单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-08-05	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	提出了一种基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法	开发了TAMs风险评分（TRS）作为结直肠癌的预后指标，并预测患者对免疫治疗和化疗的反应	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在结直肠癌（CRC）发展和预后中的作用，并构建预测模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	Cox回归和LASSO分析	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的样本
42	2025-08-04	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	研究论文	通过整合从六周胚胎到老年男性的92,488个人类睾丸细胞，构建了全面的人类男性生殖细胞图谱，揭示了调控男性生殖细胞发育的因子	首次构建了从胚胎到老年的人类男性生殖细胞发育图谱，并揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴和ANGPTL信号在生殖细胞发育中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞	生殖生物学	男性不育症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	92,488个睾丸细胞，覆盖从六周胚胎到老年男性的多个发育阶段
43	2025-08-04	Single-cell RNA-seq reveals the immune profile changes in patients with diarrhoeal-irritable bowel syndrome 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167945 PMID:40456298	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了腹泻型肠易激综合征患者的免疫特征变化	识别了T淋巴细胞中的新标记物，发现了HIF-1α、NF-kappa B和IL-17信号通路的失调，并提出了FOS信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小（4名患者和4名健康对照），且部分结果来自大鼠模型，需进一步验证	探究T淋巴细胞在腹泻型肠易激综合征（IBS-D）中的免疫特征及其病理机制	IBS-D患者和大鼠模型	生物信息学	肠易激综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA、三参数荧光分析	NA	RNA测序数据、血清和结肠组织数据	4名IBS-D患者和4名健康对照的血液样本，以及IBS-D大鼠模型的血清和结肠组织样本
44	2025-08-04	Spatial pattern enhanced cellular and tissue recognition for spatial transcriptomics 2025-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf106 PMID:40746376	研究论文	开发了一种名为SPECTRUM的空间模式增强细胞和组织识别统一方法，用于空间转录组学数据分析	结合了已知的细胞类型特异性标记和空间加权方法，用于细胞类型识别和空间群落检测	未明确提及具体限制	提升空间转录组学数据分析的准确性和深度	空间转录组学数据中的细胞和组织	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	SPECTRUM	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
45	2025-08-04	Spatial mutual nearest neighbors for spatial transcriptomics data 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf403 PMID:40713795	研究论文	提出了一种名为spatialMNN的算法，用于整合多个空间转录组样本并识别空间域	spatialMNN算法在传统MNN方法的基础上，引入了2D空间信息，改进了空间转录组数据的批次校正和空间域识别	未明确提及算法的局限性	改进空间转录组数据的批次校正和空间域识别	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	kNN, MNN, Louvain算法	空间转录组数据	31个10x Genomics Visium样本
46	2025-08-04	Identification of m5C-related genes and subclusters in recurrent pregnancy loss 2025-Aug-02, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03580-9 PMID:40751792	研究论文	本研究通过生物信息学方法探讨了m5C相关基因与复发性流产(RPL)发病机制之间的关系	首次将RPL患者分为两个亚群并分析其免疫微环境差异，开发了高精度的RPL诊断模型	样本量较小(48例子宫内膜组织样本)，且机制研究仍需进一步实验验证	探索m5C相关基因与复发性流产发病机制的关联	复发性流产患者的子宫内膜组织样本	生物信息学	复发性流产	GEO数据查询、机器学习、scRNA-seq	多种ML方法(未指定具体模型)	基因表达数据	48例子宫内膜组织样本(24例RPL患者)
47	2025-08-04	Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62574-4 PMID:40753081	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
48	2025-08-04	A multi-tissue human knee single-cell atlas identifies that osteoarthritis reduces regenerative tissue stem cells while increasing inflammatory pain macrophages 2025-Aug-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08586-8 PMID:40753276	研究论文	构建首个膝关节骨关节炎单细胞RNA测序图谱，揭示骨关节炎减少再生组织干细胞并增加炎症性疼痛巨噬细胞的机制	首次构建膝关节骨关节炎多组织单细胞RNA测序图谱，揭示了骨关节炎中再生组织干细胞的减少和炎症性疼痛巨噬细胞的增加	研究仅关注膝关节骨关节炎，未涉及其他关节或更广泛的骨关节炎类型	研究骨关节炎对膝关节多组织分子相互作用的影响	膝关节的关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多组织样本（关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨）
49	2025-08-04	Identification of prognostic genes related to T cell proliferation in papillary thyroid cancer based on single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing data 2025-Aug-02, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01826-5 PMID:40753315	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与甲状腺乳头状癌（PTC）T细胞增殖相关的预后基因	发现了KLRB1、TSHZ2和TRABD2A作为新的预后基因，并构建了风险模型，为PTC的预后和治疗提供了新策略	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索T细胞增殖相关基因在PTC中的预后价值和潜在分子机制	甲状腺乳头状癌（PTC）患者	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	Cox回归、机器学习算法	RNA测序数据	公共数据库中的PTC患者样本
50	2025-08-04	Neurobiological subtypes of adolescent depression: a multimodal integration of morphometric similarity network and spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03133-7 PMID:40753308	研究论文	该研究通过整合形态相似性网络和空间转录组学，识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型及其分子机制	首次结合形态相似性网络和空间转录组学技术，揭示了青少年抑郁症的两种神经生物学亚型及其分子机制，为精准治疗提供了新框架	研究样本量未明确说明，可能需要更大规模的验证研究	识别青少年重度抑郁症的神经生物学亚型并探索其分子机制	青少年重度抑郁症患者	神经科学	抑郁症	形态相似性网络(MSN)、空间转录组学、HYDRA算法	NA	神经影像数据、转录组数据	NA
51	2025-08-04	Upregulation of YY1/EZH2 and MLH1 as Therapeutic Targets for Adult T-Cell Leukemia/Lymphoma 2025-Aug, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70095 PMID:40355804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了YY1/EZH2和MLH1作为成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）治疗靶点的重要性	首次在ATLL中识别出YY1/EZH2表观遗传调控轴，并发现MLH1下调与YY1/EZH2抑制相关	研究样本量有限，且未完全阐明EZH1/2抑制剂在ATLL中的具体作用机制	寻找ATLL的共同治疗靶点并探索其分子机制	成人T细胞白血病/淋巴瘤（ATLL）的原代细胞和细胞系	肿瘤学	白血病/淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、计算机启动子分析	NA	基因表达数据	原代ATLL细胞和细胞系（具体数量未明确说明）
52	2025-08-04	Comprehensive Single-Cell RNA Atlas of Human Laryngeal Normal, Preneoplastic, and Tumorigenic States 2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3679 PMID:40407728	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，构建了人类喉部正常、癌前和肿瘤状态的全面单细胞图谱	首次生成了声带息肉(VCP)和声带白斑(VCL)的单细胞图谱，并扩展了喉鳞状细胞癌(LSCC)的癌细胞图谱，揭示了VCL作为良性和恶性状态过渡病变的混合微环境特征	样本量相对有限(36例患者)，且仅基于手术组织标本	阐明声带白斑(VCL)向喉鳞状细胞癌(LSCC)进展的分子机制，为早期诊断和治疗干预提供潜在靶点	36例诊断为声带息肉(VCP)、声带白斑(VCL)和喉鳞状细胞癌(LSCC)患者的手术组织标本	数字病理学	喉癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	36例患者(包含VCP、VCL和LSCC), 共计318,907个细胞和12,679个空间转录组位点
53	2025-08-04	Mapping the peripheral immune landscape of Parkinson's disease patients with single-cell sequencing 2025-Aug-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awaf066 PMID:40417848	研究论文	通过单细胞测序技术绘制帕金森病患者外周免疫图谱	首次使用单细胞RNA和T细胞受体测序技术全面分析帕金森病患者外周免疫细胞的转录组变化，揭示了疾病特异性免疫特征和潜在生物标志物	样本量相对较小(10名健康对照和14名帕金森病患者)，且仅分析了外周血单个核细胞	探索帕金森病患者外周免疫特征，寻找早期诊断生物标志物和潜在治疗靶点	帕金森病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序	NA	单细胞转录组数据	24名参与者(10名健康对照和14名帕金森病患者)的78,876个细胞
54	2025-08-04	Early transcriptional states of spermatogonia and marker expressions in the prepubertal human testis following chemotherapy-induced depletion 2025-Aug-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf103 PMID:40482072	研究论文	通过单细胞转录组分析研究化疗诱导的精原细胞耗竭对青春期前人类睾丸中精原细胞分化状态及标记物表达的影响	首次在青春期前男孩睾丸中确认仅存在未分化精原细胞，并发现化疗诱导的精原细胞耗竭会减少ID4、FGFR3和KIT蛋白的表达	研究人群在年龄和治疗暴露方面存在异质性，无法单独评估特定癌症治疗的影响，组织样本有限降低了统计功效	研究青春期前睾丸中精原细胞的分化状态及化疗对其影响	青春期前男孩睾丸组织样本	生殖医学	癌症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	6个健康男孩睾丸样本（0-17岁）、14个生物库对照样本（0.6-13.1岁）、31个癌症患儿睾丸组织样本（0.7-13.1岁）
55	2025-08-04	Batch correction methods used in single-cell RNA sequencing analyses are often poorly calibrated 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279886.124 PMID:40623818	研究论文	本文比较了八种广泛使用的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据批次校正方法，并提出了一种新方法来评估这些方法在校正过程中对数据的改变程度	提出了一种新的评估方法，用于测量批次校正方法在精细尺度上对数据的改变程度，包括细胞间距离和细胞簇效应	研究仅针对八种批次校正方法进行评估，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较不同批次校正方法在scRNA-seq数据分析中的表现	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
56	2025-08-04	A novel multislice framework for precision 3D spatial domain reconstruction and disease pathology analysis 2025-Aug-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.280281.124 PMID:40659497	research paper	提出了一种名为STMSC的多切片联合分析框架，用于精确3D空间域重建和疾病病理分析	STMSC框架引入了预校正机制，能够精确识别复杂的空间域，并通过图注意力自编码器平衡不同层次的生物信息，提高了空间转录组学分析的准确性	现有方法通常过于专注于单一模态或分辨率，阻碍了对多层生物异质性的全面捕捉	开发一个多切片联合分析框架，以精确重建3D空间域并深入分析疾病病理	组织切片和病理数据集	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics (ST), H&E imaging	graph attention autoencoder	image, pathological data	连续的组织切片和病理数据集
57	2025-08-04	Developing risk stratification strategies and biomarkers for recurrent hepatocellular carcinoma 2025-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70410 PMID:40741894	研究论文	本文探讨了肝细胞癌（HCC）复发风险分层策略和生物标志物的开发	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学生物标志物、液体活检技术以及AI驱动的组织学和放射组学分析，为复发风险分层和围手术期治疗提供了新方法	传统临床和病理预测因子在准确识别高风险患者方面不足	开发肝细胞癌（HCC）复发的风险分层策略和生物标志物，以优化患者预后和减少不必要的资源利用	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、液体活检、AI分析、单细胞和空间转录组学	NA	生物标志物数据、组织学和放射学数据	NA
58	2025-08-04	BACH2 drives the development and function of group 2 innate lymphoid cells 2025-Aug, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ads4323 PMID:40749046	研究论文	本文揭示了转录因子BACH2在2型先天淋巴细胞（ILC2s）发育和功能中的关键作用	首次发现BACH2在ILC2s及其祖细胞中高表达并表观遗传激活，揭示了BACH2通过调控转录谱和表观遗传景观影响ILC2s分化和功能的新机制	未明确BACH2在不同细胞类型中作用差异的具体分子机制	探究ILC2s发育和功能的调控机制	2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其祖细胞	免疫学	哮喘	scRNA-seq, ATAC-seq, CUT&Tag-seq	NA	基因组数据	NA
59	2025-08-04	Co-Expression of MHC-II and ANXA1: Mediators of PD-1/PD-L1 Therapy Resistance in Breast Cancer 2025-Aug, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70291 PMID:40744683	研究论文	本研究探讨了MHC-II和ANXA1在三阴性乳腺癌中对PD-1/PD-L1治疗抵抗的潜在作用	发现ANXA1在PD-1/PD-L1治疗抵抗中的潜在作用，并提出了ANXA1作为治疗抵抗预测标志物和治疗靶点的可能性	ANXA1表达与总生存率缺乏直接相关性	增强三阴性乳腺癌的免疫治疗策略	三阴性乳腺癌	肿瘤免疫学	乳腺癌	差异表达分析、GO和KEGG通路富集分析、孟德尔随机化分析、单细胞测序	Limma、clusterProfiler、Scanpy、CellTypist	基因表达数据、单细胞测序数据	UK Biobank和GEO数据集
60	2025-08-04	Integrated system for screening tumor-specific TCRs, epitopes, and HLA subtypes using single-cell sequencing data 2025-Jul-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-012029 PMID:40744664	研究论文	开发了一种利用单细胞测序数据筛选肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型的集成系统	提出了一种快速组装TCR的方法，并开发了HLA敲除的HEK-293T细胞作为抗原呈递细胞，以及Jurkat NFAT-GFP报告细胞系用于筛选抗原反应性TCRs	仅在小规模HPV16特异性TCRs筛选中验证了系统效能，样本量有限	推进TCR-T免疫治疗，开发高效、可扩展的方法识别肿瘤特异性TCRs	肿瘤特异性TCRs、表位和HLA亚型	免疫治疗	宫颈癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	来自HPV16阳性宫颈癌患者的已发表数据集