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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5881 | 2025-10-06 |
scDGG: Dynamic gene graphs for enhancing clustering analysis of single-cell RNA sequencing data via spatiotemporal representations
2025-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 提出一种名为scDGG的多视图图学习架构,通过动态基因图增强单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 首次提出动态基因图概念,能够更全面地观察调控机制,相比静态基因图能更好地传达动态调控机制 | 未明确说明方法在特定疾病类型或复杂生物环境中的适用性限制 | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多视图图学习架构 | 基因表达数据 | 基准scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5882 | 2025-10-06 |
The analysis of X chromosome activity of porcine embryonic stem Cells: Study based on parthenogenetic embryonic stem cells with LCDM medium
2025-Sep-15, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究通过建立猪孤雌生殖胚胎干细胞系并分析X染色体活性,探讨其与多能性状态的关系 | 首次在LCDM培养基中建立猪孤雌生殖胚胎干细胞系,并发现传代过程中出现X染色体侵蚀样状态与正常X染色体失活状态的异质性 | 猪 naïve ESCs尚未成功建立,缺乏标准化表征评估标准 | 建立猪胚胎干细胞系并分析X染色体活性特征 | 猪孤雌生殖胚胎干细胞(ppLCDM) | 干细胞生物学 | NA | XIST RNA-FISH, 免疫荧光染色, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据 | 猪囊胚期胚胎来源的干细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5883 | 2025-10-06 |
Activated Schwann cells promote tumor growth in colon cancer
2025-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217791
PMID:40349909
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研究论文 | 本研究揭示了活化雪旺细胞通过c-Jun依赖性机制促进结肠癌生长的关键作用 | 首次发现肿瘤相关非髓鞘形成雪旺细胞在结肠癌中显著增加,并阐明其通过c-Jun激活和IL-6分泌促进肿瘤生长的机制 | 未明确雪旺细胞与其他肿瘤微环境成分相互作用的详细分子通路 | 探究雪旺细胞在结肠癌进展中的具体作用机制 | 结肠癌组织样本、雪旺细胞、肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞 | 肿瘤微环境研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、共培养实验、基因敲除 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 结肠癌组织样本与正常组织对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5884 | 2025-10-06 |
Decipher the single-cell level responses to chemotherapy in pancreatic ductal adenocarcinoma by a cross-time context graph model
2025-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217751
PMID:40294840
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研究论文 | 通过开发跨时间上下文图模型解析胰腺导管腺癌对化疗的单细胞水平响应机制 | 提出scConGraph可扩展双层图模型,能够有效整合跨时间上下文信息重构动态肿瘤细胞响应 | 基于静态单细胞RNA测序快照推断动态过程可能存在局限性 | 研究胰腺导管腺癌对吉西他滨化疗的耐药机制 | 胰腺导管腺癌患者来源异种移植模型 | 单细胞分析 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞基因表达数据 | PDX模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5885 | 2025-10-06 |
Emergence of regulatory and matrix-producing stromal cells during adipogenic induction in human ceiling culture-derived preadipocytes
2025-Jul-22, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152012
PMID:40409116
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和表观遗传分析研究人源天花板培养来源前脂肪细胞在脂肪生成诱导早期的转录组变化 | 首次在单细胞水平揭示ccdPAs对脂肪生成诱导的异质性反应,发现ATOH8转录因子在ccdPAs中的特异性高表达 | 研究仅关注早期转录组变化,未涉及长期分化过程 | 探究人源前脂肪细胞在脂肪生成诱导过程中的细胞异质性和分子机制 | 人源天花板培养来源前脂肪细胞(ccdPAs)和脂肪来源干细胞(ASCs) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 表观遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 人源ccdPAs和ASCs细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5886 | 2025-10-06 |
CD105 blockade restores osimertinib sensitivity in drug-resistant EGFR-mutant non-small cell lung cancer
2025-Jul, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2025.101237
PMID:40090182
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研究论文 | 本研究探讨CD105在EGFR突变非小细胞肺癌中对奥希替尼耐药的作用机制 | 首次发现CD105阻断可恢复耐药EGFR突变非小细胞肺癌对奥希替尼的敏感性,并揭示其通过调节慢循环细胞群和代谢状态的机制 | 研究样本量有限(66例肿瘤样本),且主要依赖细胞系和小鼠模型验证 | 研究CD105在EGFR靶向治疗耐药中的作用机制 | 非小细胞肺癌肿瘤样本和EGFR突变细胞系 | 癌症生物学 | 非小细胞肺癌 | 成像质谱流式技术,单细胞RNA测序,ATAC测序,SCENITH代谢分析,质谱分析 | 细胞系模型,小鼠模型 | 图像,基因表达数据,表观遗传数据,代谢数据 | 66例NSCLC肿瘤样本(其中44例EGFR突变)和2种奥希替尼耐药EGFR突变细胞系 | NA | 单细胞RNA测序,ATAC测序,代谢分析 | NA | NA |
5887 | 2025-10-06 |
Decoding Long-Distance Communication Under Mineral Stress: Advances in Vascular Signalling and Molecular Tools for Plant Resilience
2025-Jul, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15475
PMID:40091594
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综述 | 本文探讨植物在矿物质胁迫下通过维管组织进行长距离信号传导的机制及其对植物抗逆性的影响 | 系统阐述维管组织作为信号传导枢纽的新功能,并介绍TRAP-Seq、单细胞RNA测序等新型分子工具在揭示长距离信号传导机制中的应用 | 作为综述文章,未提供原始实验数据验证相关假设 | 解析植物在矿物质缺乏条件下的长距离信号传导网络及其调控机制 | 植物维管组织(特别是伴胞)及信号分子(植物激素、小RNA、蛋白质、小肽、移动mRNA等) | 植物生物学 | 矿物质缺乏胁迫 | TRAP-Seq, 异源嫁接, 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5888 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing indicates AP-1 as a potential therapeutic target for autoimmune uveitis
2025-Jul, Biochemical pharmacology
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.bcp.2025.116945
PMID:40228638
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型,发现AP-1是疾病关键分子并验证其作为治疗靶点的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序揭示AP-1在自身免疫性葡萄膜炎发病机制中的关键作用,并发现其通过GM-CSF/IL-23反馈环路支持Th17细胞致病性 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探索自身免疫性葡萄膜炎的发病机制并寻找新的治疗靶点 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠的脾脏和颈引流淋巴结细胞 | 单细胞组学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 正常和EAU小鼠的脾脏及颈引流淋巴结 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5889 | 2025-10-06 |
Intrinsic immunosuppressive features of monocytes suppress CAR-T19 through IL-1 pathway modulation in mantle cell lymphoma
2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2025.200985
PMID:40458688
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研究论文 | 本研究揭示了单核细胞通过IL-1通路调控抑制CAR-T19在套细胞淋巴瘤中的疗效机制 | 首次发现M2样巨噬细胞来源的IL-1ra通过抑制IL-1信号通路削弱CAR-T19功能 | 主要基于临床前模型,需进一步临床验证 | 探究CAR-T19在套细胞淋巴瘤中疗效受限的免疫抑制机制 | 套细胞淋巴瘤患者样本、CAR-T19产品、髓系细胞 | 肿瘤免疫学 | 套细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | 临床前模型 | 基因表达数据、临床样本数据 | ZUMA-2临床试验样本及临床前模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5890 | 2025-10-06 |
Sustained macrophage reprogramming is required for CD8+ T cell-dependent long-term tumor eradication
2025-Jun-05, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0797
PMID:40471151
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研究论文 | 本研究揭示了通过重复TLR3和CD40激动剂联合治疗可维持肿瘤相关巨噬细胞的抗肿瘤表型,从而实现CD8+ T细胞依赖的长期肿瘤消除 | 首次发现肿瘤相关巨噬细胞重编程具有瞬时性特征,并通过重复给药策略克服这一局限性 | 研究基于小鼠乳腺癌模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞功能状态及其在抗肿瘤免疫中的作用机制 | 小鼠乳腺癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞和CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同肿瘤阶段和治疗后时间点的肿瘤相关巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5891 | 2025-10-06 |
NF-κB p65 mediated lnc-Traf3ip2 exacerbates renal fibrosis in diabetic kidney disease
2025-Jun-05, Acta diabetologica
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s00592-025-02515-1
PMID:40471299
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研究论文 | 本研究揭示了NF-κB p65通过调控lnc-Traf3ip2加剧糖尿病肾病肾纤维化的分子机制 | 首次发现NF-κB p65直接调控lnc-Traf3ip2转录并促进肾纤维化 | 样本量有限,db/db小鼠模型仅3只,需要更大规模验证 | 探究lnc-Traf3ip2在糖尿病肾病肾纤维化中的作用机制 | 糖尿病肾病患者的血浆样本、db/db糖尿病肾病小鼠模型、肾小球系膜细胞 | 分子生物学 | 糖尿病肾病 | scRNA-seq, RNA-seq, qRT-PCR, western blot, 免疫荧光, 双荧光素酶报告基因检测, ChIP | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 影像数据 | DKD患者40例,DKD小鼠35只,对照组小鼠3只 | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
5892 | 2025-10-06 |
The spatial and temporal activation of macrophages during fibrosis
2025-Jun-04, Nature reviews. Immunology
DOI:10.1038/s41577-025-01186-x
PMID:40467841
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综述 | 本文探讨巨噬细胞在纤维化过程中的时空激活机制及其治疗潜力 | 提出解释巨噬细胞跨时空调控组织纤维化的新模型,整合单细胞转录组学揭示的巨噬细胞异质性 | NA | 阐明巨噬细胞在纤维化过程中的时空调控机制 | 人类和小鼠组织中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 纤维化疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5893 | 2025-10-06 |
Therapeutic B cell depletion identifies immunoregulatory networks
2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI189442
PMID:40454471
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研究论文 | 本研究通过B细胞耗竭疗法揭示了多发性硬化症中的免疫调节网络 | 首次在单细胞水平系统分析B细胞耗竭对免疫系统的全面影响,发现抗炎性脑脊液巨噬细胞增加和外周CD16+单核细胞TNF-α表达升高等新机制 | NA | 探索B细胞耗竭疗法在多发性硬化症中的免疫调节机制 | 多发性硬化症患者的免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5894 | 2025-10-06 |
Divergent combinations of enhancers encode spatial gene expression
2025-Jun-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-60482-1
PMID:40456823
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研究论文 | 开发eSpatial计算框架,通过整合基因表达和染色质可及性的空间图谱,解析增强子对空间基因表达的调控机制 | 提出“空间增强子编码”概念,揭示不同增强子组合在空间隔离区域调控同一基因的表达模式 | NA | 探索增强子如何调控空间基因表达模式 | 小鼠胚胎和大脑,人类黑色素瘤和乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 黑色素瘤,乳腺癌 | 空间转录组学,空间表观基因组学,原位杂交,MERFISH,转基因报告实验,CRISPR/Cas9基因编辑 | 计算框架(eSpatial) | 空间基因表达数据,染色质可及性数据 | 多种生物样本(小鼠胚胎、大脑,人类肿瘤组织) | NA | 空间转录组学,空间表观基因组学,MERFISH | NA | NA |
5895 | 2025-10-06 |
SC2Spa: a deep learning based approach to map transcriptome to spatial origins at cellular resolution
2025-Jun-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06173-6
PMID:40457183
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研究论文 | 提出了一种基于深度学习的SC2Spa方法,能够将转录组数据映射到细胞分辨率的空间位置 | 开发了能够从空间转录组数据学习复杂空间关系的深度学习模型,能够识别传统方法无法发现的空间变异基因 | NA | 解决细胞在组织中空间位置映射的挑战,理解细胞异质性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 深度学习 | 转录组数据,空间坐标数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | Visium | Visium检测技术 |
5896 | 2025-10-06 |
Multi-omics unveils BCAA metabolism markers L-leucine and HMGCS1 as prognostic marker for immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer
2025-Jun-02, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03277-8
PMID:40457349
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了支链氨基酸代谢标志物L-亮氨酸和HMGCS1作为非小细胞肺癌免疫治疗疗效的预后标志物 | 首次将血浆BCAA代谢物与基因特征结合构建预后风险模型,并在多个癌种和平台验证HMGCS1的独立预后价值 | 样本量相对有限,部分验证队列样本数较少,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 识别能够增强非小细胞肺癌免疫治疗预后评估的BCAA血浆代谢物和基因特征 | 非小细胞肺癌患者、黑色素瘤患者、泛癌种免疫检查点抑制剂治疗队列、弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 多组学分析 | 非小细胞肺癌, 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 非靶向UPLC-MS/MS, 多重免疫荧光, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | 预后风险模型, Kaplan-Meier分析, ROC曲线分析 | 代谢组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多个队列总计超过1000例样本,包括NSCLC(94+40+274+176+196+16+27+24+339)、黑色素瘤(25)、泛癌种(330+81)、DLBCL(10+39)等 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 代谢组学 | NA | 非靶向UPLC-MS/MS用于血浆代谢物检测,多重免疫荧光用于免疫细胞浸润验证 |
5897 | 2025-10-06 |
Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis
2025-Jun, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00422-3
PMID:40216939
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示小鼠乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的层级动态变化 | 首次对乳腺发育和肿瘤发生过程中超过45,000个成纤维细胞进行纵向单细胞转录组分析,揭示了CD34+间充质祖细胞的分化层级和Hedgehog信号的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究正常乳腺和乳腺癌中成纤维细胞的异质性和发育层级 | 小鼠乳腺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过45,000个成纤维细胞,涵盖五个发育阶段和肿瘤发生过程 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5898 | 2025-10-06 |
Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments
2025-Jun, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333
PMID:40245751
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研究论文 | 通过体外和体内实验研究PDE4B基因调控卵巢癌细胞的PANoptosis过程 | 首次构建包含14个基因的卵巢癌预后模型,并发现PDE4B基因在调控卵巢癌细胞PANoptosis中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 阐明卵巢癌的发病机制并开发预后模型 | 卵巢癌组织和正常卵巢组织 | 生物信息学 | 卵巢癌 | bulk转录组测序,单细胞测序,GSVA,WGCNA,GO富集分析 | 多变量Cox回归,LASSO回归 | 转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
5899 | 2025-10-06 |
CCR5 + T cells as a potential biomarker for primary Sjögren's disease based on bioinformatics analysis
2025-Jun, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-025-07460-6
PMID:40293619
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研究论文 | 通过生物信息学分析鉴定并验证原发性干燥综合征的潜在生物标志物CCR5 | 首次将CCR5确定为原发性干燥综合征的关键生物标志物,并发现其在唾液腺T细胞中特异性上调 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证 | 识别原发性干燥综合征的生物标志物并探索其分子免疫机制 | 原发性干燥综合征患者基因表达数据 | 生物信息学 | 自身免疫性疾病 | 生物信息学分析,单细胞RNA测序 | WGCNA,PPI网络分析,ROC分析 | 基因表达数据 | GEO数据库中的pSjD数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5900 | 2025-10-06 |
Role of aberrant activated fibro/adipogenic progenitors and suppressed ferroptosis in disused skeletal muscle atrophy and fatty infiltration
2025-Jun, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-025-02548-7
PMID:40316864
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验,探讨了废用性骨骼肌萎缩中脂肪浸润的机制,重点关注纤维/脂肪祖细胞的异常激活和铁死亡抑制的作用 | 首次在废用性骨骼肌萎缩模型中揭示FAPs异常增殖与铁死亡抑制基因上调的关联,并验证铁死亡抑制对FAPs成脂/成纤维能力的增强作用 | 仅初步探讨了铁死亡在FAPs成脂分化中的潜在作用,相关分子机制仍需深入研究 | 探究废用性骨骼肌萎缩中肌肉脂肪浸润的细胞和分子机制 | 废用性骨骼肌组织、骨骼肌成纤维细胞和纤维/脂肪祖细胞(FAPs) | 单细胞生物学 | 骨骼肌萎缩 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 体外细胞培养 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |