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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5941 | 2025-10-06 |
Oncofetal TRIM71 drives liver cancer carcinogenesis through remodeling CEBPA-mediated serine/glycine metabolism
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99633
PMID:39267787
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研究论文 | 本研究揭示癌胚蛋白TRIM71通过重塑CEBPA介导的丝氨酸/甘氨酸代谢驱动肝癌发生 | 首次发现TRIM71通过m6A依赖方式与IGF2BP1形成复合物稳定CEBPA mRNA,激活丝氨酸/甘氨酸代谢通路促进肝癌进展 | NA | 探索肝癌中癌胚生态系统的核心调控因子及其作用机制 | 胎儿肝脏、正常肝脏、肝癌组织及其癌旁组织样本 | 癌症生物学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
5942 | 2025-10-06 |
MCT1-mediated endothelial cell lactate shuttle as a target for promoting axon regeneration after spinal cord injury
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.96374
PMID:39310103
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研究论文 | 本研究揭示了脊髓损伤后内皮细胞乳酸穿梭机制对轴突再生的调控作用 | 首次发现MCT1介导的内皮细胞-神经元乳酸穿梭是促进脊髓损伤后轴突再生的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值仍需进一步验证 | 探究脊髓损伤后代谢改变对神经组织重塑和功能恢复的影响 | 脊髓损伤小鼠模型、内皮细胞、神经元 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 代谢组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒技术 | NA | 代谢数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5943 | 2025-10-06 |
Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.98620
PMID:39310107
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研究论文 | 本研究通过建立条件性基因敲除小鼠模型,揭示了DIS3L2核糖核酸酶在雄性小鼠精子发生过程中的关键作用 | 首次系统研究了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的功能,发现其在精原细胞分化和精母细胞减数分裂进程中的关键调控作用 | 研究仅局限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育和精子发生过程中的生物学功能 | 条件性基因敲除小鼠模型的睾丸组织和生殖细胞 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 条件性基因敲除,bulk RNA-seq,scRNA-seq | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据 | 条件性敲除小鼠睾丸组织 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
5944 | 2025-10-06 |
Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.97276
PMID:39346534
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研究论文 | 本研究通过肝细胞特异性Smad4缺失小鼠模型,揭示了Smad4通过调控CXCL10/CXCR3信号通路影响CD8+ T细胞抗肿瘤免疫的新机制 | 首次发现肝细胞Smad4通过CXCL10/mTOR/LDHA通路调控CD8+ T细胞糖酵解和抗肿瘤功能 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明肝细胞Smad4在肝细胞癌发生发展中的具体作用机制 | 肝细胞特异性Smad4缺失小鼠和肝细胞癌患者样本 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,流式细胞术,细胞因子检测 | NA | 基因表达数据,免疫细胞浸润数据,代谢通路数据 | 小鼠模型和人类HCC患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5945 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.100417
PMID:39346541
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化,发现Nur77的关键作用 | 首次在单细胞水平揭示辐射诱导皮肤损伤的转录组框架和细胞间通讯,鉴定出Nur77作为新型治疗靶点 | 样本量有限,仅包含一名核事故患者和动物模型 | 阐明辐射诱导皮肤损伤的分子机制和潜在治疗靶点 | 人类皮肤样本(核事故患者)和大鼠皮肤样本 | 单细胞组学 | 辐射性皮肤损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 一名人类患者和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5946 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.99038
PMID:39431015
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研究论文 | 通过空间转录组测序揭示肺部和网膜结核肉芽肿免疫微环境特征 | 首次从空间维度系统比较肺部和网膜结核肉芽肿的细胞组成差异,并利用类器官-巨噬细胞共培养模型验证THBS1在细胞外基质重塑中的关键作用 | 样本量较小(仅4例临床活检样本),需要更大规模研究验证发现 | 分析结核肉芽肿细胞群体的空间转录组特征,理解肉芽肿形成和发展的核心转录组特征 | 结核分枝杆菌感染的肺组织和网膜组织,以及非结核患者的对照组织 | 空间转录组学 | 结核病 | 空间转录组测序,类器官-巨噬细胞共培养 | NA | 空间转录组数据 | 4例临床活检样本(2例结核感染,2例非结核对照) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5947 | 2025-10-06 |
SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107124
PMID:37434694
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研究论文 | 提出一种基于梯度提升和互信息的单细胞整合基因调控网络推断方法SCING | 开发了能够整合单细胞RNA测序、核RNA测序和空间转录组数据的鲁棒基因调控网络推断方法 | NA | 提高单细胞和空间转录组数据中基因调控网络推断的准确性和可解释性 | 小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 核RNA测序, 空间转录组学 | 梯度提升, 互信息 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
5948 | 2025-10-06 |
Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model
2025-Dec, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278
PMID:40448976
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据验证了3D人类细胞培养模型作为研究肿瘤相关巨噬细胞的临床前模型 | 首次将体外3D模型中的巨噬细胞单细胞数据与患者来源数据集整合,发现其与SPP1 TAM群体的表型特征相似 | 研究基于体外模型,与真实人体环境存在差异 | 验证3D人类细胞培养模型在研究肿瘤相关巨噬细胞方面的适用性 | 肺髓系细胞、肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 3D细胞培养模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5949 | 2025-10-06 |
RETRACTED: Deciphering the prognostic landscape of osteosarcoma: Integrating the roles of hippo pathway genes, programmed cell death, and the tumor immune microenvironment
2025-Jul, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24280
PMID:38622820
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研究论文 | 本研究通过整合Hippo通路基因、程序性细胞死亡和肿瘤免疫微环境,揭示骨肉瘤的预后特征 | 首次系统整合Hippo通路基因与肿瘤免疫微环境在骨肉瘤预后中的作用,并通过单细胞测序揭示细胞异质性 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索骨肉瘤的分子基础并识别预后生物标志物 | 骨肉瘤患者样本 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | 转录组分析, 单细胞测序 | Cox回归分析, 层次聚类, Kaplan-Meier分析 | 转录组数据 | TARGET-OS数据集和GTEx对照样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
5950 | 2025-10-06 |
RETRACTED: Single-cell transcriptome sequencing analysis reveals intra-tumor heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Jul, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24243
PMID:38572681
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序分析揭示食管鳞状细胞癌的肿瘤内异质性 | 首次在食管鳞癌中应用单细胞转录组测序技术系统解析肿瘤微环境细胞组成和空间特征,并鉴定出关键基因UPF3A | 样本量相对有限(60个肿瘤样本和4个癌旁样本),研究结果需要更大样本验证 | 深入探究食管鳞癌的发病机制和关键分子事件 | 食管鳞状细胞癌患者组织样本 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | COX回归模型, LASSO分析 | 单细胞转录组数据 | 60个肿瘤样本和4个癌旁样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5951 | 2025-10-06 |
RETRACTED: Prediction of potential targets and toxicological insights of Astragalus in liver cancer based on network pharmacology: Integrating systems biology, drug interaction networks, and toxicological perspectives
2025-Jul, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24189
PMID:38476113
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研究论文 | 本研究通过网络药理学方法探讨黄芪在原发性肝癌治疗中的潜在靶点及其分子机制 | 整合系统生物学、单细胞分析和分子对接技术,首次在单细胞分辨率揭示黄芪对MT1E基因的调控作用及其细胞亚群特异性 | 研究主要基于计算预测和体外实验,缺乏临床验证数据 | 探索黄芪治疗原发性肝癌的分子靶点和作用机制 | 黄芪活性成分及其在肝癌细胞中的分子靶点 | 网络药理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 基因本体分析, KEGG通路分析, 基因集变异分析, 蛋白质相互作用网络, 分子对接, qPCR | UMAP, tSNE, SingleR | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5952 | 2025-10-06 |
Understanding psoriatic disease at single-cell resolution: an update
2025-Jul-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000001085
PMID:40160177
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综述 | 本文综述了单细胞技术在银屑病研究中的最新进展,重点探讨了免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞在疾病中的作用机制 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示银屑病细胞多样性,发现IL-17/IL-36和PRSS3-F2R通路在成纤维细胞-角质形成细胞相互作用中的关键作用,以及代谢失调在慢性炎症中的新机制 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于已有研究进行总结分析 | 探讨单细胞技术在银屑病研究中的应用及其对疾病机制理解的贡献 | 银屑病患者皮肤组织中的免疫细胞、角质形成细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5953 | 2025-10-06 |
RETRACTION: Single-Cell Transcriptome Sequencing Analysis Reveals Intra-Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Jul, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24542
PMID:40358431
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撤稿声明 | 本文宣布撤回一篇关于食管鳞状细胞癌肿瘤内异质性的单细胞转录组测序研究论文 | NA | 论文基于受损的投稿和同行评审流程被接受,且作者未能验证肿瘤样本和细胞系的来源 | NA | 食管鳞状细胞癌 | NA | 食管癌 | 单细胞转录组测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5954 | 2025-10-06 |
Malvidin Alleviates Lipopolysaccharide-Induced Acute Lung Injury by Modulating JAK2/STAT3 Signaling to Inhibit Macrophage M1 Polarization and Oxidative Stress
2025-Jun-04, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.5c00077
PMID:40397040
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研究论文 | 本研究探讨锦葵色素通过调节JAK2/STAT3信号通路抑制巨噬细胞M1极化和氧化应激,缓解脂多糖诱导的急性肺损伤 | 首次揭示锦葵色素通过靶向JAK2/STAT3信号通路调控巨噬细胞极化状态,并证实其结合JAK2的分子机制 | 研究主要基于动物模型和体外实验,尚未进行临床验证 | 评估锦葵色素对急性肺损伤的治疗效果并阐明其作用机制 | 小鼠急性肺损伤模型和巨噬细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤 | 单细胞转录组测序,RNA测序,分子对接,分子动力学模拟,Western blot,DPPH/ABTS自由基清除实验 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,分子相互作用数据 | 小鼠模型和细胞实验样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
5955 | 2025-10-06 |
Analyzing the potential targets and mechanism of per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) on breast cancer by integrating network toxicology, single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and molecular simulation
2025-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01616-y
PMID:40465018
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研究论文 | 通过整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟,研究PFAS对乳腺癌的潜在靶点和作用机制 | 首次整合网络毒理学、单细胞测序、空间转录组学和分子模拟方法系统研究PFAS与乳腺癌的关联机制 | PFAS导致乳腺癌发展的具体分子机制仍需进一步研究 | 研究PFAS环境污染物对乳腺癌发展的分子机制 | 乳腺癌相关基因和蛋白质 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 网络毒理学,单细胞测序,空间转录组学,分子模拟 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络,分子对接模拟 | 基因表达数据,空间转录组数据,分子结构数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
5956 | 2025-10-06 |
Deciphering the temporal transcriptional landscape of human fetal leptomeninges
2025-Jun-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae397
PMID:39657259
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研究论文 | 通过单核RNA测序揭示人类胎儿软脑膜发育过程中的转录组动态和细胞异质性 | 首次系统描绘人类胎儿软脑膜发育的时间转录组图谱,发现人类特异性层标记物和衰老特异性蛛网膜细胞簇 | 样本数量有限(8个人类胚胎),仅通过免疫染色验证部分发现 | 解析人类胚胎发育过程中软脑膜的细胞发育和分子机制 | 人类胎儿软脑膜组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单核RNA测序,生物信息学分析,免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据 | 8个人类胚胎(从早期胎儿到中晚期胎儿阶段) | NA | 单核RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
5957 | 2025-10-06 |
The Application of Omics Technologies in Type II Diabetes Mellitus Research
2025-Jun-03, Current diabetes reviews
IF:2.4Q3
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综述 | 本文探讨组学技术在2型糖尿病研究中的应用与进展 | 系统总结单细胞测序和LC-MS技术如何推动糖尿病精准医疗和生物标志物发现 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于文献综述 | 探索组学技术在2型糖尿病研究中的应用价值 | 2型糖尿病的分子机制和生物标志物 | 生物医学 | 2型糖尿病 | 基因组学,蛋白质组学,代谢组学,单细胞测序,液相色谱-质谱联用 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学,代谢组学 | NA | NA |
5958 | 2025-10-06 |
A Genetic Perspective to Reveal the Impact of Mitochondrial Dysfunction-related Genes on Diabetic Kidney Disease: A Multi-omics Study
2025-Jun-03, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过多组学方法探讨线粒体功能障碍相关基因在糖尿病肾病中的作用,并确定ACTN1作为潜在治疗靶点 | 首次整合大规模数据库和单细胞RNA测序数据,识别出7个具有显著遗传因果效应的线粒体功能障碍相关基因,并预测了二氢麦角汀作为ACTN1的靶向化合物 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探究线粒体功能障碍在糖尿病肾病进展中的分子机制,识别关键致病基因 | 糖尿病肾病相关的线粒体功能障碍基因 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, SMR分析, MR分析, 共定位分析, PheWAS分析, 分子动力学分析, 免疫荧光 | 预测模型 | 基因组数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5959 | 2025-10-06 |
TFcomb identifies transcription factor combinations for cellular reprogramming based on single-cell multiomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279955.124
PMID:40210438
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研究论文 | 开发了一种基于单细胞多组学数据识别细胞重编程转录因子及其组合的计算方法 | 将重编程转录因子识别建模为逆问题,使用Tikhonov正则化保证泛化能力,并设计图注意力网络增强基因调控网络 | NA | 识别能够指导细胞状态转变的重编程转录因子及其组合 | 细胞重编程过程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 图注意力网络 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
5960 | 2025-10-06 |
Dissecting multilayer cell-cell communications with signaling feedback loops from spatial transcriptomics data
2025-Jun-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279857.124
PMID:40262896
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研究论文 | 开发了一种名为stMLnet的计算方法,用于从空间转录组数据中解析多层细胞间通讯及信号反馈环路 | 首次整合空间信息和多层信号调控机制来识别多层细胞通讯中的信号反馈环路 | NA | 开发能够整合空间信息和复杂信号机制来推断功能性细胞间通讯的计算方法 | 空间转录组数据中的细胞间通讯网络 | 空间转录组学 | COVID-19感染 | 空间转录组学 | 基于扩散模型和质量作用模型的信号活动量化方法 | 空间转录组数据 | 多种空间转录组技术数据集 | NA | 空间转录组学, seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | seqFISH+, Slide-seq v2, MERFISH, Stereo-seq | 具有不同空间分辨率和基因覆盖度的多种空间转录组技术 |