单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5841	2024-12-21	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	本文研究了膜支架蛋白Flotillin-2对T细胞抗原敏感性和功能的影响	首次报道了Flotillin-2缺失会增加T细胞对抗原的敏感性，增强TCR信号传导和效应功能，并揭示了Flotillin-2通过调节TCR在细胞表面的聚集来调控T细胞功能	研究主要集中在Flotillin-2缺失对T细胞的影响，未探讨其在其他细胞类型中的作用	探讨TCR介导的激活在细胞膜上的调控机制	Flotillin-2对T细胞抗原敏感性和功能的影响	NA	癌症，慢性感染	单细胞RNA测序，超分辨率显微镜	NA	RNA，图像	T细胞特异性Flot2缺陷小鼠，Flot2-null CD4+ T细胞，野生型CD4+ T细胞
5842	2024-12-21	A phase 2 pilot study of umbilical cord blood infusion as an adjuvant consolidation therapy in elderly patients with acute myeloid leukemia 2024-Dec-20, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02065-y PMID:39702351	研究论文	本研究评估了脐带血输注作为老年急性髓性白血病患者辅助巩固治疗的疗效和安全性	首次通过单细胞RNA测序揭示了脐带血具有增强的抗肿瘤和抗衰老特性，并通过激活免疫反应和端粒合成/维持表现出来	本研究为单臂试验，样本量较小，需要进一步的大规模随机对照试验来验证结果	评估脐带血输注作为老年急性髓性白血病患者辅助巩固治疗的疗效和安全性	60岁及以上的急性髓性白血病患者	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	51名患者
5843	2024-12-21	SNRNP70 regulates the splicing of CD55 to promote osteosarcoma progression 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185269 PMID:39704173	研究论文	研究探讨了SNRNP70在调节CD55剪接以促进骨肉瘤进展中的作用	首次揭示了SNRNP70通过调节CD55的剪接促进骨肉瘤进展的机制，并发现SNRNP70表达的成骨细胞与巨噬细胞通过ADGRE5/CD55信号通路进行交流	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	探讨SNRNP70在骨肉瘤进展中的作用及其机制	SNRNP70、CD55、骨肉瘤细胞及免疫细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括原发性和转移性骨肉瘤样本，具体数量未明确
5844	2024-12-21	Single-cell RNA sequencing reveals the contribution of smooth muscle cells and endothelial cells to fibrosis in human atrial tissue with atrial fibrillation 2024-Dec-19, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-00999-1 PMID:39701940	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了心房颤动患者心房组织中平滑肌细胞和内皮细胞在纤维化中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了心房颤动患者心房组织中的细胞异质性和基因表达变化，揭示了不同细胞类型在疾病过程中的相互作用和信号通路	研究仅限于心房颤动患者的心房组织，未涉及其他组织或疾病状态	探讨心房颤动患者心房组织中细胞异质性和基因表达变化，寻找新的细胞干预靶点	心房颤动患者的心房组织中的平滑肌细胞和内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5845	2024-12-21	FOLR2+ macrophage depletion from intestinal metaplasia to early gastric cancer: single-cell sequencing insight into gastric cancer progression 2024-Dec-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03245-y PMID:39702278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫组化染色，探讨了从肠上皮化生到早期胃癌过程中FOLR2+巨噬细胞的免疫景观及其在胃癌进展中的潜在机制	首次揭示了FOLR2+巨噬细胞在肠上皮化生到早期胃癌进展中的抗肿瘤免疫潜力及其逐渐减少的现象，并阐明了其通过抗原交叉呈递激活CD8+ T细胞的机制	样本量较小，仅包括5例完全肠上皮化生、6例不完全肠上皮化生和4例早期胃癌患者	研究肠上皮化生和早期胃癌的免疫景观及其在胃癌进展中的潜在机制	完全肠上皮化生、不完全肠上皮化生和早期胃癌患者的胃活检样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化染色、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	5例完全肠上皮化生、6例不完全肠上皮化生和4例早期胃癌患者
5846	2024-12-21	SNAI1 promotes epithelial-mesenchymal transition and maintains cancer stem cell-like properties in thymic epithelial tumors through the PIK3R2/p-EphA2 Axis 2024-Dec-19, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03243-0 PMID:39702326	研究论文	本研究探讨了SNAI1在胸腺上皮肿瘤中的致癌作用及其通过PIK3R2/p-EphA2轴维持癌症干细胞样特性的机制	首次揭示了SNAI1通过PIK3R2/p-EphA2轴促进上皮-间质转化并维持癌症干细胞样特性的机制	研究主要基于体外和体内实验，需要进一步的临床验证	探讨胸腺上皮肿瘤中的致癌基因及其潜在治疗靶点	胸腺上皮肿瘤及其癌症干细胞样特性	数字病理学	胸腺癌	单细胞RNA测序、CUT&Tag、RNA测序、染色质免疫沉淀、CUT&RUN、荧光素酶报告基因分析、共免疫沉淀、质谱分析、磷酸化蛋白质组学	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA数据库的数据以及体外和体内实验样本
5847	2024-12-21	Single cell transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of keloids and the mechanism of their aggressiveness 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07311-1 PMID:39702490	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了瘢痕疙瘩的细胞异质性及其侵袭性机制	首次通过单细胞RNA测序技术比较了同一患者中瘢痕疙瘩与非侵袭性病理瘢痕的细胞异质性，发现了机械响应性成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩侵袭性中的关键作用	研究样本仅来自同一患者，可能限制了结果的普适性	探讨瘢痕疙瘩的侵袭性机制	瘢痕疙瘩和非侵袭性病理瘢痕的细胞异质性	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	同一患者的瘢痕疙瘩和非侵袭性病理瘢痕样本
5848	2024-12-21	Adipocyte-derived CXCL10 in obesity promotes the migration and invasion of ovarian cancer cells 2024-Dec-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01568-0 PMID:39702497	研究论文	本文研究了肥胖诱导的脂肪细胞来源的CXCL10在卵巢癌细胞迁移和侵袭中的作用	首次揭示了肥胖通过脂肪细胞来源的CXCL10促进卵巢癌细胞迁移和侵袭的机制	研究仅基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨肥胖与卵巢癌迁移和侵袭之间的关系	卵巢癌细胞和肥胖相关的脂肪组织	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24个常见上调基因
5849	2024-12-21	Analysis of immune cell activation in patients with diabetes foot ulcer from the perspective of single cell 2024-Dec-19, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-02179-7 PMID:39702546	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了糖尿病足溃疡患者的免疫细胞激活情况	首次构建了糖尿病和糖尿病足溃疡组织的单细胞生态图谱，并探索了潜在的中药药物靶点基因相互作用网络	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床试验验证	揭示糖尿病足溃疡的细胞学机制并探索潜在的治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的免疫细胞和相关基因	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5850	2024-12-21	Single-cell dissection of multifocal bladder cancer reveals malignant and immune cells variation between primary and recurrent tumor lesions 2024-Dec-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07343-7 PMID:39702554	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变，揭示了恶性细胞和免疫细胞在不同病变间的变异	首次揭示了复发性多灶性膀胱癌中恶性细胞的区域转录相似性和细胞间通讯的一致性，并发现了IL4I1酶在复发性肿瘤中的表达偏好及其对肿瘤进展的影响	研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普适性	探讨多灶性膀胱癌中原发性和复发性肿瘤病变的异质性	多灶性膀胱癌患者的原发性和复发性肿瘤病变	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	五名多灶性膀胱癌患者，包括三例原发性肿瘤和两例复发性肿瘤
5851	2024-12-21	C3G improves lipid droplet accumulation in the proximal tubules of high-fat diet-induced ORG mice 2024-Dec-13, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107550 PMID:39675540	研究论文	本文研究了Cyanidin-3-glucoside（C3G）在高脂饮食诱导的ORG小鼠模型中改善近端小管脂滴积累的作用及其机制	首次揭示了C3G通过调节肠道微生物群和抑制PPARγ/CD36通路来减少ORG小鼠近端小管脂滴积累的作用	研究仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证C3G的疗效	探讨C3G在ORG中的治疗效果及其潜在机制	高脂饮食诱导的ORG小鼠模型	NA	肾脏疾病	16S rRNA测序、代谢组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	粪便、血清、肾脏的代谢数据	三组小鼠：正常对照组、ORG组和C3G治疗组
5852	2024-12-21	Increased inflammatory signature in myeloid cells of non-small cell lung cancer patients with high clonal hematopoiesis burden 2024-Dec-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96951 PMID:39641768	研究论文	研究探讨了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	首次揭示了非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应之间的潜在联系，并发现严重克隆性造血组中髓系细胞的炎症途径显著富集	研究样本量有限，且未发现克隆性造血状态对免疫治疗反应的显著影响	探讨非小细胞肺癌患者中克隆性造血负担与免疫治疗反应及炎症标志物的关系	非小细胞肺癌患者的血液样本及免疫治疗反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、全外显子测序	NA	RNA	100名转移性非小细胞肺癌患者及63份血液样本，以及180名患者的独立复制队列
5853	2024-12-21	Turncoat antibodies unmasked in a model of autoimmune demyelination: from biology to therapy 2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.623846 PMID:39677612	研究论文	本研究在自身免疫性脱髓鞘模型中揭示了分泌自身抗体的滤泡外浆母细胞，并探讨了针对这些自身抗体的新疗法	发现了一种合成抗MOG抗体8-18C5，能够阻止致病性抗体与MOG的结合，并验证了其治疗潜力	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型，需进一步验证在人类疾病中的效果	探讨自身免疫性疾病中自身抗体的性质及其治疗潜力	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的自身抗体	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型及MOG抗体疾病（MOGAD）患者
5854	2024-12-21	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了着丝粒蛋白N（CENP-N）介导的SEPT9甲基化在结直肠癌（CRC）有氧糖酵解和肝转移中的作用	本研究首次揭示了CENP-N通过甲基化SEPT9促进有氧糖酵解和肝转移的新途径	NA	探讨CENP-N在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	CENP-N和SEPT9在结直肠癌细胞中的相互作用及其对细胞增殖、迁移、侵袭和代谢重编程的影响	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR（MSP）、ChIP实验	NA	RNA	NA
5855	2024-12-21	Spatial and temporal expression analysis of BMP signal modifiers, Smoc1 and Smoc2, from postnatal to adult developmental stages in the mouse testis 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119383 PMID:39510490	研究论文	研究分析了Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸从出生到成年发育阶段中的时空表达模式	首次分析了Smoc1和Smoc2在小鼠出生后睾丸中的时空表达模式，揭示了它们在生殖细胞和体细胞中的不同表达模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	探讨Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸发育过程中的表达模式及其在生殖中的潜在作用	Smoc1和Smoc2在小鼠睾丸中的mRNA和蛋白质表达	NA	NA	RNA原位杂交、免疫荧光和单细胞RNA测序	NA	mRNA和蛋白质	新生儿、幼年和成年小鼠睾丸样本
5856	2024-12-21	A preclinical and phase I clinical study of ex vivo-expanded amyloid beta-specific human regulatory T cells in Alzheimer's disease 2024-Dec, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.117721 PMID:39626378	研究论文	本文研究了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的调节性T细胞在阿尔茨海默病中的安全性和有效性	首次在临床试验中评估了体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的应用	临床试验中探索性评估的效果未达到统计学显著性，需要进一步研究以确认其临床疗效	探讨体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞在阿尔茨海默病中的治疗潜力	体外扩增的针对β淀粉样蛋白的人类调节性T细胞及其在阿尔茨海默病模型和临床试验中的应用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	6名阿尔茨海默病患者和3xTg小鼠模型
5857	2024-12-21	Expression of ABC transporters in the Drosophila testis stem cell niche: Comparison of two approaches 2024-Dec, Gene expression patterns : GEP IF:1.0Q4 DOI:10.1016/j.gep.2024.119386 PMID:39638273	研究论文	研究了果蝇睾丸干细胞微环境中ABC转运蛋白的表达，并比较了两种方法的结果	首次在果蝇睾丸干细胞微环境中研究ABC转运蛋白的表达，并比较了增强子和基因陷阱筛选与Fly Cell Atlas单细胞测序数据的表达模式	两种基因表达方法的结果相关性较弱，表明单一技术可能存在局限性	探讨ABC转运蛋白在果蝇睾丸干细胞微环境中的表达情况	果蝇睾丸中的ABC转运蛋白基因	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	六个ABC转运蛋白基因（ABCB7, MRP, rdog, CG3164, CG31121, 和 CG9663）
5858	2024-12-21	Approximate nearest neighbor graph provides fast and efficient embedding with applications for large-scale biological data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae172 PMID:39703432	研究论文	本文提出了一种新的降维算法annembed，通过结合t-SNE和UMAP的优点，并使用HNSW图替换K-最近邻图，提高了大规模生物数据处理的效率和速度	创新点包括结合t-SNE和UMAP创建新的降维算法，使用HNSW图替换K-最近邻图，以及通过结合HNSW和局部敏感哈希算法扩展到DNA/RNA序列数据	NA	提高大规模生物数据降维和嵌入的效率和速度	大规模微生物基因组数据库、单细胞RNA测序数据和宏基因组contig（或群体）分箱	生物信息学	NA	HNSW, 局部敏感哈希算法	NA	DNA/RNA序列数据	数百万到数十亿个数据点
5859	2024-12-21	Spatial transcriptomics in breast cancer reveals tumour microenvironment-driven drug responses and clonal therapeutic heterogeneity 2024-Dec, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcae046 PMID:39703753	研究论文	本研究利用乳腺癌患者的空间转录组数据，预测药物敏感性，揭示了肿瘤微环境在治疗反应中的作用	本研究首次通过空间转录组数据揭示了肿瘤微环境对药物反应的影响，并发现了肿瘤内不同位置的亚克隆具有不同的药物反应	本研究仅基于乳腺癌患者的数据，结果的普适性有待进一步验证	探讨肿瘤微环境在乳腺癌治疗反应中的作用，优化治疗策略	乳腺癌患者的肿瘤微环境和药物敏感性	数字病理学	乳腺癌	空间转录组	NA	转录组数据	乳腺癌患者
5860	2024-12-21	GAADE: identification spatially variable genes based on adaptive graph attention network 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae669 PMID:39701602	研究论文	本文提出了一种基于自适应图注意力网络的GAADE方法，用于识别空间变异基因	GAADE通过堆叠编码器/解码器层并集成自注意力机制，能够自适应地学习空间域结构，从而更准确地识别空间变异基因	本文未提及具体的技术局限性	旨在改进现有空间转录组数据分析方法，更准确地识别与特定细胞类型相关的空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组测序技术	图注意力网络	空间转录组数据	涉及四个不同物种、区域和组织的空间转录组数据集