单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-05-11	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	研究论文	研究视黄酸（RA）和YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运的作用	揭示了YAP1与RA信号协同调控心房谱系形成的新机制	研究主要基于人类胚胎干细胞（hESC）和小鼠胚胎模型，可能不完全反映人体内复杂的心脏发育过程	探究RA信号在心脏祖细胞中调控心房谱系基因表达的分子机制	人类胚胎干细胞衍生的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	人类胚胎干细胞衍生的心脏祖细胞模型和小鼠胚胎模型	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及hESC-CPCs和小鼠胚胎
42	2025-05-11	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-May-07, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在小胶质细胞介导的神经炎症和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Plxdc2在缺血性脑损伤中小胶质细胞功能调节的作用	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV过表达, 慢病毒干扰	NA	基因表达数据	NA
43	2025-05-11	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	研究论文	研究NOTCH2信号在软骨细胞中对炎症反应和骨关节炎发病机制的影响	揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞转录组和细胞群体，影响炎症反应和骨关节炎相关基因的表达	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究NOTCH2信号如何改变软骨细胞的转录组和细胞群体	小鼠的软骨细胞，特别是带有NOTCH2功能获得性突变的细胞	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因表达数据	两种功能获得性小鼠模型的软骨细胞
44	2025-05-11	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-May-07, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）研究中揭示细胞异质性的重要发现	利用scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验设计和样本量的详细分析	探讨scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化研究中的应用及其对疾病机制的深入理解	非疾病和动脉粥样硬化主动脉中的主要细胞群体及其异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	小鼠和人体组织
45	2025-05-11	Piezo1 Regulates Fibrocartilage Stem Cell in Cartilage Growth and Osteoarthritis 2025-May-07, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.04.013 PMID:40345612	研究论文	研究Piezo1在软骨生长和骨关节炎中对纤维软骨干细胞的调节作用	揭示了Piezo1作为机械敏感离子通道在颞下颌关节发育和骨关节炎中的关键作用，并探索了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和转化仍需进一步验证	探究Piezo1在颞下颌关节发育和骨关节炎中的功能	人类颞下颌关节样本和小鼠模型	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 条件性敲除小鼠模型, 组织学和免疫组化分析	Gli1-CreERT2; Piezo1fl/fl 条件性敲除小鼠	基因表达数据, 组织学图像	人类颞下颌关节样本和小鼠模型（具体数量未提及）
46	2025-05-11	Decoding the Resistin-CAP1 Pathway in Intermediate Monocytes Mediating Liver Allograft Rejection 2025-May-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.04.037 PMID:40345627	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组技术，揭示了中间单核细胞通过Resistin-CAP1通路在肝移植排斥反应中的关键作用	首次应用空间转录组学分析肝移植中的免疫细胞空间分布，并发现中间单核细胞通过Resistin-CAP1信号轴在T细胞介导的急性排斥反应中的关键作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索肝移植排斥反应的新免疫治疗靶点	大鼠移植肝脏和外周血单核细胞(PBMCs)	免疫学	肝移植排斥反应	单细胞RNA测序, 空间转录组, 流式细胞术, 纳米金技术	动物模型(大鼠)	基因表达数据, 空间分布数据	24个大鼠移植肝脏和PBMCs样本
47	2025-05-11	scMUSCL: multi-source transfer learning for clustering scRNA-seq data 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf137 PMID:40152244	研究论文	本文提出了一种名为scMUSCL的新型迁移学习方法，用于通过利用多个注释参考数据集的知识来识别目标数据集中的细胞簇	scMUSCL采用深度神经网络提取领域和批次不变的细胞表示，有效解决了不同源数据集之间以及源与目标数据集之间的差异，且无需预先知道目标数据集中的簇数量或进行批次校正	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类性能，识别具有生物学意义的细胞簇	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度神经网络	RNA测序数据	20个真实数据集
48	2025-05-11	3D reconstruction of a human Carnegie stage 9 embryo provides a snapshot of early body plan formation 2025-May-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.04.007 PMID:40345192	research paper	该研究通过空间转录组学技术，对Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎进行了详细的空间分析，并构建了3D模型，揭示了早期身体计划形成的转录组和空间复杂性	首次对CS9人类胚胎进行空间转录组学分析，构建了3D模型，并识别了多种细胞类型及发育轨迹，包括后脑发育的两条不同路径、中脑-后脑边界的峡部组织者等	研究仅基于一个CS9胚胎的75个横断面，样本量较小，可能无法完全代表所有CS9胚胎的多样性	研究早期人类胚胎发育过程中的转录组和空间复杂性，以理解身体计划的形成	Carnegie stage 9（CS9）人类胚胎	发育生物学	NA	空间转录组学	3D重建模型	空间转录组数据	1个CS9人类胚胎的75个横断面
49	2025-05-11	Single-cell transcriptomics and metabolomics reveal the potential role of ASRGL1 in metabolic reprogramming and invasion of nasopharyngeal carcinoma cells 2025-May-02, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2025.106788 PMID:40320045	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和代谢组学分析，揭示了ASRGL1在鼻咽癌细胞代谢重编程和侵袭中的潜在作用	首次结合单细胞转录组学和代谢组学技术，系统研究了ASRGL1在鼻咽癌中的表达特征和功能机制	研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型的验证	探索ASRGL1在鼻咽癌发生发展中的分子机制及其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	鼻咽癌细胞系C666-1和公开数据集GSE150430	癌症研究	鼻咽癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、氨基酸代谢组学、GC-MS顶空代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	公开数据集GSE150430和C666-1细胞系
50	2025-05-11	Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception 2025-May-02, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003 PMID:40345189	研究论文	通过空间免疫分析和多组学分析，研究人类和小鼠肺腺癌前体的免疫微环境变化，提出TIM-3作为潜在干预靶点	揭示了TIM-3在肺腺癌前体中的高表达特征，并验证了其在早期干预中的潜在作用	研究样本量有限，特别是小鼠模型仅涉及5种	探究肺腺癌前体演变过程中肿瘤微环境的作用及潜在干预靶点	人类和小鼠的肺腺癌及前体组织	肿瘤免疫学	肺腺癌	空间免疫分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析	小鼠模型	空间免疫数据、转录组数据	114例人类肺腺癌及前体样本，5种小鼠模型
51	2025-05-11	Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy 2025-May, Antioxidants & redox signaling IF:5.9Q1 DOI:10.1089/ars.2024.0637 PMID:39495586	研究论文	本研究探讨了血管紧张素转换酶(ACE)依赖的肾内血管紧张素II(AngII)在糖尿病肾小管病变(DT)中的作用，特别是其对线粒体膜破坏和活性氧(ROS)过度生成的贡献	揭示了ACE依赖的肾内AngII通过下调PCYT2导致线粒体膜破坏和ROS过度生成的新机制，为糖尿病肾小管病变的发病机制提供了新见解	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究ACE依赖的肾内AngII在糖尿病肾小管损伤中的作用机制	糖尿病小鼠模型中的肾小管	肾脏病学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型	分子生物学数据	NA
52	2025-05-11	Key genes linking gut microbiota, immune cells, and osteoporosis: A multi-omics approach 2025-May, Microbial pathogenesis IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.micpath.2025.107412 PMID:39993547	研究论文	通过多组学方法探索肠道微生物群、免疫细胞与骨质疏松症之间的因果关系	整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了肠道微生物群通过免疫细胞调节影响骨质疏松症的新机制	研究结果主要基于观察性数据，需要进一步的实验验证	探索骨质疏松症的分子机制，寻找新的治疗靶点	肠道微生物群、免疫细胞和骨质疏松症	生物信息学	骨质疏松症	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析	NA	基因组数据、表达数据	UK Biobank和芬兰队列的数据
53	2025-05-11	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	本研究利用数字空间分析技术，对一名患者的4次肾活检样本进行空间转录组学分析，探究抗体介导的排斥反应中肾小球中心的分子特征	首次在抗体介导的排斥反应中实现肾小球特异性转录组的空间定位，并揭示足细胞在急性排斥反应中的脆弱性	研究仅基于单个患者的样本，结果需要更大样本量验证	探究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检组织	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	来自1名患者的4个活检样本（治疗前、治疗中和治疗后）
54	2025-05-11	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-May, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16915 PMID:39993788	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肝内胆管癌中与不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群	首次在肝内胆管癌中发现基底样肿瘤细胞亚群，并揭示其通过HGF-MET轴与炎症性癌症相关成纤维细胞的相互作用	样本量相对较小（26个肿瘤样本），且仅针对肝内胆管癌进行研究	解析肝内胆管癌的肿瘤异质性并寻找新的治疗靶点	肝内胆管癌患者肿瘤样本	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序、免疫组化染色、多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、图像数据	23名患者的26个肿瘤样本（scRNA-seq），6名患者的6个肿瘤切片（空间转录组）
55	2025-05-11	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	research paper	本文提出了一种名为ScPace的新型时间戳校准模型，用于处理带噪声标记的时间序列单细胞RNA测序数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的去噪样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	开发一种有效的时间戳校准方法，以提高时间序列单细胞RNA测序数据分析的准确性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	ScPace	基因表达数据	模拟和真实时间序列单细胞RNA测序数据集
56	2025-05-11	The Hypoxia-Associated High-Risk Cell Subpopulation Distinctly Enhances the Progression of Glioma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416231 PMID:40047299	research paper	该研究通过单细胞测序技术识别了一个与胶质瘤进展相关的独特细胞亚群，并探讨了其在胶质瘤从低级别向高级别转化中的作用	首次聚焦于低级别胶质瘤起源的高风险细胞亚群，并发现其与胶质瘤进展的关键关联	研究主要基于实验室和小样本队列，需要更大规模的临床验证	探索低级别胶质瘤向胶质母细胞瘤转化的分子机制	低级别胶质瘤样本	digital pathology	glioma	scRNA-seq, multiplexed immunofluorescence staining	NA	single-cell sequencing data, immunofluorescence data	多个队列的低级别胶质瘤样本
57	2025-05-11	Single-cell RNA-seq reveals the immune response of Co-infection with streptococcus pneumoniae after influenza A virus by a lung-on-chip: The molecular structure and mechanism of tight junction protein ZO-1 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.141815 PMID:40057081	研究论文	本研究利用人肺芯片模型和单细胞RNA测序技术，探讨了甲型流感病毒和肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响，重点关注紧密连接蛋白ZO-1的分子结构及作用机制	首次结合人肺芯片模型和单细胞RNA测序技术研究共感染的免疫反应，揭示了ZO-1蛋白在维持肺屏障完整性中的关键作用	研究仅使用体外模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究甲型流感病毒和肺炎链球菌共感染对肺部免疫反应的影响机制	人肺芯片模型中的肺细胞和免疫细胞	数字病理学	肺炎	单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq), 多重微珠免疫分析(multiple bead immunoassay), 免疫荧光染色	人肺芯片模型(lung-on-chip)	基因表达数据, 图像数据	未明确说明具体样本数量，使用人肺芯片模型进行研究
58	2025-05-11	CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500116 PMID:40079617	研究论文	本研究介绍了一种释放一氧化碳的多金属氧酸盐纳米酶（PMC），用于修复炎症性肠病（IBD）中的肠道屏障完整性	PMC通过协调五羰基锰溴化物与钼基多金属氧酸盐纳米簇合成，具有靶向积累、高效清除活性氧（ROS）和响应性释放CO的多重治疗效果	NA	开发一种多功能治疗剂，用于修复炎症性肠病中的肠道屏障	炎症性肠病（IBD）患者	纳米医学	炎症性肠病	16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	测序数据	NA
59	2025-05-11	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-05, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究FMDV感染对小鼠记忆免疫反应的影响	首次使用单细胞RNA测序技术全面分析FMDV感染对小鼠T和B细胞亚群的影响，揭示了FMDV通过影响Fos相关基因来调控记忆细胞功能的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠脾脏细胞
60	2025-05-11	CCL20/CXCL5 Drives Crosstalk Between Anaplastic Thyroid Cancer Stem Cells and Tumor-Associated Macrophages to Promote Tumor Progression 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405399 PMID:40091357	research paper	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与间变性甲状腺癌干细胞（ATCSCs）之间的动态相互作用及其对肿瘤微环境的影响	揭示了CCL20/CXCL5轴在TAMs与ATCSCs之间的关键作用，并阐明了其通过IRAK-1/NF-κB1/2信号通路调控肿瘤干细胞特性的机制	研究主要基于体外实验和异种移植模型，尚未在人体内验证其临床相关性	探究TAMs与ATCSCs之间的通讯机制及其对间变性甲状腺癌进展的影响	THP-1-M2巨噬细胞和间变性甲状腺癌干细胞	肿瘤生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序、细胞因子/趋化因子阵列、蛋白质组学、mRNA表达数据集分析	异种原位甲状腺ATCSCs移植模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量