单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 5861 - 5880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5861 | 2024-12-01 |
SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02117-1
PMID:38049696
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SEVtras的算法，利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，从单细胞转录组中识别小细胞外囊泡（sEVs）并估计其分泌活性 | SEVtras算法能够高效地捕获含有sEVs的液滴，并表征特定细胞类型的分泌活性，为研究sEVs的异质性和细胞行为提供了新的工具 | NA | 开发一种高吞吐量技术来解析sEVs的复杂异质性并揭示其分泌机制 | 小细胞外囊泡（sEVs）及其在肿瘤进展中的作用 | 单细胞测序 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四个肿瘤scRNA-seq数据集 |
| 5862 | 2024-12-01 |
demuxSNP: supervised demultiplexing single-cell RNA sequencing using cell hashing and SNPs
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae090
PMID:39607981
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研究论文 | 提出了一种名为demuxSNP的监督算法，利用细胞标记和单核苷酸多态性（SNPs）进行单细胞RNA测序数据的解复用 | demuxSNP结合了细胞标记和SNP数据，解决了仅使用单一数据模态的解复用方法的局限性，提高了低质量标记数据下的解复用性能 | NA | 开发一种新的解复用算法，以提高单细胞RNA测序实验的成本效益和数据质量 | 单细胞RNA测序数据，特别是低质量标记数据和存在类大小不平衡的数据 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 监督学习 | RNA测序数据 | 模拟和真实数据，包括5-50%的双胞率 |
| 5863 | 2024-12-01 |
Deciphering the impact of senescence in kidney transplant rejection: An integrative machine learning and multi-omics analysis via bulk and single-cell RNA sequencing
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0312272
PMID:39602449
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研究论文 | 本文通过综合机器学习和多组学分析，研究了衰老在肾移植排斥中的影响 | 首次整合衰老相关基因（SRGs）和机器学习算法，开发了急性排斥（AR）诊断模型和长期移植物存活预测模型 | 研究主要基于公开数据集，未涉及临床试验验证 | 探讨衰老与肾移植排斥的关系，开发诊断和预测模型 | 衰老相关基因（SRGs）在肾移植排斥中的作用 | 机器学习 | 肾移植 | RNA测序 | 随机森林（RF）、支持向量机（SVM）、XGBoost、广义线性模型（GLM）和LASSO | 基因表达数据 | 多个公开数据集中的样本 |
| 5864 | 2024-12-01 |
Integrative analysis of single-cell transcriptomic and multilayer signaling networks in glioma reveal tumor progression stage
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1446903
PMID:39606019
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研究论文 | 本文介绍了一种综合框架，利用单细胞RNA测序数据和多层信号网络模型研究胶质瘤进展阶段的分子变化 | 本文创新性地结合单细胞RNA测序数据和多层网络模型，揭示了胶质瘤进展阶段的关键分子关系和信号通路 | NA | 研究胶质瘤进展阶段的分子变化及其对治疗和预后的影响 | 胶质瘤的单细胞RNA测序数据和多层信号网络 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 多层网络模型 | 基因表达数据 | NA |
| 5865 | 2024-12-01 |
Identification of altered immune cell types and molecular mechanisms in Alzheimer's disease progression by single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2024.1477327
PMID:39610716
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别阿尔茨海默病进展中改变的免疫细胞类型和分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别阿尔茨海默病中特定的免疫细胞类型和差异表达基因，并发现UFC1可能作为潜在的生物标志物 | 研究主要基于已有的数据集，缺乏对新样本的验证 | 揭示阿尔茨海默病进展中的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和生物标志物 | 阿尔茨海默病中的免疫细胞类型和差异表达基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE181279、GSE63060和GSE63061数据集中的样本 |
| 5866 | 2024-12-01 |
Exploring the feasibility of using mice as a substitute model for investigating microglia in aging and Alzheimer's disease though single cell analysis
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311374
PMID:39591421
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研究论文 | 研究通过单细胞分析探讨小鼠作为衰老和阿尔茨海默病中微胶质细胞替代模型的可行性 | 首次通过单核RNA测序和单细胞RNA测序比较人类和小鼠在衰老和阿尔茨海默病中微胶质细胞的异同 | 小鼠模型无法完全替代人类样本进行阿尔茨海默病和衰老研究 | 探讨小鼠作为研究衰老和阿尔茨海默病中微胶质细胞的替代模型的可行性 | 人类和小鼠的微胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 (snRNA-seq) 和单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 人类数据集GSE198323和GSE127892的小鼠数据集 |
| 5867 | 2024-12-01 |
Spatial Transcriptomics Resolve an Emphysema-specific Lymphoid Follicle B Cell Signature in COPD
2023-Dec-08, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0507OC
PMID:38064378
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研究论文 | 研究分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中与肺气肿相关的淋巴滤泡（LF）的转录组特征 | 揭示了肺气肿患者淋巴滤泡中B细胞活化的独特转录组特征 | 研究样本仅限于40名COPD患者和吸烟者，可能无法代表所有COPD患者的情况 | 探讨COPD患者中肺气肿与淋巴滤泡B细胞免疫成分的关系 | COPD患者和吸烟者的肺组织中的淋巴滤泡 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 40名COPD患者和吸烟者的肺组织样本 |
| 5868 | 2024-12-01 |
A clinically applicable integrative molecular classification of meningiomas
2021-09, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03850-3
PMID:34433969
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研究论文 | 本文介绍了一种临床适用的脑膜瘤整合分子分类方法 | 通过结合DNA体细胞拷贝数异常、DNA体细胞点突变、DNA甲基化和信使RNA丰度，提出了四种共识分子组，这些分子组比现有分类方案更准确地预测临床结果 | NA | 开发一种能够可靠反映肿瘤行为并指导治疗的脑膜瘤分子分类方法 | 脑膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | DNA甲基化测序、RNA测序 | NA | DNA、RNA | NA |
| 5869 | 2024-12-01 |
The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution
2020-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2536-x
PMID:32728245
|
研究论文 | 系统量化了从胚胎发育第10.5天到出生期间小鼠17个组织和器官的polyA-RNA表达，并使用单细胞RNA测序分析了组织水平的转录组 | 通过整合启动子序列基序与ENCODE表观基因组数据，识别了神经表达簇中显著的启动子去抑制机制，并发现了新的抑制因子 | NA | 研究哺乳动物胚胎发育过程中基因表达的差异及其对组织和器官系统身份和复杂性的影响 | 小鼠胚胎发育第10.5天到出生期间的17个组织和器官的polyA-RNA表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 17个组织和器官的样本 |
| 5870 | 2024-12-01 |
Lineage dynamics of the endosymbiotic cell type in the soft coral Xenia
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2385-7
PMID:32555454
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研究论文 | 研究了软珊瑚Xenia中内共生细胞类型的谱系动态 | 首次报道了Xenia物种的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序揭示了内共生细胞类型的动态谱系进展 | NA | 探讨珊瑚与藻类内共生的分子途径 | 软珊瑚Xenia中的内共生细胞类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16个细胞集群 |
| 5871 | 2024-11-30 |
ROS-Induced Gingival Fibroblast Senescence: Implications in Exacerbating Inflammatory Responses in Periodontal Disease
2024-Dec, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02014-5
PMID:38630168
|
研究论文 | 研究探讨了细胞衰老在牙周疾病发病机制中的作用及其机制 | 首次揭示了氧化应激诱导的细胞衰老在牙周疾病中加剧炎症反应的作用 | 研究仅限于体外实验，缺乏体内验证 | 探讨细胞衰老在牙周疾病中的作用及其机制 | 牙龈成纤维细胞和内皮细胞 | NA | 牙周疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康和炎症牙龈组织中的牙龈成纤维细胞 |
| 5872 | 2024-11-30 |
Spatial Transcriptomics Reveals the Transcriptomic Signatures in a Mouse Model of Pediatric Metabolic Dysfunction-Associated Steatohepatitis
2024-Dec, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.08.008
PMID:39222909
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研究论文 | 本研究开发了一种小鼠模型来模拟儿童代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH），并使用空间转录组技术分析了其肝脏转录组特征 | 首次开发了模拟儿童MASH的小鼠模型，并利用空间转录组技术揭示了与疾病相关的转录组特征 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证结果 | 研究儿童代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）的发病机制 | 小鼠模型的肝脏转录组特征 | NA | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | C57BL/6J小鼠，共8周龄 |
| 5873 | 2024-11-30 |
Droplet-based single-cell sequencing: Strategies and applications
2024-Dec, Biotechnology advances
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.biotechadv.2024.108454
PMID:39271031
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综述 | 本文综述了基于液滴微流控技术的单细胞测序策略及其在基因组学、表观基因组学、转录组学和蛋白质组学分析中的应用 | 液滴微流控技术显著提高了单细胞研究的通量、成本效益和自动化水平 | 讨论了基于液滴的单细胞测序在基础研究和商业应用中的挑战和未来展望 | 全面阐述液滴微流控辅助的单细胞组学方法 | 液滴微流控技术在单细胞测序中的策略和应用 | NA | NA | 液滴微流控技术 | NA | NA | NA |
| 5874 | 2024-11-30 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq revealed key genes for bone metastasis and chemoresistance in prostate cancer
2024-Dec, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01575-x
PMID:39395905
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了前列腺癌骨转移和化疗耐药性的关键基因 | 首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与前列腺癌进展、骨转移和化疗耐药性相关的关键基因LDHA | 研究主要基于TCGA数据库和细胞实验，缺乏临床样本验证 | 探讨前列腺癌进展、骨转移和化疗耐药性的分子机制 | 前列腺癌的进展、骨转移和化疗耐药性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、RT-qPCR | lasso回归模型 | 基因表达数据 | 7928个与肿瘤进展和转移相关的基因，7个与前列腺癌预后相关的基因 |
| 5875 | 2024-11-30 |
Immune checkpoint expression on tumor-infiltrating lymphocytes (TIL) is dependent on HPV status in oropharyngeal carcinoma (OPSCC) - A single-cell RNA sequencing analysis
2024-Dec, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人乳头瘤病毒（HPV）状态对口咽鳞状细胞癌（OPSCC）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）免疫检查点分子表达的影响 | 本研究首次揭示了HPV状态与OPSCC中免疫检查点分子表达的复杂相互作用，并提出了基于HPV状态和免疫特征的个性化治疗策略 | 本研究的样本量较小，且仅限于OPSCC病例，未来需要更大规模的研究来验证结果 | 研究HPV状态对OPSCC中免疫检查点分子表达的影响，以确定可能补充抗PD1抗体的其他免疫检查点分子靶点 | 口咽鳞状细胞癌（OPSCC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）和外周血单核细胞（PBMC） | 数字病理学 | 口咽癌 | 单细胞RNA测序 | Seurat管道 | RNA测序数据 | 51例OPSCC病例和TCGA HNSCC数据集 |
| 5876 | 2024-11-30 |
Comprehensive Analysis of Sialylation-Related Gene Profiles and Their Impact on the Immune Microenvironment in Periodontitis
2024-Nov-29, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02177-1
PMID:39609348
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研究论文 | 本研究分析了唾液酸化相关基因在牙周炎中的表达及其对免疫微环境的影响 | 首次系统地鉴定了与牙周炎相关的唾液酸化核心基因，并构建了多基因诊断模型，揭示了这些基因在免疫细胞中的表达及其对细胞发育和通信的影响 | 研究主要基于数据分析和模型构建，缺乏实验验证 | 识别与牙周炎相关的唾液酸化基因，并探讨其对牙周免疫微环境的影响 | 唾液酸化相关基因及其在牙周炎中的表达和功能 | NA | 牙周病 | 单细胞测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA |
| 5877 | 2024-11-30 |
Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection
2024-Nov-29, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.02562-24
PMID:39611685
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研究论文 | 研究了致命性Coccidioides posadasii感染期间肺部免疫动态的时空分析 | 首次使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描述了致命性感染期间肺部免疫反应的特征，并识别出可能介导组织重塑和纤维化的单核细胞来源的巨噬细胞 | 研究仅限于致命性感染的情况，未涵盖所有感染类型 | 深入了解致命性Coccidioides posadasii感染期间的免疫反应，并寻找新的治疗靶点 | 致命性Coccidioides posadasii感染期间的肺部免疫动态 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 5878 | 2024-11-30 |
Single Cell Data Enables Dissecting Cell Types Present in Bulk Transcriptome Data
2024-Nov-29, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2024.0152
PMID:39611952
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序数据分析和解卷积方法，从批量转录组数据中估计细胞类型比例的流程 | 提出了一种新的流程，利用单细胞RNA测序数据对批量转录组数据进行解卷积，以估计细胞类型比例 | 仅在iPSC衍生的肾脏和脑类器官数据上进行了验证，尚未在其他组织类器官中进行测试 | 开发一种方法，利用单细胞RNA测序数据从批量转录组数据中解析细胞类型 | iPSC衍生的肾脏和脑类器官的批量转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个肾脏单细胞RNA测序数据集和一个脑单细胞RNA测序数据集 |
| 5879 | 2024-11-30 |
Dissecting the effect of genetic variants on atherosclerosis: integrating bulk and single-cell transcriptomics
2024-Nov-28, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehae489
PMID:39607792
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5880 | 2024-11-30 |
Unveiling FADS3 as a novel prognostic biomarker for tumor immunity in clear cell renal cell carcinoma through comprehensive RNA and single-cell sequencing
2024-Nov-27, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.11.010
PMID:39609202
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