单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5881	2024-11-29	Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics 2024-Nov-20, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279640.124 PMID:39567235	综述	本文综述了单细胞和空间长读长测序技术的发展及其在理解RNA异构体表达中的应用	结合长读长测序与单细胞和空间转录组学技术，以更好地表征异构体表达	这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且我们对RNA异构体生物学角色的理解仍然有限	探讨长读长测序技术在单细胞和空间转录组学中的应用，以及其在理解RNA异构体在发育和病理中的作用	RNA异构体的表达及其在生物学中的作用	NA	NA	长读长测序	NA	转录组数据	NA
5882	2024-11-29	Identification of Spatial Specific Lipid Metabolic Signatures in Long-Standing Diabetic Kidney Disease 2024-Nov-20, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14110641 PMID:39590877	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和空间多组学数据，分析了长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征	首次在长期糖尿病肾病样本中识别出两种受损细胞类型（iTAL和iPT），并发现其脂质代谢和生物合成活动的变化	研究主要基于Kidney Precision Medicine Project的数据，样本量和多样性可能有限	探讨长期糖尿病肾病中的脂质代谢特征及其与细胞损伤的关系	长期糖尿病肾病样本中的脂质代谢和细胞损伤	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、空间多组学	NA	RNA测序数据、空间代谢组学数据	长期糖尿病肾病样本，具体数量未明确提及
5883	2024-11-29	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	本文介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，专门用于10x Visium空间转录组数据的图像分析	Vispro通过集成四个关键模块（基准标记检测、基准标记移除和图像恢复、组织区域检测以及不连续组织区域分割），解决了空间转录组数据中图像分析的挑战	NA	开发一种能够提高10x Visium空间转录组数据图像分析质量的工具	10x Visium空间转录组数据的图像	数字病理学	NA	图像处理	NA	图像	NA
5884	2024-11-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本文通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析结果	本文创新性地整合了空间转录组学和单核RNA测序数据，以增强阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析	由于样本量较小，现有研究使用空间转录组数据识别复杂疾病的差异基因表达能力有限	研究目的是通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析	研究对象包括阿尔茨海默病相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单核RNA测序	线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑样本
5885	2024-11-29	Lactylation Modification as a Promoter of Bladder Cancer: Insights from Multi-Omics Analysis 2024-Nov-13, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110766 PMID:39590360	研究论文	本文通过多组学分析探讨了乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建了一个基于乳酸化修饰的预后模型	首次构建了基于乳酸化修饰的膀胱癌预后模型，并验证了其在临床预后预测和治疗指导中的潜力	需要进一步的临床验证和更大样本量的研究来确认模型的普适性和稳定性	探讨乳酸化修饰在膀胱癌中的作用，并构建一个有效的预后模型	膀胱癌患者的乳酸化修饰相关基因和预后	数字病理学	膀胱癌	多组学分析	Lasso算法	基因表达数据	来自GEO数据库和TCGA数据库的多个膀胱癌样本
5886	2024-11-29	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-Nov-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	本文通过形态学和单细胞RNA测序分析验证了非破坏性形态学选择大脑皮层类器官的方法	本文展示了非破坏性形态学分析能够准确区分大脑皮层组织与其他大脑组织的类器官，从而提高实验的准确性和可靠性	NA	验证非破坏性形态学选择大脑皮层类器官的方法	大脑皮层类器官的形态学特征和细胞组成	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	形态学特征和RNA序列数据	NA
5887	2024-11-29	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-Nov-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	研究论文	研究了在不同细胞和发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	发现Xi的重新激活并不总是与Xa上调的丧失同步，并建立了一个数学模型来描述两个X染色体的转录协调	研究主要集中在小鼠和人类细胞系，未涵盖所有可能的细胞类型和物种	探讨X染色体失活和重新激活过程中Xa上调的动态变化	小鼠胚胎外胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA	涉及多种细胞类型和发育阶段的小鼠和人类细胞
5888	2024-11-29	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是纤维母细胞分析的创新	介绍了单细胞测序技术在纤维母细胞分析中的创新应用，并探讨了其在糖尿病伤口愈合研究中的潜力	主要为综述性文章，未提供新的实验数据或模型	探讨单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是纤维母细胞的异质性	糖尿病伤口中的纤维母细胞及其在伤口愈合中的作用	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	NA
5889	2024-11-29	From Genomic Exploration to Personalized Treatment: Next-Generation Sequencing in Oncology 2024-Nov-06, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110744 PMID:39590338	综述	本文综述了下一代测序（NGS）在肿瘤学中的应用，从基因组探索到个性化治疗	NGS提供了全面的癌症基因组分析，使临床医生和研究人员能够更好地理解癌症的分子基础，并根据基因组改变定制治疗策略	NGS在个性化肿瘤学中的全部潜力需要通过生物信息学分析来实现	探讨NGS技术在个性化肿瘤学中的应用，包括理解肿瘤异质性和识别驱动突变	NGS技术及其在癌症基因组和转录组分析中的应用	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	基因组数据	NA
5890	2024-11-29	Deep Learning and Single-Cell Sequencing Analyses Unveiling Key Molecular Features in the Progression of Carotid Atherosclerotic Plaque 2024-Nov, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70220 PMID:39586797	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了颈动脉粥样硬化斑块进展中的关键分子特征	本研究首次识别出在高级斑块中显著增加浸润的单核细胞亚群，并基于此开发了区分早期和高级斑块的机器学习模型	本研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需进一步验证这些发现在临床样本中的适用性	揭示颈动脉粥样硬化斑块进展中的免疫细胞特征和诊断标志物	颈动脉粥样硬化斑块中的免疫细胞和分子特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
5891	2024-11-29	Identification of a Novel Signature Based on Ferritinophagy-Related Genes to Predict Prognosis in Lung Adenocarcinoma: Focus on AHNAK2 2024-Oct-26, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering11111070 PMID:39593730	研究论文	研究构建了一个基于铁蛋白自噬相关基因的预测模型，用于预测肺腺癌的预后，并重点研究了AHNAK2的作用	首次提出基于铁蛋白自噬相关基因的预测模型，并发现AHNAK2在肺腺癌中的新调控作用	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索铁蛋白自噬相关基因在肺腺癌预后预测中的潜力	肺腺癌患者的预后预测及AHNAK2在肺腺癌中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	三个独立基因表达数据集
5892	2024-11-29	Single‑cell RNA sequencing reveals heterogeneity in ovarian cancer and constructs a prognostic signature for prognostic prediction and immunotherapy 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112855 PMID:39133955	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示卵巢癌的异质性，并构建了一个用于预测预后和免疫治疗的预后标志物	本研究首次基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个包含16个基因的GRG签名，为卵巢癌的预后预测和治疗策略提供了新的视角	NA	识别卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，并构建有效的预后标志物以预测预后和免疫治疗	卵巢癌患者及其恶性上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序 (bulk RNA-seq)	COX回归和最小绝对收缩与选择算子 (LASSO) 回归	RNA数据	NA
5893	2024-11-29	Single-Cell Analysis Reveals the Cellular and Molecular Changes of Liver Injury and Fibrosis in Mice During the Progression of Schistosoma japonicum Infection 2024-Oct-23, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46110707 PMID:39590301	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了血吸虫感染小鼠肝脏在感染进展过程中的细胞和分子变化	首次提供了血吸虫感染小鼠肝脏在感染进展过程中的全面单细胞转录组图谱，并揭示了关键的细胞和分子事件	NA	阐明血吸虫感染进展过程中的致病机制	血吸虫感染小鼠的肝脏细胞	数字病理学	寄生虫病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	31,847个肝脏细胞
5894	2024-11-29	Cell type-specific gene expression dynamics during human brain maturation 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560114 PMID:37808657	研究论文	研究了人类大脑发育过程中基因表达的动态变化，特别是细胞类型特异性的表达模式	使用单核RNA测序（snRNA-seq）和空间转录组学技术，构建了一个包含75种细胞亚型的儿童和成人联合图谱，揭示了大脑成熟过程中基因和通路的变化	NA	探讨人类大脑发育过程中基因表达的动态变化，特别是细胞类型特异性的表达模式	人类大脑的时间叶组织，包括非洲裔样本	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	基因表达数据	包括儿童和成人的时间叶组织样本
5895	2024-11-29	Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival 2024-Apr-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024 PMID:38423763	研究论文	通过单细胞RNA测序研究斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元，揭示了Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术定义了斑马鱼幼体Rohon-Beard神经元的三个主要亚型，并发现Fgf信号通路在维持轴突和细胞存活中的关键作用	研究主要集中在斑马鱼模型上，尚未在哺乳动物中验证结果	探讨Rohon-Beard神经元的分子亚型及其在轴突维持和细胞存活中的调控机制	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard感觉神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼幼体阶段的Rohon-Beard神经元
5896	2024-11-29	JLONMFSC: Clustering scRNA-seq data based on joint learning of non-negative matrix factorization and subspace clustering 2024-02, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.019 PMID:38128706	研究论文	提出了一种基于联合学习非负矩阵分解和子空间聚类的单细胞RNA测序数据聚类方法JLONMFSC	结合了图正则化矩阵分解和低秩表示子空间聚类，以学习局部和全局特征，从而提高聚类性能	未提及	解决单细胞RNA测序数据的高维、稀疏和噪声问题，提高聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	非负矩阵分解、子空间聚类	JLONMFSC	单细胞RNA测序数据	六个数据集
5897	2024-11-29	Transcriptional profiling of zebrafish intestines identifies macrophages as host cells for human norovirus infection 2024 Jan-Dec, Gut microbes IF:12.2Q1 DOI:10.1080/19490976.2024.2431167 PMID:39584740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究斑马鱼肠道中的转录组，发现巨噬细胞是人诺如病毒的宿主细胞	首次在斑马鱼模型中验证了巨噬细胞是人诺如病毒的宿主细胞，并揭示了病毒在巨噬细胞中的复制机制	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在人类中验证	探究人诺如病毒的宿主细胞及其在宿主细胞中的复制机制	斑马鱼肠道中的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼幼体肠道样本
5898	2024-11-29	Tumor microenvironment and cancer metastasis: molecular mechanisms and therapeutic implications 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1442888 PMID:39600368	综述	本文综述了肿瘤微环境在癌症发展和转移中的重要作用，重点探讨了分子机制和治疗意义	本文通过多学科视角，强调了理解肿瘤微环境的分子基础对于开发更有效的癌症治疗方案的重要性，并指出了未来研究的方向	NA	探讨肿瘤微环境在癌症转移中的分子机制及其治疗意义	肿瘤微环境中的关键成分，如癌症相关成纤维细胞、免疫细胞、内皮细胞、细胞因子及细胞外基质	NA	癌症	单细胞分析、空间转录组学、表观遗传学分析	NA	NA	NA
5899	2024-11-29	Identification and Validation of Senescence-Related Signature by Combining Single Cell and Bulk Transcriptome Data Analysis to Predict the Prognosis and Identify the Key Gene CAV1 in Pancreatic Cancer 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S489985 PMID:39600676	研究论文	本研究结合单细胞和批量转录组数据分析，识别和验证了与衰老相关的特征，用于预测胰腺癌的预后并鉴定关键基因CAV1	开发了一种新的衰老相关预后工具，用于胰腺癌患者分层，并识别了CAV1作为潜在的治疗靶点	NA	研究细胞衰老在胰腺癌肿瘤微环境中的作用，特别是其对预后和免疫治疗结果的影响	胰腺癌患者的单细胞和批量转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序、RNA-seq	COX比例风险模型、LASSO回归	基因表达数据	三个患者队列：TCGA队列、PAAD-AU队列和PAAD-CA队列
5900	2024-11-29	Applications of single-cell RNA sequencing in rheumatoid arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491318 PMID:39600707	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在类风湿性关节炎研究中的应用	单细胞RNA测序技术提供了前所未有的细胞异质性和功能的详细视图，有助于解析细胞和分子机制	该技术仍面临成本较高、低丰度转录本检测灵敏度较低以及数据分析流程相对复杂等挑战	探讨单细胞RNA测序技术在类风湿性关节炎研究中的应用，为创新和更有效的治疗策略铺平道路	类风湿性关节炎的细胞状态和过渡	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA