单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5901	2024-11-25	Integrative analysis of anoikis-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of CDKN3 as a key oncogene in lung adenocarcinoma 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113282 PMID:39383787	研究论文	研究分析了与失巢凋亡相关的基因在肺腺癌中的表达模式和预后意义，并鉴定了CDKN3作为关键的致癌基因	构建了基于失巢凋亡相关基因的风险评分模型，并验证了其在免疫治疗和临床应用中的有效性	NA	研究失巢凋亡相关基因在肺腺癌中的预后价值及其与免疫治疗的关系	肺腺癌患者的失巢凋亡相关基因表达及其预后意义	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	基因表达数据	使用了TCGA-LUAD数据库和GEO数据集，以及临床样本
5902	2024-11-25	OSCC-derived EVs educate fibroblasts and remodel collagen landscape 2024-Dec, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2024.10.004 PMID:39393503	研究论文	研究探讨了口腔鳞状细胞癌（OSCC）来源的细胞外囊泡（EVs）如何通过调节癌症相关肌成纤维细胞（mCAFs）和相关胶原蛋白来重塑肿瘤微环境	首次揭示了OSCC来源的EVs在调控纤维母细胞向mCAFs分化以及特定胶原蛋白类型富集中的重要作用	NA	探讨OSCC来源的EVs在肿瘤微环境重塑中的作用机制	OSCC来源的EVs、纤维母细胞、mCAFs、胶原蛋白	数字病理学	口腔癌	单细胞测序、免疫荧光染色、蛋白质组分析	NA	单细胞测序数据、免疫荧光图像、蛋白质组数据	OSCC组织样本
5903	2024-11-25	MCGAE: unraveling tumor invasion through integrated multimodal spatial transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae608 PMID:39576225	研究论文	本文介绍了一种名为MCGAE的多视角对比图自编码器，用于整合多模态空间转录组数据，以揭示肿瘤侵袭区域	MCGAE通过创建多视角表示和整合基因表达、空间邻接矩阵及形态学图像特征，显著提升了多模态数据处理能力	NA	开发一种先进的深度计算框架，用于复杂的空间转录组数据分析	空间转录组数据，特别是结直肠癌肝转移中的肿瘤侵袭区域	生物医学研究	结直肠癌	空间转录组学	多视角对比图自编码器	基因表达数据、空间坐标数据、形态学信息	模拟数据集和真实空间转录组数据集
5904	2024-11-25	Roles of cathepsin S expression levels on the prognosis and tumour microenvironment in clear cell renal cell carcinoma 2024-Nov-21, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01547-3 PMID:39570472	研究论文	研究了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达水平及其对预后和肿瘤微环境的影响	首次探讨了组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的潜在作用及其分子功能，并发现其作为预后生物标志物和免疫相关治疗靶点的潜力	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据分析，体外实验验证较少	探讨组织蛋白酶S在透明细胞肾细胞癌中的表达及其对预后和肿瘤微环境的影响	透明细胞肾细胞癌患者的组织样本和相关数据	数字病理学	肾癌	qRT-PCR, IHC	NA	基因表达数据, 免疫细胞浸润数据, 单细胞测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个透明细胞肾细胞癌样本
5905	2024-11-25	Peripheral nerve-derived CSF1 induces BMP2 expression in macrophages to promote nerve regeneration and wound healing 2024-Nov-21, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-024-00379-7 PMID:39572537	研究论文	研究揭示了周围神经来源的CSF1通过诱导巨噬细胞中BMP2表达促进神经再生和伤口愈合的机制	首次验证了神经与巨噬细胞之间的相互作用在去神经伤口愈合中的关键作用，并揭示了CSF1诱导BMP2表达的神经免疫调节途径	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证其有效性和安全性	探讨炎症和修复性巨噬细胞的调控机制及其在伤口愈合中的作用	巨噬细胞、神经元、伤口愈合过程	NA	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	小鼠早期和晚期皮肤伤口样本
5906	2024-11-25	Single-cell sequencing of full-length transcripts and T-cell receptors with automated high-throughput Smart-seq3 2024-Nov-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11036-0 PMID:39574011	研究论文	开发了一种自动化高通量Smart-seq3工作流程，用于单细胞全长转录本和T细胞受体的测序	提出了自动化高通量Smart-seq3工作流程，显著提高了细胞捕获效率、基因检测灵敏度和T细胞受体重建的准确性	NA	开发和优化单细胞测序技术，以提高数据质量和细胞异质性解析能力	人类初级CD4+ T细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录本	人类初级CD4+ T细胞
5907	2024-11-25	High content of nuclei-free low-quality cells in reference single-cell atlases: a call for more stringent quality control using nuclear fraction 2024-Nov-21, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11015-5 PMID:39574015	研究论文	本文探讨了现有单细胞RNA测序数据集中存在的低质量细胞污染问题，并呼吁采用更严格的质控标准	提出了将细胞内含子分数或MALAT1表达纳入质控标准，以提高细胞图谱数据的可靠性	未详细描述具体实施这些质控标准的步骤和方法	揭示现有单细胞RNA测序数据集中的低质量细胞污染问题，并提出改进建议	人类细胞图谱、Tabula Sapiens和Tabula Muris等大型单细胞RNA测序数据集	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多个组织和器官的数据集
5908	2024-11-25	Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function 2024-Nov-20, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c15013 PMID:39520323	研究论文	研究通过单细胞测序分析探讨了Wnt信号通路和施万细胞在周围神经再生中的作用，并开发了一种含有Wnt3a蛋白的聚己内酯电纺纤维支架，用于改善大鼠坐骨神经缺损模型的神经修复效果	首次将Wnt3a蛋白整合到聚己内酯电纺纤维支架中，显著提高了神经修复效果和施万细胞的功能	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类中验证其有效性	探讨Wnt信号通路和施万细胞在周围神经再生中的作用，并开发新型神经修复支架	施万细胞、Wnt信号通路、周围神经再生	生物医学工程	NA	单细胞测序分析、电纺技术	NA	单细胞数据	大鼠坐骨神经缺损模型
5909	2024-11-25	The establishment of the anther somatic niche with single-cell sequencing 2024-Nov-14, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.11.004 PMID:39547468	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了玉米花药的体细胞微环境发育过程	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了玉米花药体细胞类型的发育轨迹，并鉴定了先前未知的体细胞类型的潜在标记基因	NA	研究玉米花药体细胞微环境的发育过程及其基因表达特征	玉米花药的体细胞类型及其发育轨迹	植物科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5910	2024-11-25	A human embryonic limb cell atlas resolved in space and time 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06806-x PMID:38057666	研究论文	本文详细描述了人类胚胎肢体在空间和时间上的发育过程	首次使用单细胞和空间转录组学技术全面解析人类胚胎肢体发育过程，并发现了新的细胞群体和肌肉发育的两个波次	研究主要集中在胚胎肢体发育，未涉及其他器官或组织的发育	深入了解人类胚胎肢体发育的基因表达调控机制	人类胚胎肢体细胞及其发育过程	发育生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	基因表达数据	多个解剖连续的空间转录组样本和鼠胚胎肢体样本
5911	2024-11-25	Spatial transcriptomics reveals distinct tissue niches linked with steroid responsiveness in acute gastrointestinal GVHD 2023-11-23, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020644 PMID:37699201	研究论文	研究利用空间转录组技术揭示了急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的不同组织微环境	首次利用空间转录组技术分析了急性胃肠道GVHD患者的组织微环境，并发现了与类固醇反应性相关的独特基因表达特征	样本量较小，仅包括32名患者，可能影响结果的普适性	揭示急性胃肠道GVHD中与类固醇反应性相关的组织微环境，并识别潜在的预后生物标志物	急性胃肠道GVHD患者的组织样本	数字病理学	造血系统疾病	空间转录组技术	NA	基因表达数据	32名急性胃肠道GVHD患者
5912	2024-11-25	Temporal regulation of neural diversity in Drosophila and vertebrates 2023-06, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2022.05.011 PMID:35623984	综述	本文综述了果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制	本文通过比较果蝇和脊椎动物的脑发育程序，揭示了神经多样性生成中的时间模式机制的共性	NA	探讨果蝇和脊椎动物神经多样性的时间调控机制	果蝇和脊椎动物的神经多样性生成	发育生物学	NA	单细胞测序	NA	转录组和表观基因组数据	大量单细胞样本
5913	2024-11-24	Using Callus as an Ex Vivo System for Chromatin Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4228-3_18 PMID:39576610	综述	本文综述了下一代测序技术在表观遗传学研究中的应用，并探讨了使用子叶衍生愈伤组织作为体外系统进行染色质分析的优势	本文提出了使用子叶衍生愈伤组织作为简单、易获取且稳健的平台，用于高通量多组学分析	本文未提及具体的实验数据或结果，主要集中在方法论的讨论上	探讨表观遗传机制的复杂性及其在基因调控中的作用	DNA甲基化和组蛋白修饰谱	表观遗传学	NA	下一代测序	NA	多组学数据	NA
5914	2024-11-24	Macrophage depletion in inflamed rat knees prevents the activation of synovial mesenchymal stem cells by weakening Nampt and Spp1 signaling 2024-Nov-20, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-024-00361-2 PMID:39563425	研究论文	研究探讨了在炎症状态下，通过清除巨噬细胞来抑制滑膜间充质干细胞的激活	首次揭示了巨噬细胞通过Nampt和Spp1信号通路调控滑膜间充质干细胞的激活	研究仅在急性炎症模型中进行，未探讨慢性炎症情况下的效果	探究巨噬细胞在炎症和组织再生中的作用及其与滑膜间充质干细胞的相互作用	滑膜间充质干细胞和巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及大鼠膝关节样本，具体数量未明确提及
5915	2024-11-24	Divergent WNT signaling and drug sensitivity profiles within hepatoblastoma tumors and organoids 2024-Nov-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52757-w PMID:39567475	研究论文	研究分析了肝母细胞瘤及其肿瘤衍生类器官的分子异质性和药物敏感性	通过单细胞RNA测序/ATAC测序、空间转录组学和高通量药物筛选，揭示了肝母细胞瘤中两种不同的肿瘤上皮特征及其药物敏感性	NA	研究肝母细胞瘤的分子异质性和药物敏感性，以开发靶向疗法	肝母细胞瘤及其肿瘤衍生类器官	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序/ATAC测序、空间转录组学、高通量药物筛选	NA	基因表达数据	肝母细胞瘤及其肿瘤衍生类器官
5916	2024-11-24	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-Nov-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	研究使用组织学引导和空间转录组学技术，分析了肝母细胞瘤中胚胎胆道谱系程序与Wnt激活的相互作用，揭示了非遗传机制对肿瘤进化的影响	揭示了胚胎胆道谱系程序与Wnt/β-catenin信号通路的合作，通过FGF19作为旁分泌生长信号促进肿瘤细胞增殖的机制	NA	探讨肝母细胞瘤中胚胎胆道谱系程序与Wnt激活的相互作用及其对肿瘤细胞增殖的影响	肝母细胞瘤	数字病理学	儿童疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	患者来源的肿瘤细胞
5917	2024-11-24	Pulrodemstat, a selective inhibitor of KDM1A, suppresses head and neck squamous cell carcinoma growth by triggering apoptosis 2024-Nov-20, BMC pharmacology & toxicology IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40360-024-00807-w PMID:39567962	研究论文	研究了一种名为Pulrodemstat的选择性KDM1A抑制剂，通过触发凋亡来抑制头颈鳞状细胞癌的生长	Pulrodemstat在临床试验中显示出比传统化疗药物5-Fu更强的抗肿瘤活性，并且对正常细胞无毒性	NA	寻找更精确和有效的头颈鳞状细胞癌治疗方案	头颈鳞状细胞癌	NA	头颈鳞状细胞癌	高通量筛选、单细胞测序、CCK-8检测、流式细胞术	NA	基因组数据	NA
5918	2024-11-24	TNFR2 blockade promotes antitumoral immune response in PDAC by targeting activated Treg and reducing T cell exhaustion 2024-Nov-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008898 PMID:39562007	研究论文	研究通过阻断TNFR2受体来增强胰腺导管腺癌（PDAC）的抗肿瘤免疫反应	提出了一种新的治疗策略，即结合CD40激动剂和TNFR2拮抗剂来治疗PDAC	单独使用TNFR2阻断剂对CD8+ T细胞的激活效果有限，肿瘤生长抑制效果不显著	探讨TNFR2阻断剂在PDAC中的抗肿瘤免疫反应机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者和免疫活性小鼠模型	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞分析数据	24名PDAC患者和免疫活性小鼠模型
5919	2024-11-24	Prediction of single-cell RNA expression profiles in live cells by Raman microscopy with Raman2RNA 2024-Nov, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02082-2 PMID:38200118	研究论文	本文介绍了一种名为Raman2RNA的方法，通过拉曼显微镜图像预测活细胞中的单细胞RNA表达谱	Raman2RNA方法通过无标记的超光谱拉曼显微镜图像和领域翻译技术，实现了对活细胞中单细胞RNA表达谱的非破坏性预测	NA	开发一种非破坏性的方法来预测活细胞中的单细胞RNA表达谱	活细胞中的单细胞RNA表达谱	数字病理学	NA	拉曼显微镜	对抗自编码器	图像	涉及小鼠成纤维细胞和胚胎干细胞的活细胞追踪
5920	2024-11-24	A computational approach to assessing the prognostic implications of BRAF and RAS mutations in patients with papillary thyroid carcinoma 2024-Nov, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03911-3 PMID:38886331	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨BRAF和RAS突变在甲状腺乳头状癌中的预后价值	揭示了BRAF和RAS突变在甲状腺乳头状癌进展中的重要作用，特别是BRAF V600E突变与侵袭性特征的关联	NA	探讨BRAF和RAS突变在甲状腺乳头状癌中的预后意义	甲状腺乳头状癌患者中的BRAF和RAS突变	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	甲状腺乳头状癌和正常样本