单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5781	2024-12-24	MICA: a multi-omics method to predict gene regulatory networks in early human embryos 2024-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302415 PMID:37879938	研究论文	本文评估了不同线性和非线性基因调控网络（GRN）预测方法在单细胞模拟和人类胚胎转录组数据集上的应用，并比较了表达归一化对GRN预测的影响	提出了基于互信息（MI）和染色质可及性（CA）的非线性方法MICA，用于单细胞转录组数据集的GRN预测，捕捉复杂的非单调依赖性和反馈回路	NA	在早期人类胚胎中预测基因调控网络	单细胞模拟数据集和人类胚胎转录组数据集	基因组学	NA	单细胞组学	非线性方法	转录组数据	NA
5782	2024-12-24	Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1513821 PMID:39711954	综述	本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展，重点介绍了空间转录组学和蛋白质组学的方法及其在解析肿瘤微环境中的应用	本文强调了空间生物学技术在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性中的重要作用，并讨论了将这些技术整合到精准医学策略中的潜力	本文指出了当前方法在处理结直肠癌组织异质性方面的局限性，并强调了需要新的计算工具来管理和解释这些复杂数据	探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其未来前景	结直肠癌的肿瘤微环境及其分子机制	NA	结直肠癌	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	转录组数据，蛋白质组数据	NA
5783	2024-12-24	scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data 2023-12, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302103 PMID:37788907	研究论文	本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	量子松鼠搜索算法	基因表达数据	八个基准单细胞RNA测序数据集
5784	2024-12-24	High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202301929 PMID:37722727	研究论文	本文开发了一种名为DRaqL的新方法，用于从卵巢组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，揭示了卵泡发生过程中的转录组异质性	DRaqL方法实现了从酒精固定组织切片中进行高效的单细胞RNA测序，其效率与新鲜分离细胞的测序相当，并能有效进行外显子-外显子连接分析	NA	开发一种高效的方法，用于从组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，以研究卵泡发生过程中的转录组异质性	小鼠卵巢组织切片中的卵母细胞和颗粒细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠卵巢组织切片
5785	2024-12-24	A targeted sequencing extension for transcript genotyping in single-cell transcriptomics 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202301971 PMID:37696578	研究论文	本文评估了一种直接的靶向测序方法，作为高吞吐量液滴单细胞RNA测序的扩展，用于转录基因分型	本文提出了一种新的靶向测序扩展方法，结合了特定基因座分型与高吞吐量单细胞RNA测序，填补了现有方法的空白	本文未详细讨论该方法在不同细胞类型或复杂组织中的适用性	研究如何通过靶向测序扩展方法，结合基因型信息与基因表达数据，来研究遗传变异的影响	单细胞RNA测序中的转录基因分型	基因组学	NA	靶向测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
5786	2024-12-24	c-JUN is a barrier in hESC to cardiomyocyte transition 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302121 PMID:37604584	研究论文	本文研究了c-JUN在人胚胎干细胞向心肌细胞转化中的作用	首次揭示了c-JUN通过调节H3K4me3修饰和染色质可及性来调控心肌细胞命运	NA	探讨c-JUN在人心肌细胞分化中的调控作用	人胚胎干细胞及其向心肌细胞的分化	NA	NA	ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
5787	2024-12-23	Integrating scRNA-seq and Visium HD for the analysis of the tumor microenvironment in the progression of colorectal cancer 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113752 PMID:39642568	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组技术，分析了结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	本文首次结合高分辨率空间转录组学技术，深入研究了结直肠癌肿瘤微环境的动态变化，并发现了NOTUM+上皮细胞和IGHG1/3+浆细胞在正常组织与腺瘤交界处的聚集现象	本文主要基于数据分析，缺乏实验验证，且样本量未明确说明	研究结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化	结直肠癌的肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，Visium HD空间转录组	NA	转录组数据	NA
5788	2024-12-23	The prognostic significance and potential mechanism of PFDN4 in hepatocellular carcinoma 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113761 PMID:39644788	研究论文	本研究探讨了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	首次系统研究了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响，并揭示了其通过MAPK/ERK信号通路调控肝细胞癌行为的机制	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏更大规模的临床样本验证	探讨PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制	PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响	NA	肝细胞癌	CCK-8, EdU, 伤口愈合, Transwell, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	多个数据库和临床样本, 稳定敲低和过表达PFDN4的肝细胞癌细胞系
5789	2024-12-23	An Integrative analysis of single-cell RNA-seq, transcriptome and Mendelian randomization for the Identification and validation of NAD+ Metabolism-Related biomarkers in ulcerative colitis 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113765 PMID:39647286	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、转录组数据和孟德尔随机化分析，识别和验证了与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）代谢相关的生物标志物在溃疡性结肠炎中的作用	首次通过多组学数据整合和孟德尔随机化分析，识别并验证了NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的生物标志物作用	研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和外部验证不足的问题	探索NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的潜在作用，并验证其作为生物标志物的可行性	NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的表达模式及其作为生物标志物的潜力	数字病理学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、转录组分析、孟德尔随机化分析、实时定量聚合酶链反应	机器学习	基因表达数据	使用了GSE87466、GSE75214和GSE224758等多个数据集，样本数量未明确提及
5790	2024-12-23	MSR1 in lung squamous cell carcinoma: Prognostic and immunological values in pan-cancer and single-cell analyses and a cohort study 2025-Jan-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113811 PMID:39667048	研究论文	研究探讨了巨噬细胞清道夫受体1（MSR1）在肺鳞状细胞癌（LUSC）中的预后和免疫学价值	首次系统分析了MSR1在泛癌和单细胞水平上的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了其在LUSC中的预后和诊断潜力	研究主要基于数据库分析和队列研究，缺乏体内实验验证	探讨MSR1在LUSC中的预后和免疫学价值，并评估其作为诊断和预后标志物的潜力	MSR1在肺鳞状细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	49,566名UK Biobank参与者
5791	2024-12-23	Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis 2025-Jan, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032 PMID:39236896	研究论文	本文研究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞，并探讨了其与胃癌风险的关系	首次揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中表达ANPEP/CD13的癌相关化生细胞亚型，表明这两种疾病具有致癌潜力	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探讨幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞及其与胃癌风险的关系	幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	组织样本	小鼠模型和人类患者活检样本
5792	2024-12-23	Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models 2025-Jan, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06301-6 PMID:39508880	研究论文	本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	揭示了非β细胞在不同糖尿病易感性小鼠模型中的转录异质性，并发现这种异质性与人类2型糖尿病的发展相关	研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性	理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用	肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据
5793	2024-12-23	Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics 2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014 PMID:39537019	综述	本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展	本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学和两种新的组学技术（表观转录组学和线粒体基因组学）的应用	本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究	总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展	骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学研究	基因组学	骨关节炎	全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学	NA	基因组数据	涉及多种骨关节炎相关组织的人类材料
5794	2024-12-23	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失数据插补	GraCEImpute模型在插补单细胞RNA测序数据中的缺失值方面优于现有方法，并显著提高了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高丢失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图聚类自编码器（GCAE）	RNA测序数据	NA
5795	2024-12-23	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学和实验验证，识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在系统性红斑狼疮患者中的表达显著上调，并具有诊断价值和与疾病活动相关的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别系统性红斑狼疮的新型诊断生物标志物，并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名系统性红斑狼疮患者和31名健康对照
5796	2024-12-23	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的影响，通过单细胞转录组和批量RNA表达谱数据，识别了与PTEN状态相关的独特分子通路和预后标志物	首次在胶质细胞类型水平上分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制，并识别了与PTEN状态相关的独特预后标志物	研究依赖于公开的单细胞和批量RNA表达数据，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤患者的情况	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制及其在不同胶质细胞类型中的预后标志物	PTEN野生型和缺失型的胶质母细胞瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析，批量RNA表达谱分析	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA表达数据	公开的单细胞转录组和批量RNA表达数据
5797	2024-12-23	Integrative multi-omics analysis of Crohn's disease and metabolic syndrome: Unveiling the underlying molecular mechanisms of comorbidity 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109365 PMID:39541897	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	本研究首次通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的共享基因及其在免疫反应和代谢调节中的作用	本研究主要依赖于公共数据库中的微阵列数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	揭示克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	克罗恩病和代谢综合征的共享基因及其功能	生物信息学	消化系统疾病	微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建、随机森林、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、极端梯度提升（XGBoost）算法、CIBERSORT、基因集变异分析（GSVA）、孟德尔随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端梯度提升（XGBoost）	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的微阵列数据
5798	2024-12-23	Integrated machine learning reveals the role of tryptophan metabolism in clear cell renal cell carcinoma and its association with patient prognosis 2024-Dec-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00576-w PMID:39707545	研究论文	本研究探讨了色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与患者预后的关联，并开发了一个基于色氨酸代谢的预测模型	首次开发了基于色氨酸代谢的预测模型，用于评估透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	实验验证仅限于少数基因和组织样本，需要进一步的临床验证	研究色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发预测模型以改善患者分层和个性化治疗	透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、Western blot、CCK8实验、transwell实验	机器学习模型	多组学数据	多个数据集和实验样本
5799	2024-12-23	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2024-Dec-21, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统描述了在COVID-19感染和不同疫苗接种情况下，基于单细胞研究的病毒诱导的免疫细胞类型和细胞状态的相对丰度及分子行为的失调	利用单细胞转录组学技术，高分辨率地研究了宿主对SARS-CoV-2感染的免疫反应	NA	探讨COVID-19感染和不同疫苗接种情况下宿主免疫反应的细胞和分子基础	COVID-19感染和不同疫苗接种情况下的免疫细胞类型和细胞状态	NA	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组	基于过去三到四年发表的单细胞研究
5800	2024-12-23	Single-cell transcriptomics reveal the prognostic roles of epithelial and T cells and DNA methylation-based prognostic models in pancreatic cancer 2024-Dec-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-024-01800-0 PMID:39709423	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序和DNA甲基化数据，揭示了胰腺癌中上皮细胞和T细胞的预后作用，并构建了基于DNA甲基化的预后模型	首次整合单细胞RNA测序和DNA甲基化数据，构建了基于上皮细胞和T细胞特异性甲基化模式的预后模型	研究主要基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚，需要进一步在其他数据集上验证	探讨胰腺癌中不同细胞类型的预后作用，并开发基于DNA甲基化的预后模型	胰腺癌中的上皮细胞和T细胞，以及基于这些细胞的DNA甲基化特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，DNA甲基化	NA	基因组数据，临床数据	使用了TCGA数据集进行验证