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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5781 | 2025-10-06 |
Peripheral blood immune landscape and NXPE3 as a novel biomarker for hypertensive intracerebral hemorrhage risk prediction and targeted therapy
2025-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70030
PMID:40469509
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研究论文 | 通过多组学技术分析脑出血患者的免疫失调机制,并发现NXPE3作为新型生物标志物和潜在治疗靶点 | 首次将NXPE3鉴定为高血压性脑出血的风险预测生物标志物和潜在治疗靶点,并验证了二氢麦角胺对其的结合作用 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 探索脑出血的免疫失调机制并开发风险预测模型和治疗策略 | 脑出血患者和高血压患者 | 生物信息学 | 脑出血 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接, 模拟计算 | 多机器学习框架 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
5782 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of multi-omics single-cell data using the single-cell analyst
2025-Jun, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.70038
PMID:40469516
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研究论文 | 介绍了一个用于多组学单细胞数据分析的网页平台single-cell analyst | 开发了用户友好的网页平台,支持六种单细胞组学数据类型,无需编程技能即可进行综合分析 | NA | 为计算能力有限的研究人员提供易于使用的多组学单细胞数据分析工具 | 多组学单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞免疫分析, 单细胞拷贝数变异分析, 飞行时间质谱流式细胞术, 流式细胞术, 空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞免疫分析, 单细胞拷贝数变异分析, 飞行时间质谱流式细胞术, 流式细胞术, 空间转录组学 | single-cell analyst | 基于网页的分析平台,支持在线和离线模式,包含20多种交互式分析工具 |
5783 | 2025-10-06 |
Inhaled PAMAM-based nano-formulation prolonged lung retention for alleviating pulmonary inflammation of COPD
2025-Jun, Materials today. Bio
DOI:10.1016/j.mtbio.2025.101845
PMID:40469693
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研究论文 | 本研究开发了一种基于PAMAM树状大分子的纳米复合物G4-IAA,通过吸入给药延长药物在肺部的滞留时间,用于缓解COPD的肺部炎症 | 创新性地将吲哚乙酸与第四代PAMAM树状大分子通过主客体相互作用形成纳米复合物,显著提高了药物溶解度和肺部滞留时间 | 研究仅在COPD小鼠模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 开发一种能够延长肺部药物滞留时间的纳米制剂,用于治疗慢性阻塞性肺疾病 | COPD小鼠模型和呼吸道上皮细胞 | 纳米医学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞测序,纳米制剂技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5784 | 2025-10-06 |
Macrophage-derived IL-15 imprints peritoneal TRM-like CD8 T cells in cirrhosis and spontaneous bacterial peritonitis
2025-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101381
PMID:40470117
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研究论文 | 本研究探讨肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的组织驻留记忆样特征及其在自发性细菌性腹膜炎中的免疫调控机制 | 首次揭示巨噬细胞来源的IL-15通过旁观者激活方式塑造腹膜TRM样CD8 T细胞,并在富含可溶性检查点的腹水环境中维持细胞毒性功能 | 样本来源仅限于肝硬化患者,未纳入其他疾病对照;研究主要关注CD8 T细胞,其他免疫细胞亚群的作用未深入探讨 | 阐明肝硬化患者腹膜CD8 T细胞的TRM样特征及其在腹膜免疫中的作用机制 | 87例失代偿期肝硬化患者的腹膜CD8 T细胞,其中30例伴发自发性细菌性腹膜炎 | 免疫学 | 肝硬化 | 质谱流式细胞术,流式细胞术,RT-qPCR,单细胞RNA测序,体外培养,细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,细胞因子浓度数据 | 87例患者(30例SBP患者),80例患者腹水样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5785 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals the multi-step process of cellular senescence
2025-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102042
PMID:40476058
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示细胞衰老的多步骤过程 | 整合单细胞轨迹分析和转录因子动态变化,解码复制性衰老过程中阶段特异性分子特征 | 仅使用公开可用的HUVEC细胞数据,未在其他细胞类型或体内环境中验证 | 阐明细胞衰老的渐进转变机制 | 人脐静脉内皮细胞(HUVEC) | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle 3, SCENIC | 单细胞转录组数据 | 公开可用的HUVEC复制性衰老数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5786 | 2025-10-06 |
Neurodegeneration Promotes Tumorigenesis in Colorectal Cancer: Insights From Single-Cell and Spatial Multiomics
2025-Jun, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-24-00744
PMID:40479626
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间多组学技术揭示了神经退行性变通过增强神经元-肿瘤相互作用和EGFR信号通路促进结直肠癌进展的机制 | 首次系统揭示神经退行性变在结直肠癌进展中的作用机制,发现MAPK9阳性神经元通过EGFR信号促进肿瘤生长 | 机制研究仍需进一步实验验证,样本来源和数量可能存在限制 | 探究神经退行性变在结直肠癌发生发展中的作用机制 | 结直肠癌组织中的神经元和上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单核RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫荧光 | DeepSurv | 转录组数据,空间位置数据,图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量转录组学 | NA | NA |
5787 | 2025-10-06 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞基因表达和药物数据库的新框架ISOSCELES,用于识别胶质母细胞瘤中对治疗敏感和耐药的不同细胞群体 | 提出了首个整合单细胞RNA测序数据和L1000药物数据库的计算框架ISOSCELES,能够量化细胞药物敏感性和耐药性景观 | NA | 识别胶质母细胞瘤中对靶向治疗敏感和耐药的不同细胞群体,并发现新的协同药物组合 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES计算框架 | 基因表达数据 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5788 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review
2025-05, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12720
PMID:39656426
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综述 | 系统评估预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物疗效的多组学生物标志物 | 重点关注整合多组学数据集的模型影响,并评估对多种治疗干预反应具有特异性影响的生物标志物 | 基于PubMed文献的系统综述,可能存在发表偏倚和文献覆盖不全的限制 | 推进精准医学领域,通过生物标志物预测炎症性肠病治疗疗效 | 成人炎症性肠病患者 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 多组学方法包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学 | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
5789 | 2025-10-06 |
IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors
2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010685
PMID:40169286
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研究论文 | 本研究开发了一种IL-12细胞因子工厂平台,通过局部给药诱导前体耗竭T细胞,有效治疗多种实体瘤并产生系统性免疫 | 利用临床可转化的细胞因子递送平台局部递送IL-12,避免了系统性给药的毒性问题,同时有效诱导Tpex细胞分化 | 研究主要基于动物模型,非人灵长类安全性数据有限,临床疗效尚待验证 | 评估局部给予IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤疗效 | 结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型和非人灵长类动物 | 免疫治疗 | 结直肠癌, 黑色素瘤, 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9只结直肠癌小鼠和黑色素瘤小鼠模型,以及非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5790 | 2025-10-06 |
Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994
PMID:40469306
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综述 | 本文系统阐述了铁死亡在特发性肺纤维化中的机制、影响及治疗机遇 | 首次整合单细胞RNA测序定义的细胞异质性与铁死亡机制,提出精准抗纤维化治疗新框架 | 铁死亡在IPF中的具体分子调控网络仍需进一步实验验证 | 探讨铁死亡在特发性肺纤维化发病机制中的作用及靶向治疗策略 | 肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞亚群 | 病理机制研究 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、分子谱分析 | NA | 文献数据、分子机制数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5791 | 2025-10-06 |
Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915
PMID:40469299
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研究论文 | 本研究基于双硫死亡相关基因构建了肺腺癌预后模型,并探讨了KCNK1的致癌作用 | 首次结合单细胞测序和WGCNA分析双硫死亡相关基因在肺腺癌中的预后价值,并发现KCNK1作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, Cox回归, ssGSEA | 预后风险模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA肺腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5792 | 2025-10-06 |
Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374
PMID:40469842
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综述 | 本研究通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究格局和新兴趋势 | 首次对2011-2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析,识别了单细胞和空间转录组学技术进步驱动的研究热潮 | 存在数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战 | 探索帕金森病转录组学领域的研究进展和未来方向 | 帕金森病转录组学研究文献 | 生物信息学 | 帕金森病 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 208篇研究文章 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
5793 | 2025-10-06 |
Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1595847
PMID:40470298
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别了阿尔茨海默病中细胞衰老相关基因的表达模式和潜在调控机制 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析AD中细胞衰老相关基因的调控网络,并识别了关键细胞亚型和潜在治疗靶点 | 研究结果需要进一步实验验证,样本来源和数量未明确说明 | 阐明细胞衰老在阿尔茨海默病发病机制中的关键作用 | 阿尔茨海默病患者脑组织细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,基因富集分析 | UMAP聚类分析 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
5794 | 2025-10-06 |
Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1562261
PMID:40474982
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA数据分析揭示了肺腺癌肿瘤微环境中前列腺素D2信号轴的作用机制及其临床意义 | 首次系统性地揭示了前列腺素D2在肺腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯机制,并发现其与免疫细胞浸润和患者预后的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能性实验证实信号轴的具体作用机制 | 探索肺腺癌肿瘤微环境中代谢物介导的细胞间通讯机制,特别关注前列腺素D2信号轴 | 肺腺癌肿瘤微环境中的各种细胞类型,包括成纤维细胞、浆细胞样树突状细胞、肥大细胞、NK/T细胞和内皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 荧光原位杂交, ESTIMATE算法, ssGSEA算法 | MEBOCOST, Seurat | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5795 | 2025-10-06 |
Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829
PMID:40475762
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研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸 | 开发了基于AUCell算法的氨基酸代谢评分系统,首次系统揭示了肿瘤细胞氨基酸代谢与免疫检查点抑制剂耐药性的关联机制 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证;机制研究主要基于体外实验,缺乏体内验证 | 探究结直肠癌中肿瘤细胞代谢异质性对肿瘤免疫微环境的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的上皮细胞和肿瘤浸润免疫细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,体外共培养实验 | LASSO回归,Cox回归,机器学习风险评分模型 | 基因表达数据 | 17例接受PD-1阻断治疗的CRC患者的46,374个上皮细胞,另加23例CRC患者的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | NA | NA |
5796 | 2025-10-06 |
Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693
PMID:40475775
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研究论文 | 通过RNA测序和单细胞RNA测序综合分析PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响 | 首次系统揭示PSMD14在肺腺癌中高表达并与JAMM家族成员正相关,发现其与免疫细胞浸润和免疫检查点分子的关联 | 未明确PSMD14影响免疫细胞浸润的具体分子机制 | 探索PSMD14在肺腺癌中的表达特征及其对肿瘤免疫和临床预后的影响 | 肺腺癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 肺腺癌患者组织样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5797 | 2025-10-06 |
Metabolic profiles in laryngeal cancer defined two distinct molecular subtypes with divergent prognoses
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1512502
PMID:40475768
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研究论文 | 通过多组学分析定义了喉癌的两种代谢相关分子亚型,并开发了诊断和预后预测模型 | 首次基于代谢特征对喉癌进行分子分型,并整合转录组、突变、甲基化和单细胞RNA测序数据进行综合验证 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 识别喉癌的代谢相关分子亚型并开发诊断预后模型 | 喉癌患者 | 生物信息学 | 喉癌 | 转录组测序, 突变分析, 甲基化分析, 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归, 随机森林 | 基因表达数据, 突变数据, 甲基化数据, 单细胞数据 | TCGA数据集114例患者,外加三个独立批量RNA数据集和一个单细胞RNA测序数据集验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5798 | 2025-10-06 |
Tumor-infiltrating lymphocytes in cancer immunotherapy: from chemotactic recruitment to translational modeling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1601773
PMID:40475782
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综述 | 本文系统探讨肿瘤浸润淋巴细胞在癌症免疫治疗中的作用机制、临床价值及转化前景 | 整合TIL表型功能多样性、临床转化挑战及新兴技术应用,提供个性化免疫治疗综合框架 | 未涉及具体临床试验数据,主要基于现有研究进行理论整合 | 阐明肿瘤浸润淋巴细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及免疫治疗应用策略 | 肿瘤浸润淋巴细胞(CD8+T细胞、CD4+T细胞、调节性T细胞、B细胞、NK细胞)及肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序、新抗原预测、生物材料平台 | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | NA |
5799 | 2025-10-06 |
stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1566675
PMID:40476268
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研究论文 | 提出stGuide方法,通过基于注意力的监督图表示学习改进空间转录组学中的标签转移 | 开发了基于注意力的监督图学习模型,利用参考注释指导监督表示,将查询切片映射到共享嵌入空间 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应、不平衡参考注释和组织异质性带来的对齐分析挑战 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 基于注意力的监督图学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5800 | 2025-10-06 |
Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data
2024-Oct, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01909-1
PMID:39327486
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研究论文 | 开发了一种名为GeNA的统计工具,用于识别单细胞数据中细胞状态丰度的数量性状位点 | 无需预定义细胞状态,灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度变化 | 仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据,样本规模相对有限 | 识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异 | 人类免疫细胞状态 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 单细胞RNA测序数据 | 969名个体的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |