单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-07	Integrating Single-Cell Transcriptomics and Machine Learning to Define an ac4C Gene Signature in Lung Adenocarcinoma 2025-Aug, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.70140 PMID:40767620	research paper	本研究通过整合单细胞转录组学和机器学习，定义了肺腺癌中的ac4C基因特征	首次将单细胞转录组学与多种机器学习算法结合，开发了ac4C相关基因特征(ARGSig)模型用于肺腺癌预后预测	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究ac4C修饰在肺腺癌中的作用并开发预后预测模型	肺腺癌患者	digital pathology	lung cancer	单细胞RNA测序	机器学习(10种算法)	转录组数据	多个独立队列的公共数据库数据
42	2025-08-07	Deciphering antigen-specific T cell navigation tactics and cancer immune evasion in co-cultures 2025-Jul-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08568-w PMID:40745217	研究论文	本研究通过定量细胞轨迹分析、计算建模和批量/单细胞RNA测序，系统表征了细胞相互作用对T细胞运动行为和癌症免疫逃逸的影响	揭示了在2.5D共培养系统中，癌症特异性T细胞表现出增强的方向持久性，并形成与癌细胞的长时间相互作用，同时发现癌细胞亚群具有免疫抑制特性	研究基于2.5D共培养系统，可能与体内实际情况存在差异	探究T细胞在肿瘤微环境中的运动行为及癌症免疫逃逸机制	抗原特异性T细胞和癌细胞	癌症免疫学	癌症	定量细胞轨迹分析、计算建模、批量/单细胞RNA测序	NA	细胞轨迹数据、RNA测序数据	NA
43	2025-08-07	Single-cell map of the healthy human immune system across the lifespan reveals unique infant immune signatures 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.28.667181 PMID:40766403	research paper	该研究通过单细胞测序技术绘制了健康人类免疫系统从婴儿到老年的连续变化图谱，揭示了婴儿免疫系统的独特特征	首次在单细胞水平上全面描绘了人类免疫系统在整个生命周期中的动态变化，并特别强调了婴儿免疫系统的独特特征	样本量相对有限（95人），且仅研究了外周血单个核细胞，未涉及其他免疫组织	揭示人类免疫系统从婴儿期到老年期的连续重塑过程	95名健康人（年龄2个月至88岁）的外周血单个核细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	95名健康人（婴儿27名，儿童23名，成人18名，老年人27名）
44	2025-08-07	Maternal opioid use with and without hepatitis C infection disrupts the structure and immune landscape of the maternal-fetal interface 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667651 PMID:40766448	研究论文	本研究探讨了母体阿片类药物使用障碍（OUD）对胎盘结构和免疫环境的影响，特别关注了伴随丙型肝炎病毒（HCV）感染的情况	首次结合流式细胞术、组织学、空间转录组学和单细胞转录组学技术，全面揭示了OUD对胎盘组织的多层面影响，并分析了HCV感染的附加效应	研究样本量未明确说明，且未探讨不同阿片类药物类型可能产生的差异效应	阐明母体OUD对母胎界面结构和免疫环境的破坏机制	胎盘组织及其免疫细胞群体	生殖医学	药物成瘾与肝炎	流式细胞术、组织学分析、空间转录组学、单细胞转录组学、CellChat分析	NA	组织样本、转录组数据、细胞表型数据	NA
45	2025-08-07	Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation: A Single-Cell Study in Humans 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.30.667742 PMID:40766582	研究论文	该研究通过单细胞分析探讨了人类服用大麻二酚（CBD）后对外周免疫细胞分布的影响	首次在人类研究中发现CBD在增加T效应记忆细胞比例的同时表现出混合的免疫调节作用	样本量较小（23名参与者），且未明确说明参与者基线特征	评估CBD对免疫系统的调节作用	人类外周免疫细胞	免疫学	肾脏疾病	scRNA-seq、流式细胞术、细胞增殖检测、细胞因子检测、串联质谱	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	23名接受口服CBD的参与者
46	2025-08-07	Tranquillyzer: A Flexible Neural Network Framework for Structural Annotation and Demultiplexing of Long-Read Transcriptomes 2025-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666829 PMID:40766630	research paper	提出了一种名为Tranquillyzer的灵活神经网络框架，用于长读长转录组的结构注释和解复用	采用混合神经网络架构和全局上下文感知设计，能够精确识别结构元素，即使在元素移位、部分降解或重复的情况下也能处理	未明确提及具体局限性	开发一个灵活、可扩展的框架，用于处理长读长单细胞RNA测序数据	长读长单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore Technologies (ONT), 单细胞RNA测序	混合神经网络	RNA测序数据	NA
47	2025-08-07	A molecular cell atlas of mouse lemur, an emerging model primate 2025-Jul-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09113-9 PMID:40739356	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术创建了小鼠狐猴的转录组图谱，定义了超过750种分子细胞类型及其基因表达谱	首次系统地描述了小鼠狐猴的细胞和分子生物学特征，发现了许多先前未识别或稀疏表征的细胞类型，并比较了灵长类细胞和基因表达的进化	研究仅基于四只小鼠狐猴的样本，样本量相对较小	研究小鼠狐猴作为新兴灵长类模型生物的细胞和分子生物学基础	小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞	分子生物学	NA	droplet-based and plate-based single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	四只小鼠狐猴的27个器官中的226,000个细胞
48	2025-08-07	SmartImpute is a targeted imputation framework for single-cell transcriptome data 2025-Jul-30, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101122 PMID:40763742	研究论文	介绍了一种针对单细胞转录组数据的靶向插补框架SmartImpute，该框架专注于预定义的标记基因以提高生物相关性和计算效率	SmartImpute采用改进的生成对抗插补网络（GAIN）和多任务判别器，在插补缺失值的同时保留真实的生物零值	NA	提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的插补效果，以更深入地了解细胞异质性和疾病进展	单细胞RNA测序数据，包括头颈部鳞状细胞癌、人类骨髓和肺癌的数据集	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌、肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	生成对抗插补网络（GAIN）	单细胞转录组数据、空间转录组数据	超过一百万个细胞的数据集
49	2025-08-07	A Novel 14-Gene Panel Associated With Efferocytosis for Predicting Pancreatic Cancer Prognosis Through Bulk and Single-Cell Databases 2025-Jul-30, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL40818 PMID:40765357	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模转录组数据，识别了一个与胰腺导管腺癌预后相关的14基因面板，并构建了一个基于深度学习的ER风险评分系统	首次提出了一个与efferocytosis相关的14基因面板，用于预测胰腺导管腺癌的预后，并通过实验验证了关键基因的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限，未来需要更多实验和临床数据支持	探索efferocytosis在胰腺导管腺癌进展中的作用，并开发预后预测模型	胰腺导管腺癌(PDAC)的肿瘤微环境中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk transcriptomic data analysis, Boyden chamber analyses, immunohistochemical staining, cell cycle analyses, multiplex immunofluorescence staining	LASSO regression, random survival forest (RSF), deep learning	RNA-seq data, clinical data	来自TCGA和GEO数据库的数据，以及多个生物信息学网站的额外数据库
50	2025-08-07	Foxp3+ Regulatory T Cells Restrain Th1 Response Shielding the Brain from Lethal Inflammatory Damage during Cryptococcal Meningoencephalitis 2025-Jul-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7142999/v1 PMID:40766255	research paper	该研究揭示了Foxp3+调节性T细胞（Tregs）在隐球菌性脑膜脑炎（CM）中通过抑制Th1反应保护大脑免受炎症损伤的关键作用	首次明确了Tregs在CM中的核心免疫调节作用，发现其通过IL-10产生和CCR8/CCL1轴介导的招募机制保护神经元，并验证了低剂量IL-2免疫复合物治疗增强Tregs的潜在治疗价值	Areg缺失未显示生存效应，其具体调节机制仍需进一步研究	探究中枢神经系统感染中天然免疫调节机制及其对神经保护的作用	人类CM患者和小鼠CM模型的调节性T细胞（Tregs）	免疫学	中枢神经系统感染/隐球菌性脑膜脑炎	NanoString分析、scRNA-seq、流式细胞术	小鼠CM模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类CM患者样本和实验小鼠模型
51	2025-08-07	Targeting FGFR4 abrogates HNF1A-driven metastasis in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Jul-29, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02408-5 PMID:40731412	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制作为潜在治疗策略的有效性	首次发现HNF1A-FGFR4轴在PDAC转移中的关键作用，并验证了两种FGFR4抑制剂对转移的阻断效果	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未进行临床转化验证	探究HNF1A在PDAC转移中的作用机制并寻找靶向治疗策略	胰腺导管腺癌细胞（ATCC和患者来源细胞）及小鼠转移模型	肿瘤学	胰腺癌	scRNA-seq, TMA分析, UMAP空间分析, RNA干扰, 药物抑制实验	小鼠异种移植模型	基因表达数据, 组织芯片数据, 空间转录组数据	未明确说明患者样本数量，包含多种PDAC细胞系和小鼠模型
52	2025-08-07	Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data 2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.666637 PMID:40766507	研究论文	本研究探讨了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中，数据整合如何影响持久同源性（PH）聚类的拓扑特征和生物学信号检测	利用拓扑数据分析（TDA）中的持久同源性技术，为高维数据的结构模式提供了一个变形不变的框架，并评估了数据整合对生物学信号检测的影响	研究仅涵盖了八种组织类型的scRNA-seq数据集，可能无法代表所有生物学条件	评估数据整合对scRNA-seq数据拓扑特征和生物学信号检测的影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 持久同源性（PH）	NA	单细胞RNA测序数据	涵盖八种组织类型的scRNA-seq数据集
53	2025-08-07	Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics 2025-Jul-29, ArXiv PMID:40766882	研究论文	评估在空间转录组学中整合表型特征的策略	使用变分自编码器（VAE）从细胞裁剪中提取信息丰富的低维表示，并评估其在多模态整合中的效果	研究在有限数据集大小、类别不平衡和基于边界框分割等现实实验约束下进行	探索如何最佳利用空间上下文并将空间转录组学与基于成像的模态整合	小鼠回肠MERFISH数据集	数字病理学	NA	MERFISH, 变分自编码器（VAE）	VAE	图像, 转录组数据	公开可用的小鼠回肠MERFISH数据集
54	2025-08-07	Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types 2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.25.666708 PMID:40766555	研究论文	整合12种空间和单细胞技术，对三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用进行表征	整合多种空间单细胞技术，构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用网络，揭示黑色素瘤、基底细胞癌和鳞状细胞癌的微环境特征	NA	深入理解皮肤癌微环境及其细胞相互作用	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤	数字病理学	皮肤癌	空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、Opal Polaris、RNAScope、邻近连接实验	NA	空间单细胞多组学数据	超过500,000个体的遗传关联数据
55	2025-08-07	Single-cell antigen receptor sequencing in pigs with influenza 2025-Jul-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08507-9 PMID:40715353	研究论文	本研究开发了猪特异性T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）富集引物，用于配对单细胞RNA测序（scRNAseq）和免疫受体分析，以研究流感病毒感染下猪的免疫反应	开发了与10× Genomics VDJ测序协议兼容的猪特异性TCR和BCR富集引物，用于单细胞免疫受体分析	研究仅针对猪模型，结果可能不直接适用于人类或其他动物	研究自然杀伤T（NKT）细胞对猪肺部TCR和BCR受体库的影响，并追踪流感病毒感染后T细胞的克隆扩增	CD1D表达和CD1D缺陷猪的冷冻保存肺细胞，以及流感A病毒（IAV）疫苗接种和感染猪的肺液T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序（scRNAseq），10× Genomics VDJ测序	NA	单细胞RNA测序数据	CD1D表达和CD1D缺陷猪的肺细胞，以及IAV疫苗接种和感染猪的肺液T细胞
56	2025-08-07	Identification and Mechanistic Studies of Key Genes in Thalamic Hemorrhage Pain by Multi-omics 2025-Jul-25, Journal of integrative neuroscience IF:2.5Q3 DOI:10.31083/JIN38130 PMID:40767016	研究论文	通过多组学方法识别并研究丘脑出血疼痛中的关键基因及其机制	整合转录组学、蛋白质组学、代谢组学、核糖体分析和单细胞RNA测序等多组学数据，识别出8个关键基因及其相关分子通路	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明丘脑出血疼痛的发病机制并寻找潜在治疗靶点	丘脑出血疼痛小鼠模型	多组学分析	丘脑出血疼痛	转录组学、蛋白质组学、代谢组学、Ribo-seq、scRNA-seq	小鼠模型	多组学数据	THP小鼠模型及对照组
57	2025-08-07	Ongoing genome doubling shapes evolvability and immunity in ovarian cancer 2025-Jul-16, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09240-3 PMID:40670783	研究论文	本研究探讨了全基因组加倍（WGD）对卵巢癌体细胞进化和免疫逃逸的影响	揭示了WGD作为一种持续的突变过程在卵巢癌中的作用，并开发了新的WGD时序方法doubleTime	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，可能不适用于其他癌症类型	探究WGD对肿瘤进化和免疫调节的影响	高级别浆液性卵巢癌患者肿瘤样本	基因组学	卵巢癌	单细胞全基因组测序，单细胞RNA测序，高分辨率免疫荧光显微镜	NA	基因组数据，RNA表达数据，图像数据	41名患者的70个高级别浆液性卵巢癌样本（30,260个肿瘤基因组）
58	2025-08-07	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析，构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的特征和肿瘤微环境的组成	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌脑转移图谱，揭示了恶性细胞的共同特征和肿瘤微环境的免疫抑制特性	样本量虽然较以往研究有所增加，但仍可能不足以涵盖所有癌症类型的脑转移特征	研究脑转移瘤的生物学特征和肿瘤微环境的组成	108例脑转移样本和111例原发肿瘤样本	digital pathology	brain metastases	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq data	108 BrM samples and 111 PT samples
59	2025-08-07	Single-cell and spatial transcriptomics map senescent vascular cells in arterial remodeling during atherosclerosis in mice 2025-Jul-14, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00889-z PMID:40660002	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统性地研究了动脉粥样硬化小鼠模型中衰老血管细胞的异质性	发现了动脉粥样硬化中血管特异性的衰老转录组特征，并验证了这些特征在衰老中的富集	研究主要基于小鼠模型，人类VSMC衰老的体外模型验证仍需进一步研究	研究动脉粥样硬化中衰老血管细胞的异质性及其转录组特征	小鼠主动脉中的衰老血管细胞（VSMCs、成纤维细胞和T细胞）	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	使用两种小鼠动脉粥样硬化模型（p16-tdTomato和Ldlr; p16-3MR）及人类VSMC体外模型
60	2025-08-07	Rs61731397-C in OR2A25 increases the risk of chronic rhinosinusitis in the Chinese population 2025-Jul-14, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.032 PMID:40669566	研究论文	该研究通过全基因组关联研究发现了与中国人群慢性鼻窦炎(CRS)风险相关的遗传变异rs61731397-C，并探讨了其潜在机制	首次发现嗅觉受体基因OR2A25中的rs61731397-C变异与CRS风险相关，并揭示了该变异通过降低OR2A25蛋白稳定性影响鼻黏膜免疫反应的机制	研究主要基于中国人群，结果在其他族群中的普适性需要进一步验证	鉴定中国人群CRS的遗传风险变异并阐明其机制	中国人群中的慢性鼻窦炎患者	遗传学	慢性鼻窦炎	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、Western blot	NA	基因组数据、RNA测序数据、蛋白质数据	基于昆山的人群队列和北京的临床队列