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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5781 | 2025-10-06 |
Neurodegeneration Promotes Tumorigenesis in Colorectal Cancer: Insights From Single-Cell and Spatial Multiomics
2025-Jun, JCO precision oncology
IF:5.3Q1
DOI:10.1200/PO-24-00744
PMID:40479626
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间多组学技术揭示了神经退行性变通过增强神经元-肿瘤相互作用和EGFR信号通路促进结直肠癌进展的机制 | 首次系统揭示神经退行性变在结直肠癌进展中的作用机制,发现MAPK9阳性神经元通过EGFR信号促进肿瘤生长 | 机制研究仍需进一步实验验证,样本来源和数量可能存在限制 | 探究神经退行性变在结直肠癌发生发展中的作用机制 | 结直肠癌组织中的神经元和上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单核RNA测序,单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫荧光 | DeepSurv | 转录组数据,空间位置数据,图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量转录组学 | NA | NA |
5782 | 2025-10-06 |
DRUG AND SINGLE-CELL GENE EXPRESSION INTEGRATION IDENTIFIES SENSITIVE AND RESISTANT GLIOBLASTOMA CELL POPULATIONS
2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.15.654044
PMID:40462892
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞基因表达和药物数据库的新框架ISOSCELES,用于识别胶质母细胞瘤中对治疗敏感和耐药的不同细胞群体 | 提出了首个整合单细胞RNA测序数据和L1000药物数据库的计算框架ISOSCELES,能够量化细胞药物敏感性和耐药性景观 | NA | 识别胶质母细胞瘤中对靶向治疗敏感和耐药的不同细胞群体,并发现新的协同药物组合 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | ISOSCELES计算框架 | 基因表达数据 | 新诊断和复发性胶质母细胞瘤肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5783 | 2025-10-06 |
Multi-Omics Biomarkers for Predicting Efficacy of Biologic and Small-Molecule Therapies in Adults With Inflammatory Bowel Disease: A Systematic Review
2025-05, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12720
PMID:39656426
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综述 | 系统评估预测炎症性肠病患者对生物制剂和小分子药物疗效的多组学生物标志物 | 重点关注整合多组学数据集的模型影响,并评估对多种治疗干预反应具有特异性影响的生物标志物 | 基于PubMed文献的系统综述,可能存在发表偏倚和文献覆盖不全的限制 | 推进精准医学领域,通过生物标志物预测炎症性肠病治疗疗效 | 成人炎症性肠病患者 | 生物医学 | 炎症性肠病 | 多组学方法包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、微生物组学、代谢组学 | 多组学整合模型 | 多组学数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
5784 | 2025-10-06 |
IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors
2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010685
PMID:40169286
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研究论文 | 本研究开发了一种IL-12细胞因子工厂平台,通过局部给药诱导前体耗竭T细胞,有效治疗多种实体瘤并产生系统性免疫 | 利用临床可转化的细胞因子递送平台局部递送IL-12,避免了系统性给药的毒性问题,同时有效诱导Tpex细胞分化 | 研究主要基于动物模型,非人灵长类安全性数据有限,临床疗效尚待验证 | 评估局部给予IL-12细胞因子工厂的安全性和抗肿瘤疗效 | 结直肠癌小鼠模型、黑色素瘤小鼠模型和非人灵长类动物 | 免疫治疗 | 结直肠癌, 黑色素瘤, 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9只结直肠癌小鼠和黑色素瘤小鼠模型,以及非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5785 | 2025-10-06 |
Ferroptosis in idiopathic pulmonary fibrosis: mechanisms, impact, and therapeutic opportunities
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567994
PMID:40469306
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综述 | 本文系统阐述了铁死亡在特发性肺纤维化中的机制、影响及治疗机遇 | 首次整合单细胞RNA测序定义的细胞异质性与铁死亡机制,提出精准抗纤维化治疗新框架 | 铁死亡在IPF中的具体分子调控网络仍需进一步实验验证 | 探讨铁死亡在特发性肺纤维化发病机制中的作用及靶向治疗策略 | 肺泡上皮细胞、巨噬细胞、成纤维细胞亚群 | 病理机制研究 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、分子谱分析 | NA | 文献数据、分子机制数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5786 | 2025-10-06 |
Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915
PMID:40469299
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研究论文 | 本研究基于双硫死亡相关基因构建了肺腺癌预后模型,并探讨了KCNK1的致癌作用 | 首次结合单细胞测序和WGCNA分析双硫死亡相关基因在肺腺癌中的预后价值,并发现KCNK1作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, Cox回归, ssGSEA | 预后风险模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | TCGA肺腺癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5787 | 2025-10-06 |
Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions
2025, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374
PMID:40469842
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综述 | 本研究通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究格局和新兴趋势 | 首次对2011-2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析,识别了单细胞和空间转录组学技术进步驱动的研究热潮 | 存在数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战 | 探索帕金森病转录组学领域的研究进展和未来方向 | 帕金森病转录组学研究文献 | 生物信息学 | 帕金森病 | 文献计量分析 | NA | 文献数据 | 208篇研究文章 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
5788 | 2025-10-06 |
Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets
2025, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2025.1595847
PMID:40470298
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别了阿尔茨海默病中细胞衰老相关基因的表达模式和潜在调控机制 | 首次通过整合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析AD中细胞衰老相关基因的调控网络,并识别了关键细胞亚型和潜在治疗靶点 | 研究结果需要进一步实验验证,样本来源和数量未明确说明 | 阐明细胞衰老在阿尔茨海默病发病机制中的关键作用 | 阿尔茨海默病患者脑组织细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,基因富集分析 | UMAP聚类分析 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
5789 | 2025-10-06 |
Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1562261
PMID:40474982
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA数据分析揭示了肺腺癌肿瘤微环境中前列腺素D2信号轴的作用机制及其临床意义 | 首次系统性地揭示了前列腺素D2在肺腺癌肿瘤微环境中的细胞间通讯机制,并发现其与免疫细胞浸润和患者预后的关联 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能性实验证实信号轴的具体作用机制 | 探索肺腺癌肿瘤微环境中代谢物介导的细胞间通讯机制,特别关注前列腺素D2信号轴 | 肺腺癌肿瘤微环境中的各种细胞类型,包括成纤维细胞、浆细胞样树突状细胞、肥大细胞、NK/T细胞和内皮细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 荧光原位杂交, ESTIMATE算法, ssGSEA算法 | MEBOCOST, Seurat | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5790 | 2025-10-06 |
Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829
PMID:40475762
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研究论文 | 通过单细胞和批量转录组分析揭示结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸 | 开发了基于AUCell算法的氨基酸代谢评分系统,首次系统揭示了肿瘤细胞氨基酸代谢与免疫检查点抑制剂耐药性的关联机制 | 样本量相对有限,需要更大规模队列验证;机制研究主要基于体外实验,缺乏体内验证 | 探究结直肠癌中肿瘤细胞代谢异质性对肿瘤免疫微环境的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的上皮细胞和肿瘤浸润免疫细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组分析,体外共培养实验 | LASSO回归,Cox回归,机器学习风险评分模型 | 基因表达数据 | 17例接受PD-1阻断治疗的CRC患者的46,374个上皮细胞,另加23例CRC患者的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | NA | NA |
5791 | 2025-10-06 |
Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693
PMID:40475775
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研究论文 | 通过RNA测序和单细胞RNA测序综合分析PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响 | 首次系统揭示PSMD14在肺腺癌中高表达并与JAMM家族成员正相关,发现其与免疫细胞浸润和免疫检查点分子的关联 | 未明确PSMD14影响免疫细胞浸润的具体分子机制 | 探索PSMD14在肺腺癌中的表达特征及其对肿瘤免疫和临床预后的影响 | 肺腺癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 肺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | NA | RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床数据 | 肺腺癌患者组织样本 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5792 | 2025-10-06 |
Metabolic profiles in laryngeal cancer defined two distinct molecular subtypes with divergent prognoses
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1512502
PMID:40475768
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研究论文 | 通过多组学分析定义了喉癌的两种代谢相关分子亚型,并开发了诊断和预后预测模型 | 首次基于代谢特征对喉癌进行分子分型,并整合转录组、突变、甲基化和单细胞RNA测序数据进行综合验证 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证 | 识别喉癌的代谢相关分子亚型并开发诊断预后模型 | 喉癌患者 | 生物信息学 | 喉癌 | 转录组测序, 突变分析, 甲基化分析, 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归, 随机森林 | 基因表达数据, 突变数据, 甲基化数据, 单细胞数据 | TCGA数据集114例患者,外加三个独立批量RNA数据集和一个单细胞RNA测序数据集验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
5793 | 2025-10-06 |
Tumor-infiltrating lymphocytes in cancer immunotherapy: from chemotactic recruitment to translational modeling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1601773
PMID:40475782
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综述 | 本文系统探讨肿瘤浸润淋巴细胞在癌症免疫治疗中的作用机制、临床价值及转化前景 | 整合TIL表型功能多样性、临床转化挑战及新兴技术应用,提供个性化免疫治疗综合框架 | 未涉及具体临床试验数据,主要基于现有研究进行理论整合 | 阐明肿瘤浸润淋巴细胞在肿瘤免疫微环境中的作用及免疫治疗应用策略 | 肿瘤浸润淋巴细胞(CD8+T细胞、CD4+T细胞、调节性T细胞、B细胞、NK细胞)及肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序、新抗原预测、生物材料平台 | NA | 文献资料 | NA | NA | NA | NA | NA |
5794 | 2025-10-06 |
stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1566675
PMID:40476268
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研究论文 | 提出stGuide方法,通过基于注意力的监督图表示学习改进空间转录组学中的标签转移 | 开发了基于注意力的监督图学习模型,利用参考注释指导监督表示,将查询切片映射到共享嵌入空间 | NA | 解决空间转录组学数据中批次效应、不平衡参考注释和组织异质性带来的对齐分析挑战 | 人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 基于注意力的监督图学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5795 | 2025-10-06 |
Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data
2024-Oct, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01909-1
PMID:39327486
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研究论文 | 开发了一种名为GeNA的统计工具,用于识别单细胞数据中细胞状态丰度的数量性状位点 | 无需预定义细胞状态,灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度变化 | 仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据,样本规模相对有限 | 识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异 | 人类免疫细胞状态 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 单细胞RNA测序数据 | 969名个体的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5796 | 2025-10-06 |
Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging
2024-Jun-06, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013
PMID:38714197
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理图谱 | 首次整合单细胞RNA测序和CODEX空间成像技术,系统揭示人类骨髓非造血细胞的异质性及其空间组织模式 | 样本数量有限,主要关注非造血细胞,对某些稀有细胞亚型的覆盖可能不足 | 解析人类骨髓微环境中非造血细胞的异质性和空间分布特征 | 人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序, CODEX成像 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质空间成像数据 | 82,742个单细胞(29,325个非造血细胞 + 53,417个造血细胞),超过120万个细胞的空间成像 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | CODEX(共检测索引)技术用于空间细胞分析 |
5797 | 2025-10-06 |
Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells
2024-Jun-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016
PMID:38733994
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研究论文 | 本研究揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞分化为泌酸壁细胞过程中的关键调控作用 | 首次发现ERRγ作为壁细胞分化的关键调节因子,并系统描绘了壁细胞分化的分子、细胞和超微结构阶段 | 研究主要基于小鼠模型和人类胃细胞,临床转化需要进一步验证 | 阐明胃壁细胞分化的分子机制 | 小鼠模型和人类胃细胞 | 细胞生物学 | 胃部疾病 | scRNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5798 | 2025-10-06 |
Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis
2019-10-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783
PMID:31604843
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定生物材料诱导的功能性巨噬细胞亚群及其在组织修复和纤维化中的作用 | 首次发现CD9IL-36γ巨噬细胞亚群驱动IL-17介导的纤维化过程 | 体内功能性巨噬细胞亚群的鉴定和表型特征描述仍有限 | 研究生物材料诱导的巨噬细胞亚群在免疫反应和组织修复中的功能 | 小鼠和人类组织样本中的巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 无偏聚类和伪时间分析 | 单细胞RNA测序数据 | 从小鼠生物基质和合成生物材料中分选的巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5799 | 2025-10-06 |
Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis
2019-10-11, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749
PMID:31604845
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的多样性作用 | 首次通过单细胞RNA测序系统解析巨噬细胞在组织修复与纤维化中的异质性功能 | NA | 阐明巨噬细胞在组织再生和纤维化过程中的作用机制 | 巨噬细胞 | 单细胞组学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5800 | 2025-10-06 |
Identification of macrophage-associated diagnostic biomarkers and molecular subtypes in gestational diabetes mellitus based on machine learning
2025-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2025.2513893
PMID:40476676
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和RNA测序数据,探索巨噬细胞相关诊断基因和妊娠期糖尿病分子亚型 | 提出CB-DSNMF算法识别GDM亚型,构建基于机器学习集成的诊断模型,并通过孟德尔随机化分析确定ZEB2与GDM风险的因果关系 | NA | 识别巨噬细胞相关诊断生物标志物和妊娠期糖尿病的分子亚型 | 妊娠期糖尿病患者 | 机器学习 | 妊娠期糖尿病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 孟德尔随机化分析 | 机器学习集成算法, CB-DSNMF算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |