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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5841 | 2025-10-06 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
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研究论文 | 本研究通过免疫学和分子特征分析,揭示PSMB10杂合变异(G201R)导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的机制 | 首次证明PSMB10杂合变异通过显性负性作用影响免疫蛋白酶体表达,导致CD8+T细胞阳性选择受损和自身反应性T细胞阴性选择异常 | 研究仅针对单个病例,样本量有限,需要更多病例验证 | 探究PSMB10杂合变异在严重联合免疫缺陷和Omenn综合征中的免疫学和分子机制 | 携带PSMB10 p.G201R杂合变异的婴儿患者 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷 | 流式细胞术,免疫印迹,人工胸腺器官培养,单细胞RNA测序 | NA | 细胞表型数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 1例患者及其父母 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5842 | 2025-10-06 |
Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis
2025-03-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553
PMID:39991825
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研究论文 | 通过两样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析鉴定肝细胞癌中的因果血浆蛋白 | 首次结合大规模血浆蛋白质组数据和孟德尔随机化方法鉴定肝细胞癌的因果血浆蛋白,并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证 | 研究依赖于UK Biobank Pharma Proteomics Project的数据,样本来源相对单一 | 鉴定肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点 | 肝细胞癌患者和相关的血浆蛋白质 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 两样本孟德尔随机化,单细胞RNA测序,分子对接 | 孟德尔随机化模型 | 蛋白质组数据,基因组数据,单细胞RNA测序数据 | UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模样本 | NA | 蛋白质组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
5843 | 2025-10-06 |
transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder
2025-Feb-15, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936
PMID:39798891
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研究论文 | 开发了一种基于迁移学习和卷积自编码器的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法transCAE | 将无监督降维与有监督细胞类型分类相结合,充分利用参考数据集和查询数据集信息,有效缓解批次效应 | 方法性能仍可能受到源数据质量的影响 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 卷积自编码器, 迁移学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5844 | 2025-10-06 |
Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae103
PMID:39804726
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研究论文 | 提出了一种名为STMSGAL的新型空间转录组数据分析框架,整合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类网络 | 首次将图注意力自编码器与多尺度深度子空间聚类相结合,构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN),能够更好地解析空间转录组数据中的复杂结构 | NA | 开发更准确的空间转录组数据分析方法,用于识别空间域、差异表达基因和细胞轨迹推断 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序 | 图注意力自编码器, 多尺度深度子空间聚类网络 | 空间基因表达数据 | 4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集, 2个乳腺癌组织, 1个成年小鼠大脑(FFPE) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
5845 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals cellular dynamics and chemokine CXCL2-mediated smooth muscle cell proliferation in arterial repair
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1591557
PMID:40463365
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示动脉修复中的细胞动态及趋化因子CXCL2介导的平滑肌细胞增殖机制 | 首次在股动脉损伤模型中通过单细胞RNA测序识别出分泌CXCL2的炎症性平滑肌细胞亚群(SMC2),并证实其通过促进平滑肌细胞增殖介导动脉重塑 | 研究主要基于动物模型,在人体中的适用性仍需进一步验证 | 探究PCI术后动脉修复的细胞机制及CXCL2在其中的作用 | 股动脉损伤模型中的细胞群体 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 股动脉损伤动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5846 | 2025-10-06 |
Succinylation-related molecular activities in cancer: metabolic adaptations, immune landscape, and prognostic significance in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1571446
PMID:40463370
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研究论文 | 通过泛癌分析揭示琥珀酰化在代谢调控、免疫微环境和结直肠癌预后中的重要作用 | 首次系统性分析琥珀酰化在泛癌中的分子活动特征,构建基于琥珀酰化的预后模型并发现PCED1A的促癌功能 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证集中在结直肠癌,需要更多功能实验验证机制 | 探究琥珀酰化在癌症代谢适应、免疫景观和预后中的分子机制 | 泛癌数据集和结直肠癌样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组化、Western blotting | 预后风险模型 | 转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 来自TCGA、GEO、TISCH等多个数据库的泛癌数据集和结直肠癌队列 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
5847 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing identifies two fibroblast subtypes and a Trem2+ macrophage subtype as the possible specific cellular targets in abdominal aortic aneurysms
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551308
PMID:40463378
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别腹主动脉瘤中两种成纤维细胞亚型和一种Trem2+巨噬细胞亚型作为特异性细胞靶点 | 首次在腹主动脉瘤中鉴定出特定的成纤维细胞亚型(Fib_Apoc1+/Fabp4+和inflam-Fib1)和巨噬细胞亚型(Mac_TREM2),并揭示它们在疾病发展中的协同作用 | 研究基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;抗炎疗法在临床应用中已被证明无效 | 探究腹主动脉瘤发病机制并识别新的治疗靶点 | 小鼠腹主动脉瘤模型中的细胞组成和功能表型 | 单细胞生物学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5848 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428
PMID:40463392
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研究论文 | 通过单细胞转录组学在结直肠癌中发现过表达PRSS22的细胞簇具有转移和免疫失调潜力 | 首次通过单细胞测序技术识别出与结直肠癌进展相关的PRSS22高表达上皮细胞亚群,并验证其作为免疫治疗新靶点的潜力 | 样本量相对有限(25例癌组织和10例癌旁组织),需要在更大规模队列中验证 | 探索结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的特性及其在肿瘤发生中的作用 | 结直肠癌患者组织样本中的细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | Boruta特征选择算法 | 单细胞转录组数据 | 25例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5849 | 2025-10-06 |
Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S519179
PMID:40463856
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研究论文 | 本研究通过整合分析和实验验证揭示了黄芩素通过抑制PANoptosis延缓椎间盘退变的治疗潜力 | 首次发现PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用,并验证黄芩素通过调控PANoptosis相关基因发挥治疗作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的临床验证 | 探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制 | 椎间盘退变患者样本、体外NPC退变模型和大鼠IVDD模型 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个公共数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
5850 | 2025-10-06 |
Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298
PMID:39620946
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研究论文 | 本研究通过靶向清除表达脂肪基质细胞标志物的癌症相关成纤维细胞,增强胰腺癌免疫检查点阻断疗法的疗效 | 首次揭示不同CAF亚群对胰腺癌进展的差异性影响,并开发特异性清除ASC样CAFs的肽段D-CAN | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中验证 | 探究癌症相关成纤维细胞亚群在胰腺癌进展和治疗抵抗中的作用 | 胰腺导管腺癌小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5851 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine
2024-12-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310
PMID:39485042
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研究论文 | 通过单细胞分析研究骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用机制及其与阿扎胞苷治疗反应的关系 | 首次发现CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的相关性,并揭示IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的关键作用 | 样本量相对有限(104例),且仅针对骨髓样本进行分析 | 探索髓系肿瘤中CD8+ T细胞的功能变化及其在疾病进展和治疗反应中的作用机制 | 骨髓CD8+ T细胞 | 单细胞分析 | 髓系肿瘤(包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病) | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 104例治疗前骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5852 | 2025-10-06 |
DLL1/NOTCH1 signaling pathway maintain angiogenesis in meniscus development and degeneration
2024-07, The international journal of biochemistry & cell biology
DOI:10.1016/j.biocel.2024.106589
PMID:38772475
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研究论文 | 本研究探讨了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板发育和退变过程中维持血管生成的作用机制 | 首次发现DLL1/NOTCH1信号通路在半月板血管网络形成中的关键作用,揭示了该通路表达缺失是血管能力下降的机制 | 研究主要基于人类胚胎和退变半月板组织,缺乏更广泛的临床验证 | 研究胚胎和退变半月板组织中内皮细胞和血管的特征 | 人类胚胎半月板和成熟半月板组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,组织学分析,计算机分析,多种染色技术 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织图像数据 | 人类胚胎组织(E12w,E14w,E35w)和骨关节炎半月板组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5853 | 2025-10-06 |
Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics
2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026
PMID:38627968
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析间充质干细胞诱导的髓源性抑制细胞特征 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析MSC诱导的MDSCs转录谱,并鉴定CSF-1R作为关键表面标志物 | RELM-γ在MDSCs免疫抑制功能中的具体作用机制尚未明确 | 阐明间充质干细胞诱导髓源性抑制细胞的分子特征和免疫调节功能 | 小鼠骨髓来源的CD11b+Ly6C+免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 自身免疫性葡萄膜视网膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的小鼠免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5854 | 2025-10-06 |
Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection
2024-Jun-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009
PMID:38417436
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研究论文 | 通过单核RNA测序比较常染色体显性阿尔茨海默病与散发性阿尔茨海默病的细胞类型特异性差异 | 首次在单细胞水平揭示ADAD与散发性AD的转录组差异,发现自噬基因和分子伴侣在ADAD中的特异性激活 | 样本量较小(27例),需要更大规模研究验证发现 | 探索常染色体显性阿尔茨海默病与散发性阿尔茨海默病的分子机制差异 | 人脑组织样本 | 单细胞基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 27例病例(包括PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组) | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
5855 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells
2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009
PMID:38795702
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
5856 | 2025-10-06 |
The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596699
PMID:38895305
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研究论文 | 本研究探讨自体造血干细胞移植作为难治性克罗恩病细胞疗法的免疫修复机制 | 首次通过高维细胞表型分析和功能研究揭示干细胞移植通过重建肠道巨噬细胞促进黏膜愈合的机制 | 样本量有限,需要更大规模研究验证HSC异质性对移植结果的影响 | 阐明干细胞移植治疗难治性克罗恩病的免疫修复机制 | 难治性克罗恩病患者的外周血、肠道组织样本和干细胞移植物 | 免疫学 | 克罗恩病 | 质谱流式细胞技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体(TCR)测序, 流式细胞术 | 异种移植模型 | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 基因组数据 | 难治性克罗恩病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞技术 | NA | NA |
5857 | 2025-10-06 |
Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908
PMID:38461411
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研究论文 | 提出一种用于小鼠脑干单细胞RNA测序的解剖、解离和冷冻保存实验方案 | 针对小脑干结构开发了允许异步样本收集和下游处理的实验流程 | 仅在新生小鼠和特定脑区进行验证,尚未在其他脑区广泛测试 | 开发适用于小脑结构单细胞RNA测序的样本制备方法 | 新生小鼠脑干组织,特别是preBötzinger复合体 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 新生小鼠脑干样本 | NA | 单细胞RNA-seq | SmartSeq3 | SmartSeq3 cDNA文库制备 |
5858 | 2025-10-06 |
Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825
PMID:38280199
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研究论文 | 本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺组织空间转录组数据的实验方案 | 针对肺组织肺泡空腔导致切片困难的问题,开发了专门的肺灌注和冷冻切片方法 | NA | 建立高质量小鼠肺组织空间转录组数据的获取方法 | 小鼠肺组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5859 | 2025-10-06 |
An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836
PMID:38219150
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研究论文 | 介绍一种从小鼠胰腺快速分离高质量单细胞的优化方案 | 通过优化解剖顺序、酶组成和操作流程,显著减少消化酶对胰腺外分泌细胞的损伤 | NA | 开发高效的小鼠胰腺单细胞分离方法 | 小鼠胰腺组织 | 单细胞技术 | NA | 单细胞分离技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5860 | 2025-10-06 |
Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893
PMID:38416649
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研究论文 | 开发了一种用于人和小鼠脂肪组织单核RNA测序的流程,整合流式细胞术进行质量控制 | 结合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池分配,可直接加载到10x Chromium控制器 | NA | 解决脂肪组织单细胞RNA测序中脂肪细胞大小、易碎性和商业试剂盒成本高的问题 | 人和小鼠的脂肪组织 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单核RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium控制器 |