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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5901 | 2025-10-06 |
Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics
2025-Jun, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107498
PMID:40318741
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析确定了人类动脉粥样硬化斑块中内皮-间质转化的核心基因特征 | 首次在人类动脉粥样硬化组织中通过计算谱系追踪方法识别EndoMT过程的核心基因特征,而非仅关注完全分化的间质细胞状态 | 研究主要基于计算分析,需要进一步的实验验证 | 揭示人类动脉粥样硬化中内皮-间质转化的分子机制 | 人类颈动脉斑块组织、小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、计算谱系追踪、批量RNA测序 | 谱系追踪模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据 | 46例人类颈动脉单细胞样本、632例患者批量RNA样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5902 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis
2025-Jun, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107499
PMID:40345606
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在动脉粥样硬化研究中的应用及其对细胞异质性的新见解 | 通过单细胞RNA测序重新定义动脉粥样硬化斑块病理学,识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和疾病进展中的特定作用 | NA | 总结单细胞RNA测序在动脉粥样硬化研究中揭示的细胞异质性及其治疗意义 | 小鼠和人类组织中的非病变和动脉粥样硬化主动脉 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5903 | 2025-10-06 |
Integrative transcriptomic and single-cell analysis reveals IL27RA as a key immune regulator and therapeutic indicator in breast cancer
2025-Jun-01, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02811-w
PMID:40450602
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研究论文 | 通过整合转录组和单细胞分析揭示IL27RA作为乳腺癌关键免疫调节因子和治疗指标 | 首次系统研究IL27RA在乳腺癌中的作用及其与免疫治疗反应的关系,利用单细胞转录组数据进行免疫分层 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证IL27RA的具体功能机制 | 探索IL27RA在乳腺癌中的表达特征、预后价值和治疗预测作用 | 乳腺癌患者样本和单细胞测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, Western blot | NA | 转录组数据, 单细胞数据, 蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO和scRNA-seq数据集的多个队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5904 | 2025-10-06 |
Machine Learning-Assisted Analysis of the Oral Cancer Immune Microenvironment: From Single-Cell Level to Prognostic Model Construction
2025-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70637
PMID:40457149
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研究论文 | 本研究结合机器学习方法和单细胞测序数据分析口腔癌免疫微环境,并构建免疫浸润预测模型 | 首次将机器学习算法与单细胞测序数据相结合,系统分析口腔癌免疫微环境并构建可靠的预后模型 | 模型验证仅限于训练集和独立测试集,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 构建口腔癌免疫浸润预测模型,为个性化治疗和预后评估提供理论基础 | 口腔癌患者及其肿瘤免疫微环境 | 机器学习 | 口腔癌 | 单细胞测序 | Lasso回归, 随机森林, 梯度提升机 | 临床基因组数据, 单细胞测序数据 | 口腔癌患者队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5905 | 2025-10-06 |
Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses with machine learning to predict platinum response and prognosis in ovarian cancer
2025-May-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99930-9
PMID:40450069
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,结合机器学习方法开发了预测卵巢癌铂类化疗反应和预后的模型 | 首次结合单细胞转录组和批量RNA-seq数据,利用机器学习识别出5个基因标志物构建铂类反应预测模型 | 样本量相对有限,需要在更大规模队列中进一步验证模型的泛化能力 | 开发预测卵巢癌患者铂类化疗反应和预后的生物标志物模型 | 卵巢癌患者 | 机器学习 | 卵巢癌 | RNA-seq, scRNA-seq, 机器学习 | 随机森林 | 基因表达数据 | 包含训练队列和GSE63885独立验证队列 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5906 | 2025-10-06 |
Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome
2025-May-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176596
PMID:40232854
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析闭塞性细支气管炎综合征患者肺组织,揭示免疫细胞和基质细胞在疾病发病机制中的共同作用 | 首次在CLAD-BOS和cGVHD-BOS两种疾病中发现CD8+组织驻留记忆T细胞的扩增群体,并识别出功能失调的基质细胞 | 样本量较小(仅10例样本),且为移植后肺组织样本 | 理解闭塞性细支气管炎综合征的疾病机制 | 人类肺移植和造血干细胞移植后发生BOS的患者肺组织 | 单细胞组学 | 肺移植并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例样本(4例CLAD-BOS,3例cGVHD-BOS,3例对照) | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
5907 | 2025-10-06 |
Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair
2025-May-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6695752/v1
PMID:40470192
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研究论文 | 本研究鉴定了一种独特的骨导向巨噬细胞亚群,揭示了其通过调控前中性粒细胞和骨髓基质细胞促进骨修复的新机制 | 首次发现并表征了具有特定表达谱(F4/80⁺ Csf1r⁻ Cx3cr1hi Ccr2hi)的骨导向巨噬细胞亚群,阐明了其在建立骨再生微环境中的关键作用 | NA | 探究巨噬细胞在骨组织再生中的具体机制和细胞类型 | 骨导向巨噬细胞、前中性粒细胞、LepR⁺骨髓基质细胞 | 组织再生医学 | 骨损伤 | 组织学分析、流式细胞术、RNA-seq、scRNA-seq | NA | 基因表达数据、转录组数据 | 使用条件性基因敲除小鼠模型(Axin2-Cre; tdTomato, Inhba, Wls) | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
5908 | 2025-10-06 |
Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice
2025-May-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1
PMID:40470235
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研究论文 | 本研究通过转录组特征引导的中间肺泡上皮细胞剔除策略改善小鼠肺纤维化 | 开发了新型RNA传感依赖性蛋白翻译技术,能够选择性靶向和功能研究Krt8+ ADI细胞 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用仍需进一步验证 | 探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化发生中的具体作用机制 | 小鼠Krt8+ ADI细胞和人类KRT5-/KRT17+异常基底样细胞 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,RNA传感技术,细胞剔除技术 | NA | 转录组数据 | 小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5909 | 2025-10-06 |
Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer
2025-May-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02484-5
PMID:40355680
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研究论文 | 开发基于脂肪酸代谢和铁死亡的机器学习预测模型,用于前列腺癌免疫治疗反应和预后评估 | 首次整合铁死亡和脂肪酸代谢基因构建前列腺癌预后模型,结合多组学数据和机器学习算法 | 模型验证队列相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 构建前列腺癌预后预测模型并指导个性化治疗 | 前列腺癌患者 | 机器学习 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学 | Lasso + 随机生存森林 | 基因表达数据 | TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5910 | 2025-10-06 |
IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2025-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.190655
PMID:40131369
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研究论文 | 评估IFN-γ联合供者淋巴细胞输注治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和有效性 | 首次在临床试验中验证IFN-γ可增强髓系母细胞对同种异体反应性T细胞的敏感性,并采用单细胞RNA测序技术分析体内IFN-γ反应通路激活情况 | I期临床试验样本量较小,需要更大规模研究验证疗效 | 评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效 | 异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者 | 血液肿瘤学 | 急性髓系白血病,骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7名患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5911 | 2025-10-06 |
Progressive accumulation of circulating CD27-CD28- effector/memory CD8+ T cells in patients with lung cancer blunts responses to immune checkpoint inhibitor therapy
2025-May, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01448-7
PMID:40307573
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研究论文 | 本研究揭示肺癌患者外周血中CD27-CD28-效应/记忆CD8+ T细胞的渐进性积累会削弱对免疫检查点抑制剂治疗的反应 | 首次系统揭示肺癌通过诱导整个CD8+ T细胞群体的稳态失调来系统性地抵消潜在肿瘤反应性CD8+ T细胞 | 研究主要关注肺癌患者,结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 探究肺癌如何系统性地影响CD8+ T细胞区室及其对免疫治疗反应的影响 | 肺癌患者的外周血CD8+ T细胞 | 免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自四个独立队列的224名肺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5912 | 2025-10-06 |
Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis
2025-May, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01447-8
PMID:40369121
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现癌症相关成纤维细胞分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌的上皮-间质转化,并与不良预后相关 | 首次系统鉴定弥漫型胃癌特异性生物标志物,揭示CAF来源的fibulin-5通过CREB通路促进EMT的新机制 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,需要更多体内实验验证 | 鉴定弥漫型胃癌特异性生物标志物并探索其分子机制 | 弥漫型胃癌患者样本、癌症相关成纤维细胞、胃癌细胞系、类器官 | 癌症生物学 | 胃癌 | RNA测序、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序、原代细胞培养、类器官培养、共培养系统 | 数学建模、信号网络分析 | 基因表达数据、蛋白质表达数据、临床病理数据 | 三个基因组数据库(TCGA、GSE62254、GSE26253)及组织微阵列样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
5913 | 2025-10-06 |
Clofarabine Enhances the Transduction Efficiency of Recombinant AAV2 in the Retina
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.42
PMID:40434346
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研究论文 | 本研究探讨了核糖核苷酸还原酶抑制剂氯法拉滨如何安全增强重组腺相关病毒血清型2在视网膜中的转导效率 | 首次发现氯法拉滨通过诱导S期阻滞和重编程转录景观的双重机制增强rAAV2转导效率 | 研究仅限于小鼠模型和ARPE-19细胞系,尚未在人类临床试验中验证 | 开发提高眼部基因治疗中rAAV2转导效率的辅助策略 | 小鼠视网膜和ARPE-19人视网膜色素上皮细胞 | 基因治疗 | 眼科疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞活力数据 | 细胞系和动物模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5914 | 2025-10-06 |
Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.45
PMID:40440164
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综述 | 本文综述了角膜上皮干细胞研究的最新进展,包括其定位、群体维持机制和异质性特征 | 整合了角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等最新技术发现,揭示了角膜上皮干细胞的新特性 | 当前研究存在局限性,领域内仍有亟待解决的关键问题 | 阐明角膜上皮干细胞的基本特性及其在再生医学中的应用潜力 | 角膜上皮干细胞 | 再生医学 | 角膜疾病 | 谱系追踪, 活体成像, 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5915 | 2025-10-06 |
Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease
2025-Apr, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.037203
PMID:40135555
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据识别与冠状动脉疾病风险相关的关键基因 | 首次通过整合基因甲基化、表达和蛋白质水平的多组学数据,结合孟德尔随机化和共定位分析,识别出TAGLN2等与CAD风险相关的关键基因 | 潜在因果基因仍未完全识别,缺乏因果治疗验证 | 探索冠状动脉疾病的分子网络发病机制 | 冠状动脉疾病相关基因 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 共定位分析 | NA | 基因组数据, 甲基化数据, 表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5916 | 2025-10-06 |
BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038286
PMID:40055864
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研究论文 | 本研究通过心脏特异性敲除BubR1基因,揭示了其在心脏发育中的关键调控作用 | 首次发现BubR1通过调控关键心脏发育基因表达和Wnt信号通路来确保心脏形态发生的正常时序 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究BubR1基因突变导致先天性心脏缺陷的分子机制 | 小鼠胚胎心脏发育过程 | 发育生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序,轨迹分析,CellChat信号通路分析 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 条件性基因敲除小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5917 | 2025-10-06 |
Pharmacological activation of STAT1-GSDME pyroptotic circuitry reinforces epigenetic immunotherapy for hepatocellular carcinoma
2025-Mar-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332281
PMID:39486886
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研究论文 | 本研究通过药理学激活STAT1-GSDME焦亡回路,开发了一种针对肝细胞癌的表观遗传免疫治疗新策略 | 首次揭示了选择性I类HDAC抑制剂CXD101通过STAT1-GSDME焦亡回路增强免疫检查点阻断治疗的机制 | 研究主要基于临床前模型,临床转化效果需进一步验证 | 开发克服肝细胞癌免疫检查点阻断耐药的新型联合疗法 | 肝细胞癌患者和ICB耐药原位及自发模型 | 表观遗传学与免疫治疗 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 染色质免疫沉淀测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 免疫表型数据 | 来自pembrolizumab试验的肝细胞癌患者队列和4种ICB耐药模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
5918 | 2025-10-06 |
Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf136
PMID:40185158
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综述 | 系统回顾深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战 | 从数据科学角度系统评估58种计算方法在21个基准数据集上的性能表现,揭示模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异 | 高质量标注数据集仍然有限,生物组织复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景存在困难 | 探讨深度学习在单细胞和空间转录组数据分析中的应用前景和发展方向 | 单细胞测序数据和空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序,空间转录组 | 深度学习 | 基因表达数据,表观遗传修饰数据,代谢物水平数据,空间位置数据 | 21个数据集来自9个基准测试 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组 | NA | NA |
5919 | 2025-10-06 |
JARID1D-dependent androgen receptor and JunD signaling activation of osteoclast differentiation inhibits prostate cancer bone metastasis through demethylating H3K4
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.104135
PMID:39816691
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研究论文 | 本研究揭示了JARID1D通过去甲基化H3K4调控雄激素受体和JunD信号通路,抑制前列腺癌骨转移的分子机制 | 首次发现JARID1D通过H3K4me3去甲基化活性动态调控AR表达,并阐明其通过MAOA-RANKL信号轴影响破骨细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索前列腺癌骨转移的表观遗传调控机制 | 前列腺癌细胞和破骨细胞 | 癌症生物学 | 前列腺癌 | 染色质免疫沉淀, 免疫荧光, 蛋白质印迹, 单细胞测序, 骨培养系统 | NA | 分子生物学数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
5920 | 2025-10-06 |
Study on DNA Damage Gene in Spermatogonial Stem Cells from Idiopathic Nonobstructive Azoospermia: A Bioinformatics Investigation Based on scRNA-seq Data
2025, Cytogenetic and genome research
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000545275
PMID:40101697
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研究论文 | 基于scRNA-seq数据通过生物信息学方法研究特发性非梗阻性无精子症中精原干细胞DNA损伤基因 | 首次结合单细胞RNA测序和生物信息学分析揭示ATRX、DOT1L和RUVBL2作为精原干细胞DNA损伤修复的关键诊断基因 | 研究结果为预测性机制,需要进一步实验验证预测的机制、通路和治疗靶点 | 探索DNA损伤与男性不育的机制关系 | 特发性非梗阻性无精子症患者和正常人的睾丸组织 | 生物信息学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 | WGCNA, LASSO回归, MNC计算算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |