous melanoma 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.09 PMID:40979667	研究论文	通过单细胞转录组测序比较肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤的分子特征差异	首次在单细胞分辨率下系统比较AM与CM的转录组差异，发现具有雪旺细胞特性的MPZ+黑色素瘤细胞亚群在AM中的关键作用	样本量相对有限（39例AM和18例CM），需要更大规模验证	揭示肢端黑色素瘤与皮肤黑色素瘤在分子水平上的差异特征	肢端黑色素瘤和皮肤黑色素瘤患者组织样本	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生物信息学分析（细胞聚类、差异基因表达、细胞通讯网络）	单细胞转录组数据	39例肢端黑色素瘤患者和18例皮肤黑色素瘤病例
46	2025-09-23	SMOC2 high myofibroblastic cancer-associated fibroblast drives primary cilia-associated tumor microenvironment remodeling and poor prognosis in gastric cancer 2025-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.04.12 PMID:40979668	研究论文	本研究通过整合多组学数据定义了胃癌中原纤毛亚型，建立了预后标志物PCS，并发现SMOC2高表达的肌成纤维样癌症相关成纤维细胞是驱动肿瘤微环境恶化的关键因素	首次系统鉴定胃癌中原纤毛亚型，建立多机器学习算法整合的预后标志物PCS，并通过单细胞测序发现SMOC2高表达mCAF新亚群	研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性临床试验验证PCS的临床实用性	定义胃癌原纤毛亚型并建立预后标志物，为个性化治疗提供策略	胃癌患者组织样本和细胞系	数字病理学	胃癌	转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA分析、细胞培养、异种移植模型	多机器学习生存分析框架（包含10种算法）	基因表达数据	超过1500例胃癌样本的多队列数据
47	2025-09-23	A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114 PMID:40782349	研究论文	通过单细胞空间转录组技术揭示嗜碱性粒细胞-成纤维细胞炎症轴在2型皮肤炎症中的关键调控作用	首次建立小鼠2型皮肤炎症的单细胞时空图谱，发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎成纤维细胞的新型炎症环路	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	解析慢性炎症性皮肤病的细胞相互作用机制	小鼠皮肤组织细胞（39种细胞类型）	单细胞生物学	特应性皮炎	MERFISH、scRNA-seq	动物模型（MC903和oxazolone诱导的小鼠皮炎模型）	单细胞空间转录组数据	约430,000个细胞
48	2025-09-23	Evolutionary trends in the emergence of skeletal cell types 2025-Aug, Evolution letters IF:3.4Q2 DOI:10.1093/evlett/qraf012 PMID:40980705	研究论文	通过整合基因组系统发生分层与单细胞转录组学，探索骨骼细胞类型特异性基因表达程序的进化趋势	挑战关于脊椎动物骨骼结构进化的传统观点，提出软骨内骨化和软骨细胞肥大可能在颌口类最后共同祖先中已进化形成	NA	探究谱系特异性基因的出现如何促进骨骼细胞类型特异性基因表达程序的组装	成骨细胞、肥大软骨细胞和未成熟软骨细胞	进化生物学	NA	基因组系统发生分层、单细胞转录组学	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
49	2025-09-23	Uncovering Functional Gene Regulatory Networks in Bulk and Single-Cell Data through Robust Transcription Factor Activity Estimation and Model-Guided Experimental Validation 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.09.658650 PMID:40661601	研究论文	提出MERLIN+P+TFA新方法，通过稳健的转录因子活性估计和模型指导的实验验证重构基因调控网络	采用先验知识引导的稀疏正则化方法，在酵母和哺乳动物系统中显著提升批量与单细胞数据的GRN推断质量	需要生成特定背景的金标准数据以更准确评估网络推断效果	开发能准确重构基因组尺度基因调控网络的计算方法	酵母和哺乳动物系统（包括小鼠胚胎干细胞）的基因表达数据	系统生物学	NA	scRNA-seq、基因调控网络推断	MERLIN+P+TFA（基于正则化模型的算法）	基因表达数据（批量和单细胞）	实验验证了58个小鼠胚胎干细胞状态关键调控因子
50	2025-09-23	Monocyte-Derived Macrophages-Synovial Fibroblasts Crosstalk Unravels Oncostatin Signaling Network as a Driver of Synovitis in Osteoarthritis 2025-Jul-07, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43299 PMID:40621694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示骨关节炎中巨噬细胞亚群与滑膜成纤维细胞通过Oncostatin M信号通路驱动滑膜炎的机制	首次系统解析骨关节炎滑膜中巨噬细胞亚群的异质性、起源命运及其与基质细胞的通讯网络，发现OSM/OSMR信号轴是关键驱动通路	研究样本量有限（4例OA患者），主要基于小鼠模型发现需进一步临床验证	探究骨关节炎中巨噬细胞亚群的异质性、起源及其与滑膜微环境的相互作用机制	小鼠胶原酶诱导骨关节炎模型和OA患者的滑膜细胞、CD14+巨噬细胞	单细胞组学	骨关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、遗传命运图谱、成像质谱流式技术	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	小鼠CiOA模型+4例OA患者样本
51	2025-09-23	Statistical significance of clustering for count data 2025-Jul-03, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf120 PMID:40971569	研究论文	提出了一种用于评估计数数据聚类显著性的新方法SigClust-DEV	开发了专门针对计数数据的聚类显著性评估方法，解决了现有方法在离散数据上统计效能不足的问题	方法主要针对计数数据设计，在其他数据类型上的适用性需要进一步验证	开发适用于计数数据的聚类显著性评估方法	基因组学计数数据和癌症患者电子健康记录	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SigClust-DEV	计数数据	通过模拟实验和真实数据集（Hydra单细胞RNA测序数据和癌症患者EHR数据）验证
52	2025-09-23	A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.03.646654 PMID:40236139	研究论文	开发用于从胚胎尺度单细胞测序数据推断遗传需求的统计框架和软件工具	利用单细胞数据中的细胞类型协变模式来推断发育过程中基因和细胞间的依赖关系	NA	建立计算框架来解析遗传扰动对细胞命运的直接影响	斑马鱼胚胎的单细胞图谱数据	生物信息学	NA	单细胞测序	统计框架	单细胞测序数据	数千个经过扰动的斑马鱼胚胎的百万级细胞数据
53	2025-09-23	Linking Skin and Joint Inflammation in Psoriatic Arthritis through Shared CD8+ T Cell Clones 2025-Jun-17, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43286 PMID:40528683	研究论文	通过单细胞测序技术揭示银屑病关节炎患者皮肤与关节中CD8+ T细胞克隆的共享机制	首次在单细胞水平证实皮肤与关节炎症通过共享CD8+ T细胞克隆相互关联	样本量较小（仅6例皮肤样本），空间转录组数据有限	验证银屑病关节炎中皮肤与关节炎症通过CD8+ T细胞表型和克隆性相互关联的假说	银屑病关节炎患者的皮肤组织、滑膜组织和滑液样本	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序、空间转录组学、T细胞受体谱分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	6例皮肤样本（配对的5例滑膜组织样本和/或5例滑液样本），1例配对皮肤-滑膜活检样本，4例非配对活检样本
54	2025-09-23	New insights into the effects of PFOS exposure on rat lung development: morphological, functional, and single-cell sequencing analysis 2025-06, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-025-04014-2 PMID:40128328	研究论文	本研究通过形态学、功能学和单细胞测序分析，探讨产前PFOS暴露对大鼠后代肺发育的影响	首次结合单细胞RNA测序技术系统揭示PFOS对肺细胞组成和免疫应答的调控机制，发现Fam111a上调和Stk35下调等新型分子标志物	研究仅限于大鼠模型，未验证人类相关性；剂量设置虽覆盖环境暴露水平，但长期效应仍需进一步观察	阐明PFOS暴露对肺发育的细胞分子机制及长期健康风险	妊娠期大鼠及其后代幼鼠的肺组织	毒理学	肺发育异常	单细胞RNA测序、肺功能检测、形态学分析	动物模型	基因表达数据、生理指标数据、形态学数据	妊娠大鼠按0/0.01/0.1/1mg/kg/day四个剂量组暴露，在出生后0/4/14/21/60天五个时间点检测
55	2025-09-23	Longitudinal single cell RNA-sequencing reveals evolution of micro- and macro-states in chronic myeloid leukemia 2025-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653262 PMID:40661452	研究论文	通过纵向单细胞RNA测序研究慢性髓系白血病中微观和宏观转录状态的演化规律	首次结合状态转换理论揭示单细胞水平连续转录微状态如何聚合形成临床相关的宏观疾病表型	研究主要聚焦慢性髓系白血病模型，在其他癌症类型的普适性需进一步验证	解析单细胞与批量转录组数据在疾病状态识别中的信息差异	慢性髓系白血病（CML）的细胞群体	单细胞基因组学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	状态转换理论模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
56	2025-09-23	INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.02.651831 PMID:40654897	研究论文	开发INLAomics框架，用于整合空间转录组和蛋白质组数据，在保留空间背景的同时提升可解释性和计算效率	提出首个基于多元分层贝叶斯框架的空间多组学整合方法，通过组织学特征和潜在空间因子建模蛋白质表达	未明确说明方法在处理超大规模数据集时的具体性能上限	开发可扩展且可解释的空间多组学数据整合方法	空间转录组数据和抗体蛋白质组数据	生物信息学	NA	空间转录组学、抗体蛋白质组学、贝叶斯统计	分层贝叶斯模型	空间多组学数据	多个不同数据集（具体样本数量未说明）
57	2025-09-23	Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging 2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.04.652093 PMID:40654944	研究论文	通过时空组学分析揭示热量限制对哺乳动物大脑衰老的分子机制	首次整合单细胞核基因组学和空间转录组学技术，在区域特异性和细胞类型特异性分辨率下系统解析热量限制的抗衰老机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类大脑中验证	阐明热量限制延缓大脑衰老的精确分子和细胞机制	小鼠大脑组织	基因组学	神经退行性疾病	单细胞核基因组学、空间转录组学	NA	基因组数据、空间转录组数据	36个小鼠大脑的50万个细胞，12个老年小鼠脑切片
58	2025-09-23	Spatially resolved transcriptomic profiling for glomerular and tubulointerstitial gene expression in C3 glomerulopathy 2025-May, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfaf139 PMID:40416397	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析C3肾小球病的肾小球和肾小管间质基因表达特征	首次应用空间转录组学技术对C3G进行亚结构特异性基因表达谱分析，并发现补体C3与细胞外基质通过CD11c的潜在相互作用机制	样本量较小（仅3例C3G病例），且为回顾性研究设计	探究C3肾小球病的亚结构特异性转录组特征及其病理机制	人类肾脏活检组织样本（C3G患者、供体对照和其他肾小球肾炎疾病对照）	空间转录组学	肾脏疾病/C3肾小球病	空间转录组学（GeoMx Digital Spatial Profiler）、体外细胞共培养验证	NA	空间转录组数据、基因表达数据	3例C3G病例、7例供体对照、41例其他肾小球肾炎疾病对照
59	2025-09-23	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	研究论文	提出CellSP计算框架，用于识别和可视化亚细胞空间转录组数据中的功能模块	首次提出'基因-细胞模块'概念，能够识别跨细胞一致的亚细胞mRNA空间分布模式	NA	开发亚细胞空间转录组数据的模式识别和可视化工具	小鼠脑组织、肾癌与健康样本、阿尔茨海默病模型	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	计算框架	空间转录组数据	多种组织类型和技术平台的数据集
60	2025-09-23	High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646189 PMID:40291712	研究论文	提出DeepDETAILS深度学习框架，通过跨模态解卷积从批量测序数据重构细胞类型特异性基因组信号	首次实现基于scATAC-seq参考库对其他批量组学数据进行碱基对精度的跨模态解卷积	依赖scATAC-seq参考数据的质量和可用性	开发高分辨率细胞类型特异性转录调控过程重建方法	人类组织样本和细胞类型	计算生物学	原发性硬化性胆管炎	scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习框架	基因组测序数据	39种人类组织和86种细胞类型