单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5821	2024-12-22	Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203152 PMID:39628450	研究论文	本文研究了海胆胚胎在细胞转分化过程中克服重编程障碍的机制	首次揭示了转分化过程中基因调控状态的转变序列，并发现信号时序对色素细胞重编程的影响	研究仅限于海胆胚胎，未探讨其他物种或细胞类型的转分化过程	探讨胚胎发育中细胞转分化的分子机制	海胆胚胎中的微细胞（骨骼细胞前体）和早期内胚层细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个海胆胚胎的单细胞样本
5822	2024-12-22	CD34+CLDN5+ tumor associated senescent endothelial cells through IGF2-IGF2R signaling increased cholangiocellular phenotype in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.008 PMID:39674501	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中胆管细胞表型（CCA）的形成机制，特别是通过单细胞RNA测序识别了与CCA形成相关的特定细胞类型及其功能	首次揭示了肿瘤相关衰老内皮细胞通过IGF2-IGF2R信号通路招募间充质干细胞，增强HCC细胞的癌症干细胞样特征，并促进CCA的形成	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床验证	识别肝细胞癌中胆管细胞表型形成的特定细胞类型及其功能	肝细胞癌中的肿瘤相关衰老内皮细胞和间充质干细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5823	2024-12-22	RAG-seq: NSR-primed and Transposase Tagmentation-mediated Strand-specific Total RNA Sequencing in Single Cells 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae072 PMID:39388199	研究论文	本文介绍了一种名为RAG-seq的创新性链特异性总RNA测序技术，结合NSR引物和Tn5转座酶介导的标签化，用于单细胞RNA测序	RAG-seq克服了现有方法在捕获全长转录本和辨别链方向上的局限性，提供了全面的转录本覆盖并保持链方向，这对于准确量化重叠基因和检测反义转录本至关重要	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术，以提高对复杂生物背景下转录组分析的准确性和敏感性	单细胞中的总RNA	RNA测序	NA	RAG-seq	NA	RNA	小鼠卵母细胞和早期胚胎
5824	2024-12-22	Interpreting single-cell and spatial omics data using deep neural network training dynamics 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00721-5 PMID:39633094	研究论文	本文开发了一种名为Annotatability的框架，通过监测深度神经网络在注释数据上的训练动态，识别注释错误并表征生物数据结构	提出了Annotatability框架，通过分析深度神经网络的训练动态来识别注释错误和中间细胞状态，并开发了一种信号感知图嵌入方法用于下游生物信号分析	NA	解决单细胞和空间组学数据解释中的关键挑战，揭示细胞多样性和集体细胞行为	单细胞RNA测序和空间组学数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度神经网络	单细胞RNA测序数据和空间组学数据	八个单细胞RNA测序和空间组学数据集
5825	2024-12-22	Apocrine Gland Damage and the Release of Specific Keratins in Early Stage Indicate the Crucial Involvement of Apocrine Glands in Hidradenitis Suppurativa 2024-Nov-14, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.021 PMID:39547394	研究论文	本研究通过免疫组织化学和单细胞测序技术，探讨了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的潜在作用	首次提供了顶泌汗腺在化脓性汗腺炎早期病变中受损并释放特定角蛋白的证据	样本量较小，且仅限于早期病变皮肤的研究	探讨顶泌汗腺在化脓性汗腺炎发病机制中的作用	化脓性汗腺炎患者的非病变皮肤和早期病变皮肤以及健康对照组的皮肤	NA	化脓性汗腺炎	免疫组织化学、单细胞测序	NA	组织样本	化脓性汗腺炎患者12例，健康对照组8例，血清样本20例
5826	2024-12-22	starTracer is an accelerated approach for precise marker gene identification in single-cell RNA-Seq analysis 2024-09-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06790-6 PMID:39266658	研究论文	本文介绍了一种名为starTracer的新算法，用于加速单细胞RNA-seq数据中标记基因的识别	starTracer算法通过减少冗余计算，显著提高了计算效率、特异性和准确性，相比Seurat算法速度提升了2~3个数量级	NA	提高单细胞RNA-seq数据中标记基因识别的效率、特异性和准确性	单细胞RNA-seq数据中的标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	三个独立数据集和一个模拟测试数据集
5827	2024-12-22	Integrating large-scale single-cell RNA sequencing in central nervous system disease using self-supervised contrastive learning 2024-09-10, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06813-2 PMID:39251817	研究论文	本文介绍了一种自监督对比学习方法scCM，用于整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据	提出了scCM方法，通过比较基因表达的变化，将功能相关的细胞聚集在一起，同时将不相似的细胞分开，有效揭示了中枢神经系统细胞类型/亚型的异质性关系	NA	整合大规模中枢神经系统单细胞RNA测序数据，揭示细胞和分子机制	中枢神经系统细胞类型/亚型	单细胞RNA测序	中枢神经系统疾病	单细胞RNA测序	自监督对比学习	基因表达数据	20个中枢神经系统数据集，涵盖4个物种和10种中枢神经系统疾病
5828	2024-12-22	PHD2 safeguards modest mesendoderm development 2024-09-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06824-z PMID:39244636	研究论文	本文研究了PHD2在调节HIF-1α水平和调控中胚层发育中的关键作用	首次揭示了PHD2在调控中胚层发育中的负向调节作用，并阐明了其通过HIF-1α调控Wnt/β-catenin通路的机制	研究主要集中在体外模型和早期胚胎阶段，缺乏对更晚期发育阶段的验证	探讨PHD2在中胚层发育中的作用及其与低氧和HIF-1α的相互作用	PHD2、HIF-1α、中胚层发育、Wnt/β-catenin通路	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了小鼠胚胎干细胞（mESCs）、胚胎体和鼠胚
5829	2024-12-22	Deficient RPE mitochondrial energetics leads to subretinal fibrosis in age-related neovascular macular degeneration 2024-09-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06773-7 PMID:39223298	研究论文	研究揭示了视网膜色素上皮（RPE）线粒体能量代谢缺陷与年龄相关性新生血管性黄斑变性中亚视网膜纤维化的关系	首次揭示了VLDLR通过抑制TGFβ诱导的代谢重编程来抑制纤维化，并提出CPT1A作为治疗亚视网膜纤维化的潜在靶点	NA	探讨视网膜色素上皮代谢紊乱与亚视网膜纤维化的潜在机制	视网膜色素上皮细胞中的线粒体脂肪酸氧化相关基因	NA	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA	Vldlr小鼠模型
5830	2024-12-22	Single-cell analysis of chromatin and expression reveals age- and sex-associated alterations in the human heart 2024-08-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06582-y PMID:39187646	研究论文	研究通过单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq分析，揭示了人类心脏中与年龄和性别相关的染色质和表达变化	首次大规模分析了人类心脏中单细胞水平的年龄和性别相关变化，并结合了多个已发表的数据集进行综合分析	研究仅限于健康成年心脏样本，未涵盖疾病状态下的心脏变化	探讨人类心脏中不同细胞类型在年龄和性别影响下的分子程序变化	人类心脏样本中的单细胞核染色质和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞核组合索引（sci）ATAC-Seq和RNA-Seq	预测模型	基因表达数据和染色质可及性数据	9名捐赠者的心脏样本，并结合了5个已发表的单核RNA-Seq数据集
5831	2024-12-22	SLIVER: Unveiling large scale gene regulatory networks of single-cell transcriptomic data through causal structure learning and modules aggregation 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108690 PMID:38879931	研究论文	本文提出了一种名为SLIVER的算法，通过因果结构学习和模块聚合来揭示单细胞转录组数据的大规模基因调控网络	SLIVER算法通过引入因子节点来整合基因之间的调控关系，将基因调控网络简化为两个低维矩阵的乘积，从而降低了计算复杂度	NA	从因果角度推断基因调控网络	单细胞转录组数据中的基因调控网络	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	结构因果模型	基因表达数据	12个真实单细胞转录组数据集
5832	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.10.593533 PMID:38766256	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	斑马鱼大脑中的Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞
5833	2024-12-22	The conserved wobble uridine tRNA thiolase Ctu1 is required for angiogenesis and embryonic development 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0315854 PMID:39705244	研究论文	本文研究了保守的摇摆尿苷tRNA硫醇酶Ctu1在血管生成和胚胎发育中的作用	首次发现Ctu1对脊椎动物的血管生成和胚胎发育至关重要	对Ctu1在脊椎动物模型中的生物学功能研究尚不充分	探讨Ctu1在血管生成和胚胎发育中的作用	Ctu1在斑马鱼胚胎和人类内皮细胞中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼胚胎和人类内皮细胞
5834	2024-12-21	A diagnostic signatures for intervertebral disc degeneration using TNFAIP6 and COL6A2 based on single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq analyses 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2443568 PMID:39704340	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路	首次通过单细胞和批量RNA测序结合的方法，识别出TNFAIP6和COL6A2作为椎间盘退变的诊断标志物，并验证了ZEB2作为转录因子在调控这些关键基因中的潜在作用	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏倚和数据质量问题	识别与椎间盘退变相关的潜在生物标志物和信号通路，以辅助诊断和预测疾病活动	椎间盘退变病例的生物标志物和信号通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、批量RNA测序、RT-qPCR、免疫组化（IHC）	NA	RNA	多个数据集（GSE70362、GSE124272）和组织样本
5835	2024-12-21	Genomic and cell-specific regulation of benzylisoquinoline alkaloid biosynthesis in opium poppy 2025-Jan-01, Journal of experimental botany IF:5.6Q1 DOI:10.1093/jxb/erae317 PMID:39046316	综述	本文综述了罂粟中苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成的基因组和细胞特异性调控机制	本文强调了基因组测序、单细胞和空间转录组学的最新进展，并探讨了这些技术如何帮助我们更好地理解BIA生物合成的调控机制	本文主要为综述性质，未提供新的实验数据或研究结果	探讨罂粟中BIA生物合成的基因组和细胞特异性调控机制，为罂粟的遗传改良和代谢工程提供理论基础	罂粟中的苯基异喹啉生物碱（BIA）生物合成	NA	NA	基因组测序、单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
5836	2024-12-21	Aberrant neurodevelopment in human iPS cell-derived models of Alexander disease 2025-Jan, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24618 PMID:39308436	研究论文	本研究探讨了Alexander疾病患者来源的诱导多能干细胞（iPS细胞）在神经发育中的异常表现	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，首次在AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经类器官和共培养体系中观察到神经元和星形胶质细胞的分化异常，并揭示了突变GFAP对细胞分化和基因表达的影响	研究主要集中在GFAP突变对神经元和星形胶质细胞的影响，未深入探讨其他细胞类型的变化	探讨GFAP突变对Alexander疾病患者神经发育的影响	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AxD患者来源的iPS细胞衍生的神经元和星形胶质细胞共培养体系及神经类器官
5837	2024-12-21	Multidimensional analysis of matched primary and recurrent glioblastoma identifies contributors to tumor recurrence influencing time to relapse 2025-Jan-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlae108 PMID:39423857	研究论文	本研究通过多维分析匹配的原发性和复发性胶质母细胞瘤，识别影响肿瘤复发和复发时间的因素	首次通过空间转录组学分析揭示了复发性胶质母细胞瘤中寡突胶质细胞的富集，并发现激活的微胶质细胞/巨噬细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用	研究样本量较小，且仅限于IDHwt WHO 4级胶质母细胞瘤，结果的普适性有待进一步验证	旨在通过纵向肿瘤变化分析，寻找可能的干预靶点以预防胶质母细胞瘤复发	原发性（pGBM）和复发性（rGBM）胶质母细胞瘤的RNA和蛋白质	数字病理学	脑肿瘤	转录组学和蛋白质组学分析	NA	RNA和蛋白质	来自匹配患者的原发性和复发性胶质母细胞瘤样本
5838	2024-12-21	Integrative single-cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of the evolutionary trajectory features of adipose-derived stem cells induced into astrocytes 2025-Jan, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.16269 PMID:39700048	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）技术，对脂肪来源干细胞（ADSCs）诱导成星形胶质细胞过程中的细胞进行联合测序，并通过生物信息学方法分析其分化轨迹	首次结合单细胞RNA测序和ATAC测序技术，揭示了ADSCs诱导成星形胶质细胞的分化轨迹和染色质可及性变化，并鉴定了关键的转录因子	研究仅限于体外实验，未涉及体内验证	探讨ADSCs诱导成星形胶质细胞的分子机制	脂肪来源干细胞（ADSCs）及其诱导成星形胶质细胞过程中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	多个时间点的ADSCs细胞
5839	2024-12-21	Reprogramming of epidermal keratinocytes by PITX1 transforms the cutaneous cellular landscape and promotes wound healing 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182844 PMID:39480496	研究论文	研究探讨了转录因子PITX1在表皮角质形成细胞中的表达对皮肤细胞景观的重新编程及其对伤口愈合的影响	首次通过异位表达PITX1于小鼠皮肤表皮，揭示了PITX1在促进角质形成细胞迁移和增殖以及改变分化状态中的作用，并展示了其对伤口愈合的显著加速效果	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证PITX1的效果	探讨PITX1在角质形成细胞中的作用及其对伤口愈合的影响	小鼠皮肤和口腔黏膜的角质形成细胞	NA	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA	小鼠皮肤和口腔黏膜样本
5840	2024-12-21	Roles of boron in preventing cadmium uptake by Capsicum annuum root tips: Novel insights from ultrastructural investigation and single-cell RNA sequencing 2024-Dec-20, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2024.177858 PMID:39631329	研究论文	本文通过超微结构分析和单细胞RNA测序研究了硼对辣椒根尖镉吸收的影响及其分子机制	首次通过超微结构分析和单细胞RNA测序揭示了硼通过诱导根尖内皮层木质化来减少镉积累的机制	研究仅限于辣椒根尖，未探讨其他植物或组织中的情况	探讨硼在减少作物镉积累中的作用及其分子机制	辣椒（Capsicum annuum L.）根尖	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA