单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5881	2024-11-30	GDNF family receptor alpha-like (GFRAL) expression is restricted to the caudal brainstem 2024-Nov-26, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.102070 PMID:39608751	研究论文	研究探讨了GDNF家族受体α样蛋白（GFRAL）在中枢神经系统和外周组织中的表达情况	通过高灵敏度和选择性技术，首次全面展示了GFRAL在脑干以外的其他脑区和外周组织中的表达情况	研究主要集中在小鼠和人类组织样本上，未涉及其他物种	探究GFRAL在外周组织和脑干以外脑区的表达情况	GFRAL在不同组织中的表达细胞	神经科学	NA	单分子原位杂交、单细胞RNA测序	NA	RNA	从小鼠和人类组织中收集了12种不同组织的样本
5882	2024-11-30	RNA timestamps identify the age of single molecules in RNA sequencing 2021-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0704-z PMID:33077959	研究论文	本文介绍了一种名为RNA时间戳的方法，用于通过RNA编辑推断RNA测序数据中单个RNA的年龄	提出了RNA时间戳方法，通过RNA编辑推断RNA的年龄，并能够推断多个过去的转录事件的时间	NA	开发一种新的方法来推断RNA测序数据中单个RNA的年龄，并结合时间信息进行单细胞聚类	单细胞RNA测序数据中的单个RNA	基因组学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
5883	2024-11-29	Genes and Pathways Underpinning Klinefelter Syndrome at Bulk and Single-Cell Levels 2024-Dec, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10689-6 PMID:38374521	研究论文	研究探讨了Klinefelter综合征（KS）在批量和单细胞水平上的关键基因和通路	首次在单细胞水平上评估了KS患者不同细胞类型之间的细胞间通讯，并发现了关键基因和通路	研究依赖于现有的公开数据集，可能存在数据质量和样本多样性的限制	揭示Klinefelter综合征的发病机制中的关键基因和通路	Klinefelter综合征患者的批量和单细胞转录组数据	基因组学	生殖系统疾病	转录组分析	NA	基因表达数据	使用了三个批量和一个单细胞转录组数据集，包括KS和对照样本
5884	2024-11-29	Identifying an AML Prognostic Model Using 10 Marker Genes from Single-Cell Transcriptome and Bulk Transcriptome Analysis 2024-Dec, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10678-9 PMID:38347290	研究论文	研究探讨了FANC核心复合物在骨髓衰竭中的作用，并通过单细胞和批量转录组分析确定了与核仁稳态相关的基因，开发了一种预测急性髓系白血病（AML）预后的模型	通过单细胞和批量转录组分析，揭示了FA患者与健康个体在细胞间通信上的显著差异，并开发了一种具有高预测精度的AML预后模型	NA	探讨FANC核心复合物在骨髓衰竭中的作用，并开发AML预后模型	FA患者的造血干细胞和AML预后	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序和批量转录组分析	预后模型	转录组数据	FA患者和健康个体的造血干细胞
5885	2024-11-29	m6A Modification of Profilin-1 in Vascular Smooth Muscle Cells Drives Phenotype Switching and Neointimal Hyperplasia via Activation of the p-ANXA2/STAT3 Pathway 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321399 PMID:39508106	研究论文	研究探讨了PFN1在血管平滑肌细胞中的m6A修饰如何通过激活p-ANXA2/STAT3通路驱动表型转换和新内膜增生	首次揭示了PFN1的m6A修饰在血管平滑肌细胞中的重要作用，并阐明了其通过激活p-ANXA2/STAT3通路促进表型转换和新内膜增生的机制	NA	探讨PFN1在血管平滑肌细胞中的作用及其在支架内再狭窄中的机制	血管平滑肌细胞、支架内再狭窄患者及多种实验模型	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括狭窄的大鼠颈动脉、支架植入的猪冠状动脉、支架内再狭窄患者、PFN1SMC-IKO小鼠和PFN1过表达小鼠等多种样本
5886	2024-11-29	Time-resolved single-cell transcriptomic sequencing 2024-Nov-27, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d4sc05700g PMID:39568874	综述	综述了时间分辨单细胞转录组测序方法及其应用	介绍了将“时间锚点”引入单细胞RNA测序库以记录动态表达模式的方法	现有的计算方法基于假设，未能反映实际状态	探讨时间分辨单细胞转录组测序技术的发展和应用	单细胞RNA测序技术及其在不同时间点的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
5887	2024-11-29	Single-cell RNA sequencing reveals key regulators and differentiation trajectory of iPSC-derived cardiomyocytes 2024-11-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-79488-8 PMID:39587160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人诱导多能干细胞（iPSC）向心肌细胞分化的动态基因调控网络和关键调控因子	首次在单细胞分辨率下揭示了iPSC向心肌细胞分化的关键调控基因和分化轨迹	研究仅基于两个iPSC细胞系，可能存在样本多样性不足的问题	揭示心肌细胞分化过程中的动态基因调控网络和关键调控因子	人诱导多能干细胞（iPSC）及其分化为心肌细胞的过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	32,365个细胞，来自4个分化阶段的两个iPSC细胞系
5888	2024-11-29	A comprehensive analysis of gene expression and the immune landscape in gastric cancer through single-cell and multi-omics approaches 2024-Nov-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01591-z PMID:39585511	研究论文	本研究通过单细胞和多组学方法全面分析了胃癌中的基因表达和免疫景观	首次通过单细胞RNA测序揭示了胃癌微环境的细胞景观和基因表达谱，并发现了与肿瘤微环境相关的性别偏倚基因功能	NA	探讨胃癌微环境中不同细胞类型和基因表达谱的分布，揭示潜在的分子机制	胃癌样本中的基因表达和免疫微环境	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	NA
5889	2024-11-29	Inhalation of itraconazole mitigates bleomycin-induced lung fibrosis via regulating SPP1 and C3 signaling pathway pivotal in the interaction between phagocytic macrophages and diseased fibroblasts 2024-Nov-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05895-0 PMID:39587675	研究论文	研究通过吸入伊曲康唑减轻博来霉素诱导的肺纤维化，并探讨其通过调节SPP1和C3信号通路在吞噬性巨噬细胞与病变成纤维细胞相互作用中的作用	开发了一种吸入型伊曲康唑制剂，显著提高了药物在肺组织中的积累，从而增强了治疗效果	研究仅在动物模型中进行，尚未进行临床试验	探索吸入伊曲康唑对肺纤维化的治疗效果及其分子机制	博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
5890	2024-11-29	Integration of single-cell sequencing and drug sensitivity profiling reveals an 11-gene prognostic model for liver cancer 2024-Nov-25, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00698-2 PMID:39587687	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和药物敏感性分析，构建了一个11基因的肝癌预后模型	首次基于单细胞测序数据构建了肝癌的11基因预后模型，并结合药物敏感性分析识别了高风险患者的潜在治疗药物	研究仅使用了TCGA-LIHC数据集和GDSC数据库中的15个肝癌细胞系，样本量有限	旨在通过单细胞测序和药物敏感性分析，构建肝癌的预后模型并识别潜在治疗药物	肝癌患者的预后和治疗	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO模型	基因表达数据	370名肝癌患者和15个肝癌细胞系
5891	2024-11-29	Stiffness-dependent LOX regulation via HIF-1 drives extracellular matrix modifications in psoriasis 2024-Nov-25, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.10.611 PMID:39603411	研究论文	研究探讨了银屑病中机械力调节对疾病进展的影响，特别是通过HIF-1介导的LOX调控对细胞外基质（ECM）的重组作用	发现了HIF-1在机械敏感性皮肤成纤维细胞中对LOX蛋白调控的新机制，并揭示了机械力在银屑病发病机制中的潜在作用	研究主要集中在体外实验和scRNA-seq分析，缺乏体内实验验证	探讨机械力调节在银屑病发病机制中的作用	银屑病患者的皮肤成纤维细胞和细胞外基质	数字病理学	银屑病	多光子二次谐波生成显微镜、scRNA-seq	NA	图像、基因表达数据	银屑病患者皮肤样本及体外培养的皮肤成纤维细胞
5892	2024-11-29	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Nov-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长和免疫细胞暴露后的转录多样性	开发了BaSSSh-seq方法，能够捕捉生物膜中广泛的转录异质性，并识别从浮游生长到生物膜生长的基因轨迹	NA	研究细菌生物膜的转录异质性和对免疫压力的不同反应	金黄色葡萄球菌的生物膜和浮游生长状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5893	2024-11-29	Integrated single-cell transcriptome and TCR profiles of hepatocellular carcinoma highlight the convergence on interferon signaling during immunotherapy 2024-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010534 PMID:39581706	研究论文	研究分析了肝细胞癌患者在接受免疫检查点抑制剂联合治疗前后的单细胞转录组和T细胞受体谱，揭示了干扰素信号在免疫治疗响应中的关键作用	首次全面分析了肝细胞癌患者在接受免疫检查点抑制剂联合治疗前后的单细胞转录组和T细胞受体谱，揭示了干扰素信号在免疫治疗响应中的普遍收敛现象	研究样本量较小，仅包括7名患者，可能影响结果的普适性	探讨免疫检查点抑制剂联合治疗对肝细胞癌患者免疫微环境的影响，寻找预测治疗响应的生物标志物	肝细胞癌患者的单细胞转录组和T细胞受体谱	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14个腹水样本，来自7名患者
5894	2024-11-29	Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics 2024-Nov-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279640.124 PMID:39567235	综述	本文综述了单细胞和空间长读长测序技术的发展及其在理解RNA异构体表达中的应用	结合长读长测序与单细胞和空间转录组学技术，以更好地表征异构体表达	这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且我们对RNA异构体生物学角色的理解仍然有限	探讨长读长测序技术在单细胞和空间转录组学中的应用，以及其在理解RNA异构体在发育和病理中的作用	RNA异构体的表达及其在生物学中的作用	NA	NA	长读长测序	NA	转录组数据	NA
5895	2024-11-29	Identification of Spatial Specific Lipid Metabolic Signatures in Long-Standing Diabetic Kidney Disease 2024-Nov-20, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14110641 PMID:39590877	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和空间多组学数据，分析了长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征	首次在长期糖尿病肾病样本中识别出两种受损细胞类型（iTAL和iPT），并发现其脂质代谢和生物合成活动的变化	研究主要基于Kidney Precision Medicine Project的数据，样本量和多样性可能有限	探讨长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征及其与细胞损伤的关系	长期糖尿病肾病样本中的脂质代谢和细胞损伤	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、空间多组学	NA	RNA测序数据、空间代谢组学数据	长期糖尿病肾病样本，具体数量未明确提及
5896	2024-11-29	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	本文介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，专门用于10x Visium空间转录组数据的图像分析	Vispro通过集成四个关键模块（基准标记检测、基准标记移除和图像恢复、组织区域检测以及不连续组织区域分割），解决了空间转录组数据中图像分析的挑战	NA	开发一种能够提高10x Visium空间转录组数据图像分析质量的工具	10x Visium空间转录组数据的图像	数字病理学	NA	图像处理	NA	图像	NA
5897	2024-11-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析结果	本文创新性地整合了空间转录组学和单核RNA测序数据，以增强阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析	由于样本量较小，现有研究使用空间转录组数据识别复杂疾病的差异基因表达能力有限	研究目的是通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析	研究对象包括阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单核RNA测序	线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑样本
5898	2024-11-29	Lactylation Modification as a Promoter of Bladder Cancer: Insights from Multi-Omics Analysis 2024-Nov-13, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110766 PMID:39590360	研究论文	本文通过多组学分析探讨了乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建了一个基于乳酸化修饰的预后模型	首次构建了基于乳酸化修饰的膀胱癌预后模型，并验证了其在临床预后预测和治疗指导中的潜力	需要进一步的临床验证和更大样本量的研究来确认模型的普适性和稳定性	探讨乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建一个有效的预后模型	膀胱癌患者的乳酸化修饰相关基因和预后	数字病理学	膀胱癌	多组学分析	Lasso算法	基因表达数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的多个膀胱癌样本
5899	2024-11-29	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-Nov-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	本文通过形态学和单细胞RNA测序分析验证了非破坏性形态学选择大脑皮层类器官的方法	本文展示了非破坏性形态学分析能够准确区分大脑皮层组织与其他大脑组织的类器官，从而提高实验的准确性和可靠性	NA	验证非破坏性形态学选择大脑皮层类器官的方法	大脑皮层类器官的形态学特征和细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	形态学特征和RNA序列数据	NA
5900	2024-11-29	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-Nov-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	研究论文	研究了在不同细胞和发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	发现Xi的重新激活并不总是与Xa上调的丧失同步，并建立了一个数学模型来描述两个X染色体的转录协调	研究主要集中在小鼠和人类细胞系，未涵盖所有可能的细胞类型和物种	探讨X染色体失活和重新激活过程中Xa上调的动态变化	小鼠胚胎外胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA	涉及多种细胞类型和发育阶段的小鼠和人类细胞