单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-18	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jun-13, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	该研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态相互作用的神经元及其转录响应	首次在单个神经元水平上揭示了饥饿状态下睡眠调节的转录变化，并鉴定出多个调控睡眠-代谢相互作用的关键基因	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，结果在高等动物中的普适性有待验证	探究睡眠与代谢状态相互作用的细胞机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	RNA测序数据	喂食和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
42	2025-06-18	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	research paper	该研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)中EZH2抑制和5-氮杂胞苷通过激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了PTEN缺陷通过ERV-MAVS-IFN通路失调抑制I型干扰素反应的机制，并开发了EZH2i与5-AZA联合治疗的新策略	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新的联合治疗方案	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
43	2025-06-18	Exercise alters transcriptional profiles of senescence and gut barrier integrity in intestinal crypts of aging mice 2025-Jun-13, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00242-z PMID:40514364	research paper	研究探讨了运动如何通过影响衰老小鼠肠道隐窝中的转录组来延缓肠道干细胞衰老并改善肠道屏障功能	首次在衰老小鼠模型中系统揭示了运动通过调控DNA复制、细胞周期及Wnt信号通路等多途径抑制肠道干细胞衰老的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究运动对衰老过程中肠道干细胞功能维持的影响机制	衰老小鼠的肠道隐窝细胞（包括肠道干细胞、过渡扩增细胞和潘氏细胞）	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	衰老小鼠模型（具体数量未明确说明）
44	2025-06-18	Resolving spatial subclonal genomic heterogeneity of loss of heterozygosity and extrachromosomal DNA in gliomas 2025-Jun-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59805-z PMID:40514380	研究论文	该研究通过整合空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序和批量RNA测序技术，解析了胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织	开发了一个综合框架来识别胶质瘤中染色体外DNA（ecDNA）的局部扩增和亚克隆肿瘤异质性，揭示了ecDNA在快速扩增癌基因和增强肿瘤适应性中的作用	样本量较小（初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤），可能限制结果的普遍性	解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织，以理解驱动发病机制的分子和细胞过程	胶质瘤（包括不同病理类型的11例初始队列和6例高级别胶质母细胞瘤复制队列）	基因组学	胶质瘤	空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序、批量RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤
45	2025-06-18	Gαi3: a crucial biomarker and therapeutic target in bladder cancer 2025-Jun-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00989-4 PMID:40514424	研究论文	本研究探讨了Gαi3在膀胱癌中的表达、功能及其机制，揭示了其作为生物标志物和治疗靶点的重要性	首次发现Gαi3在膀胱癌中过度表达，并通过单细胞测序数据确认其在膀胱癌上皮细胞中的表达，同时揭示了Gαi3通过Akt-mTOR通路促进癌症进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究Gαi3在膀胱癌中的作用及其潜在的治疗应用	膀胱癌细胞和组织	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	多种膀胱癌细胞系和裸鼠异种移植模型
46	2025-06-18	Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Jun-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02970-w PMID:40514625	research paper	本研究通过多种生物信息学方法识别与肝内胆管癌肿瘤微环境中耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物	整合BayesPrism去卷积、WGCNA和SMR方法，结合单细胞RNA测序数据，发现与耗竭CD8+T细胞相关的关键基因	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量未明确说明	寻找肝内胆管癌肿瘤微环境中的生物标志物和治疗靶点	肝内胆管癌肿瘤微环境中的细胞亚群，特别是耗竭CD8+T细胞	生物信息学	肝内胆管癌	scRNA-seq, WGCNA, Mendelian randomization, BayesPrism	NA	基因表达数据	NA
47	2025-06-18	Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer 2025-Jun-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03843-6 PMID:40514677	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肝癌中肝脏昼夜节律基因的广泛失调，并开发了一个基于四个关键基因的预后预测模型	首次将昼夜节律基因失调与肝癌进展联系起来，并发现RBM17通过促进癌症干细胞表型影响肝癌进展和顺铂耐药性	未明确说明样本量大小，且机制研究可能还不够全面	阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制，并开发预后预测模型	肝癌及其与昼夜节律基因的关系	癌症研究	肝癌	多组学分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	预后预测模型	转录组数据	NA
48	2025-06-18	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2025-Jun-12, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	research paper	介绍了一个名为MatriCom的scRNA-Seq数据挖掘工具，用于推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统	开发了一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用	NA	推断ECM组件之间以及不同细胞群体与ECM之间的通信	scRNA-Seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
49	2025-06-18	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2025-Jun-12, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	本研究通过单核和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，以及这些细胞在招募中性粒细胞中的作用	首次在Sweet综合征皮肤中识别出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在招募中性粒细胞中的不同作用	研究依赖于存档的临床皮肤样本，可能限制了样本的新鲜度和实验的灵活性	定义Sweet综合征皮肤的细胞和分子景观，并探索其与其他中性粒细胞性皮病的区别	Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照者的皮肤样本	数字病理学	Sweet综合征	单核转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	来自Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照者的存档临床皮肤样本
50	2025-06-18	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	介绍了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	提出了一种新的贝叶斯融合建模框架，能够在局部和全局水平上估计分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	NA	解决空间组学数据中检测空间变化共表达的统计方法不足的问题	空间组学数据集中的分子共表达	空间组学	癌症	空间转录组学和质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA
51	2025-06-18	Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development 2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2501392122 PMID:40460128	研究论文	利用单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成能力的细胞亚型异质性	通过单分子荧光原位杂交和单细胞RNA测序技术，首次揭示了胎儿Leydig细胞在类固醇生成过程中的异质性和非同步性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素产生的贡献	小鼠胎儿睾丸中的Leydig细胞和其他间质细胞	单细胞生物学	NA	sm-FISH, scRNA-seq	NA	单细胞基因表达数据	胚胎期13天至围产期小鼠睾丸样本
52	2025-06-18	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	research paper	本文提出了一种名为TORC的策略，用于构建单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别的参考数据	开发了目标导向的参考数据构建方法（TORC），解决了参考数据与目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异问题	未提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟和真实数据分析
53	2025-06-18	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-09, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c02111 PMID:40489257	研究论文	本文介绍了一种名为nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高效条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行条形码标记，提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中的局限性	未明确提及具体局限性	开发一种高效、稳定的样本多重检测方法，以降低scRNA-seq的成本和批次效应	培养细胞系和组织消化物中的异质细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）技术	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物和肥胖啮齿动物脂肪组织样本
54	2025-06-18	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示了表达GPNMB的巨噬细胞在肌肉再生中的重要作用	发现了一个表达GPNMB的巨噬细胞亚群，该亚群在巨噬细胞介导的肌肉再生中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	不同时间点的骨骼肌单细胞
55	2025-06-18	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	研究论文	探讨骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用及其与免疫性再生障碍性贫血（AA）的关系	揭示了CSF-1R抑制在小鼠模型中加剧BMF的机制，并发现人类AA患者中M1样单核细胞表型的转变	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	研究髓系细胞在免疫性骨髓衰竭中的作用及其对疾病发展的影响	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血患者	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠模型和人类AA患者样本
56	2025-06-18	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-03, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	research paper	该研究通过多组学分析探讨了食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究依赖于外部单细胞RNA测序和批量RNA测序研究的验证，可能存在样本选择偏差	解析EAC的疾病进展和治疗反应	原发性及转移性EAC肿瘤	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-nuclei transcriptomic and chromatin accessibility sequencing, spatial profiling, single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data, spatial profiling data	一组原发性及转移性EAC肿瘤样本，并在三个外部单细胞RNA测序研究和三个批量RNA测序研究中验证
57	2025-06-18	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，通过液滴微流控技术提升单细胞多模态测序的通量和适应性	UDA-seq通过后索引步骤增强通量，并系统性地适配现有的基于液滴的单细胞多模态方法，解决了现有方法需要针对单个模态定制协议的问题	NA	开发一种通用的单细胞多模态测序工作流程，以平衡成本、可扩展性、鲁棒性和可访问性	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	单细胞测序	癌症	液滴微流控技术，单细胞多模态测序	NA	单细胞RNA、VDJ、染色质和CRISPR扰动数据	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
58	2025-06-18	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-Jun, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	研究论文	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在阴道分娩损伤诱导的压力性尿失禁（SUI）大鼠模型中的治疗机制	首次在单细胞分辨率下探索MAP疗法对SUI的治疗机制，揭示了其对细胞增殖、肌肉再神经支配及细胞衰老的调控作用	研究基于动物模型，结果可能无法直接外推到人类	探索MAP疗法治疗SUI的分子机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学	压力性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理研究	SUI大鼠模型	单细胞转录组数据、生理功能数据	未明确说明样本数量（SUI大鼠模型）
59	2025-06-18	Low-dose interleukin-2 induces clonal expansion of BACH2-repressed effector regulatory T cells following acute coronary syndrome 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00652-y PMID:40461772	研究论文	本文研究了低剂量白细胞介素-2（IL-2）在急性冠状动脉综合征患者中诱导BACH2抑制的效应调节性T细胞克隆性扩张的作用	通过单细胞转录组学和T细胞受体分析，揭示了IL-2如何克隆性扩张效应T细胞，并发现这些细胞上调了关键的免疫抑制和代谢通路	研究样本可能有限，且机制研究尚未完全阐明	探索IL-2在心血管疾病中的免疫调节作用及其治疗潜力	急性冠状动脉综合征患者的T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞转录组学、T细胞受体分析	NA	转录组数据、T细胞受体序列	急性冠状动脉综合征患者
60	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	research paper	本研究探讨了ETV2在人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞中高效指定内皮细胞的机制	揭示了ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外实验，未涉及体内验证	阐明内皮细胞谱系定向分化的分子机制	人类诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	developmental biology	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA