单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-07-09	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	研究论文	本研究探讨了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞(GSCs)和肿瘤免疫微环境(TME)的重编程影响	首次在单细胞水平评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤和免疫调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果尚需验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	人源和小鼠源的胶质母细胞瘤干细胞及肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，体外存活实验，原位移植模型	NA	基因表达数据，生存数据	未明确说明具体样本数量，涉及人源和小鼠源GSCs
42	2025-07-09	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，揭示了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及其治疗潜力	T细胞及其在自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）中的作用	免疫学	肝病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
43	2025-07-09	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次利用单细胞和批量RNA测序数据构建DFU的氧化应激景观，并鉴定出BCL2和FOXP2作为诊断标志物	研究结果需要进一步的体内实验验证	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的分子机制	糖尿病足溃疡患者的组织样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	RNA-seq, 单细胞RNA测序	SVM-RFE, LASSO, RF	RNA测序数据	31,787个细胞(10个不同簇)
44	2025-07-09	Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03068-z PMID:40608205	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了TMEM71作为预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物	首次将TMEM71鉴定为与乳腺癌免疫治疗反应相关的新型免疫相关基因，并探索其作为预后生物标志物的潜力	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证TMEM71的功能机制	探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ssGSEA, CIBERSORT, GO, KEGG, GSEA分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	整合TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集
45	2025-07-09	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02909-1 PMID:40608217	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示雌激素在TSC-AML中的性别差异及其对肿瘤微环境和肿瘤细胞特性的影响	样本量较小（仅4例患者），可能影响结果的普遍性	探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用	结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者的肿瘤组织	数字病理学	结节性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例患者（2名女性，2名男性）
46	2025-07-09	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究构建了首个特定于人类结肠上皮细胞的基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，用于探索疾病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的基因组尺度代谢模型，并模拟了与肠道微生物组的代谢相互作用	研究仅初步验证了模型在炎症性肠病中的应用，需要更多实验验证	探索人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在疾病中的变化	人类结肠上皮细胞	代谢组学	炎症性肠病（包括克罗恩病和溃疡性结肠炎）	基因组尺度代谢模型(GEM), 单细胞RNA测序	iColonEpithelium	基因表达数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序数据
47	2025-07-09	Discovering molecular signatures in kidney transplant biopsies with borderline changes and isolated V-lesions: single-cell RNA-sequencing analysis of human blood and tissue Spatial transcriptomics 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05191-x PMID:40610502	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，研究肾脏移植活检中边缘性变化和孤立V病变的分子特征	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别了CD8效应记忆T细胞的表达谱和关键上调基因，特别是STAT1作为枢纽基因	样本量较小，仅包括4名边缘性排斥或活检证实的TCMR患者和2名无TCMR证据的患者	深入了解肾脏移植排斥反应的分子机制	肾脏移植活检样本和外周血单核细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	6名患者（4名边缘性排斥或TCMR，2名无TCMR）
48	2025-07-09	Machine learning-assisted multi-dimensional transcriptomic analysis of cytoskeleton-related molecules and their relationship with prognosis in hepatocellular carcinoma 2025-Jul-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10056-4 PMID:40610613	研究论文	本研究通过机器学习辅助的多维转录组分析，探讨了细胞骨架相关分子与肝细胞癌预后的关系	开发了一个基于五种细胞骨架相关基因（ARPC1A、CCNB2、CKAP5、DCTN2、TTK）的预后模型，并通过单细胞测序和空间转录组学揭示了这些基因在恶性组织中的表达及其与免疫抑制微环境的关联	研究依赖于公开数据集，可能受到样本选择和数据的限制	探索细胞骨架相关基因在肝细胞癌中的预后和治疗潜力	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理	肝细胞癌	转录组分析、单细胞测序（scRNA-seq）、空间转录组学、药物筛选、分子对接	LASSO回归、随机森林	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	TCGA-LIHC数据集、ICGC LIRI-JP和CHCC-HBV两个独立队列
49	2025-07-09	The role of JPT1 in hepatocellular carcinoma: tumor progression, microtubule dynamics regulation, and potential mechanisms within the immune microenvironment 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03066-1 PMID:40610765	研究论文	本研究探讨了JPT1在肝细胞癌（HCC）中的表达、功能及其与预后的关系	首次系统性地研究了JPT1在HCC中的表达模式、功能机制及其与免疫微环境的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明JPT1在HCC进展中的作用及其潜在机制	肝细胞癌（HCC）患者和癌细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	生物信息学分析（包括差异表达基因分析、功能富集分析、空间转录组学）	Cox比例风险模型	基因表达数据和临床数据	来自TCGA-LIHC和GEO（GSE14520）数据库的HCC患者样本
50	2025-07-09	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究探讨了p75NTR对颌面过程矿化和发育的影响，并阐明了p75NTR对神经嵴细胞成牙或成骨分化能力的潜在机制	通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对EMSCs成牙或成骨分化能力的潜在机制，揭示了p75NTR在硬组织发育启动和胚胎发育期间EMSCs成牙和成骨分化中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探索p75NTR对颌面过程矿化和发育的影响及其机制	p75NTR基因敲除小鼠和野生型小鼠胚胎的EMSCs	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 矿化诱导和伤口愈合实验	NA	基因表达数据	p75NTR-/-和p75NTR+/+小鼠胚胎的EMSCs
51	2025-07-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jul-03, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究四指马鲅幼鱼鳃部在低氧条件下的细胞和分子反应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，揭示了四指马鲅鳃部细胞在低氧应激下的异质性，并鉴定出潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼鳃部，未涉及其他组织或发育阶段	探究四指马鲅对低氧环境的细胞和分子响应机制	四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 苏木精-伊红(HE)染色, 透射电子显微镜(TEM)	NA	RNA测序数据, 形态学图像数据	未明确说明样本数量，研究使用四指马鲅幼鱼鳃组织在常氧和低氧条件下的样本
52	2025-07-09	TCGAimmunosurv: An R package to identify genes associated with patient survival and immune cell state transitions using TCGA and single-cell RNA-seq data 2025-Jul-03, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108568 PMID:40623343	研究论文	开发了一个名为TCGAimmunosurv的R包，用于结合TCGA和单细胞RNA-seq数据识别与患者生存和免疫细胞状态转换相关的基因	整合了批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，进行突变特异性免疫动态分析，填补了批量与单细胞分析之间的空白	未提及具体的技术验证或实验验证步骤	识别与癌症进展相关的驱动基因，并研究其与患者生存和免疫细胞状态的关系	癌症患者基因组数据和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞RNA-seq数据	TCGA数据库中的癌症样本及用户提供的单细胞数据集
53	2025-07-09	Spatial histology and gene-expression representation and generative learning via online self-distillation contrastive learning 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf317 PMID:40618351	研究论文	本文介绍了一种名为Magic的自训练对比学习模型，用于从组织学图像预测空间基因表达分布	提出了结合对比学习和基于动量的伪目标生成模块，以减少噪声影响，并利用基于transformer的解码器预测基因表达	未提及具体的技术实现细节和计算资源需求	开发一种能够从组织学图像预测空间基因表达的计算方法	乳腺癌和结直肠癌的组织切片及TCGA数据集	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	对比学习模型（Magic）	图像和基因表达数据	训练集包含56个乳腺癌切片的75,760个点，验证集包含5个独立切片的11,026个点
54	2025-07-09	Inference of gene coexpression networks from single-cell transcriptome data based on variance decomposition analysis 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf309 PMID:40618350	研究论文	提出了一种基于方差分解分析的单细胞转录组数据基因共表达网络推断方法GCNVDA，用于探索基因调控机制	GCNVDA方法通过整合多种变异源（包括基因水平方差和残差误差）来推断基因共表达网络，优于现有算法	未提及具体的数据稀疏性和噪声处理能力限制	探索细胞类型特异性基因共表达网络，以理解基因功能和疾病病理学	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	GCNVDA	转录组数据	三个真实世界的单细胞数据集
55	2025-07-09	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Jun-24, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	本文研究了TET2突变的髓系细胞通过中枢神经系统浸润和增强的吞噬作用减缓阿尔茨海默病（AD）的进展	揭示了TET2突变克隆造血（CH）与晚发性AD风险降低47%的关联，并发现TET2突变骨髓移植在AD小鼠模型中减少认知衰退和β-淀粉样斑块形成	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类样本的直接证据有限	探究克隆造血（CH）与阿尔茨海默病（AD）的相互作用机制	TET2突变的髓系细胞、AD小鼠模型、人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因测序数据、行为数据	UK Biobank数据及AD小鼠模型
56	2025-07-09	Optimized Midgut Tissue Dissociation of Mosquitoes and Sandflies for High-Quality Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5352 PMID:40620806	研究论文	提出了一种用于蚊子和沙蝇中肠组织解离的优化方案，以提高单细胞RNA测序的质量	使用深共晶溶剂（Vivophix, Rapid Labs）在组织解离前稳定RNA，避免了解离过程中由温度和酶处理引起的转录变化及RNase活性	仅针对蚊子和沙蝇的中肠组织进行了验证，未涉及其他组织或物种	优化非模式生物组织解离方案，以提高单细胞RNA测序的质量	蚊子和沙蝇的中肠组织	分子细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	三种医学上重要的昆虫载体
57	2025-07-09	Single-cell transcriptomic insights into endosulfan-induced liver injury: Key pathways and inflammatory responses 2025-Jun, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.05.002 PMID:40620502	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了硫丹（ENDO）诱导肝损伤的细胞和分子机制	首次在单细胞水平上解析硫丹诱导肝损伤的关键通路和炎症反应，揭示了细胞间通讯和炎症微环境的变化	研究仅使用小鼠模型，未验证人类样本中的发现	阐明硫丹诱导肝毒性的细胞和分子机制	C57BL/6小鼠的肝脏细胞	单细胞转录组学	肝损伤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
58	2025-07-09	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）的免疫谱系变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活和扩增、Treg细胞数量减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调节作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅分析了外周血样本	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照者的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照者
59	2025-07-09	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	研究论文	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化和整合单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行多种分析，包括功能富集、轨迹推断、基因调控网络重建和去噪	未明确提及具体局限性	简化单细胞RNA测序数据分析，使其更易于访问和使用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
60	2025-07-09	Reduced Thioredoxin Regulates IL-1β Secretion via NLRP3 of IL-1β+ Alveolar Macrophages in COPD 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S513004 PMID:40620599	研究论文	本研究探讨了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中氧化还原蛋白硫氧还蛋白(TRX)的变化及其在IL-1β释放中的作用	首次发现reTRX在COPD中的异常变化及其通过NLRP3途径调控IL-1β分泌的机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，临床样本验证不足	探究COPD发病过程中TRX的变化及其在炎症反应中的作用	COPD患者的肺泡巨噬细胞(AM)、COPD小鼠模型和THP-1细胞模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、蛋白活性分析、Monocle2分析、分子动力学(MD)模拟、免疫共沉淀(CO-IP)	COPD小鼠模型、THP-1细胞模型	基因表达数据、蛋白质活性数据	GEO数据库中的COPD肺组织scRNA-seq数据、实验构建的体内外模型