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当前共找到 37491 篇文献,本页显示第 5961 - 5980 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
5961 2025-12-05
Optimal marker genes for c-separated cell types with SepSolve
2025-Dec-03, Genome research IF:6.2Q1
研究论文 本文提出了一种名为SepSolve的新方法,用于在单细胞RNA-seq研究中识别细胞类型,通过优化选择标记基因以实现细胞类型的c-分离 引入c-分离概念,并设计线性规划模型,在考虑细胞类型内表达变异的同时避免处理所有细胞对,从而高效计算最优标记基因集 未在摘要中明确提及具体局限性 开发一种高效且稳定的标记基因选择方法,以准确区分单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 单细胞RNA-seq数据中的细胞类型及其标记基因 单细胞分析 NA 单细胞RNA-seq 线性规划 单细胞RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5962 2025-12-05
Genome and Single-Cell Transcriptome Reveal the Evolution of Holoparasitic Plants: A Case Study of Cistanche deserticola
2025-Dec-03, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1
研究论文 本研究构建了肉苁蓉首个染色体级别基因组图谱,并结合单细胞转录组揭示了全寄生植物在基因组和细胞层面的进化机制 首次构建肉苁蓉染色体级别基因组图谱,通过单细胞转录组技术鉴定出寄生过程相关的细胞类型及其阶段特异性分化 研究主要聚焦于单一物种肉苁蓉,其进化机制在其他全寄生植物中的普适性有待进一步验证 探究全寄生植物在分子和细胞水平的进化机制 肉苁蓉(Cistanche deserticola),一种典型的濒危全寄生植物 植物基因组学与单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序,基因组测序 NA 基因组序列数据,单细胞转录组数据 未明确说明具体样本数量,但涉及肉苁蓉的基因组和单细胞转录组数据 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5963 2025-12-05
IL-8-Induced Tumor Self-Rampart Spatially Confines Oncolytic Virotherapy in Glioblastoma
2025-Dec-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1
研究论文 本研究揭示了胶质母细胞瘤通过IL-8诱导的肿瘤自我壁垒(TSR)来空间限制溶瘤病毒疗法的机制,并提出了克服该耐药性的策略 首次发现并命名了肿瘤自我壁垒(TSR)这一空间防御结构,揭示了IL-8驱动的旁分泌信号在限制溶瘤病毒传播中的关键作用,并提出了IL-8作为药效学生物标志物和治疗靶点的双重功能 研究主要基于PDX模型和有限的患者样本,临床转化效果需进一步大规模试验验证 探究胶质母细胞瘤中限制溶瘤病毒持续复制和传播的分子与空间机制,并开发改善疗效的组合策略 胶质母细胞瘤、溶瘤腺病毒YSCH-01、患者来源异种移植(PDX)模型、肿瘤细胞 空间转录组学 胶质母细胞瘤 空间转录组学、全基因组CRISPR激活筛选、组织学分析 NA 空间转录组数据、组织图像数据 PDX模型和患者肿瘤样本(具体数量未明确说明) NA 空间转录组学 NA NA
5964 2025-12-05
Standardized metrics for assessment and reproducibility of imaging-based spatial transcriptomics datasets
2025-Dec-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1
研究论文 本研究通过生成Spatial Touchstone数据集,评估了Xenium和CosMx平台在成像空间转录组学中的性能,并提出了标准化操作流程和开源软件SpatialQM,以促进数据评估和可重复性 首次为成像空间转录组学技术建立了标准化评估指标和操作流程,并开发了开源软件SpatialQM,支持跨平台数据比较和细胞注释插补 研究仅基于Xenium和CosMx两个平台,可能未涵盖所有成像空间转录组学技术;样本类型和数量有限,可能影响通用性 评估成像空间转录组学技术的可重复性和性能,并建立标准化指标以促进数据整合和分析 六种组织类型的空间转录组学数据,包括公共和新生成的Spatial Touchstone数据集 空间转录组学 NA 成像空间转录组学,原位杂交技术 NA 空间转录组学数据,图像数据 254个空间剖面,涵盖六种组织类型 10x Genomics, NanoString 成像空间转录组学 Xenium, CosMx Xenium和CosMx平台,用于成像空间转录组学分析
5965 2025-12-05
Delta-like ligand 4 mediated myeloid-derived suppressor cell metabolic reprogramming promotes neoadjuvant therapy resistance in titin-inactivated triple-negative breast cancer
2025-Dec-02, Molecular biomedicine IF:6.3Q1
研究论文 本研究揭示了Titin失活通过DLL4-MCT4轴调控髓源性抑制细胞代谢重编程,促进三阴性乳腺癌新辅助治疗耐药的机制 首次定义了“Titin失活”状态,并发现其通过DLL4增强MDSCs的糖酵解功能,驱动肿瘤免疫逃逸和治疗抵抗 研究主要基于临床样本和动物模型,尚未在更大规模人群中验证,且机制细节需进一步探索 探究Titin失活如何调控免疫逃逸并影响三阴性乳腺癌的治疗抵抗 三阴性乳腺癌患者样本、基因编辑的TNBC细胞系、原位MCT4基因修饰小鼠模型 肿瘤免疫学 三阴性乳腺癌 全外显子组测序、单细胞转录组测序、空间转录组测序、CRISPR-Cas9基因编辑、糖酵解相关分子实验 基因修饰小鼠模型 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及TNBC患者临床样本和多种细胞系 NA 单细胞RNA-seq、空间转录组学、全外显子组测序 NA NA
5966 2025-12-05
CellPhoneDB v5: inferring cell-cell communication from single-cell multiomics data
2025-Dec, Nature protocols IF:13.1Q1
研究论文 本文介绍了CellPhoneDB v5,一个用于从单细胞多组学数据推断细胞间通信的生物信息学工具包 扩展了配体-受体相互作用库,增加了约1000个非肽类配体介导的相互作用;引入了新的查询方式以定制实验设计;整合了空间转录组学和转录因子活性等新策略来优先排序细胞间相互作用;新增了CellPhoneDBViz模块用于交互式可视化和结果共享 需要基本的Python知识,且协议执行时间约为15分钟,可能对非专业用户有一定门槛 开发并优化一个生物信息学工具包,以更精确地推断细胞间通信,从而深入理解组织生物学在生理微环境中的作用 单细胞多组学数据,包括配体-受体相互作用、空间转录组学数据和转录因子活性数据 生物信息学 NA 单细胞多组学分析,包括空间转录组学和单细胞ATAC-seq NA 单细胞基因组学数据,包括空间转录组学数据和染色质可及性数据 NA NA 单细胞多组学,空间转录组学,单细胞ATAC-seq NA NA
5967 2025-12-05
Marsupial single-cell transcriptomics identifies temporal diversity in mammalian developmental programs
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组学分析有袋类动物负鼠的发育过程,揭示了哺乳动物发育程序中的时间多样性 首次将有袋类动物纳入单细胞转录组学研究,识别了异时性组织并发现前部结构转录程序启动更早、进展更快 研究仅聚焦于有袋类动物负鼠,可能无法完全代表所有哺乳动物发育模式 探究哺乳动物发育程序中的时间多样性,特别关注有袋类动物的异时性现象 有袋类动物负鼠(Monodelphis domestica)的原肠胚形成和早期器官发生过程 单细胞转录组学 NA 单细胞转录组测序 NA 转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及负鼠发育多个阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5968 2025-12-05
The extracellular-matrix-remodeling capability exposes therapeutic vulnerability in a subset of renal cell carcinomas with tumor thrombi
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究通过多中心、多组学数据分析,识别了肾细胞癌伴癌栓的两种亚型,并揭示了预后不良亚型中由上皮LOX表达驱动的细胞外基质重塑及其在构建肿瘤免疫屏障中的作用 首次在肾细胞癌伴癌栓中识别出两种临床相关亚型,并发现预后不良亚型中上皮LOX驱动的细胞外基质重塑是关键的肿瘤免疫屏障形成机制,为LOX抑制联合免疫治疗提供了新策略 研究基于回顾性多中心数据,需要前瞻性临床试验验证LOX抑制剂的治疗效果 探究肾细胞癌伴癌栓的肿瘤微环境特征、分子亚型及其对治疗抵抗的影响,寻找新的治疗靶点 164例肾细胞癌伴癌栓患者 数字病理学 肾细胞癌 空间转录组学,多组学数据分析,多重免疫荧光染色 NA 空间转录组数据,多组学数据,临床数据 164例患者 NA 空间转录组学 NA NA
5969 2025-12-05
Combinatorial BMP4 and activin direct the choice between alternate routes to endoderm in a stem cell model of human gastrulation
2025-Dec-01, Developmental cell IF:10.7Q1
研究论文 本研究结合单细胞转录组学、活细胞成像和数学模型,探索了激活素和骨形态发生蛋白4(BMP4)如何协同或拮抗地引导人类原肠胚形成过程中的命运决定,揭示了内胚层通过直接和间接两条路径产生的机制 揭示了BMP4在诱导中胚层基因的同时促进多能性退出的双重作用,并首次在人类干细胞模型中阐明了信号组合不仅决定细胞最终命运,还影响其发育路径的选择,表明谱系汇聚增强了命运决定的稳健性 研究基于干细胞模型,可能与体内实际发育过程存在差异;未全面探索其他可能参与的信号通路 探究组合信号(激活素和BMP4)如何引导人类原肠胚形成过程中的细胞命运决定 人类干细胞模型中的细胞 发育生物学 NA 单细胞转录组学、活细胞成像、数学建模 NA 转录组数据、成像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
5970 2025-12-05
Endothelial protective effects of ferulic acid in preeclampsia treatment
2025-Dec-01, American journal of physiology. Cell physiology
研究论文 本研究探讨了阿魏酸通过靶向STAT3/VEGF信号轴改善子痫前期小鼠模型的内皮功能和炎症反应 首次在子痫前期模型中系统验证阿魏酸通过调控STAT3/VEGF信号通路改善内皮功能障碍的保护作用 研究基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;机制研究主要聚焦STAT3/VEGF轴,可能存在其他通路参与 评估阿魏酸作为子痫前期治疗策略的疗效和机制 L-NAME诱导的子痫前期小鼠模型 NA 子痫前期 单细胞RNA测序,分子检测 NA 基因表达数据,生理指标数据 未明确说明样本数量的小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
5971 2025-12-05
LCN2 drives ferroptosis-associated ischemia-reperfusion injury after renal transplantation: integrated machine learning and in vivo validation
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过整合机器学习与体内验证,揭示了脂质运载蛋白-2(LCN2)在肾移植后铁死亡相关缺血-再灌注损伤中的关键作用 首次将LCN2确定为移植相关肾缺血-再灌注损伤中铁死亡和免疫失调的关键介质,并开发了一个包含LCN2的六基因机器学习模型用于IRI预测 研究主要基于小鼠模型和回顾性人类队列,需要在更大规模的前瞻性临床研究中验证LCN2抑制剂的治疗效果 阐明LCN2在肾移植缺血-再灌注损伤中的作用机制,并探索其作为治疗靶点的潜力 小鼠肾缺血-再灌注损伤模型、人类肾移植患者样本 机器学习 肾脏疾病 转录组测序、单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析、差异表达分析 逻辑回归、随机森林、集成模型 转录组数据、单细胞RNA测序数据 6个小鼠IRI转录组数据集(83个样本)、2个人类移植队列(212个样本) NA 单细胞RNA测序 NA NA
5972 2025-12-05
Neutrophil CD11b is a pivotal PANoptosis marker correlated with disease activity in antineutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitis
2025-Dec, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1
研究论文 本研究通过生物信息学分析识别CD11B为抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎中关键的PANoptosis相关基因,并验证了中性粒细胞上活化的CD11b水平与疾病活动性相关 首次将CD11B鉴定为AAV中关键的PANoptosis相关基因,并揭示了其通过脂肪酸代谢途径调节中性粒细胞活化和PANoptosis的机制 研究样本量有限,且主要依赖生物信息学分析和体外实验,需要更大规模的临床队列和体内实验验证 识别抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎中关键的PANoptosis相关标志物,并探究其与疾病活动性的关联 抗中性粒细胞胞质抗体相关性血管炎患者、ANCA相关性肾炎小鼠模型、中性粒细胞 生物信息学 血管炎 基因微阵列、单细胞测序、免疫荧光染色、代谢通路分析 NA 基因表达数据、单细胞测序数据、临床参数 AAV患者和健康对照的血液、尿液、血浆及肾脏标本,ANCA-GN小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5973 2025-12-05
Joint profiling of cell morphology and gene expression during in vitro neurodevelopment
2025-Dec-01, eLife IF:6.4Q1
研究论文 本研究通过联合分析诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质神经元在三个发育时间点的细胞形态和基因表达,揭示了形态特征与基因表达之间的关系,并评估了其在神经发育相关疾病模型中的应用潜力 首次在单细胞分辨率上联合使用Cell Painting(CP)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,对iPSC衍生的皮质神经元进行多模态表征,将形态特征与生物学功能关联,并展示了其在捕获疾病遗传性方面的能力 研究主要基于体外iPSC衍生的神经元模型,可能无法完全模拟体内神经发育的复杂性;样本虽大但仅限于特定时间点和细胞类型 探究iPSC衍生的皮质神经元在神经发育过程中的形态与基因表达关系,并评估其作为脑相关复杂性状(如精神分裂症和双相情感障碍)疾病模型的适用性 诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的皮质神经元,包括来自Kabuki综合征患者的神经祖细胞 数字病理学 精神分裂症, 双相情感障碍, Kabuki综合征 Cell Painting(CP), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 图像, 基因表达数据 约60,000个iPSC衍生的皮质神经元,覆盖三个发育时间点 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5974 2025-12-05
D3Impute: Dropout-aware discrimination, distribution-aware modeling, and density-guide imputation for scRNA-seq data
2025-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 本文提出了一种名为D3Impute的判别性插补框架,用于解决单细胞RNA测序数据中非生物零值的识别与插补问题 提出了三个关键创新:1) 适应数据集特性的分布感知归一化;2) 使用bulk RNA-seq数据作为生物参考的双网络判别器;3) 保持局部细胞邻域结构的密度引导插补引擎 NA 开发一种能够准确区分scRNA-seq数据中非生物零值与真实生物零值并进行有效插补的计算方法 单细胞RNA测序数据 计算生物学 NA 单细胞RNA测序 双网络判别器 基因表达数据 六个不同数据集 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
5975 2025-12-05
Light-modulated stem cells in the camera-type eye of an annelid model for adult brain plasticity
2025-Dec-01, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了海洋环节动物Platynereis dumerilii成年眼睛和大脑中的神经源性细胞,探讨了光调节干细胞在相机型眼睛中的作用及其与脑可塑性的关联 首次在无脊椎动物(环节动物)的相机型眼睛中识别出光依赖的神经干细胞,并揭示了其与脊椎动物眼睛发育的相似性,同时展示了环境光通过c-opsin1基因调控干细胞增殖的新机制 研究基于单一物种模型,可能不适用于其他无脊椎动物或脊椎动物;光调节机制的具体分子通路尚未完全阐明;样本量相对有限,可能影响统计普适性 探究无脊椎动物相机型眼睛中干细胞的发育、调控及其与脑可塑性的关系,比较与脊椎动物眼睛进化的异同 海洋环节动物Platynereis dumerilii的成年眼睛和大脑细胞 单细胞生物学 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但基于单细胞RNA测序分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
5976 2025-12-05
Prognostic and immunological potential of AC012236.1/hsa-miR-30d-5p CeRNA of AVEN by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-seq in lung adenocarcinoma
2025-Dec-01, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合单细胞和bulk RNA-seq分析,探讨了lncRNA-AC012236.1/hsa-miR-30d-5p-AVEN轴在肺腺癌中的预后价值、免疫调控作用及其分子机制 首次在肺腺癌中系统揭示了AVEN通过lncRNA-AC012236.1/hsa-miR-30d-5p轴调控肿瘤进展和免疫微环境的ceRNA机制,并利用单细胞RNA-seq技术明确了其在恶性上皮细胞亚群中的特异性表达 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证;临床样本验证规模有限;ceRNA调控网络的实验证据仍需进一步完善 阐明AVEN在肺腺癌中的预后意义、免疫微环境关联及其上游调控机制 肺腺癌组织、TCGA和GEO数据库、A549细胞系 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 生物信息学分析, 体外细胞实验 Cox回归模型, 列线图 RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 临床数据 TCGA和GEO数据库的肺腺癌样本,具体数量未明确说明;临床样本验证;A549细胞系 NA 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq NA NA
5977 2025-12-05
N-phenylquinazolin-4-amine-based EGFR TKIs suppress pulmonary fibrosis by modulating the EGFR/ERBB3 axis in epithelial-macrophage interaction
2025-Dec-01, Communications biology IF:5.2Q1
研究论文 本研究评估了基于N-苯基喹唑啉-4-胺的EGFR酪氨酸激酶抑制剂在小鼠肺纤维化模型中的作用,发现其通过调节肺泡上皮EGFR/ERBB3轴来减轻纤维化 揭示了EGFR/ERBB3信号轴在肺纤维化中通过上皮-巨噬细胞相互作用的关键作用,并证明特定EGFR TKI(如达克替尼)比现有药物(尼达尼布)更有效地抑制炎症因子 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,临床相关性需进一步验证;未详细探讨EGFR TKI的长期安全性和耐药性 评估EGFR TKI作为肺纤维化治疗策略的有效性,并探索EGFR/ERBB3信号在疾病进展中的作用机制 小鼠肺纤维化模型(博来霉素和辐射诱导)、人类肺泡上皮细胞、肺纤维化患者组织样本 NA 肺纤维化 单细胞RNA测序、基因敲低、磷酸化蛋白检测 NA 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据、组织样本数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
5978 2025-12-05
Mega-scale single-cell profiling reveals novel biomarkers associated with acute GvHD after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2025-Dec-01, Biomarker research IF:9.5Q1
研究论文 本研究通过大规模单细胞RNA测序,揭示了与急性移植物抗宿主病相关的新型生物标志物MDGA1和ADGRG1 首次利用组合条形码大规模单细胞RNA测序技术,在AML患者移植后鉴定出MDGA1和ADGRG1作为与aGvHD相关的互补生物标志物 样本量较小(仅10名AML患者),且仅分析了移植后特定时间点的血液样本 研究与异基因造血干细胞移植后急性移植物抗宿主病相关的生物标志物 AML患者移植后的CD45+白细胞,包括T细胞和NK细胞 单细胞组学 急性髓系白血病 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 10名AML患者的移植物样本和移植后第30天及第100天的血液样本,总计超过777,000个CD45+白细胞 NA 单细胞RNA-seq NA 基于组合条形码的大规模单细胞RNA测序
5979 2025-12-05
Single-cell RNA sequencing identifies a peripheral monocyte subpopulation and its interaction with atrial macrophages via the CCL3-CCR1 axis during atrial remodeling
2025-Dec, Science China. Life sciences
NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA
5980 2025-12-05
Transcriptomic Analysis of Skeletal Muscle Systems Comparing Bovines, Humans, and Mice Using scRNA-Seq
2025-Dec, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序技术,构建了牛从产前到产后骨骼肌发育的完整单细胞图谱,并与人类和小鼠的转录组特征进行比较,揭示了物种间骨骼肌系统的进化保守性和特异性差异 首次构建了牛骨骼肌发育的全周期单细胞转录组图谱,并进行了跨物种(牛、人、小鼠)的系统性比较分析,识别了发育协调性、细胞异质性和基因调控网络的进化模式 研究主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平或表观遗传调控的物种差异;样本覆盖的发育阶段和细胞类型可能仍有未探索的空白 探究哺乳动物骨骼肌系统的发育协调性、细胞异质性及进化保守性,通过跨物种比较揭示基因表达和调控网络的物种特异性差异 牛、人类和小鼠的骨骼肌组织,涵盖产前到产后的发育阶段 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) NA 单细胞转录组数据 未明确指定样本数量,但涉及牛、人类和小鼠的骨骼肌发育多个阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
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