单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5801	2024-12-12	Modeling neural tube development by differentiation of human embryonic stem cells in a microfluidic WNT gradient 2020-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0525-0 PMID:32451506	研究论文	研究通过微流控WNT梯度培养人胚胎干细胞，模拟人类神经管早期发育	首次使用微流控技术在体外模拟人类神经管的早期发育过程，并成功生成具有渐进尾部化特征的神经组织	研究仅限于体外模型，尚未在体内验证其有效性	探索影响神经管前后轴模式化的因素和过程	人胚胎干细胞及其在微流控WNT梯度下的分化	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
5802	2024-12-12	Human Lung Conventional Dendritic Cells Orchestrate Lymphoid Neogenesis during Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2020-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201906-1123OC PMID:32255375	研究论文	本文研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中肺树突状细胞（DCs）在T滤泡辅助细胞（Tfh）诱导中的作用	首次揭示了常规树突状细胞2型（cDC2s）在COPD患者中诱导IL-21CXCL13 Tfh样细胞的能力增强，并提出了EBI2阳性OX-40L表达的cDC2s在三级淋巴组织（TLO）形成中的潜在作用	本文主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术的研究，未涉及体内实验验证	探讨COPD进展中三级淋巴组织（TLOs）形成的免疫细胞激活机制	肺树突状细胞（DCs）和T滤泡辅助细胞（Tfh）	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COPD患者和对照组的肺组织样本
5803	2024-12-12	Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0820-1 PMID:32366989	研究论文	本文介绍了一种名为souporcell的方法，用于通过单细胞RNA测序数据中的基因型信息对细胞进行聚类，无需参考基因型	souporcell方法能够在没有参考基因型的情况下，通过检测单细胞RNA测序读取中的变异来对细胞进行聚类，并能检测跨基因型的双胞体和估计环境RNA的量	NA	开发一种新的方法来对单细胞RNA测序数据进行基因型聚类，并检测双胞体和估计环境RNA的量	单细胞RNA测序数据中的基因型信息	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因型数据	NA
5804	2024-12-12	Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology 2020-02, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0227-3 PMID:31831877	研究论文	本文探讨了单细胞技术在绘制人类免疫系统图谱中的应用，特别是在肾脏学领域的潜在影响	本文利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术技术，首次系统性地研究了肾脏内免疫细胞的复杂景观及其与循环免疫细胞的关系	本文主要集中在理论探讨和潜在应用，尚未涉及大规模临床试验或实际应用验证	探讨单细胞技术在肾脏学中的应用，以改善肾脏疾病的诊断和个性化治疗	人类免疫系统中的免疫细胞，特别是肾脏内的免疫细胞及其与循环免疫细胞的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	细胞	涉及血液、次级淋巴器官和肾脏通路中的免疫细胞群体
5805	2024-12-12	Single-cell imaging and RNA sequencing reveal patterns of gene expression heterogeneity during fission yeast growth and adaptation 2019-03, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0330-4 PMID:30718845	研究论文	本文通过结合成像、单细胞RNA测序和贝叶斯真实计数恢复，研究了在不同环境条件下超过2000个单个裂殖酵母细胞的转录组，揭示了基因表达异质性在细胞生长和适应过程中的模式	本文创新性地整合了单细胞RNA测序和细胞大小数据，揭示了在细胞生长和分裂过程中调控的基因，包括那些表达不随细胞大小变化的基因，并分析了在适应和急性环境变化响应中的基因表达异质性	NA	研究基因表达异质性在裂殖酵母生长和适应过程中的模式	裂殖酵母细胞在不同环境条件下的转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	超过2000个单个裂殖酵母细胞
5806	2024-12-12	Single-cell RNA sequencing reveals microglia-like cells in cerebrospinal fluid during virologically suppressed HIV 2018-09-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.121718 PMID:30232286	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HIV感染者脑脊液和血液中的细胞，发现了与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群	首次通过单细胞RNA测序技术在脑脊液中识别出与神经退行性疾病相关的微胶质样细胞亚群，揭示了其在HIV感染中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于HIV感染者，未来需要更大规模的研究来验证结果	探讨HIV感染期间中枢神经系统免疫激活与神经元损伤的细胞机制	HIV感染者和非感染者的脑脊液和血液中的细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成人的脑脊液和血液样本
5807	2024-12-12	Chromatin and Single-Cell RNA-Seq Profiling Reveal Dynamic Signaling and Metabolic Transitions during Human Spermatogonial Stem Cell Development 2017-10-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.09.003 PMID:28985528	研究论文	研究分析了人类精原干细胞发育过程中的染色质和单细胞RNA-seq数据，揭示了动态的信号传导和代谢转变	首次通过DNA甲基化和开放染色质（ATAC-seq）以及单细胞RNA-seq技术，全面分析了人类精原干细胞发育过程中的动态染色质和转录景观	研究主要集中在体外实验和数据分析，缺乏体内验证	探讨人类精原干细胞在自我更新和分化之间的平衡机制	人类精原干细胞（hSSCs）及其分化过程中的动态变化	数字病理学	NA	DNA甲基化测序，ATAC-seq，单细胞RNA-seq	NA	基因组数据，转录组数据	涉及SSEA4 hSSCs和分化中的c-KIT精原细胞的多个样本
5808	2024-12-12	Single-cell transcriptomics uncovers distinct molecular signatures of stem cells in chronic myeloid leukemia 2017-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/nm.4336 PMID:28504724	研究论文	本文开发了一种结合高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析的方法，用于研究慢性髓性白血病中的癌症干细胞	本文创新性地结合了高灵敏度突变检测和单细胞全转录组分析，揭示了慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	当前的单细胞RNA测序方法缺乏检测体细胞突变的灵敏度	揭示慢性髓性白血病中癌症干细胞的异质性和治疗抵抗的分子特征	慢性髓性白血病患者的癌症干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2000个慢性髓性白血病患者的癌症干细胞样本
5809	2024-12-11	Left/right asymmetrically expressed ephrin and Flamingo proteins regulate lateralized axon growth in C. elegans 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.09.014 PMID:39341445	研究论文	研究揭示了在C. elegans神经系统中左右不对称表达的ephrin和Flamingo蛋白如何调控轴突生长的分子机制	首次发现ephrin蛋白EFN-2和Flamingo蛋白FMI-1在AIY神经元谱系中左右不对称表达，并协同调控轴突生长的左右不对称性	研究仅限于C. elegans神经系统，未探讨这些分子不对称性在其他物种中的作用	探讨左右不对称分子在神经系统中的表达及其功能后果	C. elegans神经系统的AIY神经元谱系中的ephrin和Flamingo蛋白	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C. elegans的AIY神经元谱系
5810	2024-12-11	Identification of cancer-associated fibrolast subtypes and distinctive role of MFAP5 in CT-detected extramural venous invasion in gastric cancer 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102188 PMID:39531783	研究论文	研究报告了MFAP5+癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中通过调节乳酸化修饰促进CT检测到的壁外静脉侵犯（EMVI）的形成	首次揭示了MFAP5+ CAFs在胃癌中通过调节乳酸化修饰促进EMVI形成的作用，为胃癌的诊断和治疗提供了新的参考	研究样本量较小，仅涉及13名胃癌患者，可能影响结果的普适性	探讨癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其对壁外静脉侵犯的影响	胃癌患者的病理样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序、免疫组化、慢病毒敲低	NA	基因表达数据、图像	13名胃癌患者的病理样本
5811	2024-12-11	Machine learning-derived natural killer cell signature predicts prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102180 PMID:39536695	研究论文	本文通过整合多种机器学习算法，建立了一个与自然杀伤细胞相关的风险模型，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	本文创新性地整合了十种不同的机器学习算法，建立了包含18个基因的风险模型，能够准确预测透明细胞肾细胞癌患者的预后，并揭示了自然杀伤细胞与其他细胞亚群之间的复杂信号相互作用	本文主要基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析，未涉及大规模的临床验证	研究自然杀伤细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并建立预测患者预后和治疗反应的风险模型	透明细胞肾细胞癌患者的转录组数据、临床数据以及自然杀伤细胞的功能和表达模式	数字病理学	肾细胞癌	单细胞测序、qRT-PCR、IHC、CCK8检测、流式细胞术	Coxboost plus plsRcox	转录组数据	TCGA数据库中的透明细胞肾细胞癌转录组数据和临床数据，以及GEO数据库中的单细胞测序数据
5812	2024-12-11	Pronounced early differentiation underlies zebra finch gonadal germ cell development 2025-Jan, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.006 PMID:39214328	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了鸡和斑胸草雀的生殖细胞发育差异	发现了斑胸草雀中存在两种早期生殖细胞类型，而鸡中只有一种，揭示了鸟类生殖细胞发育策略的多样性	研究仅限于鸡和斑胸草雀两种鸟类，其他鸟类的生殖细胞发育情况尚未涉及	探讨不同鸟类生殖细胞发育策略的差异，为基因编辑和生殖技术在其他鸟类中的应用提供依据	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	鸡和斑胸草雀的早期胚胎生殖细胞样本
5813	2024-12-11	Cordycepin enhances the Anticancer efficacy of PD-L1 blockade by modulating the tumor microenvironment of colon cancer 2024-Dec-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177089 PMID:39489279	研究论文	研究评估了抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的效果及其机制	首次探讨了虫草素通过调节肿瘤微环境增强PD-L1阻断的抗肿瘤效果	NA	评估抗PD-L1抗体与虫草素联合治疗结肠癌的疗效	结肠癌及其肿瘤微环境	NA	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5814	2024-12-11	Leukemia inhibitory factor receptor inhibition by EC359 reduces atherosclerotic stenosis grade in Ldlr-/- mice 2024-Dec-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.177121 PMID:39528103	研究论文	本研究探讨了白血病抑制因子（LIF）受体在动脉粥样硬化发展中的作用，并通过实验验证了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化狭窄程度方面的潜力	首次深入研究了LIF及其受体在动脉粥样硬化中的作用，并证明了LIF受体抑制剂EC359在减少动脉粥样硬化斑块大小和降低胆固醇水平方面的效果	研究仅在Ldlr-/-小鼠模型中进行，结果的普遍性和在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨LIF受体信号在动脉粥样硬化发展中的作用，并评估LIF受体抑制剂EC359的疗效	LIF受体在动脉粥样硬化中的作用及EC359对动脉粥样硬化的影响	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	实验涉及30只Ldlr-/-小鼠，分为两组，每组15只
5815	2024-12-11	Identify critical genes of breast cancer and corresponding leading natural product compounds of potential therapeutic targets 2024-Dec-10, Molecular diversity IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11030-024-11035-z PMID:39656376	研究论文	本文通过多组学研究，识别乳腺癌的关键基因、治疗靶点和潜在的天然产物疗法	本文首次结合多组学数据，包括基因共表达网络分析、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序和空间转录组学，识别乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点，并筛选出针对squalene epoxidase的天然产物化合物	本文的局限性在于研究主要基于数据分析，尚未进行临床试验验证其发现的有效性	识别乳腺癌的关键基因和潜在治疗靶点，探索天然产物疗法	乳腺癌的关键基因、治疗靶点和天然产物化合物	数字病理学	乳腺癌	基因共表达网络分析（WGCNA）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	乳腺癌细胞系和患者样本
5816	2024-12-11	Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review 2024-Dec-10, United European gastroenterology journal IF:5.8Q1 DOI:10.1002/ueg2.12720 PMID:39656426	综述	本文系统回顾了用于预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗反应的多组学生物标志物	本文整合了多种组学数据，强调了多组学模型在预测治疗反应中的影响，并评估了可能对多种治疗干预产生不同效果的特定生物标志物	NA	探讨用于预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物治疗反应的生物标志物	炎症性肠病患者的生物标志物	NA	炎症性肠病	多组学方法（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学和代谢组学）	多组学整合模型	多组学数据	NA
5817	2024-12-11	Increased spatial coupling of integrin and collagen IV in the immunoresistant clear-cell renal-cell carcinoma tumor microenvironment 2024-Dec-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03435-z PMID:39639369	研究论文	本文通过空间转录组学研究了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中整合素和胶原蛋白IV的空间耦合，以更好地理解免疫治疗耐药性	本文首次使用细胞分辨率的空间转录组学技术，分析了免疫治疗前后ccRCC肿瘤微环境中的分子变化，并发现免疫治疗后肿瘤中胶原蛋白IV和整合素αV的表达显著增加	本文仅分析了21个肿瘤样本，样本量较小，且未探讨潜在的治疗策略	研究透明细胞肾细胞癌肿瘤微环境中免疫治疗耐药性的分子机制	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤及其微环境	数字病理学	肾癌	空间转录组学	NA	空间分子图像	21个ccRCC肿瘤样本
5818	2024-12-11	Nonepithelial Gene Expression Correlates With Symptom Severity in Adults With Eosinophilic Esophagitis 2024-Dec, The journal of allergy and clinical immunology. In practice DOI:10.1016/j.jaip.2024.05.015 PMID:38768900	研究论文	本文研究了非上皮基因表达与嗜酸性食管炎（EoE）症状严重程度之间的相关性	首次揭示了非上皮细胞（如成纤维细胞）在EoE症状严重程度中的潜在作用	样本量有限，且仅限于成人患者	探讨EoE症状严重程度与食管基因表达之间的关系	嗜酸性食管炎患者的食管基因表达与症状严重程度	NA	消化系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	146名成人EoE患者
5819	2024-12-11	Single-cell transcriptome analysis of the mouse lungs during the injury and recovery periods after lipopolysaccharide administration 2024-Dec, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01951-z PMID:39377802	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了脂多糖诱导的急性肺损伤（ALI）期间细胞间相互作用及Dpp4在其中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨急性肺损伤（ALI）期间细胞和分子变化，并寻找有效的治疗靶点	小鼠肺部在脂多糖处理后损伤和恢复期的细胞和分子变化	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自损伤（第3天）和恢复（第6天）小鼠的肺泡组织样本
5820	2024-12-11	Doxorubicin resistance involves modulation of interferon signaling, transcriptional bursting, and gene co-expression patterns of U-ISGF3-related genes 2024-12, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2024.101071 PMID:39405604	研究论文	研究了多柔比星（DOX）在人结肠癌细胞中诱导的转录组变化，揭示了与U-ISGF3相关基因的表达变化及其在化疗耐药中的潜在作用	首次揭示了U-ISGF3相关基因在多柔比星耐药中的作用，并发现HSH2D作为不良预后标志物在耐药细胞中的高表达	研究仅限于人结肠癌细胞，未探讨其他癌症类型中的适用性	探讨多柔比星诱导的化疗耐药机制及其潜在治疗靶点	人结肠癌细胞在亚毒性多柔比星处理后的转录组变化	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	数学模型	转录组数据	人结肠癌细胞