单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5841	2024-12-18	A novel PCDscore based on programmed cell death-related genes can effectively predict prognosis and therapy responses of colon adenocarcinoma 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107933 PMID:38217978	研究论文	本研究基于程序性细胞死亡相关基因，开发了一种新的PCDscore评分系统，用于预测结肠腺癌的预后和治疗反应	首次综合分析了所有已知的程序性细胞死亡相关基因，建立了PCDscore评分系统，并验证了其在结肠腺癌预后和治疗反应预测中的有效性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证	开发一种新的评分系统，用于预测结肠腺癌患者的预后和治疗反应	结肠腺癌患者的预后和治疗反应	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA-COAD、GSE17538和GSE39582队列的数据，包括2013-2017年和2018-2019年的结直肠癌样本
5842	2024-12-18	The multifaceted roles of COL4A4 in lung adenocarcinoma: An integrated bioinformatics and experimental study 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107896 PMID:38217972	研究论文	本研究综合生物信息学和实验方法，探讨了COL4A4在肺腺癌中的多方面作用	首次报道了COL4A4在肺腺癌中的重要性，并揭示了其在肿瘤微环境重塑、免疫调节和药物抗性中的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨COL4A4在肺腺癌中的作用及其潜在机制	COL4A4在肺腺癌中的表达及其与临床参数、肿瘤微环境、药物抗性和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自公共数据库的COL4A4表达数据、单细胞测序数据和临床数据
5843	2024-12-18	Identification of the key DNA damage response genes for predicting immunotherapy and chemotherapy efficacy in lung adenocarcinoma based on bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108078 PMID:38340438	研究论文	本文通过bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出EGLN3作为预测肺腺癌免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	首次通过多组学数据分析识别出EGLN3作为肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因，并验证了其在不同数据集中的预测能力	研究主要基于公共数据库和现有数据集，缺乏体内实验验证	识别并验证肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	肺腺癌患者的肿瘤组织和相关基因表达	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据
5844	2024-12-18	Identifying potential ligand-receptor interactions based on gradient boosted neural network and interpretable boosting machine for intercellular communication analysis 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108110 PMID:38367445	研究论文	本文介绍了一种名为CellGiQ的高置信度配体-受体相互作用预测框架，用于细胞间通信分析	本研究的创新点在于基于机器学习方法识别高置信度的配体-受体相互作用，并设计了多种验证方法	由于缺乏“金标准”数据集，评估配体-受体相互作用介导的细胞间通信结果仍然是一个挑战	开发一种高置信度的配体-受体相互作用预测框架，以改进细胞间通信分析	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	梯度提升神经网络和可解释提升机	RNA	涉及人类HNSCC组织的多个数据集
5845	2024-12-18	Chromatin region binning of gene expression for improving embryo cell subtype identification 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108049 PMID:38290319	研究论文	本文介绍了一种基于染色质区域分箱的方法scChrBin，用于改进胚胎细胞亚型识别	提出了scChrBin方法，将scRNA-seq数据转换为基于染色质的矩阵，以揭示胚胎发育和谱系分化的动态	NA	改进胚胎细胞亚型识别的准确性	哺乳动物胚胎发育过程中的染色质区域和基因表达	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个单细胞胚胎数据集
5846	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals the metabolic status of immune cells response to immunotherapy in triple-negative breast cancer 2024-02, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107926 PMID:38183706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中免疫细胞对免疫检查点阻断疗法的代谢状态及其与治疗反应的关系	本研究开发了一种分析流程，揭示了与免疫检查点阻断疗法结果相关的代谢异质性，并识别了非应答者富集的代谢亚亚型	本研究主要集中在三阴性乳腺癌中的免疫细胞代谢机制，未涵盖其他癌症类型或其他免疫疗法	阐明三阴性乳腺癌中免疫检查点阻断疗法非应答的代谢机制	三阴性乳腺癌中的免疫细胞及其代谢状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5847	2024-12-18	Decoding the molecular pathways governing trophoblast migration and placental development; a literature review 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1486608 PMID:39665023	综述	本文深入分析了调控滋养层迁移和胎盘发育的关键信号通路，并探讨了新兴技术在胎盘生物学研究中的应用	本文介绍了新兴技术如滋养层类器官、单细胞RNA测序和胎盘芯片模型，这些工具有望推动对胎盘生物学的理解并开发新的干预措施	本文为综述性文章，未提供新的实验数据或研究结果	探讨调控滋养层迁移和胎盘发育的分子机制，并评估新兴技术在改善妊娠结局中的潜力	滋养层迁移、胎盘发育及相关妊娠并发症	NA	妊娠并发症	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5848	2024-12-18	Fibroblast growth factor receptor risk signature predicts patient prognosis and immunotherapy resistance in colorectal cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1493673 PMID:39676867	研究论文	本文研究了成纤维细胞生长因子受体（FGFR）风险特征在结直肠癌（CRC）患者预后和免疫治疗抵抗中的作用	首次揭示了FGFR风险特征在CRC患者中的预后预测能力和对免疫治疗的抵抗作用，并发现PHA-793887可能作为潜在的FGFR风险特征抑制剂	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体临床试验中验证	探讨FGFR风险特征在结直肠癌患者预后和免疫治疗抵抗中的作用	结直肠癌患者的FGFR风险特征及其对预后和免疫治疗的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、机器学习技术、基因集富集分析（GSEA）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、流式细胞术	NA	RNA序列数据	包括CRC患者的单细胞和bulk RNA测序数据，以及MC38小鼠肿瘤模型
5849	2024-12-18	Direct and indirect RANK and CD40 signaling regulate the maintenance of thymic epithelial cell frequency and properties in the adult thymus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500908 PMID:39676866	研究论文	研究探讨了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞（TECs）维持的作用	首次揭示了RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞的直接和间接作用，并阐明了其对TEC祖细胞和皮质TEC基因表达的间接影响	研究主要集中在体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨RANK和CD40信号在成年胸腺中对胸腺上皮细胞维持的分子机制	胸腺髓质上皮细胞（mTECs）及其祖细胞	NA	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
5850	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals FGF12 as a prognostic biomarker in low-grade endometrial stromal sarcoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1513076 PMID:39676856	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了FGF12作为低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物	首次通过单细胞转录组分析识别出与低级别子宫内膜间质肉瘤预后相关的肿瘤细胞亚群，并发现FGF12基因的高表达与患者生存期缩短显著相关	研究样本量较小，可能影响结果的普适性	识别低级别子宫内膜间质肉瘤的预后生物标志物，以改善患者分层和指导治疗策略	低级别子宫内膜间质肉瘤的肿瘤微环境及预后相关基因	数字病理学	子宫内膜间质肉瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确具体样本数量
5851	2024-12-18	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA-Sequencing Based on EcoTyper Machine Learning Framework Identifies Cell-State-Specific M2 Macrophage Markers Associated with Gastric Cancer Prognosis 2024, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S490075 PMID:39678138	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper机器学习框架，识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物	首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据，利用EcoTyper框架识别与胃癌预后相关的M2巨噬细胞标记物，揭示了肿瘤生态系统的异质性	NA	识别与胃癌预后相关的细胞状态特异性M2巨噬细胞标记物，揭示肿瘤微环境中的细胞状态变化	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其细胞状态	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和bulk RNA测序	机器学习框架（EcoTyper）	RNA测序数据	NA
5852	2024-12-18	Gradient boosting reveals spatially diverse cholesterol gene signatures in colon cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1410353 PMID:39678375	研究论文	本文研究了胆固醇代谢基因在结肠癌中的空间多样性特征，并探讨了其与患者预后的关系	使用eXtreme Gradient Boosting (XGBoost)模型结合胆固醇代谢基因，显著提高了结肠癌患者风险分层的准确性	NA	探讨胆固醇代谢与结肠癌预后的关系，并寻找潜在的治疗靶点	结肠癌患者的肿瘤样本和邻近正常组织样本	数字病理学	结肠癌	空间转录组学	XGBoost	基因表达数据	来自TCGA结肠癌腺癌项目的配对肿瘤和邻近正常样本
5853	2024-12-18	Building a FAIR data ecosystem for incorporating single-cell transcriptomics data into agricultural genome to phenome research 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1460351 PMID:39678381	研究论文	本文探讨了如何构建一个FAIR数据生态系统，将单细胞转录组学数据整合到农业基因组到表型研究中	本文利用人类基因组学基础设施的最新进展，开发了连接不同资源的数据工具，并扩展了功能以实现数据在不同平台间的传输和分析	本文仅描述了一个试点项目，未来需要进一步构建更完善的数据资源和分析生态系统	构建一个基于FAIR原则的科学家友好的数据资源和分析生态系统，以促进单细胞水平的基因组分析	单细胞转录组学数据在农业基因组到表型研究中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	包括植物、原生生物和动物（包括人类）的高通量测序数据集
5854	2024-12-18	Spatial transcriptomics and in situ immune cell profiling of the host ectocervical landscape of HIV infected Kenyan sex working women 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1483346 PMID:39687623	研究论文	本文通过空间转录组学和多表位配体绘图技术，研究了HIV感染的肯尼亚性工作者宫颈外组织的免疫细胞图谱	首次结合空间转录组学和多表位配体绘图技术，深入分析了慢性HIV感染下宫颈外组织的免疫景观	样本仅来自肯尼亚的性工作者，可能限制了研究结果的普适性	研究慢性HIV感染对宫颈外组织免疫景观的影响	HIV感染和未感染的肯尼亚女性性工作者的宫颈外组织	数字病理学	HIV感染	空间转录组学，多表位配体绘图	NA	组织样本	HIV阳性组和阴性组的宫颈外组织样本
5855	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2023-Aug-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3232360/v1 PMID:37609233	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术描述了未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了犬骨肉瘤的细胞和分子异质性，并发现犬和人类骨肉瘤的细胞组成具有高度保守性	研究仅限于6只未治疗的犬骨肉瘤样本，样本量较小	更好地定义骨肉瘤的肿瘤微环境复杂性，并为转化免疫肿瘤学研究提供细胞和分子路线图	未治疗的原发性犬骨肉瘤的肿瘤微环境	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	6只未治疗的犬骨肉瘤样本，共分析了35,310个细胞
5856	2024-12-18	Spatially resolved cell atlas of the teleost telencephalon and deep homology of the vertebrate forebrain 2023-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549873 PMID:37503039	研究论文	本文通过空间转录组学和单核RNA测序技术，生成了慈鲷鱼端脑的空间解析转录图谱，并比较了慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域	本文揭示了鱼类端脑与四足动物的纹状体、海马和皮层细胞群之间的显著转录相似性，为脊椎动物前脑的组织和进化提供了新的见解	NA	研究脊椎动物前脑的组织和进化	慈鲷鱼端脑与其他脊椎动物的细胞类型和解剖区域	NA	NA	空间转录组学，单核RNA测序	NA	转录组数据	NA
5857	2024-12-17	Diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia: an overview of the current genomic classification, diagnostic approaches, and future directions 2025-Jan, Histopathology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/his.15338 PMID:39403021	综述	本文综述了B-急性淋巴细胞白血病的当前基因组分类、诊断方法及未来发展方向	介绍了下一代测序、全基因组转录组测序、光学基因组图谱、甲基化分析和单细胞测序等新技术在B-ALL诊断中的应用	NA	探讨B-ALL的最新诊断标准和技术，以及新技术和生物标志物在提高诊断准确性中的重要性	B-急性淋巴细胞白血病	数字病理学	血液疾病	下一代测序、全基因组转录组测序、光学基因组图谱、甲基化分析、单细胞测序	NA	基因组数据	NA
5858	2024-12-17	Inhibition of JNK Signaling Overcomes Cancer-Associated Fibroblast-Mediated Immunosuppression and Enhances the Efficacy of Immunotherapy in Bladder Cancer 2024-Dec-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0940 PMID:39292817	研究论文	研究揭示了JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中介导的免疫抑制作用，并探讨了通过抑制JNK信号增强免疫治疗效果的策略	首次发现JNK信号通路在癌症相关成纤维细胞中通过上调胸腺基质淋巴细胞生成素（TSLP）表达来促进免疫抑制微环境，并提出抑制JNK信号与PD-1阻断联合治疗的新策略	研究主要集中在膀胱癌样本，结果的普适性需要进一步验证	探讨免疫抑制肿瘤微环境的机制，并寻找提高免疫治疗效果的新方法	膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）和CD8+ T细胞	NA	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	膀胱癌样本
5859	2024-12-17	Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma 2024-Dec-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095 PMID:39312205	研究论文	本文研究了SHCBP1在导管癌中的作用，发现SHCBP1的缺失通过恢复纤毛生成抑制肿瘤进展	首次揭示了SHCBP1与导管癌中纤毛生成之间的联系，并通过SHCBP1缺失恢复纤毛生成，抑制肿瘤进展	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需进一步验证在人类患者中的疗效	探讨SHCBP1在导管癌中的作用机制及其对纤毛生成的影响，寻找潜在的治疗策略	导管癌中的SHCBP1和纤毛生成	NA	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组	小鼠模型和大量导管癌患者样本
5860	2024-12-17	A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer 2024-Dec-16, Archives of toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1007/s00204-024-03910-3 PMID:39680087	研究论文	本研究通过整合多组学生物信息学和孟德尔随机化方法，揭示了ADAMDEC1基因在结肠癌中的预后价值	本研究创新性地使用了scissor算法整合单细胞测序数据和bulk转录组数据，并结合孟德尔随机化方法，首次确定了ADAMDEC1基因作为结肠癌患者的预后保护因子	本研究依赖于现有的数据集和分析方法，可能存在数据偏倚和方法局限性	研究结肠癌的预后标志物，为临床试验和药物靶点研究提供线索	结肠癌患者的预后相关细胞和基因	数字病理学	结肠癌	单细胞测序 RNA-seq 孟德尔随机化	NA	转录组数据基因组数据	使用了两个独立的外部验证数据集GSE17536和GSE39582，以及一个包含免疫组织化学实验的真实世界组织数据集