单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5961 - 5980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5961 | 2025-10-06 |
A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study
2025-Jun-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨线粒体功能障碍相关基因在糖尿病肾病中的作用，并确定ACTN1作为潜在治疗靶点 | 首次整合大规模数据库和单细胞RNA测序数据，识别出7个具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因，并预测了二氢麦角汀作为ACTN1的靶向化合物 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证；样本来源和数量未明确说明 | 探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的分子机制，识别关键致病基因 | 糖尿病肾病相关的线粒体功能障碍基因 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, SMR分析, MR分析, 共定位分析, PheWAS分析, 分子动力学分析, 免疫荧光 | 预测模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5962 | 2025-10-06 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
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研究论文 | 开发了一种基于单细胞多组学数据识别细胞重编程转录因子及其组合的计算方法 | 将重编程转录因子识别建模为逆问题，使用Tikhonov正则化保证泛化能力，并设计图注意力网络增强基因调控网络 | NA | 识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合 | 细胞重编程过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5963 | 2025-10-06 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
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研究论文 | 开发了一种名为stMLnet的计算方法，用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | 首次整合空间信息和多层信号调控机制来识别多层细胞通讯中的信号反馈环路 | NA | 开发能够整合空间信息和复杂信号机制来推断功能性细胞间通讯的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞间通讯网络 | 空间转录组学 | COVID-19感染 | 空间转录组学 | 基于扩散模型和质量作用模型的信号活动量化方法 | 空间转录组数据 | 多种空间转录组技术数据集 | NA | 空间转录组学, seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | 具有不同空间分辨率和基因覆盖度的多种空间转录组技术 |
| 5964 | 2025-10-06 |
STCC enhances spatial domain detection through consensus clustering of spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280031.124
PMID:40355284
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研究论文 | 开发了一种用于空间转录组学数据的共识聚类框架STCC，通过整合多种先进工具的聚类结果来提高空间域检测的准确性 | 提出了首个专门针对空间转录组学数据的共识聚类框架，整合了四种不同的共识策略（Onehot-based、average-based、hypergraph-based和wNMF-based方法） | 在分析具有分散细胞类型分布模式的肿瘤样本时，仅整合单一基线方法才能获得满意性能 | 提高空间转录组学数据中空间域检测的准确性和稳定性 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 共识聚类框架 | 空间转录组数据 | 模拟数据和来自不同实验平台的真实数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5965 | 2025-10-06 |
Targeting INF2 with DiosMetin 7-O-β-D-Glucuronide: a new stratagem for colorectal cancer therapy
2025-Jun-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14357-9
PMID:40452021
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别INF2作为结直肠癌特异性生物标志物，并发现天然化合物DiosMetin 7-O-β-D-葡萄糖醛酸苷可作为INF2抑制剂用于靶向治疗 | 首次将INF2鉴定为结直肠癌特异性预后标志物，并发现天然化合物DiosMetin 7-O-β-D-葡萄糖醛酸苷作为选择性INF2抑制剂 | NA | 识别结直肠癌特异性生物标志物并开发靶向治疗方法 | 结直肠癌组织和细胞 | 生物医学研究 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习, 免疫组织化学, 细胞生物学实验, 计算对接 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5966 | 2025-10-06 |
Novel roles for CREG1 in hematopoiesis revealed by single-cell RNA sequencing
2025-Jun-01, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01407-9
PMID:40452027
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示CREG1在斑马鱼造血过程中的新功能 | 首次在成年斑马鱼中利用单细胞RNA测序技术系统研究CREG1在造血过程中的作用，发现其对B细胞、T/NK细胞和红细胞谱系发育的关键调控功能 | 研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物系统中验证；具体的分子调控机制仍需进一步研究 | 探究CREG1在成年造血过程中的功能和机制 | 成年斑马鱼的肾脏骨髓造血组织 | 单细胞生物学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | creg1缺陷型斑马鱼肾脏骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5967 | 2025-10-06 |
Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers
2025-May-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60457-2
PMID:40442146
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研究论文 | 本研究开发了一种靶向β-catenin的新型siRNA纳米颗粒疗法，可重塑肝细胞癌的肿瘤微环境并增强免疫治疗反应 | 首次证明靶向CTNNB1的siRNA纳米颗粒可重编程Wnt活性肝细胞癌的肿瘤微环境，激活干扰素信号通路并增强免疫检查点抑制剂疗效 | 研究主要基于临床前模型，临床疗效仍需进一步验证 | 开发针对β-catenin突变肝细胞癌的新型治疗策略并阐明其作用机制 | β-catenin突变的肝细胞癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, siRNA技术 | NA | 基因表达数据, 转录组数据 | 多个免疫活性肝细胞癌模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5968 | 2025-10-06 |
Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression
2025-May-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60371-7
PMID:40442177
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析早产儿肺组织，发现BPD合并PH与信号素信号通路缺失及FOXF1表达降低相关 | 首次在人类早产儿肺组织中鉴定出BPD+PH特有的ANKRD1表达异常毛细血管细胞状态，并揭示信号素引导通路缺陷与FOXF1表达降低的关联 | 样本量有限，主要基于观察性数据，需要进一步功能验证 | 探索支气管肺发育不良合并肺动脉高压的细胞和分子驱动机制 | 早产儿肺组织（包括BPD和BPD+PH患者）及足月婴儿肺组织 | 单细胞基因组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 早产儿和足月婴儿肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5969 | 2025-10-06 |
[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology]
2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology
|
综述 | 基于单细胞测序技术研究脊髓损伤后星形胶质细胞异质性的进展综述 | 利用单细胞测序技术揭示脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联 | 目前所有发现仍需更多基础研究和足够临床试验验证 | 探讨单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用进展 | 脊髓损伤后的星形胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5970 | 2025-10-06 |
ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis
2025-May-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186483
PMID:40198121
|
研究论文 | 本研究揭示了ICOS+CD4+ T细胞在抗PD-1治疗诱导的肺毒性中的关键作用及其与衰老环境的关联 | 首次发现衰老环境中ICOS+CD4+ T细胞的活化是抗PD-(L)1治疗诱发肺毒性的关键机制，并证实ICOS-ICOSL相互作用是该过程的核心环节 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步扩大样本量 | 探索抗PD-(L)1免疫治疗引发免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制 | 荷瘤老年小鼠模型、肺癌患者样本 | 免疫学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序、过继性T细胞转移 | 小鼠肿瘤模型 | 单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 老年和年轻荷瘤小鼠、癌症患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5971 | 2025-10-06 |
Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin
2025-May-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.185618
PMID:40232859
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研究论文 | 本研究通过分离系统性硬化症皮肤中的非迁移性成纤维细胞群体，揭示了其在疾病不同阶段的致病机制 | 首次分离并表征了传统外植体培养方法无法获得的非迁移性成纤维细胞群体，发现其具有独特的致病特征 | 研究样本量有限，需要进一步验证在不同疾病亚组中的普适性 | 阐明系统性硬化症皮肤中不同成纤维细胞群体的致病机制和功能差异 | 系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞 | 病理生物学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 多通道免疫荧光, 体外功能研究 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5972 | 2025-10-06 |
Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease
2025-May-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.191059
PMID:40401523
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综述 | 本文综述了心肺血管内皮细胞通过转录特征调控免疫反应在健康和疾病状态中的作用 | 揭示了心肺血管系统中内皮细胞亚群具有特异性免疫调节功能，及其在疾病中的转录重编程机制 | NA | 探讨内皮细胞在心肺健康与疾病中的免疫调节功能 | 心肺血管内皮细胞及其亚群 | 单细胞生物学 | 心肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5973 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing and Inferred Protein Activity Analysis Reveal a Distinct Tumor Phenotype in Early-Onset Colorectal Cancer Patients
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.653154
PMID:40462964
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和蛋白活性分析揭示早发性结直肠癌的独特肿瘤表型 | 首次结合单细胞RNA测序和VIPER蛋白活性推断方法，识别出EO-CRC中TLR4/CCR5高表达的上皮亚群和成纤维细胞富集特征 | 样本量相对有限，需要更大规模研究验证发现 | 比较早发性和晚发性结直肠癌的分子特征和肿瘤微环境差异 | 结直肠癌患者组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 基因调控网络分析 | VIPER | 单细胞转录组数据, 蛋白活性数据, 免疫荧光图像 | 整合公共数据和内部临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5974 | 2025-10-06 |
High-Resolution Spatial Profiling of Microglia Reveals Proximity Associated Immunometabolic Reprogramming in Alzheimer's Disease
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654329
PMID:40462993
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研究论文 | 本研究利用高分辨率空间转录组学揭示阿尔茨海默病中斑块邻近小胶质细胞的免疫代谢重编程 | 首次通过高分辨率空间转录组学解析小胶质细胞亚型分布及其与淀粉样斑块邻近关系的代谢通路变化 | 研究基于小鼠模型和有限的人类尸检组织，样本量相对有限 | 探究阿尔茨海默病病理特征邻近性对小胶质细胞基因表达的影响 | 小胶质细胞、淀粉样斑块、tau病理 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、机器学习 | 机器学习 | 空间基因表达数据 | 三种小鼠模型（PS19、APP/PS1、5xFAD）和人类尸检背外侧前额叶皮层组织 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium平台配合完全定制化基因panel |
| 5975 | 2025-10-06 |
PML1-Mediated Feedforward Loop Through PI3K and MAPK Axes Drives Endocrine Resistance
2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.653365
PMID:40463196
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研究论文 | 本研究揭示了PML1通过PI3K和MAPK信号轴驱动乳腺癌内分泌耐药的新机制 | 首次发现PML1介导的前馈循环机制是内分泌耐药的关键驱动因素，并证明三氧化二砷可有效破坏该循环 | 研究主要基于细胞模型，需要进一步临床验证 | 探索乳腺癌内分泌耐药机制并寻找克服耐药的治疗策略 | 雌激素受体阳性乳腺癌细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 多种内分泌耐药乳腺癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5976 | 2025-10-06 |
Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization
2025-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187072
PMID:40198141
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路调节巨噬细胞募集和极化，促进心肌梗死后的修复过程 | 首次发现Klf9通过直接结合Stat1基因启动子调控其转录，进而影响巨噬细胞在心肌梗死后的动态变化过程 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用机制 | 小鼠心肌梗死模型中的巨噬细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 野生型和Klf9敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5977 | 2025-10-06 |
The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation
2025-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.189362
PMID:40100274
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研究论文 | 本研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞活化从而缓解细菌性膀胱炎炎症反应的机制 | 首次发现急性应激通过下丘脑-垂体-肾上腺轴和糖皮质激素信号通路抑制ILC2细胞活化，介导抗炎反射 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证 | 阐明心理应激通过脑-体回路调节膀胱感染免疫反应的机制 | 尿路感染小鼠模型和膀胱免疫细胞 | 免疫学 | 泌尿系统感染 | 单细胞RNA测序，逆行标记 | 动物模型 | 基因表达数据，细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5978 | 2025-10-06 |
Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma
2025-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70521
PMID:40293350
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析识别肝细胞癌与糖尿病视网膜病变之间的共享基因和通路 | 首次发现铁蛋白吞噬相关基因在HCC和DR中的共同作用机制，并构建了具有高诊断效能的机器学习模型 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证相对有限 | 探索肝细胞癌与糖尿病视网膜病变之间的共同病理机制和潜在治疗靶点 | 肝细胞癌患者样本和糖尿病视网膜病变大鼠视网膜样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌, 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | GEO数据集GSM7494113, GSE209872, GSE160306 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5979 | 2025-10-06 |
A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401199
PMID:40411819
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研究论文 | 提出一种基于核函数的生态位轨迹分析工作流程，用于建模组织微环境的空间连续变化 | 开发了无需细胞类型注释的核函数策略，将生态位结构建模为基因表达空间的连续函数 | NA | 改进空间转录组数据分析方法，提高生态位轨迹分析的稳健性和准确性 | 组织微环境的空间变化 | 空间转录组学 | 组织损伤相关疾病 | 核函数方法，细胞类型反卷积分析 | 核函数模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5980 | 2025-10-06 |
SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881
PMID:40179332
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研究论文 | 提出一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器，结合对比学习用于空间转录组学数据分析 | 首次在空间转录组学中引入双重掩码机制，同时掩码节点和边，并结合图自编码器与对比学习模块 | 未明确说明 | 提高空间转录组学数据聚类的准确性和鲁棒性 | 空间转录组学数据中的细胞位置和基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间分辨转录组学 | 图神经网络, 图自编码器, 对比学习 | 空间基因表达数据 | 来自5个不同平台的8个数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |